BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140H13
Chromosome17 (Build37)
Map Location 7,346,828 - 7,530,469
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRps6ka2, LOC625031, Tcp10b, LOC100038857
Upstream geneLOC100040471, Dynlt1, LOC547127, LOC100040488, LOC100040500, LOC100040531, LOC100040525, LOC100040563, LOC100040546, LOC100040536, LOC100040556, LOC100040603, LOC100040596, LOC100040631, LOC100040616, Sytl3, Vil2, LOC100040654, Rshl2b, 1700122H20Rik, Tagap1, Rnaset2b, Gm1604
Downstream geneLOC667055, 5830477G23Rik, LOC625102, Fndc1, EG634588, LOC100040748, LOC100040760, LOC667102, Tagap, Rshl2a, LOC100040822, Rnaset2a, Fgfr1op, Ccr6, LOC667114, Brp44l, Sft2d1, LOC100038858
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140H13.bB6Ng01-140H13.g
ACCDH939195DH939196
length9871,022
definitionDH939195|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140H13, 5' end.DH939196|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140H13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,529,483 - 7,530,469)(7,346,828 - 7,347,840)
sequence
gaattcactggtatgatttaaggaatgcaaatgtcctgacatttttgacc
cattttcagaagactagagccttctcctgaactagaagaagacagttccc
tgtccaaggggcacgctgcttcttggcctggcttaccacaacctcatcaa
gcttgctgtcttcctcagtgatctgggctgtgctctccatcttcctcttc
tcatggttggacccttttccttgactcagatcctccaacatggcttgtct
ctgctgactatttagcctcgaggtgaccagtaagcattctggttgtaaaa
gagaaggctcgtgagactttcttagtgcatcgcacctctgcccctctgat
tagtatccaatggccttcctatcctcccccttagaatggagaatggccca
ccatgcttcaccaagtcctgccaccctcctgcctgggaacagtctccacc
tggagctgaccaggaaaaggttcccgtgtctggaaaccgccgaatggaaa
ggacccagtcacttacaagggctgtgtccccagaggagggtggaaaacac
tttggttcagagagtcagcatggtgcctgatcacatgagtactgccagca
ttaccttgaggtgaacagggccttgagagggcgcctgggaggtcttagtc
cttcgtcagacctttgctgtggaaggtttcgctgcctctcatcaggacaa
acccctcgtccccaacctacaactccataacctaaaaggatgacacagaa
cgaggacttatggaacctgagagttggagccgtgggggaggagcccagcg
ggagacagttgagtggagagaaaaatggaagagcagccttccacaggaga
gcacggcatatgacaccaataactaaatcaacccctctaccactactaaa
gccctttgcagctaattgccacacccttaccaatgtagagaatggtagcc
tctgaccggcttgtgggagggggtggtgaggatgggt
gaattcaatctccctgagctctgcatcctgaccatggcacagaagagggc
gcttcagcagcatcctttctcaagaaatgtaggtcacctggaagaaacca
aggttaagagcctactagaccacgtgtcccctctgggcagctgtgacttt
cagacccagatgcagctcatggctcacaggcacagacatgctttttctac
aaaggggaccttggcctcaagcagaagtcaagtgtgacacatgtcacaca
gactgagctgctataaggagacggtggcatgaagtgaggagtgtgtggta
tcacagaagtagacggatgcccagtcctgttaagcctttcctcgggagcc
acaggaactgggaacagaagcagaggtccctgcgtggggattgctggccc
caggttcagagtgccacaggtctaaggctggctagccattgggatggctg
ccttccttgcctgcatcctgacctggtcctggagcaaagtgcattgtcca
gagtattgagatctggggttggtcccccagatgctgtggttcgtggtctc
tgtgactcagtcctcgtttcccacagcgagtcctaccgtctttgcttatc
ttcaagctctgtcttgcagatgttgcttctgaatctggtgtctgtactac
cttcattagacggcatcccagattcccttcctggctgtgacctcctaggg
gcttaggagtgtctatacatgggctcaagcattcatgaggtatagatgcg
tgagcaagtgtggtggataagtatgcatacacacatgagcatgtgtgcac
acatacatcctgggaagactcctcatgggattctctgactcaggattctc
tctgttcattctgttcctttcctctcaccttttcggttccaatcccacag
taggtatgtacagtgagcctccattaagaacttgttgtaactggcctgaa
cttctaatatgggtaacttcacgagctctcttgcacttctgagagtgatg
atacaggctgaattcaggggct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_7529483_7530469
seq2: B6Ng01-140H13.b_44_1030 (reverse)

seq1  ACCCATCCTCA-CACCCCCTCCCACAAGCCGGTCAGAGGCTACCATTCTC  49
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATCCTCACCACCCCCTCCCACAAGCCGGTCAGAGGCTACCATTCTC  50

seq1  TACATTGGTAAGGGTGTGGCAATTAGCTGCAAAGGGGCTTTAGTAGTGGT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TACATTGGTAAGGGTGTGGCAATTAGCTGCAAA-GGGCTTTAGTAGTGGT  99

seq1  AGAGGGGTTGATTTAGTTATTGGTGTCATATGCCGTGCTCTCCTGTGGAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGTTGATTTAGTTATTGGTGTCATATGCCGTGCTCTCCTGTGGAA  149

seq1  GGCTGCTCTTCCATTTTTCTCTCCACTCAACTGTCTCCCGCTGGGCTCCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTCTTCCATTTTTCTCTCCACTCAACTGTCTCCCGCTGGGCTCCT  199

seq1  CCCCCACGGCTCCAACTCTCAGGTTCCATAAGTCCTCCTTCTGTGTCATC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCCCCACGGCTCCAACTCTCAGGTTCCATAAGTCCTCGTTCTGTGTCATC  249

seq1  CTTTTAGGTTATGGAGTTGTAGGTTGGGGACGAGGGGTTTGTCCTGATGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGGTTATGGAGTTGTAGGTTGGGGACGAGGGGTTTGTCCTGATGA  299

seq1  GAGGCAGCGAAACCTTCCACAGCAAAGGTCTGACGAAGGACTAAGACCTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGCGAAACCTTCCACAGCAAAGGTCTGACGAAGGACTAAGACCTC  349

seq1  CCAGGCGCCCTCTCAAGGCCCTGTTCACCTCAAGGTAATGCTGGCAGTAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCGCCCTCTCAAGGCCCTGTTCACCTCAAGGTAATGCTGGCAGTAC  399

seq1  TCATGTGATCAGGCACCATGCTGACTCTCTGAACCAAAGTGTTTTCCACC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGATCAGGCACCATGCTGACTCTCTGAACCAAAGTGTTTTCCACC  449

seq1  CTCCTCTGGGGACACAGCCCTTGTAAGTGACTGGGTCCTTTCCATTCGGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTGGGGACACAGCCCTTGTAAGTGACTGGGTCCTTTCCATTCGGC  499

seq1  GGTTTCCAGACACGGGAACCTTTTCCTGGTCAGCTCCAGGTGGAGACTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCAGACACGGGAACCTTTTCCTGGTCAGCTCCAGGTGGAGACTGT  549

seq1  TCCCAGGCAGGAGGGTGGCAGGACTTGGTGAAGCATGGTGGGCCATTCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGCAGGAGGGTGGCAGGACTTGGTGAAGCATGGTGGGCCATTCTC  599

seq1  CATTCTAAGGGGGAGGATAGGAAGGCCATTGGATACTAATCAGAGGGGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTAAGGGGGAGGATAGGAAGGCCATTGGATACTAATCAGAGGGGCA  649

seq1  GAGGTGCGATGCACTAAGAAAGTCTCACGAGCCTTCTCTTTTACAACCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGCGATGCACTAAGAAAGTCTCACGAGCCTTCTCTTTTACAACCAG  699

seq1  AATGCTTACTGGTCACCTCGAGGCTAAATAGTCAGCAGAGACAAGCCATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTACTGGTCACCTCGAGGCTAAATAGTCAGCAGAGACAAGCCATG  749

seq1  TTGGAGGATCTGAGTCAAGGAAAAGGGTCCAACCATGAGAAGAGGAAGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGATCTGAGTCAAGGAAAAGGGTCCAACCATGAGAAGAGGAAGAT  799

seq1  GGAGAGCACAGCCCAGATCACTGAGGAAGACAGCAAGCTTGATGAGGTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGCACAGCCCAGATCACTGAGGAAGACAGCAAGCTTGATGAGGTTG  849

seq1  TGGTAAGCCAGGCCAAGAAGCAGCGTGCCCCTTGGACAGGGAACTGTCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGCCAGGCCAAGAAGCAGCGTGCCCCTTGGACAGGGAACTGTCTT  899

seq1  CTTCTAGTTCAGGAGAAGGCTCTAGTCTTCTGAAAATGGGTCAAAAATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGTTCAGGAGAAGGCTCTAGTCTTCTGAAAATGGGTCAAAAATGT  949

seq1  CAGGACATTTGCATTCCTTAAATCATACCAGTGAATTC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACATTTGCATTCCTTAAATCATACCAGTGAATTC  987

seq1: chr17_7346828_7347840
seq2: B6Ng01-140H13.g_67_1078

seq1  GAATTCAATCTCCCTGAGCTCTGCATCCTGACCATGGCACAGAAGAGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCTCCCTGAGCTCTGCATCCTGACCATGGCACAGAAGAGGGC  50

seq1  GCTTCAGCAGCATCCTTTCTCAAGAAATGTAGGTCACCTGGAAGAAACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGCAGCATCCTTTCTCAAGAAATGTAGGTCACCTGGAAGAAACCA  100

seq1  AGGTTAAGAGCCTACTAGACCACGTGTCCCCTCTGGGCAGCTGTGACTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAAGAGCCTACTAGACCACGTGTCCCCTCTGGGCAGCTGTGACTTT  150

seq1  CAGACCCAGATGCAGCTCATGGCTCACAGGCACAGACATGCTTTTTCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCCAGATGCAGCTCATGGCTCACAGGCACAGACATGCTTTTTCTAC  200

seq1  AAAGGGGACCTTGGCCTCAAGCAGAAGTCAAGTGTGACACATGTCACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGACCTTGGCCTCAAGCAGAAGTCAAGTGTGACACATGTCACACA  250

seq1  GACTGAGCTGCTATAAGGAGACGGTGGCATGAAGTGAGGAGTGTGTGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGCTGCTATAAGGAGACGGTGGCATGAAGTGAGGAGTGTGTGGTA  300

seq1  TCACAGAAGTAGACGGATGCCCAGTCCTGTTAAGCCTTTCCTCGGGAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAAGTAGACGGATGCCCAGTCCTGTTAAGCCTTTCCTCGGGAGCC  350

seq1  ACAGGAACTGGGAACAGAAGCAGAGGTCCCTGCGTGGGGATTGCTGGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAACTGGGAACAGAAGCAGAGGTCCCTGCGTGGGGATTGCTGGCCC  400

seq1  CAGGTTCAGAGTGCCACAGGTCTAAGGCTGGCTAGCCATTGGGATGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCAGAGTGCCACAGGTCTAAGGCTGGCTAGCCATTGGGATGGCTG  450

seq1  CCTTCCTTGCCTGCATCCTGACCTGGTCCTGGAGCAAAGTGCATTGTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTGCCTGCATCCTGACCTGGTCCTGGAGCAAAGTGCATTGTCCA  500

seq1  GAGTATTGAGATCTGGGGTTGGTCCCCCAGATGCTGTGGTTCGTGGTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATTGAGATCTGGGGTTGGTCCCCCAGATGCTGTGGTTCGTGGTCTC  550

seq1  TGTGACTCAGTCCTCGTTTCCCACAGCGAGTCCTACCGTCTTTGCTTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTCAGTCCTCGTTTCCCACAGCGAGTCCTACCGTCTTTGCTTATC  600

seq1  TTCAAGCTCTGTCTTGCAGATGTTGCTTCTGAATCTGGTGTCTGTACTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCTCTGTCTTGCAGATGTTGCTTCTGAATCTGGTGTCTGTACTAC  650

seq1  CTTCATTAGACGGCATCCCAGATTCCCTTCCTGGCTGTGACCTCCTAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTAGACGGCATCCCAGATTCCCTTCCTGGCTGTGACCTCCTAGGG  700

seq1  GCTTAGGAGTGTCTATACATGGGCTCAAGCATTCATGAGGTATAGATGCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGGAGTGTCTATACATGGGCTCAAGCATTCATGAGGTATAGATGCG  750

seq1  TGAGCAAGTGTGGTGGATAAGTATGCATACACACATGAGCATGTGTGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAAGTGTGGTGGATAAGTATGCATACACACATGAGCATGTGTGCAC  800

seq1  ACATACATCCT-GGAAGACTCCTCATGGGATTCTCTGACTCCAGGATTCT  849
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACATACATCCTGGGAAGACTCCTCATGGGATTCTCTGACT-CAGGATTCT  849

seq1  CTCTGTTCATTCTGGTTCCTTTCCTCTCACCTTTTCGGTTCCAATCCCAC  899
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTCATTCT-GTTCCTTTCCTCTCACCTTTTCGGTTCCAATCCCAC  898

seq1  AGTAGGTATGTACAGTGAGCCTCCATTAAGAACTTGTTGTAACTGG-CTG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGTAGGTATGTACAGTGAGCCTCCATTAAGAACTTGTTGTAACTGGCCTG  948

seq1  A--CTCTAATAATGGTAAACTCCAACGAGCTCTC-TGCACCTCTGGGAAG  995
      |   |||||||  |||||  ||  |||||||||| ||||| |||| | ||
seq2  AACTTCTAATATGGGTAACTTC--ACGAGCTCTCTTGCACTTCTGAG-AG  995

seq1  TGATGAATTCAGGCTGAA  1013
      ||||| || |||||||||
seq2  TGATG-ATACAGGCTGAA  1012