BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142D03
Chromosome17 (Build37)
Map Location 75,750,942 - 75,902,372
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLtbp1, Rasgrp3
Upstream geneSpast, Slc30a6, Nlrc4, LOC100043883, LOC624159, Yipf4, Birc6, Ttc27, LOC100043672, EG621988
Downstream gene2810405J04Rik, LOC668787, LOC100043885, LOC100043886
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142D03.bB6Ng01-142D03.g
ACCDH940454DH940455
length4111,125
definitionDH940454|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142D03, 5' end.DH940455|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142D03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,901,956 - 75,902,372)(75,750,942 - 75,752,076)
sequence
ctcagctatggggtggagtattagctgtaccaatgttgatgcaggaaact
atcaaccaagaggaaaaaaaatcagaaaactgcactgggcctggctctca
ctgggacagcctgctccactttgcaacaacacagaactatcttacatttc
tgcgcacctatgagctgctaaatggcagcacatatgcctaggattctgag
agtcatgagaaattacagttcacaaaggcaagcatgtagccttttacagt
accatcatggttccaagaaagttacattgcaagtgttacttgaaggttaa
tctgggacagtgcaaggtagagaaagctgaactgagctggacatttggaa
ttcccactaactaaaagggtgagtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtg
gaattccatttttaaacttggtaaaggttctcatggtatacttctgagag
ctggtgcttatgcatgttaacgtagaagagatgtgaacatttcagagtca
ggtcgggtacttggctgagtgaggaggtcacccatcaaacatgttaggag
cagaaaggcagacggtgctctaggacaaagtcaaatgaataaatagcctt
tctttgggggctatgaatgacggatttgtgttaaacaggtctcttgactg
tgttttaattatatggatttaagaatagacaaaggaaacattcaccaaga
ctgcactgtggtggacatcaacagcatcaaaaaagacaatggaatcggtc
attagttattggaccaattggtttcacctaaatgactagtgtgtcctaat
gtatattcatctgtgccctgcaatccaaagtctcttgttaatttaggctg
aaatgtatttccagacatgtaagtatgtttttacaaccttacatttcaaa
tctcagttttgattgcttctgagtgttccttgacatcagaggtgtggcca
ggtggtggtggtgcacacctttaatcccaccactcaggaggcagaggcag
gtggatctcgtgagtttgaggccagcctggtccatagagtgagtttcaga
ccagctaaagctacactgaaaaaaaaacaaaacaaaacaaaataaaacaa
aacaaaacaaaactgtctcaaaaacaaaacaaataaaacaaaacaaagac
tcaagtgtagagctttggtcatttgtgtgttcaatatgctgacaatcaag
gaagacagtgctagatagtccaagtgctcccagggttttcctagtgagac
tccagggctgtttcttaaaactacagttggagtttagaactcgtctttgt
gtttttgtcagaccaattgtgcagcgctgtctgcaggggtctttcctgga
cggatgagttgagggctggctggagagcaacttgtttccagcaaccacgg
ctagccctggccacagcaagtaaattaatcgatgtcaggaggcacacgag
tctttacctgatcggtgcttccctttcagagtgaacgaagtgactgctca
tggggttattgtgggagccttctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_75901956_75902372
seq2: B6Ng01-142D03.b_46_462 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACTCACACTCACCCTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACTCACACTCACCCTTTTA  50

seq1  GTTAGTGGGAATTCCAAATGTCCAGCTCAGTTCAGCTTTCTCTACCTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGGGAATTCCAAATGTCCAGCTCAGTTCAGCTTTCTCTACCTTGC  100

seq1  ACTGTCCCAGATTAACCTTCAAGTAACACTTGCAATGTAACTTTCTTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCCAGATTAACCTTCAAGTAACACTTGCAATGTAACTTTCTTGGA  150

seq1  ACCATGATGGTACTGTAAAAGGCTACATGCTTGCCTTTGTGAACTGTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGATGGTACTGTAAAAGGCTACATGCTTGCCTTTGTGAACTGTAAT  200

seq1  TTCTCATGACTCTCAGAATCCTAGGCATATGTGCTGCCATTTAGCAGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATGACTCTCAGAATCCTAGGCATATGTGCTGCCATTTAGCAGCTC  250

seq1  ATAGGTGCGCAGAAATGTAAGATAGTTCTGTGTTGTTGCAAAGTGGAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGCGCAGAAATGTAAGATAGTTCTGTGTTGTTGCAAAGTGGAGCA  300

seq1  GGCTGTCCCAGTGAGAGCCAGGCCCAGTGCAGTTTTCTGATTTTTTTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCCCAGTGAGAGCCAGGCCCAGTGCAGTTTTCTGATTTTTTTTCC  350

seq1  TCTTGGTTGATAGTTTCCTGCATCAACATTGGTACAGCTAATACTCCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTTGATAGTTTCCTGCATCAACATTGGTACAGCTAATACTCCACC  400

seq1  CCATAGCTGAGGAATTC  417
      |||||||||||||||||
seq2  CCATAGCTGAGGAATTC  417

seq1: chr17_75750942_75752076
seq2: B6Ng01-142D03.g_68_1192

seq1  GAATTCCATTTTTAAACTTGGTAAAGGTTCTCATGGTATACTTCTGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTTTAAACTTGGTAAAGGTTCTCATGGTATACTTCTGAGAG  50

seq1  CTGGTGCTTATGCATGTTAACGTAGAAGAGATGTGAACATTTCAGAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGCTTATGCATGTTAACGTAGAAGAGATGTGAACATTTCAGAGTCA  100

seq1  GGTCGGGTACTTGGCTGAGTGAGGAGGTCACCCATCAAACATGTTAGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGGGTACTTGGCTGAGTGAGGAGGTCACCCATCAAACATGTTAGGAG  150

seq1  CAGAAAGGCAGACGGTGCTCTAGGACAAAGTCAAATGAATAAATAGCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGGCAGACGGTGCTCTAGGACAAAGTCAAATGAATAAATAGCCTT  200

seq1  TCTTTGGGGGCTATGAATGACGGATTTGTGTTAAACAGGTCTCTTGACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGGGGCTATGAATGACGGATTTGTGTTAAACAGGTCTCTTGACTG  250

seq1  TGTTTTAATTATATGGATTTAAGAATAGACAAAGGAAACATTCACCAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAATTATATGGATTTAAGAATAGACAAAGGAAACATTCACCAAGA  300

seq1  CTGCACTGTGGTGGACATCAACAGCATCAAAAAAGACAATGGAATCGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTGTGGTGGACATCAACAGCATCAAAAAAGACAATGGAATCGGTC  350

seq1  ATTAGTTATTGGACCAATTGGTTTCACCTAAATGACTAGTGTGTCCTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTATTGGACCAATTGGTTTCACCTAAATGACTAGTGTGTCCTAAT  400

seq1  GTATATTCATCTGTGCCCTGCAATCCAAAGTCTCTTGTTAATTTAGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATTCATCTGTGCCCTGCAATCCAAAGTCTCTTGTTAATTTAGGCTG  450

seq1  AAATGTATTTCCAGACATGTAAGTATGTTTTTACAACCTTACATTTCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATTTCCAGACATGTAAGTATGTTTTTACAACCTTACATTTCAAA  500

seq1  TCTCAGTTTTGATTGCTTCTGAGTGTTCCTTGACATCAGAGGTGTGGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTTTTGATTGCTTCTGAGTGTTCCTTGACATCAGAGGTGTGGCCA  550

seq1  GGTGGTGGTGGTGCACACCTTTAATCCCACCACTCAGGAGGCAGAGGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGTGGTGCACACCTTTAATCCCACCACTCAGGAGGCAGAGGCAG  600

seq1  GTGGATCTCGTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCCATAGAGTGAGTTTCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATCTCGTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCCATAGAGTGAGTTTCAGA  650

seq1  CCAGCTAAAGCTACACTGAAAAAAAAACAAAACAAAACAAAATAAAACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTAAAGCTACACTGAAAAAAAAACAAAACAAAACAAAATAAAACAA  700

seq1  AACAAAACAAAACTGTCTCAAAAACAAAACAAATAAAACAAAACAAAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACAAAACTGTCTCAAAAACAAAACAAATAAAACAAAACAAAGAC  750

seq1  TCAAGTGTAGAGCTTTGGTCATTTGTGTGTTCAATATGCTGACAATCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGTAGAGCTTTGGTCATTTGTGTGTTCAATATGCTGACAATCAAG  800

seq1  GAAGACAGTGCTAGATAGTCCAAGTGCTCCCAGGGTTTTCCTAGTGAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGTGCTAGATAGTCCAAGTGCTCCCAGGGTTTTCCTAGTGAGAC  850

seq1  TCCA-GGCTGTTCCTTAAAACTACAGTTGGAGTTTAGAACTCGTCCTTGT  899
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCCAGGGCTGTTTCTTAAAACTACAGTTGGAGTTTAGAACTCGTCTTTGT  900

seq1  GTTTTTGTCCAGACCAAATTGTGCAGCGCTGTCTGCAGGGGTCCTTCCCT  949
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  
seq2  GTTTTTGT-CAGACC-AATTGTGCAGCGCTGTCTGCAGGGGTCTTTCC--  946

seq1  GGGACGGATGAGGTTGAGGGCTGGCTGGAGAGCAACTTGTTTCCAGCAAC  999
       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACGGATGA-GTTGAGGGCTGGCTGGAGAGCAACTTGTTTCCAGCAAC  995

seq1  CACGGCTAGCCCTGG-CACAGCAGGTAAAATAAATCGATGTCAGGGAAGC  1048
      ||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||| ||| ||
seq2  CACGGCTAGCCCTGGCCACAGCAAGT-AAATTAATCGATGTCA-GGAGGC  1043

seq1  AGCACGAGTC-TTACCTGATCTGTGCTCCCTTTTCCAGATGTGAACGAGT  1097
      | |||||||| |||||||||| ||||| || ||| |||| ||||||||  
seq2  A-CACGAGTCTTTACCTGATCGGTGCTTCCCTTT-CAGA-GTGAACGA-A  1089

seq1  GTGAACTGCTCAGTGGTGTATGTGGGGAAGCCTTCTGT  1135
      ||| |||||||| ||| ||   || || ||||||||||
seq2  GTG-ACTGCTCA-TGGGGTTATTGTGGGAGCCTTCTGT  1125