BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100B24
Chromosome17 (Build37)
Map Location 44,753,160 - 44,916,885
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRunx2, Supt3h
Upstream geneTdrd6, Slc25a27, Cyp39a1, Dscr1l1, Enpp5, Enpp4, Clic5
Downstream gene4930564C03Rik, EG210562, EG668314, Cdc5l, Spats1, EG668319, Aars2, Tcte1, Gm323, Nfkbie, Slc35b2, Hsp90ab1, Slc29a1, EG653016, Capn11, Tmem63b, Mrpl14, LOC100043363
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100B24.bB6Ng01-100B24.g
ACCDH909716DH909717
length1,109911
definitionDH909716|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100B24, 5' end.DH909717|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100B24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,915,776 - 44,916,885)(44,753,160 - 44,754,109)
sequence
gaattcactcagcacaataacggaatggctgaattctttctcataatgta
agtgaattctaagcaaaatcagtaatattctaatacataaaaagcaagtt
tctgacctcaccaaaaacatttcaacaggaatactcaatcttgtggcctt
cctgtacttgcatatttgtagcccctcacaccaaaggattttcttttctt
tcccagagagaaccaacaatcacactacccatgatttctatacaacataa
aaggtgaaattgacagtggctaaagtcaccaagtcattctctagcctgac
ttacaccaggtatcacttaaataagggcagcagcacggacttcgtcactg
ttttcaacaagtggattttggagactgcaaaatagctaatcattccaaga
ttatgttaagaattgacaagcctaaaaagtgtggccaggttagcactgtc
caacctggtacacgtttgattgtatgaaaggagctctagtagtaagtatg
gagggacatgactatcccagaaaaattaagatagccagactacttatgtc
cagctcagtgtcatttgcatgtcatgaactattctctgcatatgatgcaa
ctcataagctttaagctgccattccagaaccaatggttttcttcagcctt
gaggccaaggccaacattttacaaatatcaggcgggaactctggatacaa
tccaccatgatagttttgttttggcttcttttcccccatatgttttattt
tcaaggcctgactgcatagcttagttagtagagcatccacttagtatgtg
ggagggcctgggttcaacccccagcacaaaaaaggggagaaggaaggaga
gggagagacaggcaaggaggggaaagtttttattttcaagatttacaaaa
cctcagataaaatatagttgggtatattttcaaagaaagtggtctcatga
cacatttatcaccaaatttccactttttctcttcagaagttgactgtgaa
tactaaaatgatttcaaattgctcaaagttactattatatttattaactg
ctttattacacaaaactttaggtgaatttgcccactccttaatatagggg
gggggggga
gaattccatatcttgctatactccgtgttaattgttgccttattcactag
aggagagagctggaatcaaccttagttgtccctccacaagtgactggata
atgaaaatcggatatatatgaaatgtagatagatatagatatcacattta
atatatataggaatactacttaacatatatagaataatatatatacatac
acacacatttttatatattacataatggaatactacttagctctaaaaag
tgaaatttaaaatttgcaagaaaatggatgagatgcatattattaagtaa
gatcacatgatctcaaaaaagaaactgcattttcagtctctcacaagtgg
gatatggccaataatatatgtatatatggaaacaaatgtgcacatggcta
caggaaacatggagaaacaggacaaggtaaatatacaggggagcaggaag
ggcagatgcagataatgcacatgagttagaagagagaatacaaagctggt
tgtttttctaagtcgaactctatcctgggtgtttgtctgtctggttggtt
ggtttggtatttttgatggtagataagtgcataaaatagatccaataata
aaagtgtaaaacctaattcacagcttccattctgaacgccaattctcact
gtataaaagctcactgggttgtatagaccctggctctggttaatcttggt
atgtgaggtttttacttatttgcaaaagttttttataataaggtttactt
ttaaaacattattttttttaacttggaagaacatattaagaaaatgaact
ctcttgtgttgtgtgtgttgtgtgtctagtctctctcttgtgtgtctctg
tgttgtctcctttcccttcccctcctttctctcggtatgtgtgtgtcagt
agtaggtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_44915776_44916885
seq2: B6Ng01-100B24.b_49_1157 (reverse)

seq1  TCCCCCCCCCCCCTAT-TTAA-GAGGTGGCAATTCCACCTTAAGTTTTTG  48
      |||||||||||||||| |||| |||  ||||| | ||||| ||| |||||
seq2  TCCCCCCCCCCCCTATATTAAGGAGTGGGCAAATTCACCTAAAG-TTTTG  49

seq1  TGTTATAAAGCAGTTTAATAAATTATAATAGTAACCTTTGAGCAATTTTT  98
      ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||
seq2  TGTAATAAAGCAG-TTAATAAA-TATAATAGTAA-CTTTGAGCAA--TTT  94

seq1  GAAATCATTTTAGTATTCACAGTCAAACTTCTGAAGAG-AAAAGT-GAAA  146
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||
seq2  GAAATCATTTTAGTATTCACAGTC-AACTTCTGAAGAGAAAAAGTGGAAA  143

seq1  TTTGGTGATAAATGTGTCATGAGACCACTTTCTTTG-AAATATACCCAAC  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTGGTGATAAATGTGTCATGAGACCACTTTCTTTGAAAATATACCCAAC  193

seq1  TATATTTTATCTGAGGTTTTGTAAATCTTGAAAAT-AAAACTTTCCCCTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TATATTTTATCTGAGGTTTTGTAAATCTTGAAAATAAAAACTTTCCCCTC  243

seq1  CTTGCCTGTCTCTCCCTCTCCTTCCTTCTCCCCTTTTTTGTGCTGGGGGT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTGTCTCTCCCTCTCCTTCCTTCTCCCCTTTTTTGTGCTGGGGGT  293

seq1  TGAACCCAGGCCCTCCCACATACTAAGTGGATGCTCTACTAACTAAGCTA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCCAGGCCCTCCCACATACTAAGTGGATGCTCTACTAACTAAGCTA  343

seq1  TGCAGTCAGGCCTTGAAAATAAAACATATGGGGGAAAAGAAGCCAAAACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCAGGCCTTGAAAATAAAACATATGGGGGAAAAGAAGCCAAAACA  393

seq1  AAACTATCATGGTGGATTGTATCCAGAGTTCCCGCCTGATATTTGTAAAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATCATGGTGGATTGTATCCAGAGTTCCCGCCTGATATTTGTAAAA  443

seq1  TGTTGGCCTTGGCCTCAAGGCTGAAGAAAACCATTGGTTCTGGAATGGCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGCCTTGGCCTCAAGGCTGAAGAAAACCATTGGTTCTGGAATGGCA  493

seq1  GCTTAAAGCTTATGAGTTGCATCATATGCAGAGAATAGTTCATGACATGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAGCTTATGAGTTGCATCATATGCAGAGAATAGTTCATGACATGC  543

seq1  AAATGACACTGAGCTGGACATAAGTAGTCTGGCTATCTTAATTTTTCTGG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACACTGAGCTGGACATAAGTAGTCTGGCTATCTTAATTTTTCTGG  593

seq1  GATAGTCATGTCCCTCCATACTTACTACTAGAGCTCCTTTCATACAATCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTCATGTCCCTCCATACTTACTACTAGAGCTCCTTTCATACAATCA  643

seq1  AACGTGTACCAGGTTGGACAGTGCTAACCTGGCCACACTTTTTAGGCTTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGTACCAGGTTGGACAGTGCTAACCTGGCCACACTTTTTAGGCTTG  693

seq1  TCAATTCTTAACATAATCTTGGAATGATTAGCTATTTTGCAGTCTCCAAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTCTTAACATAATCTTGGAATGATTAGCTATTTTGCAGTCTCCAAA  743

seq1  ATCCACTTGTTGAAAACAGTGACGAAGTCCGTGCTGCTGCCCTTATTTAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACTTGTTGAAAACAGTGACGAAGTCCGTGCTGCTGCCCTTATTTAA  793

seq1  GTGATACCTGGTGTAAGTCAGGCTAGAGAATGACTTGGTGACTTTAGCCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATACCTGGTGTAAGTCAGGCTAGAGAATGACTTGGTGACTTTAGCCA  843

seq1  CTGTCAATTTCACCTTTTATGTTGTATAGAAATCATGGGTAGTGTGATTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAATTTCACCTTTTATGTTGTATAGAAATCATGGGTAGTGTGATTG  893

seq1  TTGGTTCTCTCTGGGAAAGAAAAGAAAATCCTTTGGTGTGAGGGGCTACA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTCTCTCTGGGAAAGAAAAGAAAATCCTTTGGTGTGAGGGGCTACA  943

seq1  AATATGCAAGTACAGGAAGGCCACAAGATTGAGTATTCCTGTTGAAATGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCAAGTACAGGAAGGCCACAAGATTGAGTATTCCTGTTGAAATGT  993

seq1  TTTTGGTGAGGTCAGAAACTTGCTTTTTATGTATTAGAATATTACTGATT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTGAGGTCAGAAACTTGCTTTTTATGTATTAGAATATTACTGATT  1043

seq1  TTGCTTAGAATTCACTTACATTATGAGAAAGAATTCAGCCATTCCGTTAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTAGAATTCACTTACATTATGAGAAAGAATTCAGCCATTCCGTTAT  1093

seq1  TGTGCTGAGTGAATTC  1110
      ||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGAGTGAATTC  1109

seq1: chr17_44753160_44754109
seq2: B6Ng01-100B24.g_70_980

seq1  GAATTCCATATCTTGCTATACTCCGTGTTAATTGTTGCCTTATTCACTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATCTTGCTATACTCCGTGTTAATTGTTGCCTTATTCACTAG  50

seq1  AGGAGAGAGCTGGAATCAACCTTAGTTGTCCCTCCACAAGTGACTGGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAGCTGGAATCAACCTTAGTTGTCCCTCCACAAGTGACTGGATA  100

seq1  ATGAAAATCGGATATATATGAAATGTAGATAGATATAGATATCACATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATCGGATATATATGAAATGTAGATAGATATAGATATCACATTTA  150

seq1  ATATATATAGGAATACTACTTAACATATATAGAATAATATATATACATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATAGGAATACTACTTAACATATATAGAATAATATATATACATAC  200

seq1  ACACACATTTTTATATATTACATAATGGAATACTACTTAGCTCTAAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATTTTTATATATTACATAATGGAATACTACTTAGCTCTAAAAAG  250

seq1  TGAAATTTAAAATTTGCAAGAAAATGGATGAGATGCATATTATTAAGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTTAAAATTTGCAAGAAAATGGATGAGATGCATATTATTAAGTAA  300

seq1  GATCACATGATCTCAAAAAAGAAACTGCATTTTCAGTCTCTCACAAGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACATGATCTCAAAAAAGAAACTGCATTTTCAGTCTCTCACAAGTGG  350

seq1  GATATGGCCAATAATATATGTATATATGGAAACAAATGTGCACATGGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGGCCAATAATATATGTATATATGGAAACAAATGTGCACATGGCTA  400

seq1  CAGGAAACATGGAGAAACAGGACAAGGTAAATATACAGGGGAGCAGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAACATGGAGAAACAGGACAAGGTAAATATACAGGGGAGCAGGAAG  450

seq1  GGCAGATGCAGATAATGCACATGAGTTAGAAGAGAGAATACAAAGCTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATGCAGATAATGCACATGAGTTAGAAGAGAGAATACAAAGCTGGT  500

seq1  TGTTTTTCTAAGTCGAACTCTATCCTGGGTGTTTGTCTGTCTGGTTGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTCTAAGTCGAACTCTATCCTGGGTGTTTGTCTGTCTGGTTGGTT  550

seq1  GGTTTGGTATTTTTGATGGTAGATAAGTGCATAAAATAGATCCAATAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGTATTTTTGATGGTAGATAAGTGCATAAAATAGATCCAATAATA  600

seq1  AAAGTGTAAAACCTAATTCACAGCTTCCATTCTGAACGCCAATTCTCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTAAAACCTAATTCACAGCTTCCATTCTGAACGCCAATTCTCACT  650

seq1  GTATAAAAGCTCACTGGGTTGTATAGACCCTGGCTCTGGTTAATCTTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAAGCTCACTGGGTTGTATAGACCCTGGCTCTGGTTAATCTTGGT  700

seq1  ATGTGAGGTTTTTACTTATTTGC-AAAGTTTTTTATAATAAGGTTTAC-T  748
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATGTGAGGTTTTTACTTATTTGCAAAAGTTTTTTATAATAAGGTTTACTT  750

seq1  TTAAAACATTA-TTTTGTTAACTTGGAAGAACATATTAAGAAAATGAACT  797
      ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACATTATTTTTTTTAACTTGGAAGAACATATTAAGAAAATGAACT  800

seq1  CTCTTGTGTTGTGTGTGTTGTGTGTCTTGTCTCTCTCTTGTGTGTCTCTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  CTCTTGTGTTGTGTGTGTTGTGTGTCTAGTCTCTCTCTTGTGTGTCTC-T  849

seq1  GTGTTTGTCTCCTTTCCCTTCCCCTCCTTTCTCTCGTGTATGTGTGTGTG  897
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||
seq2  GTG-TTGTCTCCTTTCCCTTCCCCTCCTTTCTCTCG-----GTATGTGTG  893

seq1  TGTCAGT-GTAGGGGTGTGTGTGTCAGTGTATGTATGTGTGTGTCAGTGT  946
      ||||||| ||||| ||||                                
seq2  TGTCAGTAGTAGGTGTGT--------------------------------  911

seq1  GTGT  950
          
seq2  ----  911