BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099I05
Chromosome17 (Build37)
Map Location 83,793,963 - 83,894,033
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEml4
Upstream geneLOC668836, EG433141, EG625514, LOC100043711, LOC100043900, AW548124, EG545226
Downstream geneCox7a2l, Kcng3, Mta3, Haao, Zfp36l2, Thada
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099I05.bB6Ng01-099I05.g
ACCDH909286DH909287
length7631,100
definitionDH909286|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099I05, 5' end.DH909287|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099I05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,893,277 - 83,894,033)(83,793,963 - 83,795,065)
sequence
gaattccctcgcatttccttacattaagttgccaatctatcccgagggag
gcgactcaagtcctttccttctggccactgtggactgtttataaatcgca
aggcaggggcaaagcatcatgagcatcctgtttctgaatgatggagcatt
aattaatatgtttgacttggagttcaagaggctttgttgtttttctacct
actgaaccaagcaaccaccatcttggggtgttcaactactcccacttaca
aaagtagtgttccagctaggcttgttgcctgcttatatctgtggaagggt
ggggaaggtcacaagcctcttacctgagtacccagctgctccatgcacct
gctgtatgcaaatctgccttaattgctcacagcctagggaagagctagac
catttaggttcagggggttggggaggggaagttcctgatgtgtagccatg
ggaaagctctcatccctcctaactaaaggctttccagatgcagcattttt
gagtaaggagtacccacaacccacaagccctggagtgaccccttacctat
gctctgtaaggaagcccaataaactcatcgggacgaggaggaggagatat
ttagctcgctcttctctgtctgcgaaggaagtttagccacagggcaacag
ccctgtttgtgcttggaagacagcattgagcatcgtctgcactcccagtt
ggtgagaattttttgttttacaattcatggtccagtttaaacgtgtagtt
tctcatagatcct
gaattcaagaaataagattttcaaggtgagtcatggcaatcaaacccttg
tcatagttaagctccagttgtccgtttgacagacttgaggaaagggaatt
gcccttcagattggcttgtatattttcactttcttaatggctaagagatg
atggagggttcaacctactgtgggtagcaacatccctaggtagatgggtg
tgagctgtataggaaagttagctgagcaagccaggggaagcatatgcagt
tcttgccttggtttccctttaataatggacagtaacttgtgagctgagga
aaaaaacagcctttctctcccctgcacccccacaaaaaagggaaaactag
gactaatcccctttctccaaagcagcccataatgcttataattacctgta
actttctccccacctttctgtataagatctgaccatggagaaattctggc
caatcttacttcatagtagataacaagactcttattccaaagtgatcccg
tcatatacctggaaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggcaggca
ggccggccggcctaagacaaagaaggatgggctttgctacattcagctcg
tacccttttcatccaatagcataatgacggggtatattcttcattaaaaa
agagttttccttgggcctttgactcttcggtatgaaggtcttctttcaca
ttaagttgattaagtagatgtgttattcttctgctgatctttccttagct
gactctgtctgtggtgacagggaggaagagactgttccagtctctcacgt
cactgtagggtattagcactacacttttcatttctcatttctaatgagca
gattgctggggatgaaaaacattttaggttctgggtacaaaagcagcttg
tgaaaatcaggtttatttgggttccttgatgtgacgttatggtctgtcat
ggtggggaaggcatgatgacagtatcttgaagtagctggtcccattgcat
ctacaaccaggaagcaggggggagtggttggtcatcagtcacttgttcct
tttttttattctgaaccccagccatggagtgtaagtagctcacctacact

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_83893277_83894033
seq2: B6Ng01-099I05.b_48_809 (reverse)

seq1  GGATCTATGAG-AACTACACGTTTTAACTGGACCCTGAATTGTAAAAC-A  48
      ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |
seq2  GGATCTATGAGAAACTACACGTTTAAACTGGACCATGAATTGTAAAACAA  50

seq1  AAAATTCTCACCAACTGGGAGTGCAGACGCTGCTCAATGCTGTCTTCCAA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCTCACCAACTGGGAGTGCAGACGATGCTCAATGCTGTCTTCCAA  100

seq1  GCAC-AACAGGGCTGTTGCCCTGTGGCTAAACTTCCTTCGCAGACAGAG-  146
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCACAAACAGGGCTGTTGCCCTGTGGCTAAACTTCCTTCGCAGACAGAGA  150

seq1  AGAGCGAGCT-AATATCTCCTCCTCCTCGTCCCGATGAGTTTATTGGGCT  195
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGAGCTAAATATCTCCTCCTCCTCGTCCCGATGAGTTTATTGGGCT  200

seq1  TCCTTACAGAGCATAGGTAAGGGGTCACTCCAGGGCTTGTGGGTTGTGGG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACAGAGCATAGGTAAGGGGTCACTCCAGGGCTTGTGGGTTGTGGG  250

seq1  TACTCCTTACTCAAAAATGCTGCATCTGGAAAGCCTTTAGTTAGGAGGGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCTTACTCAAAAATGCTGCATCTGGAAAGCCTTTAGTTAGGAGGGA  300

seq1  TGAGAGCTTTCCCATGGCTACACATCAGGAACTTCCCCTCCCCAACCCCC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCTTTCCCATGGCTACACATCAGGAACTTCCCCTCCCCAACCCCC  350

seq1  TGAACCTAAATGGTCTAGCTCTTCCCTAGGCTGTGAGCAATTAAGGCAGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTAAATGGTCTAGCTCTTCCCTAGGCTGTGAGCAATTAAGGCAGA  400

seq1  TTTGCATACAGCAGGTGCATGGAGCAGCTGGGTACTCAGGTAAGAGGCTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATACAGCAGGTGCATGGAGCAGCTGGGTACTCAGGTAAGAGGCTT  450

seq1  GTGACCTTCCCCACCCTTCCACAGATATAAGCAGGCAACAAGCCTAGCTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTTCCCCACCCTTCCACAGATATAAGCAGGCAACAAGCCTAGCTG  500

seq1  GAACACTACTTTTGTAAGTGGGAGTAGTTGAACACCCCAAGATGGTGGTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTACTTTTGTAAGTGGGAGTAGTTGAACACCCCAAGATGGTGGTT  550

seq1  GCTTGGTTCAGTAGGTAGAAAAACAACAAAGCCTCTTGAACTCCAAGTCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTTCAGTAGGTAGAAAAACAACAAAGCCTCTTGAACTCCAAGTCA  600

seq1  AACATATTAATTAATGCTCCATCATTCAGAAACAGGATGCTCATGATGCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATTAATTAATGCTCCATCATTCAGAAACAGGATGCTCATGATGCT  650

seq1  TTGCCCCTGCCTTGCGATTTATAAACAGTCCACAGTGGCCAGAAGGAAAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCCTGCCTTGCGATTTATAAACAGTCCACAGTGGCCAGAAGGAAAG  700

seq1  GACTTGAGTCGCCTCCCTCGGGATAGATTGGCAACTTAATGTAAGGAAAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAGTCGCCTCCCTCGGGATAGATTGGCAACTTAATGTAAGGAAAT  750

seq1  GCGAGGGAATTC  757
      ||||||||||||
seq2  GCGAGGGAATTC  762

seq1: chr17_83793963_83795065
seq2: B6Ng01-099I05.g_69_1168

seq1  GAATTCAAGAAATAAGATTTTCAAGGTGAGTCATGGCAATCAAACCCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAAATAAGATTTTCAAGGTGAGTCATGGCAATCAAACCCTTG  50

seq1  TCATAGTTAAGCTCCAGTTGTCCGTTTGACAGACTTGAGGAAAGGGAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGTTAAGCTCCAGTTGTCCGTTTGACAGACTTGAGGAAAGGGAATT  100

seq1  GCCCTTCAGATTGGCTTGTATATTTTCACTTTCTTAATGGCTAAGAGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTCAGATTGGCTTGTATATTTTCACTTTCTTAATGGCTAAGAGATG  150

seq1  ATGGAGGGTTCAACCTACTGTGGGTAGCAACATCCCTAGGTAGATGGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGGTTCAACCTACTGTGGGTAGCAACATCCCTAGGTAGATGGGTG  200

seq1  TGAGCTGTATAGGAAAGTTAGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCATATGCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGTATAGGAAAGTTAGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCATATGCAGT  250

seq1  TCTTGCCTTGGTTTCCCTTTAATAATGGACAGTAACTTGTGAGCTGAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCTTGGTTTCCCTTTAATAATGGACAGTAACTTGTGAGCTGAGGA  300

seq1  AAAAAACAGCCTTTCTCTCCCCTGCACCCCCACAAAAAAGGGAAAACTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAGCCTTTCTCTCCCCTGCACCCCCACAAAAAAGGGAAAACTAG  350

seq1  GACTAATCCCCTTTCTCCAAAGCAGCCCATAATGCTTATAATTACCTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATCCCCTTTCTCCAAAGCAGCCCATAATGCTTATAATTACCTGTA  400

seq1  ACTTTCTCCCCACCTTTCTGTATAAGATCTGACCATGGAGAAATTCTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTCCCCACCTTTCTGTATAAGATCTGACCATGGAGAAATTCTGGC  450

seq1  CAATCTTACTTCATAGTAGATAACAAGACTCTTATTCCAAAGTGATCCCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTACTTCATAGTAGATAACAAGACTCTTATTCCAAAGTGATCCCG  500

seq1  TCATATACCTGGAAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATACCTGGAAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCA  550

seq1  GGCCGGCCGGCCTAAGACAAAGAAGGATGGGCTTTGCTACATTCAGCTCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGGCCGGCCTAAGACAAAGAAGGATGGGCTTTGCTACATTCAGCTCG  600

seq1  TACCCTTTTCATCCAATAGCATAATGACGGGGTATATTCTTCATTAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTTTTCATCCAATAGCATAATGACGGGGTATATTCTTCATTAAAAA  650

seq1  AGAGTTTTCCTTGGGCCTTTGACTCTTCGGTATGAAGGTCTTCTTTCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTTCCTTGGGCCTTTGACTCTTCGGTATGAAGGTCTTCTTTCACA  700

seq1  TTAAGTTGATTAAGTAGATGTGTTATTCTTCTGCTGATCTTTCCTTAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTGATTAAGTAGATGTGTTATTCTTCTGCTGATCTTTCCTTAGCT  750

seq1  GACTCTGTCTGTGGTGACAGGGAGGAAGAGACTGTTCCAGTCTCTCACGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGTCTGTGGTGACAGGGAGGAAGAGACTGTTCCAGTCTCTCACGT  800

seq1  CACTGTAGGGTATTAGCACTACACTTTTCATTTCTCATTTCTAATGAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTAGGGTATTAGCACTACACTTTTCATTTCTCATTTCTAATGAGCA  850

seq1  GATTGCTGGGGATG-AAAACATTTTAGGTTCT-GGTACAAAAGCAGCTTG  898
      |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GATTGCTGGGGATGAAAAACATTTTAGGTTCTGGGTACAAAAGCAGCTTG  900

seq1  TGAAAATCAGGGTTTATTTGGGTTCC-TGATGTGACGTTATGGTCTGTCA  947
      ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATCA-GGTTTATTTGGGTTCCTTGATGTGACGTTATGGTCTGTCA  949

seq1  TGGTGGGAAAGGCATGATGACAGTATCTTGAAGTAGCTGGTCACATTGCA  997
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGGTGGGGAAGGCATGATGACAGTATCTTGAAGTAGCTGGTCCCATTGCA  999

seq1  TCTACAACCAGGAAGCAGGGGGAAGT-GTTGATACTCAAGTCTACTTGTT  1046
      |||||||||||||||||||||| ||| |||| |  || |||| |||||||
seq2  TCTACAACCAGGAAGCAGGGGGGAGTGGTTGGTCATC-AGTC-ACTTGTT  1047

seq1  CCCTTTTATTTAATCCTGAACCCCAGCCCATGGAGTGTAAGTAGCTCCAC  1096
      ||  ||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  CC--TTTTTTTTATTCTGAACCCCAG-CCATGGAGTGTAAGTAGCT-CAC  1093

seq1  CTACACT  1103
      |||||||
seq2  CTACACT  1100