BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-100P19
Chromosome2 (Build37)17 (Build37)
Map Location 52,576,828 - 52,577,13138,668,198 - 38,669,259
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneStam2
Upstream geneLOC433426, Ppia-ps2_635.1, Rbm43, LOC100041634, Nmi, Tnfaip6, Rif1, Neb, LOC100041670, Arl5a, Cacnb4, OTTMUSG00000012638
Downstream geneFmnl2, Prpf40a, Arl6ip6, LOC666872, LOC666876, LOC207933
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100P19.bB6Ng01-100P19.g
ACCDH910315DH910316
length3361,057
definitionDH910315|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100P19, 5' end.DH910316|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100P19, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,576,828 - 52,577,131)(38,668,198 - 38,669,259)
sequence
gaattcagtggtgagttttgtgggaatttgaaatacaagcatattgagag
tagagcacagtatagaattttagccaatgaagtttcaaagagaagttaag
gactctgttggacaaatgttaacaattaaaattatatatatatatatata
tatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
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gaattcaagaacacaagtccagggaggaagccatcaaaaatggtcttgtc
catttcccacaaatttctaatcaaaatcttatttacagacagacatttgg
aggtcattttctcatatatgcattttttctttaagacaattctgttgtgt
gtttaaagtagaatattagatcactggcaaacacaccaattttatttgat
gtttagttactaaacttatcttccagaggagatattcccatatcagaccc
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tgaatttaatatttgacataaagataaagaaggtgtcaatgtgatattta
ttttaggtattatttgattcagcttctccacttaagatccatgtcataag
gaccttgtcttaatcttgtatgaagattgcatcagcttcaggggaaggca
gagatccttgcagccatagtaaggatttattagaagcatgcatatagaga
agtgcttgggggaaaaattagtcattcagattagtagtgagtaataactg
agtgacaatcataggattgttacaggtttttttttccccccttggtgttc
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taaattaaaatcctcatggtgtggtggtcttgtttttaattttttttcca
ttgtaacttaagtataattttacccagttgtaaattctaacgtatatatc
tgatcttacacgcgttctcgcgaccgggccaggaaagacgcaacaaaccg
gaatcttctgtggcaaacttttattgcttacatcttcaggagcaagagtg
cagagtgcaagagctctatgcttacatctttaggagccagagcgcagagc
tcaggtgcaagagcaaaagcagagagcagagctttattgctttactcttc
aggagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_52576828_52577131
seq2: B6Ng01-100P19.b_185_384 (reverse)

seq1  TATATATATATATACACACACAATTATATATATATATATATATACACACA  50
      ||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||    
seq2  TATATATATATATA----------TATATATATATATATATATACA----  36

seq1  ATTATATATATACATATACACACACAATTATATATATACATATACACACA  100
        |||||||||| |||||          |||||||||| |||||      
seq2  --TATATATATATATATA----------TATATATATATATATA------  68

seq1  CAATTATATATATACATATACACACACAATTATATATATATATATATACA  150
          |||||||||| |||||          ||||||||||||||||||  
seq2  ----TATATATATATATATA----------TATATATATATATATATA--  102

seq1  CACACAATTATATATATATATATACACACACAATTATATATATACATATA  200
              ||||||||||||||||          |||||||||| |||||
seq2  --------TATATATATATATATA----------TATATATATATATATA  134

seq1  CACACACAGTTATATATATACATATACACACACAGTTATATATATACATA  250
                |||||||||| |||||          |||||||||| |||
seq2  ----------TATATATATATATATA----------TATATATATATATA  164

seq1  TACACACACAATTATATATATATATATACACACACAATTATATATATACA  300
      ||          ||||||||||||||||||        |||||||||| |
seq2  TA----------TATATATATATATATACA--------TATATATATATA  196

seq1  TATA  304
      ||||
seq2  TATA  200

seq1: chr17_38668198_38669259
seq2: B6Ng01-100P19.g_68_1124

seq1  GAATTCAAGAACACAAGTCCAGGGAGGAAGCCATCAAAAATGGTCTTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAACACAAGTCCAGGGAGGAAGCCATCAAAAATGGTCTTGTC  50

seq1  CATTTCCCACAAATTTCTAATCAAAATCTTATTTACAGACAGACATTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCCACAAATTTCTAATCAAAATCTTATTTACAGACAGACATTTGG  100

seq1  AGGTCATTTTCTCATATATGCATTTTTTCTTTAAGACAATTCTGTTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATTTTCTCATATATGCATTTTTTCTTTAAGACAATTCTGTTGTGT  150

seq1  GTTTAAAGTAGAATATTAGATCACTGGCAAACACACCAATTTTATTTGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAGTAGAATATTAGATCACTGGCAAACACACCAATTTTATTTGAT  200

seq1  GTTTAGTTACTAAACTTATCTTCCAGAGGAGATATTCCCATATCAGACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGTTACTAAACTTATCTTCCAGAGGAGATATTCCCATATCAGACCC  250

seq1  AGTC-TTTTTTTTTTATGCCAATGTATATTTTATATGTAGGTTACACAAT  299
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTTTTTTTTTATGCCAATGTATATTTTATATGTAGGTTACACAAT  300

seq1  AATTACCAAGGGGTTAGGAAGAACAAGAAGCTCAAAGAGGCTTATGGTCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACCAAGGGGTTAGGAAGAACAAGAAGCTCAAAGAGGCTTATGGTCT  350

seq1  TGAATTTAATATTTGACATAAAGATAAAGAAGGTGTCAATGTGATATTTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTAATATTTGACATAAAGATAAAGAAGGTGTCAATGTGATATTTA  400

seq1  TTTTAGGTATTATTTGATTCAGCTTCTCCACTTAAGATCCATGTCATAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGTATTATTTGATTCAGCTTCTCCACTTAAGATCCATGTCATAAG  450

seq1  GACCTTGTCTTAATCTTGTATGAAGATTGCATCAGCTTCAGGGGAAGGCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTGTCTTAATCTTGTATGAAGATTGCATCAGCTTCAGGGGAAGGCA  500

seq1  GAGATCCTTGCAGCCATAGTAAGGATTTATTAGAAGCATGCATATAGAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCTTGCAGCCATAGTAAGGATTTATTAGAAGCATGCATATAGAGA  550

seq1  AGTGCTTGGGGGAAAAATTAGTCATTCAGATTAGTAGTGAGTAATAACTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTGGGGGAAAAATTAGTCATTCAGATTAGTAGTGAGTAATAACTG  600

seq1  AGTGACAATCATAGGATTGTTACAGGTTTTTTTTTCCCCCCTTGGTGTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAATCATAGGATTGTTACAGGTTTTTTTTTCCCCCCTTGGTGTTC  650

seq1  TAACAAATACACAAGTATTTATTAGAGACATGTCCATTTGTGTGTAAAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAATACACAAGTATTTATTAGAGACATGTCCATTTGTGTGTAAAAT  700

seq1  ACTTCTCCAATTATGTGTGTAGTTCTCAACATTCACAATGCTGCAATGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCCAATTATGTGTGTAGTTCTCAACATTCACAATGCTGCAATGCT  750

seq1  TAAATTAAAATCCTCATGGTGTGGTGGTCTTGTTTTTAATTTTTTTTCCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAAAATCCTCATGGTGTGGTGGTCTTGTTTTTAATTTTTTTTCCA  800

seq1  TTGTAACTTAAGTATAATTTTACCCAGTTGTAAATTCTAACGTATATATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACTTAAGTATAATTTTACCCAGTTGTAAATTCTAACGTATATATC  850

seq1  TGATCTTACACGCGTTCTCGCGACC-GGCCAGGAAAGACGCAACAAACCG  898
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTACACGCGTTCTCGCGACCGGGCCAGGAAAGACGCAACAAACCG  900

seq1  GAATCTTCTGTGGCAAAACTTTATTGCTTACATCTTCAGGAGCAAGAGTG  948
      |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTCTGTGGCAAACTTTTATTGCTTACATCTTCAGGAGCAAGAGTG  950

seq1  CAAGAGTGCAAGAGCTCTATTGCTTACATCTTTAGGAGCCAGAGCGCAAG  998
      | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  C-AGAGTGCAAGAGCTCTA-TGCTTACATCTTTAGGAGCCAGAGCGC-AG  997

seq1  AGCTCAAGAGTGCAAGAGCAAAAGCAAGAGAGCAAGAGCTTTATTGCTTA  1048
      ||||||   |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| 
seq2  AGCTCA--GGTGCAAGAGCAAAAGC-AGAGAGC-AGAGCTTTATTGCTTT  1043

seq1  CATCTTCAGGAGCA  1062
        ||||||||||||
seq2  ACTCTTCAGGAGCA  1057