BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140J01
Chromosome17 (Build37)
Map Location 91,686,140 - 91,821,701
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNrxn1, EG668871, LOC668872, LOC627235
Downstream geneLOC100043741, LOC100043742, EG640442, LOC627395
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140J01.bB6Ng01-140J01.g
ACCDH939258DH939259
length1,0931,106
definitionDH939258|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140J01, 5' end.DH939259|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140J01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,820,595 - 91,821,701)(91,686,140 - 91,687,251)
sequence
gaattcagttaaatataaaaaactgtaatgctcatatttttttcttgtta
atgaaaaaagagtttgattttctaactgattccattttgctcaattggaa
gcattggtttaatttgaatttgttgtttacttaatataatgtaaacctat
taaaataaaatcaatcacaataaattatctttatttcatcttctttaaat
gtaatgaatattaacactgactaaaagtgattgaagagaggcatcaacta
atttaaatgaatagttttaaaatgaaaaaaaaattagaaaaggaaaatgg
aggtataaatgctgccatggttggggttttattgcagtgaattgagacta
tgactgaggcagctcttataagtacaacattttattgaggatggtttaca
ggtgctttattatcaaggcaggaacatcccagcatccaggcaggcataat
acaggaagagctaagagttctacatcttgtttcaaaggcaaacaggagaa
gattgacttccaggaagctagaatgagggtcttaaaatccatgcccacaa
tgacctacttcctccaacaaggtcagacctactccaacaaggctacatct
cctaatagtgctattccaaggccaggcatagtcaaaccatcacaggtgta
tatagtcatagaggatgcatgaaagatctctgctcttgtgagaatgccaa
ggaatttgcttcaaaatctgagtaggatgggttttgcaattatcgtgcct
gagtataatccatatttggaaatagcatattaaattttacaggtgaactc
acattatgttttgaatttcatttaaaaaataattcactgggagaaaataa
tgctgagtgatagaagacataaaactaacaagaagctaagatatatgaaa
tttgtttaataatattaagtgacaagttacttcccaaaagatgccattac
tatatatgcagcttcagctatgtacatttctatagcatgtccctacaaac
atgtctcctcttacacatttgcttgaaaactgagtcataagcaacaagaa
acaggtctgaataatacttggagtgagaaagaatagttagcaa
gaattcatcagcatggtaattgaagaagctgcagtgccttaaagatgatt
cttaattgttccatcacttggggaccaagccttcaacacaggaacctgtg
aaggacaatttgtatcccaaacctaatattttgcatgtaaaggtagcagt
ggctcactgttgaaggaggacaataaaacaaattaagttccatgcagagg
taatgtagcagttagagaaagatgctagctagtctgcagctaagatggca
gtcttttctgaggattcttatttcacaaaatgctgagtcacttcattcat
ttcaagtcagcaggatagtagctgagaggaagggatcaaccaagtgaggg
caaggtgatttctataacttgacatgttttggtattccaattttacattc
tctagctgtgacaataaaagtgataaaaaataatatagggatagaactat
taaattgtatgatattgtcttccttttacaaaacataagaattttttgaa
agaaaaatagtgctctttccaaattgtatcagtacttttagatgaaaggc
taagtgacaactacaaaatatacatataaaaattgcaaaagaaacaaaac
cacacacaactctgccacaaataatagcatttttcatagcattcttttgc
tttgtatttcttgtcaatacatgtgataaagaccagttccctaaacattt
aggaaaacattaaaactccacttctctataacaatgcccattgctatgtc
acctcaaaccaatgaatctcaacctgtaggtcaagacttctttgggagtt
gaccaaccccttcaaagaaaacacagatatttacattacaatagatataa
gtagcaaatttacagtcttgacataacaaaaacagttttaggtgggccaa
gaaagcacaatgaactctattaaagggtttcagcattaggaagtttgaga
atcactgcttaaatctataagatcttgatgctagctagtatgctcccctg
agacaccatatcttagcatcatagcagacgatctgctgcactcagagcag
ttggtaagaactctctaaaagtctacagctgctgctggacccagttgact
caggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_91820595_91821701
seq2: B6Ng01-140J01.b_45_1137 (reverse)

seq1  TTGCT-ACTAATCTTTCCTTCACTCCAAGTTAATTATTCCAGACTTGTTT  49
      ||||| |||| ||||||  |||||||||||  |||||| ||||| |||||
seq2  TTGCTAACTATTCTTTC--TCACTCCAAGT--ATTATT-CAGACCTGTTT  45

seq1  CTTGTTTGCTTGGTGACTCCAAGTTTTCAAGCAAATGTGTAA-AGGAGAG  98
      |||| ||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  CTTG-TTGCTT-ATGACTC--AGTTTTCAAGCAAATGTGTAAGAGGAGAC  91

seq1  AACATTGTTTGGTAGGGACATGCTTATAGAAATGTACATAGCTGGAAGCT  148
      |    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  A----TGTTT-GTAGGGACATGC-TATAGAAATGTACATAGCT-GAAGCT  134

seq1  GCATAATATAGTAATGGCATCTTTTGGGAAGTAACTTGTCACTTAATATT  198
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAT-ATATAGTAATGGCATCTTTTGGGAAGTAACTTGTCACTTAATATT  183

seq1  ATTAAACAAATTTCATATATCTTAGCTTCTTGTTAGTTTTATGTCTTCTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACAAATTTCATATATCTTAGCTTCTTGTTAGTTTTATGTCTTCTA  233

seq1  TCACTCAGCATTATTTTCTCCCAGTGAATTATTTTTTAAATGAAATTC-A  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCACTCAGCATTATTTTCTCCCAGTGAATTATTTTTTAAATGAAATTCAA  283

seq1  AACATAATGTGAGTTCACCTGTAAAATTTAATATGCTATTTCCAAATATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAATGTGAGTTCACCTGTAAAATTTAATATGCTATTTCCAAATATG  333

seq1  GATTATACTCAGGCACGATAATTGCAAAACCCATCCTACTCAGATTTTGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATACTCAGGCACGATAATTGCAAAACCCATCCTACTCAGATTTTGA  383

seq1  AGCAAATTCCTTGGCATTCTCACAAGAGCAGAGATCTTTCATGCATCCTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATTCCTTGGCATTCTCACAAGAGCAGAGATCTTTCATGCATCCTC  433

seq1  TATGACTATATACACCTGTGATGGTTTGACTATGCCTGGCCTTGGAATAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACTATATACACCTGTGATGGTTTGACTATGCCTGGCCTTGGAATAG  483

seq1  CACTATTAGGAGATGTAGCCTTGTTGGAGTAGGTCTGACCTTGTTGGAGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTAGGAGATGTAGCCTTGTTGGAGTAGGTCTGACCTTGTTGGAGG  533

seq1  AAGTAGGTCATTGTGGGCATGGATTTTAAGACCCTCATTCTAGCTTCCTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGGTCATTGTGGGCATGGATTTTAAGACCCTCATTCTAGCTTCCTG  583

seq1  GAAGTCAATCTTCTCCTGTTTGCCTTTGAAACAAGATGTAGAACTCTTAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAATCTTCTCCTGTTTGCCTTTGAAACAAGATGTAGAACTCTTAG  633

seq1  CTCTTCCTGTATTATGCCTGCCTGGATGCTGGGATGTTCCTGCCTTGATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCTGTATTATGCCTGCCTGGATGCTGGGATGTTCCTGCCTTGATA  683

seq1  ATAAAGCACCTGTAAACCATCCTCAATAAAATGTTGTACTTATAAGAGCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCACCTGTAAACCATCCTCAATAAAATGTTGTACTTATAAGAGCT  733

seq1  GCCTCAGTCATAGTCTCAATTCACTGCAATAAAACCCCAACCATGGCAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGTCATAGTCTCAATTCACTGCAATAAAACCCCAACCATGGCAGC  783

seq1  ATTTATACCTCCATTTTCCTTTTCTAATTTTTTTTTCATTTTAAAACTAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATACCTCCATTTTCCTTTTCTAATTTTTTTTTCATTTTAAAACTAT  833

seq1  TCATTTAAATTAGTTGATGCCTCTCTTCAATCACTTTTAGTCAGTGTTAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAAATTAGTTGATGCCTCTCTTCAATCACTTTTAGTCAGTGTTAA  883

seq1  TATTCATTACATTTAAAGAAGATGAAATAAAGATAATTTATTGTGATTGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATTACATTTAAAGAAGATGAAATAAAGATAATTTATTGTGATTGA  933

seq1  TTTTATTTTAATAGGTTTACATTATATTAAGTAAACAACAAATTCAAATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTAATAGGTTTACATTATATTAAGTAAACAACAAATTCAAATT  983

seq1  AAACCAATGCTTCCAATTGAGCAAAATGGAATCAGTTAGAAAATCAAACT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAATGCTTCCAATTGAGCAAAATGGAATCAGTTAGAAAATCAAACT  1033

seq1  CTTTTTTCATTAACAAGAAAAAAATATGAGCATTACAGTTTTTTATATTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTCATTAACAAGAAAAAAATATGAGCATTACAGTTTTTTATATTT  1083

seq1  AACTGAATTC  1107
      ||||||||||
seq2  AACTGAATTC  1093

seq1: chr17_91686140_91687251
seq2: B6Ng01-140J01.g_66_1171

seq1  GAATTCATCAGCATGGTAATTGAAGAAGCTGCAGTGCCTTAAAGATGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGCATGGTAATTGAAGAAGCTGCAGTGCCTTAAAGATGATT  50

seq1  CTTAATTGTTCCATCACTTGGGGACCAAGCCTTCAACACAGGAACCTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTGTTCCATCACTTGGGGACCAAGCCTTCAACACAGGAACCTGTG  100

seq1  AAGGACAATTTGTATCCCAAACCTAATATTTTGCATGTAAAGGTAGCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAATTTGTATCCCAAACCTAATATTTTGCATGTAAAGGTAGCAGT  150

seq1  GGCTCACTGTTGAAGGAGGACAATAAAACAAATTAAGTTCCATGCAGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACTGTTGAAGGAGGACAATAAAACAAATTAAGTTCCATGCAGAGG  200

seq1  TAATGTAGCAGTTAGAGAAAGATGCTAGCTAGTCTGCAGCTAAGATGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTAGCAGTTAGAGAAAGATGCTAGCTAGTCTGCAGCTAAGATGGCA  250

seq1  GTCTTTTCTGAGGATTCTTATTTCACAAAATGCTGAGTCACTTCATTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTCTGAGGATTCTTATTTCACAAAATGCTGAGTCACTTCATTCAT  300

seq1  TTCAAGTCAGCAGGATAGTAGCTGAGAGGAAGGGATCAACCAAGTGAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTCAGCAGGATAGTAGCTGAGAGGAAGGGATCAACCAAGTGAGGG  350

seq1  CAAGGTGATTTCTATAACTTGACATGTTTTGGTATTCCAATTTTACATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGATTTCTATAACTTGACATGTTTTGGTATTCCAATTTTACATTC  400

seq1  TCTAGCTGTGACAATAAAAGTGATAAAAAATAATATAGGGATAGAACTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTGTGACAATAAAAGTGATAAAAAATAATATAGGGATAGAACTAT  450

seq1  TAAATTGTATGATATTGTCTTCCTTTTACAAAACATAAGAATTTTTTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGTATGATATTGTCTTCCTTTTACAAAACATAAGAATTTTTTGAA  500

seq1  AGAAAAATAGTGCTCTTTCCAAATTGTATCAGTACTTTTAGATGAAAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATAGTGCTCTTTCCAAATTGTATCAGTACTTTTAGATGAAAGGC  550

seq1  TAAGTGACAACTACAAAATATACATATAAAAATTGCAAAAGAAACAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGACAACTACAAAATATACATATAAAAATTGCAAAAGAAACAAAAC  600

seq1  CACACACAACTCTGCCACAAATAATAGCATTTTTCATAGCATTCTTTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAACTCTGCCACAAATAATAGCATTTTTCATAGCATTCTTTTGC  650

seq1  TTTGTATTTCTTGTCAATACATGTGATAAAGACCAGTTCCCTAAACATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATTTCTTGTCAATACATGTGATAAAGACCAGTTCCCTAAACATTT  700

seq1  AGGAAAACATTAAAACTCCACTTCTCTATAACAATGCCCATTGCTATGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAACATTAAAACTCCACTTCTCTATAACAATGCCCATTGCTATGTC  750

seq1  ACCTCAAACCAATGAATCTCAACCTGTAGGTCAAGACTTCTTTGGGAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAAACCAATGAATCTCAACCTGTAGGTCAAGACTTCTTTGGGAGTT  800

seq1  GACCAACCCCTTCAAAGAAAACACAGATATTTACATTACAATAGATATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAACCCCTTCAAAGAAAACACAGATATTTACATTACAATAGATATAA  850

seq1  GTAGCAAAATTACAGTCTTGACATAACAAAAAACAGTTTTAGGTGGGCCA  900
      |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAAATTTACAGTCTTGACATAAC-AAAAACAGTTTTAGGTGGGCCA  899

seq1  AGAAAGCACAATGAACTCTATTAAAGGGTTTCAGCATTAGGAAGTTTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCACAATGAACTCTATTAAAGGGTTTCAGCATTAGGAAGTTTGAG  949

seq1  AATCACTGCTTAAATCTATAAAGATCTTGATGCTAGCTAGTATGCTCCCC  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTGCTTAAATCTAT-AAGATCTTGATGCTAGCTAGTATGCTCCCC  998

seq1  TGGAGACACCATATCTTAGCATCATAGCAGACGATCTGCTGCACTCAGAG  1050
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-GAGACACCATATCTTAGCATCATAGCAGACGATCTGCTGCACTCAGAG  1047

seq1  CAGTTGGTAAGAACTCTCTAGAAGTCCTACAGCTGCTGCTGGCACCCCAG  1100
      |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||   |||||
seq2  CAGTTGGTAAGAACTCTCTAAAAGT-CTACAGCTGCTGCTGG--ACCCAG  1094

seq1  TGGACTCAGGAC  1112
      | ||||||||||
seq2  TTGACTCAGGAC  1106