BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-108A14
Chromosome17 (Build37)
Map Location 77,802,985 - 77,979,402
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG624348, LOC545234
Downstream geneLOC100043887, LOC668795, LOC383275, Crim1, Fez2, LOC100043888, Hdac1-ps, Vit
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-108A14.bB6Ng01-108A14.g
ACCDH915327DH915328
length1,1821,108
definitionDH915327|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108A14, 5' end.DH915328|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108A14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,802,985 - 77,804,181)(77,978,285 - 77,979,402)
sequence
gaattcaatgaaggactcaatccacacattttacagtgtaaacctggact
tatagtatctatgatctgtttatcagggagagattttaggatgccccaat
taaaaaatattttcatgactcccaatgactgattgttatgaccataaaac
aattcattcctcaatatccaccagaaaggcttcttgcaggagatgccaat
tacagactggtcaacgcacagaaagatactgtggagtggagaatctaaat
gggcataggtatcgcatccctcgactcaagccacaaggaatgtcagagaa
gtaataggatgactgtaaaagccagaggcagaggataacttcaaaatcaa
caacaataataacaatgactgctttctggacaaaacagagcagttgccca
tctaaactcacaatgactaacgtgacattcacacagcctatgcaagttca
agtcagacaaaatacaaaaatggagggcaaaggtgacgagttgtgtgtag
atttacttacttacccacctgctatttattgaatctgaaatgaagtctct
gttagctcaagtcttatcgcagtcccctgctttagcttcgtgaagtttga
aattgcgtgcctgtgtaccgataccttggagtcagtttgctttcttgttt
ttgaagcaacatactacactgattgtgtgacctctttcttatgtagtgca
ttgctgccacctccttcttaccttccttcttgcacctgcttttgtcctaa
cacctactttatgtgaggaatgatcgtatactttccttgtgctttaaagc
ctcgtcataatttggtatgaatgttatgatatccctttaaaatgatttac
aagtgtttcttatacttccttgctcatgaccgtttcgtatgagattgttg
taatatctgtgctcagtgtttggagatattctttagtgagataaatagct
gaaatcttagtcatgcaatacaaaatgatgaggtatatttttattccttt
tcctcggctttagtatatttcacttctagtaggattatgcattcacatac
aggttttgatttatcatgaaataggttaatagatactcagattctctact
gctcagtttactgactgagattctggccagctaagcataccaaacatgcc
attttttccttcgctttctcttctcaattttt
gaattctgttgtaggccttagatactatctcagcatccttagctccttga
tttaaagaaaagtagggttttgtgagttaataattctgcaagatctttac
ctttgtcaggattttaggtcctacatcaagtttttcaaggaaaggtcatt
agtggcataacatgacccaagttaaactacaatgaagttctggacctgtt
atatcgtaacctcccaacatcactgaagttttaatcaagtattcatcatt
tacaaacagcatccttccaagaagtcttcttccaaaccaagatcaatgga
agactttgctcctgtgtgtggaaacaagaggtctctttcagacaccgatg
ccttgatacttgagacagagattcttcccgggacctgtcattccctgaat
aagctgggctagctgacaagcaatgtgtgaggatctttgactctcagtcc
tgagataccatgtgtgcaccaatagggcatgctcttttaaggacggccag
tggtgaaaggtcctcattcatgcttccttacatggcaagttctttattaa
cagagctctccacctagccctgacttataagtttttaaagaagttcagat
atttagaacccagaggaagaaaatgtacatagaacatacttgtctatctg
attcaagaatgtgtgagactatttctaaaaagttaaaaaaaagtcatgtg
agtagtattaatctattgactaatgttgcttgataaatatttaataacat
gctattttatttgatgttatgctctcatgttctctggtatataaggcagt
ataattatgctccttagggataacttactatattttttctaccatcagat
tgaccaaatgttactttgatggtttctgttaaattgatcttttttgctta
attagcttgttatctttatttagttttgaacattccctactatggaaact
cagcagagtcctatttcagaaataatggaccaaagttgtctagtcacttc
tagtttaagattagcagtggtccatggttagagcacaaagtcaccttgtc
acaactgctcataaggaacaagcactcacagctaggaactacctcttctg
tgacttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_77802985_77804181
seq2: B6Ng01-108A14.b_49_1230

seq1  GAATTCAATGAAGGACTCAATCCACACATTTTACAGTGTAAACCTGGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGAAGGACTCAATCCACACATTTTACAGTGTAAACCTGGACT  50

seq1  TATAGTATCTATGATCTGTTTATCAGGGAGAGATTTTAGGATGCCCCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTATCTATGATCTGTTTATCAGGGAGAGATTTTAGGATGCCCCAAT  100

seq1  TAAAAAATATTTTCATGACTCCCAATGACTGATTGTTATGACCATAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAATATTTTCATGACTCCCAATGACTGATTGTTATGACCATAAAAC  150

seq1  AATTCATTCCTCAATATCCACCAGAAAGGCTTCTTGCAGGAGATGCCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATTCCTCAATATCCACCAGAAAGGCTTCTTGCAGGAGATGCCAAT  200

seq1  TACAGACTGGTCAACGCACAGAAAGATACTGTGGAGTGGAGAATCTAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACTGGTCAACGCACAGAAAGATACTGTGGAGTGGAGAATCTAAAT  250

seq1  GGGCATAGGTATCGCATCCCTCGACTCAAGCCACAAGGAATGTCAGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATAGGTATCGCATCCCTCGACTCAAGCCACAAGGAATGTCAGAGAA  300

seq1  GTAATAGGATGACTGTAAAAGCCAGAGGCAGAGGATAACTTCAAAATCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGGATGACTGTAAAAGCCAGAGGCAGAGGATAACTTCAAAATCAA  350

seq1  CAACAATAATAACAATGACTGCTTTCTGGACAAAACAGAGCAGTTGCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATAATAACAATGACTGCTTTCTGGACAAAACAGAGCAGTTGCCCA  400

seq1  TCTAAACTCACAATGACTAACGTGACATTCACACAGCCTATGCAAGTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACTCACAATGACTAACGTGACATTCACACAGCCTATGCAAGTTCA  450

seq1  AGTCAGACAAAATACAAAAATGGAGGGCAAAGGTGACGAGTTGTGTGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGACAAAATACAAAAATGGAGGGCAAAGGTGACGAGTTGTGTGTAG  500

seq1  ATTTACTTACTTACCCACCTGCTATTTATTGAATCTGAAATGAAGTCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTACTTACCCACCTGCTATTTATTGAATCTGAAATGAAGTCTCT  550

seq1  GTTAGCTCAAGTCTTATCGCAGTCCCCTGCTTTAGCTTCGTGAAGTTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCTCAAGTCTTATCGCAGTCCCCTGCTTTAGCTTCGTGAAGTTTGA  600

seq1  AATTGCGTGCCTGTGTACCGATACCTTGGAGTCAGTTTGCTTTCTTGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCGTGCCTGTGTACCGATACCTTGGAGTCAGTTTGCTTTCTTGTTT  650

seq1  TTGAAGCAACATACTACACTGATTGTGTGACCTCTTTCTTATGTAGTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCAACATACTACACTGATTGTGTGACCTCTTTCTTATGTAGTGCA  700

seq1  TTGCTGCCACCTCCTTCTTACCTTCCTTCTTGCACCTGCTTTTGTCCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCCACCTCCTTCTTACCTTCCTTCTTGCACCTGCTTTTGTCCTAA  750

seq1  CACCTACTTTATGTGAGGAATGATCGTATACTTTCCTTGTGCTTTAAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTACTTTATGTGAGGAATGATCGTATACTTTCCTTGTGCTTTAAAGC  800

seq1  CTCGTCATAATTTGGTATGAATGTTATGATATCCCTTTAAAATGATTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTCATAATTTGGTATGAATGTTATGATATCCCTTTAAAATGATTTAC  850

seq1  AAGTGTTTCTTATACTTCCTTGCTCATGACCGTTTCGTATGAGATTGTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTCTTATACTTCCTTGCTCATGACCGTTTCGTATGAGATTGTTG  900

seq1  TAATATCTGTGCTCAGTGTTTGGAGATATTCTTTAGTGAAGATAAATAGC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAATATCTGTGCTCAGTGTTTGGAGATATTCTTTAGTG-AGATAAATAGC  949

seq1  TGAAATCTTAGTCAATGCAATACAAAATGATGAGGTATATTTTTATTCCT  1000
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGAAATCTTAGTC-ATGCAATACAAAATGATGAGGTATATTTTTATTCC-  997

seq1  TTTTCCTCGGCTTTAGTATATTTCAACCTTCTAGTA-GATTATGCATTCC  1049
      |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |
seq2  TTTTCCTCGGCTTTAGTATATTTCA--CTTCTAGTAGGATTATGCATT-C  1044

seq1  ACATACAGTTTTGAATTTATCAGTGAAATAAGGTTTAATAGATACTCAGA  1099
      |||||||| |||  |||||||| |||||||  | ||||||||||||||||
seq2  ACATACAGGTTTTGATTTATCA-TGAAATA--GGTTAATAGATACTCAGA  1091

seq1  TTCTCTAACTGCTCAGTTTTACTGACTGAGATTTCTTGTCACAGCT-AGC  1148
      |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| |   ||||| |||
seq2  TTCTCT-ACTGCTCAG-TTTACTGACTGAGA-TTCTGG--CCAGCTAAGC  1136

seq1  ATTACAAACATGCCATTTTTTCTCTTCCGCCTTTCTCTCCTCAATTTTT  1197
      ||  |||||||||||||||||| ||||   |||||||| ||||||||||
seq2  ATACCAAACATGCCATTTTTTC-CTTC--GCTTTCTCTTCTCAATTTTT  1182

seq1: chr17_77978285_77979402
seq2: B6Ng01-108A14.g_67_1174 (reverse)

seq1  ACAAGTCACAGGAAGAGGTAGTCTCCTAAGCTGTGGAGTGCTTGTTCCTT  50
      |||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||
seq2  ACAAGTCACA-GAAGAGGTAGT-TCCT-AGCTGT-GAGTGCTTGTTCCTT  46

seq1  AATGAGCAGTTGTGACAAGGTGACCTGTGGTGCTCTAACCATGGA-CACT  99
       |||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||| ||||
seq2  -ATGAGCAGTTGTGACAAGGTGAC--TTTGTGCTCTAACCATGGACCACT  93

seq1  GCTAAATCTAAACCTAGAAGTGACCTAAGACAACTTTGGTCCATTATTTC  149
      ||| ||||| || |||||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  GCT-AATCTTAAACTAGAAGTGAC--TAGACAACTTTGGTCCATTATTTC  140

seq1  TGAAATAGGACTCTGCCTGAGTTTCCATAGTAGGGAATGTTCAAAACTAA  199
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAGGACTCTG-CTGAGTTTCCATAGTAGGGAATGTTCAAAACTAA  189

seq1  ATAAAGATAACAAGCTAATTAAGCAAAAAAGATCAATTTAACAGAAACCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGATAACAAGCTAATTAAGCAAAAAAGATCAATTTAACAGAAACCA  239

seq1  TCAAAGTAACATTTGGTCAATCTGATGGTAGAAAAAATATAGTAAGTTAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTAACATTTGGTCAATCTGATGGTAGAAAAAATATAGTAAGTTAT  289

seq1  CCCTAAGGAGCATAATTATACTGCCTTATATACCAGAGAACATGAGAGCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGGAGCATAATTATACTGCCTTATATACCAGAGAACATGAGAGCA  339

seq1  TAACATCAAATAAAATAGCATGTTATTAAATATTTATCAAGCAACATTAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATCAAATAAAATAGCATGTTATTAAATATTTATCAAGCAACATTAG  389

seq1  TCAATAGATTAATACTACTCACATGACTTTTTTTTAACTTTTTAGAAATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAGATTAATACTACTCACATGACTTTTTTTTAACTTTTTAGAAATA  439

seq1  GTCTCACACATTCTTGAATCAGATAGACAAGTATGTTCTATGTACATTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACACATTCTTGAATCAGATAGACAAGTATGTTCTATGTACATTTT  489

seq1  CTTCCTCTGGGTTCTAAATATCTGAACTTCTTTAAAAACTTATAAGTCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTGGGTTCTAAATATCTGAACTTCTTTAAAAACTTATAAGTCAG  539

seq1  GGCTAGGTGGAGAGCTCTGTTAATAAAGAACTTGCCATGTAAGGAAGCAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGGTGGAGAGCTCTGTTAATAAAGAACTTGCCATGTAAGGAAGCAT  589

seq1  GAATGAGGACCTTTCACCACTGGCCGTCCTTAAAAGAGCATGCCCTATTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGGACCTTTCACCACTGGCCGTCCTTAAAAGAGCATGCCCTATTG  639

seq1  GTGCACACATGGTATCTCAGGACTGAGAGTCAAAGATCCTCACACATTGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACACATGGTATCTCAGGACTGAGAGTCAAAGATCCTCACACATTGC  689

seq1  TTGTCAGCTAGCCCAGCTTATTCAGGGAATGACAGGTCCCGGGAAGAATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGCTAGCCCAGCTTATTCAGGGAATGACAGGTCCCGGGAAGAATC  739

seq1  TCTGTCTCAAGTATCAAGGCATCGGTGTCTGAAAGAGACCTCTTGTTTCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCAAGTATCAAGGCATCGGTGTCTGAAAGAGACCTCTTGTTTCC  789

seq1  ACACACAGGAGCAAAGTCTTCCATTGATCTTGGTTTGGAAGAAGACTTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGGAGCAAAGTCTTCCATTGATCTTGGTTTGGAAGAAGACTTCT  839

seq1  TGGAAGGATGCTGTTTGTAAATGATGAATACTTGATTAAAACTTCAGTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGATGCTGTTTGTAAATGATGAATACTTGATTAAAACTTCAGTGA  889

seq1  TGTTGGGAGGTTACGATATAACAGGTCCAGAACTTCATTGTAGTTTAACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGGAGGTTACGATATAACAGGTCCAGAACTTCATTGTAGTTTAACT  939

seq1  TGGGTCATGTTATGCCACTAATGACCTTTCCTTGAAAAACTTGATGTAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCATGTTATGCCACTAATGACCTTTCCTTGAAAAACTTGATGTAGG  989

seq1  ACCTAAAATCCTGACAAAGGTAAAGATCTTGCAGAATTATTAACTCACAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAAATCCTGACAAAGGTAAAGATCTTGCAGAATTATTAACTCACAA  1039

seq1  AACCCTACTTTTCTTTAAATCAAGGAGCTAAGGATGCTGAGATAGTATCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTACTTTTCTTTAAATCAAGGAGCTAAGGATGCTGAGATAGTATCT  1089

seq1  AAGGCCTACAACAGAATTC  1118
      |||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTACAACAGAATTC  1108