BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135E16
Chromosome17 (Build37)
Map Location 56,491,149 - 56,647,399
singlet/doubletdoublet
Overlap geneJmjd2b, Ptprs, EG668592
Upstream geneLOC677496, St6gal2, LOC383258, Pot1b, Emr4, Zfp119, BC011426, EG433125, BC031441, Ebi3, Ccdc94, Shd, Fsd1, AW049765, Mpnd, Sh3gl1, Chaf1a, Ubxd1, Hdgfrp2, S3-12, 2310076L09Rik, Lrg1, Sema6b, Tnfaip8l1, D17Wsu104e, Dpp9, LOC668573, A230051N06Rik, Fem1a, Ticam1, M6prbp1, Arrdc5, Uhrf1
Downstream geneZnrf4, Safb2, Safb, 2410015M20Rik, Rpl36, Lonp1, LOC619718, Tmem146, Ranbp3, Ccpn-ps, AI662250, Ndufa11, Fut4-ps1, Nrtn, Dus3l, Gm546, Rfx2, Acsbg2, 1700061G19Rik, Mllt1, Asah3, Clpp, Alkbh7, Pspn, Gtf2f1, Khsrp, Slc25a41, Slc25a23, Crb3, Dennd1c, Tubb4, Tnfsf9, Cd70, Tnfsf14, C3, Gpr108, Trip10, LOC668635, Vav1, Emr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135E16.bB6Ng01-135E16.g
ACCDH935368DH935369
length999864
definitionDH935368|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135E16, 5' end.DH935369|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135E16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,491,149 - 56,492,151)(56,646,541 - 56,647,399)
sequence
gaattcagggacttcaacagatatgtggcgtacattgagtcgcagggtgc
ccaccgtgctggcctggccaaggtgcgtcatgccactcccaagctccttt
gtgcccagacactgtggcactgcctccccgaccttcttaaacatggaggc
agacactggttttgtggctgtggcttgggctggctcagacaggttggatt
tgccctcctgatccagggctctaagaatagctgatggagtccaggtttca
aacagttggctcctgtgcacaagtggagccctctgaacaagcccagggtt
cctagaccaaatcagggcacatgttgtgttcctgactctagggagtggcc
tagcttgggtgggacacagaacctgctgctatgagggacaaagcttttgg
agggctagggttggaaggggacctgatgcctaggggtggtggtgccagga
gacacttttaattattgatggagtggcagaggttaagtaccttgttcttg
gggccctgcgactctgcctaaactttgcattctactgttttgcctgcctg
tctgaatggagctgtcatactaagttgtggctcaggttccctgtaacctt
gtggacctatgttaatccatgggagagaatgctggggaggctgacttcat
ctgagccctaggcacacacagcacagcatgagcacacacctcttcctacc
ttctgagggcagatggacagacaccacaagcatctgtggcccgtgctctg
ccgtatgagccgagccgtgtatgagccaagggcataggctcatcagcctt
gactggtgtgtgtacgtacgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcgtgtgtgtatg
tgtgttcgcgctatggtgtatttgtgtgtgtgtatgcgtgcatgtctata
agattgtgatgtgtgggtggctatctgtgtagaatgtgttacgtatgtgt
tatggtgtgtctgtgtagaaatgtgtgtgagtaataaaatctgagtctg
gaattcaaggccagcttggagcatacagtaagcccgaggcaggtgtcctg
gtctcagagttccccgatgcccaaggctgccaagcggcgagtcccgccca
ggaggacgtgtctgtggcctcacagtgaccaatcaagacgcggagccgag
catgacctcattgcaaaacacagccattggctgtgggtccgcgctgcgat
tgaatcaccagagcgcctgcgcagactcctgggggcctctccctgcggct
ttgggggtcagaaaggaaatgtgggcgcccctcccccatctcaaaaaagg
aaccctgcgtgcgagagcatcgagaacccgctccatgatccccattgccc
caaattctgcatggagacactgtggcccagccacacctcacgtctgggca
ggggtgggtggcggagctgtgacacccccgagcaaaggtcccgcggcagg
acaggacctggcagttggggagtggcagggtggaaggacggatagactga
acctgtgtagctggagtgcacgtgcagagaaggaggcaggactgcgggac
aggcccgggagagccgcgtgggctgcagacaggactgcagttggtctgaa
ggaggttgtgggtagaggagggagcgcgtcaactcggtggtcacaggaag
tagatggcagtgtagacgttgtatgctccaagtgttggaggaagtgggtt
agatccctctcctccctgagcgtggtagggctgcctgagatgagtaagcc
atttgcaggcaggcagcagtggaagtgactaaagtgctgcccgttggcta
tgtttttcctactctcacatacatctcctgtgaccttaccctttccagcc
tcagccgctaaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_56491149_56492151
seq2: B6Ng01-135E16.b_48_1046

seq1  GAATTCAGGGACTTCAACAGATATGTGGCGTACATTGAGTCGCAGGGTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGACTTCAACAGATATGTGGCGTACATTGAGTCGCAGGGTGC  50

seq1  CCACCGTGCTGGCCTGGCCAAGGTGCGTCATGCCACTCCCAAGCTCCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCGTGCTGGCCTGGCCAAGGTGCGTCATGCCACTCCCAAGCTCCTTT  100

seq1  GTGCCCAGACACTGTGGCACTGCCTCCCCGACCTTCTTAAACATGGAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCAGACACTGTGGCACTGCCTCCCCGACCTTCTTAAACATGGAGGC  150

seq1  AGACACTGGTTTTGTGGCTGTGGCTTGGGCTGGCTCAGACAGGTTGGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTGGTTTTGTGGCTGTGGCTTGGGCTGGCTCAGACAGGTTGGATT  200

seq1  TGCCCTCCTGATCCAGGGCTCTAAGAATAGCTGATGGAGTCCAGGTTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCCTGATCCAGGGCTCTAAGAATAGCTGATGGAGTCCAGGTTTCA  250

seq1  AACAGTTGGCTCCTGTGCACAAGTGGAGCCCTCTGAACAAGCCCAGGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTGGCTCCTGTGCACAAGTGGAGCCCTCTGAACAAGCCCAGGGTT  300

seq1  CCTAGACCAAATCAGGGCACATGTTGTGTTCCTGACTCTAGGGAGTGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGACCAAATCAGGGCACATGTTGTGTTCCTGACTCTAGGGAGTGGCC  350

seq1  TAGCTTGGGTGGGACACAGAACCTGCTGCTATGAGGGACAAAGCTTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTGGGTGGGACACAGAACCTGCTGCTATGAGGGACAAAGCTTTTGG  400

seq1  AGGGCTAGGGTTGGAAGGGGACCTGATGCCTAGGGGTGGTGGTGCCAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAGGGTTGGAAGGGGACCTGATGCCTAGGGGTGGTGGTGCCAGGA  450

seq1  GACACTTTTAATTATTGATGGAGTGGCAGAGGTTAAGTACCTTGTTCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTTTAATTATTGATGGAGTGGCAGAGGTTAAGTACCTTGTTCTTG  500

seq1  GGGCCCTGCGACTCTGCCTAAACTTTGCATTCTACTGTTTTGCCTGCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCTGCGACTCTGCCTAAACTTTGCATTCTACTGTTTTGCCTGCCTG  550

seq1  TCTGAATGGAGCTGTCATACTAAGTTGTGGCTCAGGTTCCCTGTAACCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATGGAGCTGTCATACTAAGTTGTGGCTCAGGTTCCCTGTAACCTT  600

seq1  GTGGACCTATGTTAATCCATGGGAGAGAATGCTGGGGAGGCTGACTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACCTATGTTAATCCATGGGAGAGAATGCTGGGGAGGCTGACTTCAT  650

seq1  CTGAGCCCTAGGCACACACAGCACAGCATGAGCACACACCTCTTCCTACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCCTAGGCACACACAGCACAGCATGAGCACACACCTCTTCCTACC  700

seq1  TTCTGAGGGCAGATGGACAGACACCACAAGCATCTGTGGCCCGTGCTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGGGCAGATGGACAGACACCACAAGCATCTGTGGCCCGTGCTCTG  750

seq1  CCGTATGAGCCGAGCCGTGTATGAGCCAAGGGCATAGGCTCATCAGCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTATGAGCCGAGCCGTGTATGAGCCAAGGGCATAGGCTCATCAGCCTT  800

seq1  GACTGGTGTGTGTACGTACGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGTGTGTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGTGTGTGTACGTACGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGTGTGTATG  850

seq1  TGTGTTCGCGCTATGGTGTATTTGTGTGTGTGTATGCGTGCATGTCTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCGCGCTATGGTGTATTTGTGTGTGTGTATGCGTGCATGTCTATA  900

seq1  AGAATGTGAATGTGTGGGTGGCTATCTGTGTAAGAATGTGTATATGTATG  950
      ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||
seq2  AGATTGTG-ATGTGTGGGTGGCTATCTGTGT-AGAATGTGT-TACGTATG  947

seq1  TG-TATGGTGTGTCTGTGTAAGAATATGTGTGTGAGTATAAGAATCTGAG  999
      || |||||||||||||||| |||| |||||||||||||  | ||||||||
seq2  TGTTATGGTGTGTCTGTGT-AGAA-ATGTGTGTGAGTAATAAAATCTGAG  995

seq1  TCTG  1003
      ||||
seq2  TCTG  999

seq1: chr17_56646541_56647399
seq2: B6Ng01-135E16.g_68_931 (reverse)

seq1  GGTTTAGCGGCTGAGGCTGG-AAGGGTAAGGTCACAGGAGATGTATGTGA  49
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGCGGCTGAGGCTGGAAAGGGTAAGGTCACAGGAGATGTATGTGA  50

seq1  GAGTAGG-AAAACATAGCC-ACGGGCAGCAC-TTAGTCACTTCCACTGCT  96
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGGAAAAACATAGCCAACGGGCAGCACTTTAGTCACTTCCACTGCT  100

seq1  GCCTGCCTGC-AATGGCTTACTCATCTCAGGCAGCCCTACCACGCTCAGG  145
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTGCAAATGGCTTACTCATCTCAGGCAGCCCTACCACGCTCAGG  150

seq1  GAGGAGAGGGATCTAACCCACTTCCTCCAACACTTGGAGCATACAACGTC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGGGATCTAACCCACTTCCTCCAACACTTGGAGCATACAACGTC  200

seq1  TACACTGCCATCTACTTCCTGTGACCACCGAGTTGACGCGCTCCCTCCTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGCCATCTACTTCCTGTGACCACCGAGTTGACGCGCTCCCTCCTC  250

seq1  TACCCACAACCTCCTTCAGACCAACTGCAGTCCTGTCTGCAGCCCACGCG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCACAACCTCCTTCAGACCAACTGCAGTCCTGTCTGCAGCCCACGCG  300

seq1  GCTCTCCCGGGCCTGTCCCGCAGTCCTGCCTCCTTCTCTGCACGTGCACT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCCCGGGCCTGTCCCGCAGTCCTGCCTCCTTCTCTGCACGTGCACT  350

seq1  CCAGCTACACAGGTTCAGTCTATCCGTCCTTCCACCCTGCCACTCCCCAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTACACAGGTTCAGTCTATCCGTCCTTCCACCCTGCCACTCCCCAA  400

seq1  CTGCCAGGTCCTGTCCTGCCGCGGGACCTTTGCTCGGGGGTGTCACAGCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGGTCCTGTCCTGCCGCGGGACCTTTGCTCGGGGGTGTCACAGCT  450

seq1  CCGCCACCCACCCCTGCCCAGACGTGAGGTGTGGCTGGGCCACAGTGTCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCACCCACCCCTGCCCAGACGTGAGGTGTGGCTGGGCCACAGTGTCT  500

seq1  CCATGCAGAATTTGGGGCAATGGGGATCATGGAGCGGGTTCTCGATGCTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCAGAATTTGGGGCAATGGGGATCATGGAGCGGGTTCTCGATGCTC  550

seq1  TCGCACGCAGGGTTCCTTTTTTGAGATGGGGGAGGGGCGCCCACATTTCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCACGCAGGGTTCCTTTTTTGAGATGGGGGAGGGGCGCCCACATTTCC  600

seq1  TTTCTGACCCCCAAAGCCGCAGGGAGAGGCCCCCAGGAGTCTGCGCAGGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGACCCCCAAAGCCGCAGGGAGAGGCCCCCAGGAGTCTGCGCAGGC  650

seq1  GCTCTGGTGATTCAATCGCAGCGCGGACCCACAGCCAATGGCTGTGTTTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGTGATTCAATCGCAGCGCGGACCCACAGCCAATGGCTGTGTTTT  700

seq1  GCAATGAGGTCATGCTCGGCTCCGCGTCTTGATTGGTCACTGTGAGGCCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGAGGTCATGCTCGGCTCCGCGTCTTGATTGGTCACTGTGAGGCCA  750

seq1  CAGACACGTCCTCCTGGGCGGGACTCGCCGCTTGGCAGCCTTGGGCATCG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACGTCCTCCTGGGCGGGACTCGCCGCTTGGCAGCCTTGGGCATCG  800

seq1  GGGAACTCTGAGACCAGGACACCTGCCTCGGGCTTACTGTATGCTCCAAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTCTGAGACCAGGACACCTGCCTCGGGCTTACTGTATGCTCCAAG  850

seq1  CTGGCCTTGAATTC  859
      ||||||||||||||
seq2  CTGGCCTTGAATTC  864