BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121G01
Chromosome17 (Build37)
Map Location 89,737,932 - 89,876,705
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043904
Upstream geneFoxn2, Ccdc128, LOC668866, Gtf2a1lf, Lhcgr, LOC668867, Fshr
Downstream geneLOC100043906, Nrxn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121G01.bB6Ng01-121G01.g
ACCDH925077DH925078
length1,1221,078
definitionDH925077|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121G01, 5' end.DH925078|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121G01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,875,574 - 89,876,705)(89,737,932 - 89,739,024)
sequence
gaattcttctaaattttaaaaaatatgttctggtatgtgtactaggtaag
tgtatctgaaacttttgtttcatcttaagagctttccacaaaagatcctg
catgtaaagagagatagatgcagtagatgctgaaagaccttgatcacagt
tgtatctgggtgacagatatgggaaagtgtagtgtgcttcattggacaac
ttttattaaaattgtttagctgtgagtgggaagagacatctctttatgtc
tcaatttctgtgttgtacattttgaactttaacgtttcaagctgtgcttt
aagactttatctaagtgttactatctaacaatttatttcttgtttgttta
tttgtggaccagaataagtggcattaggaaaataaagatgtatatggaga
tacagaataaataaatgacatggttggcagtcagtaaatagaatagagta
actaacactagtcaagaaagaatgagaaatagatgcacaaattatttcaa
gtctgagctgagcctttaagaatgaataaaaaagggattggagagatggc
tctgctgctaagagagtgtattgctttcaagaggacctaagttcagttca
gagtataggtagtgttggcacacaacagcttgaggttgcaactccagtgt
ccagctcccttttctgtcctccacaaatacagatattcatactcacattc
acacacaaacacacaattaaaaataagccttaaaaatgcctgagaacttt
gtctctgtaactacttccacaggtgttttgttctcaattctaagaagggg
cagagtgtccacactttggtcttcagtcttcttgagtttcatgtgttttg
caacttgtatcttatatcttgggtattctaagtttctgggctaatataca
cttatcagtgagtacatatcatttgagttctcttgtgattgggttacctc
actcagatgatacccttcagtctatccatttgcctaggaatttcataaat
cattctttttatagctgagtagtactctattgtgtaaatgtaccacatat
tctgtatcattcctctgttgagggcatctgggtcttttcagcttctgcta
ttataaataggctgcttgaata
gaattccatgtttgaacctacagtcagtattatttgactcgaggacagag
aaaataccaagagagcaggctagagactcaaaacttaaacttgcacatgg
atagttttctgatacatagcaggtatcaagataatatgggaagaagaaac
atctgtaataggatctgctcttctggtgtgtctgaaaacagctacagtgt
actcatatacataaaataaataaataacatctacaaaatgatttttcaat
atatggttctttgttacatgcttttttcatacaagaaaacaaatatactt
gacccttatgctataccatccacaagaagaattgtcatgagccttagtct
taaatgagaatgcaaatctaaaaaagcacctggatgaccaggagaagttc
attccattgaaataggaaacagcttttaagctagaatactacagcattaa
ccacaaaaggatggttaaaatgatctttattaataacaagaactttgttc
atcaaaaattattatgaacaaattgagtaagcagtctatcagaaatagca
aatatgctatagtagatccgtctgacaaaaaaaaaaaactcttcaaaata
tgtaaattagttttaatgaaagacaaaaataaaatggtcaaaaggcttta
agacaatgcacgtagctaataagcatggaaaaaggtgcttggaataatga
gtgtgttggtgcatgtgtttactcccagcgtgcaagagcctgaggcagtt
cattataatcagcctagggtacatagccacaagcagtgtcagaagaaaaa
acaaatcaaacaacgggcaaatttgctcaatattattagtcactaggaaa
tgcaagcccctcttccctaaagccgaagtgtcaaatctgcagtgttgata
tacatttacacctttatgagaaaaacagggcaactgaagcacttactgag
tctagtatgtgtaaattagtctaattgcataggaaaacctcacagtatcc
acttgtgcatatgtatacacatgcacacagtatgcaaatagtccatgtag
atgtatgcttagcttctgaaagcaatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_89875574_89876705
seq2: B6Ng01-121G01.b_45_1166 (reverse)

seq1  TATTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGA  50
      |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||
seq2  TATTCA-AGCAGCC-TATTTATAATAG-CAGAAGCTGAAAAG-ACCCAGA  46

seq1  TGCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAATATGTGGTACATTTACACAAT  100
      || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TG-CCCTCAACAGAGGAAT-GATACAGAATATGTGGTACATTTACACAAT  94

seq1  AGAGTACTACTCAGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGGCA  150
      ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTACTACTCAGCTA-TAAAAAGAATG-ATTTATGAAATTCCTAGGCA  142

seq1  AATGGATAGACCTGAAGGGTATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAATCACAA  200
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATAGA-CTGAAGGGTATCAT-CTGAGTGAGGTAACCCAATCACAA  190

seq1  GAGAACTCAAATGATATGTACTCACTGATAAGTGTATATTAGCCCAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTCAAATGATATGTACTCACTGATAAGTGTATATTAGCCCAGAAA  240

seq1  CTTAGAATACCCAAGATATAAGATACAAGTTGCAAAACACATGAAACTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAATACCCAAGATATAAGATACAAGTTGCAAAACACATGAAACTCA  290

seq1  AGAAGACTGAAGACCAAAGTGTGGACACTCTGCCCCTTCTTAGAATTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACTGAAGACCAAAGTGTGGACACTCTGCCCCTTCTTAGAATTGAG  340

seq1  AACAAAACACCTGTGGAAGTAGTTACAGAGACAAAGTTCTCAGGCATTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACACCTGTGGAAGTAGTTACAGAGACAAAGTTCTCAGGCATTTT  390

seq1  TAAGGCTTATTTTTAATTGTGTGTTTGTGTGTGAATGTGAGTATGAATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTTATTTTTAATTGTGTGTTTGTGTGTGAATGTGAGTATGAATAT  440

seq1  CTGTATTTGTGGAGGACAGAAAAGGGAGCTGGACACTGGAGTTGCAACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTTGTGGAGGACAGAAAAGGGAGCTGGACACTGGAGTTGCAACCT  490

seq1  CAAGCTGTTGTGTGCCAACACTACCTATACTCTGAACTGAACTTAGGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGTTGTGTGCCAACACTACCTATACTCTGAACTGAACTTAGGTCC  540

seq1  TCTTGAAAGCAATACACTCTCTTAGCAGCAGAGCCATCTCTCCAATCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAAGCAATACACTCTCTTAGCAGCAGAGCCATCTCTCCAATCCCT  590

seq1  TTTTTATTCATTCTTAAAGGCTCAGCTCAGACTTGAAATAATTTGTGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTCATTCTTAAAGGCTCAGCTCAGACTTGAAATAATTTGTGCAT  640

seq1  CTATTTCTCATTCTTTCTTGACTAGTGTTAGTTACTCTATTCTATTTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTCATTCTTTCTTGACTAGTGTTAGTTACTCTATTCTATTTACT  690

seq1  GACTGCCAACCATGTCATTTATTTATTCTGTATCTCCATATACATCTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCCAACCATGTCATTTATTTATTCTGTATCTCCATATACATCTTTA  740

seq1  TTTTCCTAATGCCACTTATTCTGGTCCACAAATAAACAAACAAGAAATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTAATGCCACTTATTCTGGTCCACAAATAAACAAACAAGAAATAA  790

seq1  ATTGTTAGATAGTAACACTTAGATAAAGTCTTAAAGCACAGCTTGAAACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTAGATAGTAACACTTAGATAAAGTCTTAAAGCACAGCTTGAAACG  840

seq1  TTAAAGTTCAAAATGTACAACACAGAAATTGAGACATAAAGAGATGTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTTCAAAATGTACAACACAGAAATTGAGACATAAAGAGATGTCTC  890

seq1  TTCCCACTCACAGCTAAACAATTTTAATAAAAGTTGTCCAATGAAGCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACTCACAGCTAAACAATTTTAATAAAAGTTGTCCAATGAAGCACA  940

seq1  CTACACTTTCCCATATCTGTCACCCAGATACAACTGTGATCAAGGTCTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACTTTCCCATATCTGTCACCCAGATACAACTGTGATCAAGGTCTTT  990

seq1  CAGCATCTACTGCATCTATCTCTCTTTACATGCAGGATCTTTTGTGGAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCTACTGCATCTATCTCTCTTTACATGCAGGATCTTTTGTGGAAA  1040

seq1  GCTCTTAAGATGAAACAAAAGTTTCAGATACACTTACCTAGTACACATAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTAAGATGAAACAAAAGTTTCAGATACACTTACCTAGTACACATAC  1090

seq1  CAGAACATATTTTTTAAAATTTAGAAGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACATATTTTTTAAAATTTAGAAGAATTC  1122

seq1: chr17_89737932_89739024
seq2: B6Ng01-121G01.g_64_1141

seq1  GAATTCCATGTTTGAACCTACAGTCAGTATTATTTGACTCGAGGACAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTTTGAACCTACAGTCAGTATTATTTGACTCGAGGACAGAG  50

seq1  AAAATACCAAGAGAGCAGGCTAGAGACTCAAAACTTAAACTTGCACATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACCAAGAGAGCAGGCTAGAGACTCAAAACTTAAACTTGCACATGG  100

seq1  ATAGTTTTCTGATACATAGCAGGTATCAAGATAATATGGGAAGAAGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTTCTGATACATAGCAGGTATCAAGATAATATGGGAAGAAGAAAC  150

seq1  ATCTGTAATAGGATCTGCTCTTCTGGTGTGTCTGAAAACAGCTACAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAATAGGATCTGCTCTTCTGGTGTGTCTGAAAACAGCTACAGTGT  200

seq1  ACTCATATACATAAAATAAATAAATAACATCTACAAAATGATTTTTCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATATACATAAAATAAATAAATAACATCTACAAAATGATTTTTCAAT  250

seq1  ATATGGTTCTTTGTTACATGCTTTTTTCATACAAGAAAACAAATATACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTTCTTTGTTACATGCTTTTTTCATACAAGAAAACAAATATACTT  300

seq1  GACCCTTATGCTATACCATCCACAAGAAGAATTGTCATGAGCCTTAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTATGCTATACCATCCACAAGAAGAATTGTCATGAGCCTTAGTCT  350

seq1  TAAATGAGAATGCAAATCTAAAAAAGCACCTGGATGACCAGGAGAAGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAGAATGCAAATCTAAAAAAGCACCTGGATGACCAGGAGAAGTTC  400

seq1  ATTCCATTGAAATAGGAAACAGCTTTTAAGCTAGAATACTACAGCATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATTGAAATAGGAAACAGCTTTTAAGCTAGAATACTACAGCATTAA  450

seq1  CCACAAAAGGATGGTTAAAATGATCTTTATTAATAACAAGAACTTTGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAAGGATGGTTAAAATGATCTTTATTAATAACAAGAACTTTGTTC  500

seq1  ATCAAAAATTATTATGAACAAATTGAGTAAGCAGTCTATCAGAAATAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAAATTATTATGAACAAATTGAGTAAGCAGTCTATCAGAAATAGCA  550

seq1  AATATGCTATAGTAGATCCGTCTGACAAAAAAAAAAAACTCTTCAAAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCTATAGTAGATCCGTCTGACAAAAAAAAAAAACTCTTCAAAATA  600

seq1  TGTAAATTAGTTTTAATGAAAGACAAAAATAAAATGGTCAAAAGGCTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATTAGTTTTAATGAAAGACAAAAATAAAATGGTCAAAAGGCTTTA  650

seq1  AGACAATGCACGTAGCTAATAAGCATGGAAAAAGGTGCTTGGAATAATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATGCACGTAGCTAATAAGCATGGAAAAAGGTGCTTGGAATAATGA  700

seq1  GTGTGTTGGTGCATGTGTTTACTCCCAGCGTGCAAGAGCCTGAGGCAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTGGTGCATGTGTTTACTCCCAGCGTGCAAGAGCCTGAGGCAGTT  750

seq1  CATTATAATCAGCCTAGGGTACATAGCCACAAGCAGTGTCAGAAGAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATAATCAGCCTAGGGTACATAGCCACAAGCAGTGTCAGAAGAAAAA  800

seq1  ACAAATCAAACAACGGGCAAAATTTGCTCAATATTATTAGTCACTAGGAA  850
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCAAACAACGGGC-AAATTTGCTCAATATTATTAGTCACTAGGAA  849

seq1  ATGCAAGCCCCTCTCCCTAAAAGCCGAAGTGTCAAATCTGCAGGTGTGAT  900
      |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  ATGCAAGCCCCTCTTCCCTAAAGCCGAAGTGTCAAATCTGCAGTGTTGAT  899

seq1  ATAACATTACACC-TTATGAG-AAAACAGGGCAACTGAAGCACTTACTGA  948
      |||   ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTTACACCTTTATGAGAAAAACAGGGCAACTGAAGCACTTACTGA  949

seq1  GGTCTAGTATTGTGTAAATTAGTCTAATTGCATTAGGAAAACCTCACAGT  998
       |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  -GTCTAGTA-TGTGTAAATTAGTCTAATTGCA-TAGGAAAACCTCACAGT  996

seq1  ATCCACCTGTTGGCATATGTATACACATGCAACAACAGGTATGCAAAAAT  1048
      |||||| |||  |||||||||||||||||||   ||| |||||||||   
seq2  ATCCACTTGT--GCATATGTATACACATGCA--CACA-GTATGCAAA---  1038

seq1  AAGTTCATGGTAGATGTATGCTGTAAGCTTTCTGAAAGCACATCA  1093
       ||| ||| ||||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||
seq2  TAGTCCAT-GTAGATGTATGC--TTAGC-TTCTGAAAGCA-ATCA  1078