BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-152B02
Chromosome17 (Build37)
Map Location 77,958,152 - 78,150,174
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043887
Upstream geneEG624348, LOC545234
Downstream geneLOC668795, LOC383275, Crim1, Fez2, LOC100043888, Hdac1-ps, Vit, Strn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-152B02.bB6Ng01-152B02.g
ACCDH947734DH947735
length1,1571,144
definitionDH947734|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152B02, 5' end.DH947735|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152B02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,958,152 - 77,959,320)(78,149,027 - 78,150,174)
sequence
gaattccctcagggcccaaatggtcctccactaatgtctgtaacagccat
tcccaactctgaggagggacagtatccagatctctctccctagaaaaaag
aaaagaaaagaaatcccaccagtccccgaaacaggaaaaccctggacctc
tgaaatctccaagcctaggacttgaaatcctaccagtcctcactctggaa
acttctaccctggacatctctgccccctgacaaatcctatgttaccccag
ttttctgctcagctctctgctacttctcaccagagcagaggtggtcaacc
tcctgggtttttccctcccattgagtgagttttgttgtgcattataactt
tgtgatattccttggcccaaaacagccaggatagctttcccttcagcact
gcagcatttacaaagtacgtatgtgaatgtatgtgtgtgtgagtattgat
gccaaagtgctcctgaagatgccgaagagccacctgcaggagtcagtttt
ctccttccaccatgtggattccagggaacccaattaggtcatctgactgg
aaggtcagagccttaatccactgagcaacctcaccagccactacattccc
cttattttaattaatgagataataaataataacacaaacatacatgaaca
aaataattttgatacaactctcactgactttatataatcaagttcttgag
acctctaattttaaaatacataccttagctgccaacccacaattcagaca
cgaccttagaggttaacacatttttgtaagacaattcatactttctatct
ttaaatttttttctgttttcttttctaaaactcttatgctttagaattta
tataattttgctgattatacatctatttgctacatttttgaatttatttt
tccaacatataattgtagagtgacacaaactcttttaattttacttggaa
tgttgtatgtgggtattcatttattttatttatatgagatcttaagataa
tataatttgaacatcaaggtttaattatagcatatgaaggttgggccttc
aacctcattatggcttatatggacccaaggtataaaactttatagaatca
cattgtcattaggatttaatatgaaagggaccatttatttaagcgtttga
attatca
gaattcaggcacatgacgattaaacccactgtcaatatatatttgttcgt
tgatttgcctagtagaagttagagaggtgtataaataataaggggaagaa
atctgtgtgtccttatcagagctgtattggtatagtttatgctgagttca
cacattggtacacctactccaggatttgactgtcagtaatagactctcct
tctagagtctagaagttcacgaccctgggagaaaatcactacaaaataaa
gagcaatgtcatgaggagatattccctgtattagtacccttgagcaagag
atagtgtcctgcctagtagaaaggacctgactacatgtaattaaaacaag
ttataactttaccttaattatgtaatttcatgtttagacagcatttatat
acatcatattcctcaacccttctgacaactaaaacatcatttatgatgaa
ttttaaaattacacaaaaatggtatattttgtatcttggataaataatag
ctgcacagtgcatgcattttcaataagagtaatatggttcttggcaatat
tttttggggtaaaagagtttactaccaagcctgaagatacaagtttaatc
cctggtttccacatgttgaaaggagagaactgactcctaaaagttgtgca
ttaacctccacacaaattctgtggcatgcccatatctacatacatacaca
aaatataaataaacactataccaaaaatgtaaaagcccttaatcatgtta
aacacagatctaactatcacatacacaatacaaatttatgcacattaagg
gatatttttccaagatactcctgttgtaggacttcatgagggagttactc
tgagatagaagtatccaaaagctacttagaagaagtatcaggggcactga
cttaatgcaaatctctctatgttaactgaaaaaaatctatagcactttag
agcatagttaactgtctacttcagatgtcttcaccttcgtgaaatgtcct
catcatttcagcaagctaatttctataatattattaagattttgacgcaa
aatggaattgtttagttccttattgccagtgacactgggatggcatcttg
atatggactataagacattatgtatttatggccaggatgcatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_77958152_77959320
seq2: B6Ng01-152B02.b_47_1203

seq1  GAATTCCCTCAGGGCCCAAATGGTCCTCCACTAATGTCTGTAACAGCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCAGGGCCCAAATGGTCCTCCACTAATGTCTGTAACAGCCAT  50

seq1  TCCCAACTCTGAGGAGGGACAGTATCCAGATCTCTCTCCCTAGAAAAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACTCTGAGGAGGGACAGTATCCAGATCTCTCTCCCTAGAAAAAAG  100

seq1  AAAAGAAAAGAAATCCCACCAGTCCCCGAAACAGGAAAACCCTGGACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAAGAAATCCCACCAGTCCCCGAAACAGGAAAACCCTGGACCTC  150

seq1  TGAAATCTCCAAGCCTAGGACTTGAAATCCTACCAGTCCTCACTCTGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCTCCAAGCCTAGGACTTGAAATCCTACCAGTCCTCACTCTGGAA  200

seq1  ACTTCTACCCTGGACATCTCTGCCCCCTGACAAATCCTATGTTACCCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTACCCTGGACATCTCTGCCCCCTGACAAATCCTATGTTACCCCAG  250

seq1  TTTTCTGCTCAGCTCTCTGCTACTTCTCACCAGAGCAGAGGTGGTCAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGCTCAGCTCTCTGCTACTTCTCACCAGAGCAGAGGTGGTCAACC  300

seq1  TCCTGGGTTTTTCCCTCCCATTGAGTGAGTTTTGTTGTGCATTATAACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGTTTTTCCCTCCCATTGAGTGAGTTTTGTTGTGCATTATAACTT  350

seq1  TGTGATATTCCTTGGCCCAAAACAGCCAGGATAGCTTTCCCTTCAGCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATATTCCTTGGCCCAAAACAGCCAGGATAGCTTTCCCTTCAGCACT  400

seq1  GCAGCATTTACAAAGTACGTATGTGAATGTATGTGTGTGTGAGTATTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATTTACAAAGTACGTATGTGAATGTATGTGTGTGTGAGTATTGAT  450

seq1  GCCAAAGTGCTCCTGAAGATGCCGAAGAGCCACCTGCAGGAGTCAGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGTGCTCCTGAAGATGCCGAAGAGCCACCTGCAGGAGTCAGTTTT  500

seq1  CTCCTTCCACCATGTGGATTCCAGGGAACCCAATTAGGTCATCTGACTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCACCATGTGGATTCCAGGGAACCCAATTAGGTCATCTGACTGG  550

seq1  AAGGTCAGAGCCTTAATCCACTGAGCAACCTCACCAGCCACTACATTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCAGAGCCTTAATCCACTGAGCAACCTCACCAGCCACTACATTCCC  600

seq1  CTTATTTTAATTAATGAGATAATAAATAATAACACAAACATACATGAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTTAATTAATGAGATAATAAATAATAACACAAACATACATGAACA  650

seq1  AAATAATTTTGATACAACTCTCACTGACTTTATATAATCAAGTTCTTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTTTGATACAACTCTCACTGACTTTATATAATCAAGTTCTTGAG  700

seq1  ACCTCTAATTTTAAAATACATACCTTAGCTGCCAACCCACAATTCAGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTAATTTTAAAATACATACCTTAGCTGCCAACCCACAATTCAGACA  750

seq1  CGACCTTAGAGGTTAACACATTTTTGTAAGACAATTCATACTTTCTATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCTTAGAGGTTAACACATTTTTGTAAGACAATTCATACTTTCTATCT  800

seq1  TTAAATTTTTTTCTGTTTTCTTTTCTAAAACTCTTATGCTTTAGAATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTTTTTCTGTTTTCTTTTCTAAAACTCTTATGCTTTAGAATTTA  850

seq1  TATAATTTTGCTGATTATACATCTATTTGCTACATTTTTGAATTTATTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTTGCTGATTATACATCTATTTGCTACATTTTTGAATTTATTTT  900

seq1  TCCAACATATAATTGTAGAGTGACACAAACTCTTTTAATTTTTACTTGGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCCAACATATAATTGTAGAGTGACACAAACTCTTTTAA-TTTTACTTGGA  949

seq1  ATGTTGTATGTTGGTTATTCATTTATTTTAATTTTAATATGAGATCTTAA  1000
      |||||||||| ||| |||||||||||||||   || ||||||||||||||
seq2  ATGTTGTATG-TGGGTATTCATTTATTTTA---TTTATATGAGATCTTAA  995

seq1  GATAAATATAATTTG-ACATCAAGTTTTAATTATAAGCATATTGAAGGTT  1049
      ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||
seq2  GAT-AATATAATTTGAACATCAAGGTTTAATTAT-AGCATA-TGAAGGTT  1042

seq1  GGCCTTTCAACCTCATTATGGCTTATATGGACCCAAAGTATAAACATTAG  1099
      || | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||  
seq2  GGGCCTTCAACCTCATTATGGCTTATATGGACCCAAGGTATAAAACTTTA  1092

seq1  TAAGAATCACATTGGTCATTAGGTATTTATATGAAAAGGTGACATTTATT  1149
      | ||||||||||| |||||||||  || ||||| |||||   ||||||||
seq2  T-AGAATCACATT-GTCATTAGGATTTAATATG-AAAGGGACCATTTATT  1139

seq1  TTACAGCTTTAGAATTATCA  1169
      |   ||| || |||||||||
seq2  T--AAGCGTTTGAATTATCA  1157

seq1: chr17_78149027_78150174
seq2: B6Ng01-152B02.g_69_1212 (reverse)

seq1  TAATGCCATCCTGGCCCTAATTAC-TAATGCTTTTAT-GTCATTATC-AG  47
      ||||| |||||||||| ||| ||| ||||| | |||| |||  |||| ||
seq2  TAATG-CATCCTGGCCATAAATACATAATG-TCTTATAGTCCATATCAAG  48

seq1  GTGCCATCCATGTTCCCTTGACATTAAGGAACTTAAC-ATTCCATTTTTG  96
       ||||||||  ||  |  || || ||||||||| ||| |||||| |||||
seq2  ATGCCATCCCAGTGTCACTGGCAATAAGGAACTAAACAATTCCA-TTTTG  97

seq1  CGTTCAATATCTTAATATATTTTATAGAATATAGCTTGCTGAAATGATGA  146
      || |||| ||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  CG-TCAAAATCTTAATA-ATATTATAGAAATTAGCTTGCTGAAATGATGA  145

seq1  GGACATTTTTCACGGAGGTGAAGACATCTGAAGTAGACAGTTGACTATGC  196
      |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGACA--TTTCACGAAGGTGAAGACATCTGAAGTAGACAGTTAACTATGC  193

seq1  TCTAAAGTGCTATAGATTTTTTTTCAGTTAACATAGGAGAGATTTGCATT  246
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCTAAAGTGCTATAGA-TTTTTTTCAGTTAACATA-GAGAGATTTGCATT  241

seq1  AAGTCAGTGCCCCTGATACTTCTTCTAAGTAGCTTTTGGATACTTCTATC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGTGCCCCTGATACTTCTTCTAAGTAGCTTTTGGATACTTCTATC  291

seq1  TCAGAGTAACTCCCTCATGAAGTCCTACAACAGGAGTATCTTGG-AAAAT  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCAGAGTAACTCCCTCATGAAGTCCTACAACAGGAGTATCTTGGAAAAAT  341

seq1  ATCCCTTAATGTGCATAAATTTGTATTGTGTATGTGATAGTTAGATCTGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTAATGTGCATAAATTTGTATTGTGTATGTGATAGTTAGATCTGT  391

seq1  GTTTAACATGATTAAGGGCTTTTACATTTTTGGTATAGTGTTTATTTATA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAACATGATTAAGGGCTTTTACATTTTTGGTATAGTGTTTATTTATA  441

seq1  TTTTGTGTATGTATGTAGATATGGGCATGCCACAGAATTTGTGTGGAGGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGTATGTATGTAGATATGGGCATGCCACAGAATTTGTGTGGAGGT  491

seq1  TAATGCACAACTTTTAGGAGTCAGTTCTCTCCTTTCAACATGTGGAAACC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCACAACTTTTAGGAGTCAGTTCTCTCCTTTCAACATGTGGAAACC  541

seq1  AGGGATTAAACTTGTATCTTCAGGCTTGGTAGTAAACTCTTTTACCCCAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTAAACTTGTATCTTCAGGCTTGGTAGTAAACTCTTTTACCCCAA  591

seq1  AAAATATTGCCAAGAACCATATTACTCTTATTGAAAATGCATGCACTGTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTGCCAAGAACCATATTACTCTTATTGAAAATGCATGCACTGTG  641

seq1  CAGCTATTATTTATCCAAGATACAAAATATACCATTTTTGTGTAATTTTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATTATTTATCCAAGATACAAAATATACCATTTTTGTGTAATTTTA  691

seq1  AAATTCATCATAAATGATGTTTTAGTTGTCAGAAGGGTTGAGGAATATGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCATCATAAATGATGTTTTAGTTGTCAGAAGGGTTGAGGAATATGA  741

seq1  TGTATATAAATGCTGTCTAAACATGAAATTACATAATTAAGGTAAAGTTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATAAATGCTGTCTAAACATGAAATTACATAATTAAGGTAAAGTTA  791

seq1  TAACTTGTTTTAATTACATGTAGTCAGGTCCTTTCTACTAGGCAGGACAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGTTTTAATTACATGTAGTCAGGTCCTTTCTACTAGGCAGGACAC  841

seq1  TATCTCTTGCTCAAGGGTACTAATACAGGGAATATCTCCTCATGACATTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTTGCTCAAGGGTACTAATACAGGGAATATCTCCTCATGACATTG  891

seq1  CTCTTTATTTTGTAGTGATTTTCTCCCAGGGTCGTGAACTTCTAGACTCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTATTTTGTAGTGATTTTCTCCCAGGGTCGTGAACTTCTAGACTCT  941

seq1  AGAAGGAGAGTCTATTACTGACAGTCAAATCCTGGAGTAGGTGTACCAAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGAGTCTATTACTGACAGTCAAATCCTGGAGTAGGTGTACCAAT  991

seq1  GTGTGAACTCAGCATAAACTATACCAATACAGCTCTGATAAGGACACACA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAACTCAGCATAAACTATACCAATACAGCTCTGATAAGGACACACA  1041

seq1  GATTTCTTCCCCTTATTATTTATACACCTCTCTAACTTCTACTAGGCAAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTTCCCCTTATTATTTATACACCTCTCTAACTTCTACTAGGCAAA  1091

seq1  TCAACGAACAAATATATATTGACAGTGGGTTTAATCGTCATGTGCCTGAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACGAACAAATATATATTGACAGTGGGTTTAATCGTCATGTGCCTGAA  1141

seq1  TTC  1148
      |||
seq2  TTC  1144