BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116M07
Chromosome17 (Build37)
Map Location 65,423,086 - 65,580,820
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFert2, LOC669778, Pja2, LOC100043582, Man2a1, 4930583I09Rik, LOC100043871
Downstream geneE130009J12Rik, LOC668655, LOC674701, Vapa, Txndc2, Rab31, Ppp4r1, Ralbp1, LOC100043873, LOC100043592, Twsg1, Ankrd12, 5430411C19Rik, Ndufv2, ORF19, Ddx11, LOC100043599
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116M07.bB6Ng01-116M07.g
ACCDH921684DH921685
length1,084639
definitionDH921684|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116M07, 5' end.DH921685|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116M07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,579,754 - 65,580,820)(65,423,086 - 65,423,724)
sequence
gaattcatcaactcaaatccccacacattcctgttgtgattcttcctgct
ggcataaataatttgcctcctttcaacaaatctttgcagcatttctaggg
tgtcacaagctacttattttctgatattctggctaaatctccagagctct
gaccggtccctggcagctctcagccacaccattgtctcacctcttgaaaa
atctatggataaatgaagctgaacagatcaaaataaggaaggggtaacat
taatttttccagcaaatcctgaagggaaaggagaattctatcctgaggca
ccacagtggattaatttgatcttgctgagagtggtggtcatgagagcttt
ccttgctagaaaactcaactctcagcactcagatttatttcttcatctta
cagcagtttaaatacatttatacaattttctaattctgctcactaagtgt
ttattacttgaaatttcctctagagttgaaatactgagactgcaacactt
ctatctatgtggtgagtctgaatacttaatttacataggggtggggaggt
actcgggctgccagtgcatgaccctcaacatattgagggaatctgtggct
gaagggcagaggatgctatccattttcatcccattacatctttacagatt
taaagacattcaaaatctgctagacagtggtaagcaaaggaaaggagcat
ttacaatggtttagcatccttccttttttggctatttgagataggttttc
tctgtgtatccctggctgacctggaacttgctctgtagaccaggcttgcc
ttcatctcggagatctgcttgcttctccctccaggctgggactaaagggt
gtgcaccaccaccacctggttagaatccctcatttttgatctggtttcta
aatgtctgattttttttttccataggaaatgattttctttcttggtgaga
ttgtcagtcaagcacactgacttctcttggaagaaaatgtaatttcctct
ggggatctgatgtgtggactttcaatcttaagtcatagatggagaatagg
aaaaaaatctaacattagcaacttgaggctcttt
gaattctttagacagagtggctgggagtatggctttttgaaaggtaattt
ttaaagcagtgtctatataggaagcatccttgaagattctctacaaaaag
attgcctgaagcaagaatgtgggtacaaatgccgagtcaaaaatgagctt
gataccttccagtcccagctgttgtgatatttgtaaaaacaatgaaagac
atagaggccataaccatccagagacagtcccacccgggggtccatccata
atcagccaccaaacgcagacactattgcatatgccagtaagattttgctg
aacggaccctgatatagctgtctcttgtgaggctatgccagtgcctggca
aacacagaagtggatgcttacagtcagctattggatggaacacagggccc
ccaatggaggagctagagaaagtacccaaggagctaaagggatctgcaac
cctatatgtggaacaacaatatgaactaaccagtactcccagagctcatg
tctctagctgcatatgtagcagaagatgacctagtcagccatcattggga
agagaggtcccttggtcttgccaactttatatgccccagtacaggggaac
accagggccaagaagtgggagagggtgggtatgggatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_65579754_65580820
seq2: B6Ng01-116M07.b_48_1104 (reverse)

seq1  TTTTTTTCTTATTCTTCCATCTATTGACTTAAGACTGAAAGTCCACACAT  50
      |||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||| 
seq2  TTTTTTTCCTATTC-TCCATCTA-TGACTTAAGATTGAAAGTCCACACA-  47

seq1  TCAGAATCCCCAGAGGAAATTACATTTTTCTTCCAAGAAGAAGTCAGTGT  100
      |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCAG-ATCCCCAGAGGAAATTACA-TTTTCTTCCAAG-AGAAGTCAGTGT  94

seq1  GCCTTGACTGACAATCTCACCAAGGAAAGAAAATCATTTCCTAATGGAAA  150
      | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||
seq2  G-CTTGACTGACAATCTCACCAA-GAAAGAAAATCATTTCCT-ATGG-AA  140

seq1  AAAAAAAATCAGACATTTAG-AACCAGATCAAAAATGGAGGGATTCTAAC  199
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAAAAAAATCAGACATTTAGAAACCAGATCAAAAAT-GAGGGATTCTAAC  189

seq1  CAGGTGGTGGTGGTGCACA-CCTTTAGTCCCAGCCCTGGAGGGAGAAGCA  248
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGTGGTGGTGCACACCCTTTAGTCCCAG-CCTGGAGGGAGAAGCA  238

seq1  AGCAGATCTCCGAGATGAAGGCAAGCCTGGTCTACAGAGCAAGTTCCAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATCTCCGAGATGAAGGCAAGCCTGGTCTACAGAGCAAGTTCCAGG  288

seq1  TCAGCCAGGGATACACAGAGAAAACCTATCTCAAATAGCCAAAAAAGGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCAGGGATACACAGAGAAAACCTATCTCAAATAGCCAAAAAAGGAA  338

seq1  GGATGCTAAACCATTGTAAATGCTCCTTTCCTTTGCTTACCACTGTCTAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTAAACCATTGTAAATGCTCCTTTCCTTTGCTTACCACTGTCTAG  388

seq1  CAGATTTTGAATGTCTTTAAATCTGTAAAGATGTAATGGGATGAAAATGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTTGAATGTCTTTAAATCTGTAAAGATGTAATGGGATGAAAATGG  438

seq1  ATAGCATCCTCTGCCCTTCAGCCACAGATTCCCTCAATATGTTGAGGGTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATCCTCTGCCCTTCAGCCACAGATTCCCTCAATATGTTGAGGGTC  488

seq1  ATGCACTGGCAGCCCGAGTACCTCCCCACCCCTATGTAAATTAAGTATTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTGGCAGCCCGAGTACCTCCCCACCCCTATGTAAATTAAGTATTC  538

seq1  AGACTCACCACATAGATAGAAGTGTTGCAGTCTCAGTATTTCAACTCTAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCACCACATAGATAGAAGTGTTGCAGTCTCAGTATTTCAACTCTAG  588

seq1  AGGAAATTTCAAGTAATAAACACTTAGTGAGCAGAATTAGAAAATTGTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATTTCAAGTAATAAACACTTAGTGAGCAGAATTAGAAAATTGTAT  638

seq1  AAATGTATTTAAACTGCTGTAAGATGAAGAAATAAATCTGAGTGCTGAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATTTAAACTGCTGTAAGATGAAGAAATAAATCTGAGTGCTGAGA  688

seq1  GTTGAGTTTTCTAGCAAGGAAAGCTCTCATGACCACCACTCTCAGCAAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTTTTCTAGCAAGGAAAGCTCTCATGACCACCACTCTCAGCAAGA  738

seq1  TCAAATTAATCCACTGTGGTGCCTCAGGATAGAATTCTCCTTTCCCTTCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTAATCCACTGTGGTGCCTCAGGATAGAATTCTCCTTTCCCTTCA  788

seq1  GGATTTGCTGGAAAAATTAATGTTACCCCTTCCTTATTTTGATCTGTTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGCTGGAAAAATTAATGTTACCCCTTCCTTATTTTGATCTGTTCA  838

seq1  GCTTCATTTATCCATAGATTTTTCAAGAGGTGAGACAATGGTGTGGCTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATTTATCCATAGATTTTTCAAGAGGTGAGACAATGGTGTGGCTGA  888

seq1  GAGCTGCCAGGGACCGGTCAGAGCTCTGGAGATTTAGCCAGAATATCAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCCAGGGACCGGTCAGAGCTCTGGAGATTTAGCCAGAATATCAGA  938

seq1  AAATAAGTAGCTTGTGACACCCTAGAAATGCTGCAAAGATTTGTTGAAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGTAGCTTGTGACACCCTAGAAATGCTGCAAAGATTTGTTGAAAG  988

seq1  GAGGCAAATTATTTATGCCAGCAGGAAGAATCACAACAGGAATGTGTGGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAATTATTTATGCCAGCAGGAAGAATCACAACAGGAATGTGTGGG  1038

seq1  GATTTGAGTTGATGAATTC  1067
      |||||||||||||||||||
seq2  GATTTGAGTTGATGAATTC  1057

seq1: chr17_65423086_65423724
seq2: B6Ng01-116M07.g_70_708

seq1  GAATTCTTTAGACAGAGTGGCTGGGAGTATGGCTTTTTGAAAGGTAATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGACAGAGTGGCTGGGAGTATGGCTTTTTGAAAGGTAATTT  50

seq1  TTAAAGCAGTGTCTATATAGGAAGCATCCTTGAAGATTCTCTACAAAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCAGTGTCTATATAGGAAGCATCCTTGAAGATTCTCTACAAAAAG  100

seq1  ATTGCCTGAAGCAAGAATGTGGGTACAAATGCCGAGTCAAAAATGAGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCTGAAGCAAGAATGTGGGTACAAATGCCGAGTCAAAAATGAGCTT  150

seq1  GATACCTTCCAGTCCCAGCTGTTGTGATATTTGTAAAAACAATGAAAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCTTCCAGTCCCAGCTGTTGTGATATTTGTAAAAACAATGAAAGAC  200

seq1  ATAGAGGCCATAACCATCCAGAGACAGTCCCACCCGGGGGTCCATCCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGCCATAACCATCCAGAGACAGTCCCACCCGGGGGTCCATCCATA  250

seq1  ATCAGCCACCAAACGCAGACACTATTGCATATGCCAGTAAGATTTTGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCCACCAAACGCAGACACTATTGCATATGCCAGTAAGATTTTGCTG  300

seq1  AACGGACCCTGATATAGCTGTCTCTTGTGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGACCCTGATATAGCTGTCTCTTGTGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCA  350

seq1  AACACAGAAGTGGATGCTTACAGTCAGCTATTGGATGGAACACAGGGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGAAGTGGATGCTTACAGTCAGCTATTGGATGGAACACAGGGCCC  400

seq1  CCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAAC  450

seq1  CCTATATGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACTCCCAGAGCTCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACTCCCAGAGCTCATG  500

seq1  TCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGACCTAGTCAGCCATCATTGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGACCTAGTCAGCCATCATTGGGA  550

seq1  AGAGAGGTCCCTTGGTCTTGCCAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGTCCCTTGGTCTTGCCAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAAC  600

seq1  ACCAGGGCCAAGAAGTGGGAGAGGGTGGGTATGGGATCA  639
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGGCCAAGAAGTGGGAGAGGGTGGGTATGGGATCA  639