BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138C12
Chromosome17 (Build37)
Map Location 67,348,518 - 67,452,147
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprm
Upstream geneAnkrd12, 5430411C19Rik, Ndufv2, ORF19, Ddx11, LOC100043599, LOC100043875, 1110012J17Rik, LOC100043876, Rab12, 9130404H23Rik
Downstream geneLrrc30, Lama1, Arhgap28
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138C12.bB6Ng01-138C12.g
ACCDH937492DH937493
length1,078445
definitionDH937492|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138C12, 5' end.DH937493|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138C12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,451,059 - 67,452,147)(67,348,518 - 67,348,968)
sequence
gaattctattgtgcatcaaacaggtggctggacaaaaccactttcctgac
ggtcaggaggtgtggaaagaagggaagagacccaagtctcacagtcccct
ccaatgaccttagggcctcatcagatcctgcctagtaaatttcccaccac
ctgttgacagtgctacccagaaaccattgctcatgcacgaacacacacac
acacacacacacacagagagagagagagagagagagagagagagcatgta
attaaccagtggtcagtggtttgggtcaataactgttaagaataaaaaaa
agtgggggatttttgtatgtatttgactgaatggagaaattttatattca
tgttttgtttcctggtggctgaaaaagaaaatatttcttgtttgtgggag
gatgaatacttgcaaagggcatatagcaggcagcagcttgagaagggcac
atggagtatggtgtgccaaacgcgaaacaggctgtgaagacagggctttg
ctcagcttccagggtgctctgccttgggagcaggagcgctgctggctgct
ctccaggaaactctgcccttcagaccttagctccttcagctcaccgattc
ttttcctccagtggttgaagtctgcggagtcatcagagaggacctattgg
cagtcgtggctatactggctaagggaggaggaggaagggtacatctgggt
gtttgacacttcagagaggaagtgagaccctaaaggacagcttgaaaagc
ttgtgtccttaatgtctttgggaccaggtaaccaggaggagttgcagttt
ggtctgaaaccatttcagcagttgtgacttgattggggggttgcagccag
catgaatttatttagacagcgaattgaaaccatttgaatagaaaccacac
atggaagtgacagatatctccatgaacgttgtatgtttgtatgtgcatgt
gtacccagcattcgacatggatggtagattgcagtgctagcatgttttga
actggaaataatatcaaatcatttgaagactgtgttatactgcactagcc
ctgagctctgttctttgggtcttatttg
actgaaaggctcaagtaatgaagatcaatgtcaatgcatggtggtgtctt
ctcgtttggtaactgtggttacctaaacgggtaacagagagcagaagatt
cagacgcagaaagcaaagtgtgctcaccacagagcccaatctagagcagt
gcttctcagccttcctagtgctgcatgccgttaatacagttcctcatggt
gtggtgacccccatcataacactattttcttggctacttcataactgtaa
tcttgctaccgtcatggttcataatgtaaatatctgtgctttccagtggt
cttaaatgacccctgcaaaagggtcactgatctcccaaaggggtcatggt
ctacaggttgagaaccactgctctgaaggtgggaggtgtgaatgagagca
caagctactacaaggaaccattttatcatctcctcccttctgctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_67451059_67452147
seq2: B6Ng01-138C12.b_50_1127 (reverse)

seq1  CAAATAAAGACCCCAAAGAAACAGAGCTCTGGGGGCTATGTGCAAGTATA  50
      ||||| |||| ||||||| ||||||||||   |||||| |||| ||||||
seq2  CAAAT-AAGA-CCCAAAG-AACAGAGCTC--AGGGCTA-GTGC-AGTATA  43

seq1  ACAACAGTCTTCAAATGATTTGACTATAATTTCCAGTTCAAAACATGCTA  100
      || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  AC-ACAGTCTTCAAATGATTTGA-TATTATTTCCAGTTCAAAACATGCT-  90

seq1  AGCACTGCAATCTACCATCCATGTCGAATGCTGGGTACACATGCACATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGCAATCTACCATCCATGTCGAATGCTGGGTACACATGCACATAC  140

seq1  AGACATACAACGTTCATGGAGATATCTGTCACTTCCATGTGTGGTTTCTA  200
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATACAACGTTCATGGAGATATCTGTCACTTCCATGTGTGGTTTCTA  190

seq1  TTCAAATGGTTTTCAATTCGCTGTCTAAATAAATTCATGCTGGCTGCAAC  250
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATGG-TTTCAATTCGCTGTCTAAATAAATTCATGCTGGCTGCAAC  239

seq1  CCCCCAATCAAGTCACAACTGCTGAAATGGTTTCAGACCAAACTGCAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAATCAAGTCACAACTGCTGAAATGGTTTCAGACCAAACTGCAACT  289

seq1  CCTCCTGGTTACCTGGTCCCAAAGACATTAAGGACACAAGCTTTTCAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGGTTACCTGGTCCCAAAGACATTAAGGACACAAGCTTTTCAAGC  339

seq1  TGTCCTTTAGGGTCTCACTTCCTCTCTGAAGTGTCAAACACCCAGATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTTAGGGTCTCACTTCCTCTCTGAAGTGTCAAACACCCAGATGTA  389

seq1  CCCTTCCTCCTCCTCCCTTAGCCAGTATAGCCACGACTGCCAATAGGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCTCCTCCTCCCTTAGCCAGTATAGCCACGACTGCCAATAGGTCC  439

seq1  TCTCTGATGACTCCGCAGACTTCAACCACTGGAGGAAAAGAATCGGTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGATGACTCCGCAGACTTCAACCACTGGAGGAAAAGAATCGGTGAG  489

seq1  CTGAAGGAGCTAAGGTCTGAAGGGCAGAGTTTCCTGGAGAGCAGCCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGAGCTAAGGTCTGAAGGGCAGAGTTTCCTGGAGAGCAGCCAGCA  539

seq1  GCGCTCCTGCTCCCAAGGCAGAGCACCCTGGAAGCTGAGCAAAGCCCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTCCTGCTCCCAAGGCAGAGCACCCTGGAAGCTGAGCAAAGCCCTGT  589

seq1  CTTCACAGCCTGTTTCGCGTTTGGCACACCATACTCCATGTGCCCTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAGCCTGTTTCGCGTTTGGCACACCATACTCCATGTGCCCTTCTC  639

seq1  AAGCTGCTGCCTGCTATATGCCCTTTGCAAGTATTCATCCTCCCACAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCTGCCTGCTATATGCCCTTTGCAAGTATTCATCCTCCCACAAAC  689

seq1  AAGAAATATTTTCTTTTTCAGCCACCAGGAAACAAAACATGAATATAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATATTTTCTTTTTCAGCCACCAGGAAACAAAACATGAATATAAAA  739

seq1  TTTCTCCATTCAGTCAAATACATACAAAAATCCCCCACTTTTTTTTATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCATTCAGTCAAATACATACAAAAATCCCCCACTTTTTTTTATTC  789

seq1  TTAACAGTTATTGACCCAAACCACTGACCACTGGTTAATTACATGCTCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGTTATTGACCCAAACCACTGACCACTGGTTAATTACATGCTCTC  839

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTT  889

seq1  CGTGCATGAGCAATGGTTTCTGGGTAGCACTGTCAACAGGTGGTGGGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCATGAGCAATGGTTTCTGGGTAGCACTGTCAACAGGTGGTGGGAAA  939

seq1  TTTACTAGGCAGGATCTGATGAGGCCCTAAGGTCATTGGAGGGGACTGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTAGGCAGGATCTGATGAGGCCCTAAGGTCATTGGAGGGGACTGTG  989

seq1  AGACTTGGGTCTCTTCCCTTCTTTCCACACCTCCTGACCGTCAGGAAAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGGGTCTCTTCCCTTCTTTCCACACCTCCTGACCGTCAGGAAAGT  1039

seq1  GGTTTTGTCCAGCCACCTGTTTGATGCACAATAGAATTC  1089
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGTCCAGCCACCTGTTTGATGCACAATAGAATTC  1078

seq1: chr17_67348518_67348968
seq2: B6Ng01-138C12.g_69_519

seq1  GAATTCACTGAAAGGCTCAAGTAATGAAGATCAATGTCAATGCATGGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAAAGGCTCAAGTAATGAAGATCAATGTCAATGCATGGTGG  50

seq1  TGTCTTCTCGTTTGGTAACTGTGGTTACCTAAACGGGTAACAGAGAGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCTCGTTTGGTAACTGTGGTTACCTAAACGGGTAACAGAGAGCAG  100

seq1  AAGATTCAGACGCAGAAAGCAAAGTGTGCTCACCACAGAGCCCAATCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCAGACGCAGAAAGCAAAGTGTGCTCACCACAGAGCCCAATCTAG  150

seq1  AGCAGTGCTTCTCAGCCTTCCTAGTGCTGCATGCCGTTAATACAGTTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGCTTCTCAGCCTTCCTAGTGCTGCATGCCGTTAATACAGTTCCT  200

seq1  CATGGTGTGGTGACCCCCATCATAACACTATTTTCTTGGCTACTTCATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGTGGTGACCCCCATCATAACACTATTTTCTTGGCTACTTCATAA  250

seq1  CTGTAATCTTGCTACCGTCATGGTTCATAATGTAAATATCTGTGCTTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATCTTGCTACCGTCATGGTTCATAATGTAAATATCTGTGCTTTCC  300

seq1  AGTGGTCTTAAATGACCCCTGCAAAAGGGTCACTGAACTCCCAAAGGGGT  350
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGTGGTCTTAAATGACCCCTGCAAAAGGGTCACTGATCTCCCAAAGGGGT  350

seq1  CATGGTCTACAGGTTGAGAACCACTGCTCTGAAGGTGGGAGGTGTGAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTCTACAGGTTGAGAACCACTGCTCTGAAGGTGGGAGGTGTGAATG  400

seq1  AGAGCAGAAGCTAGCACAAGGAACCATTTTATCATCTCCTCCCTTCTGCT  450
      |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACAAGCTACTACAAGGAACCATTTTATCATCTCCTCCCTTCTGCT  450

seq1  T  451
      |
seq2  T  451