BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-152I02
Chromosome17 (Build37)
Map Location 28,888,081 - 29,088,125
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMapk13, Brpf3, Pnpla1, 4930539E08Rik, Pxt1
Upstream geneD17Wsu92e, EG666682, Snrpc, F830021D11Rik, Taf11, Anks1, Tcp11, 4930526A20Rik, Scube3, LOC100042764, Zfp523, Def6, Ppard, 1810013A23Rik, Fance, Rpl10a, Tead3, Tulp1, Fkbp5, 4930511I11Rik, Gm749, Clps, Tmhs, Srpk1, Slc26a8, Mapk14, LOC100043318
Downstream geneKctd20, Stk38, Sfrs3, LOC100042815, Cdkn1a, 9830134C10Rik, LOC100043341, Cpne5, Ppil1, BC004004, LOC100043348, Pi16, Mtch1, Fgd2, Pim1, 4933413N12Rik, Tbc1d22b, Rnf8, 1300018I05Rik, Mdga1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-152I02.bB6Ng01-152I02.g
ACCDH948063DH948064
length1,0611,050
definitionDH948063|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152I02, 5' end.DH948064|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152I02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,087,065 - 29,088,125)(28,888,081 - 28,889,120)
sequence
gaattccagaacagccagggctacacagaggaaaccatgtctcaaaacaa
accaaatacgaccaccaacacagtaatgtcacaaaaaagccaacacagta
atgagatcatgtgctggcatctctgggccttggaactacagagaacatac
ccactgattaaaatttcattccaaaagtttcctcttctaatcctgtgccc
ctgtgcagtctccatacccacggtggaactactgcctttcttgttctgaa
tacaggacaatcaacttcctctttctttcatttccaagctcccctcaccc
atcctgagccaacacttaatacttgttatccatcgcccagaggggatcca
agatagcacatacttaactaatagtgaagagtaaaagggttgtcttttga
ttaaatatcattaaatcagacatgacaccgattttggatgaatatcaatt
ataggaggcatatgagaaatgtgtattaatgtcgacttttgtcactttaa
tttaactgtatcctcagtcaggctgagttctgagttccaggcctgcctgg
tctacagagtgagttccaggacagccagggctacacagagaaacccggtc
ttgaaaaacaaagaaacaaatttaagtgtatcctcaaatatctgaactag
gttcatcatctgagactgtaacccttcctaaagacagattggcaggcctg
ggaactttcattgttcataatggctaatttgaaaagtagcacaagtccat
tcaattaatggggttagtacatttcctaaaatattgcacctgctgctggt
aaatactatagaacactgagatttctttatgatgttttacagcccttaaa
cttctcaccaaccaaggacggaaggtttaatcatgcagatttacacataa
gaaaacaagacataaataagtagtgttcaaggctattacactactgggca
gtgtttataggatgcacaggcaggtcacctgaccccagctcaataccctt
tgcttcttgggaactcctcctacaatcctataatagaagacttctcttgt
tagtaaagaga
gaattccacgacagccagagttatttagtgagaccttgccttgaatgaat
gaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaacgaacgaatgaatgagtga
tggatcatgaatgaatgaatgaatgaatggtccctttaaaaactttcata
tttcttgaagtcagacttttcagaaggatgtcctcaatgtgcttcgtacc
tgtcatcccaggtaatccatgtgctcaggaagaagagatttactgcaaat
tggaaaccctgtctcaaacatcctccctcctacacctggagagatggctg
agttaagagtgttcactgctgattcagtttctagcacccacattgtgctg
acaacggcctgtgactccagctccaggggatccaacaccactggtctctg
atgtccaagagcatcggtacacatgtgcacataaccacacacaggttcac
atatgtacacatacttataaaaccctctaaaagtctttttttttttttta
cttcaaatctctccctcacttttataggggagaagtcaattgtgagcaat
gactaccacccctagagcagagcctcccagtacccattgctggaggccat
ttccgggctgaatgcacctatggacatcttcctgacgcatgcttacaggc
agtagggtttatgagggaagtccaaggcctttgtgtcctgggtgttccct
ggacctgctgagctgcctcttccactcccagctacagtgttggtgggcac
ccagatccattttcctctgagccgttgctcaggcatgatggagtctctgt
tgaaagacttgtcacccgatgactatctgattgtgcttgtggcagccctg
tgtggggaatgtcctccacctacagatgcaggacagagtgactgctcata
gcctgctccagtgaccactgccctccaagcttctgtgctcaatccctggg
gtttcttgtatctcgcttgaaattacccaagaatgaaggactcccaatag
gaatctctcttaaccttttaagggttattatttatatacccggggtgtgg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_29087065_29088125
seq2: B6Ng01-152I02.b_44_1104 (reverse)

seq1  TCTC-TAACTAACAAGAGAAGTC-TCTACTTATTAGGATTGTA-GAGGAG  47
      |||| | |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||
seq2  TCTCTTTACTAACAAGAGAAGTCTTCTA-TTA-TAGGATTGTAGGAGGAG  48

seq1  TTCCCCAGGAAGC-AAGGGTATTGAGCTGGGGTCAGGTGACCTGCCTGTG  96
      || |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-CCCAAGAAGCAAAGGGTATTGAGCTGGGGTCAGGTGACCTGCCTGTG  97

seq1  CATCCTATAAACACTGCCCAGTAGTGTAATAGCCTTGAACACTACTTATT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTATAAACACTGCCCAGTAGTGTAATAGCCTTGAACACTACTTATT  147

seq1  TATGTCTTGTTTTCCTTATGTGTAAATCTGCATGATTAAACCTTCCGTCC  196
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTTGTTTT-CTTATGTGTAAATCTGCATGATTAAACCTTCCGTCC  196

seq1  TTGGTTGGTGAGAAGTTTTAAGGGCTGTAAAACATCATGAAGAAATCTCA  246
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGGTTGGTGAGAAG-TTTAAGGGCTGTAAAACATCATAAAGAAATCTCA  245

seq1  GTGTTCTATAGTATTTACCAGCAGCAGGTGCAATATTTTAGGAAATGTAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTATAGTATTTACCAGCAGCAGGTGCAATATTTTAGGAAATGTAC  295

seq1  TAACCCCATTAATTGAATGGACTTGTGCTACTTTTCAAATTAGCCATTAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCATTAATTGAATGGACTTGTGCTACTTTTCAAATTAGCCATTAT  345

seq1  GAACAATGAAAGTT-CCAGGCCTGCCAATCTGTCTTTAGGAAGGGTTACA  395
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATGAAAGTTCCCAGGCCTGCCAATCTGTCTTTAGGAAGGGTTACA  395

seq1  GTCTCAGATGATGAACCTAGTTCAGATATTTGAGGATACACTTAAATTTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGATGATGAACCTAGTTCAGATATTTGAGGATACACTTAAATTTG  445

seq1  TTTCTTTGTTTTTCAAGACCGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGTTTTTCAAGACCGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTG  495

seq1  GAACTCACTCTGTAGACCAGGCAGGCCTGGAACTCAGAACTCAGCCTGAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCACTCTGTAGACCAGGCAGGCCTGGAACTCAGAACTCAGCCTGAC  545

seq1  TGAGGATACAGTTAAATTAAAGTGACAAAAGTCGACATTAATACACATTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATACAGTTAAATTAAAGTGACAAAAGTCGACATTAATACACATTT  595

seq1  CTCATATGCCTCCTATAATTGATATTCATCCAAAATCGGTGTCATGTCTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATGCCTCCTATAATTGATATTCATCCAAAATCGGTGTCATGTCTG  645

seq1  ATTTAATGATATTTAATCAAAAGACAACCCTTTTACTCTTCACTATTAGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATGATATTTAATCAAAAGACAACCCTTTTACTCTTCACTATTAGT  695

seq1  TAAGTATGTGCTATCTTGGATCCCCTCTGGGCGATGGATAACAAGTATTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATGTGCTATCTTGGATCCCCTCTGGGCGATGGATAACAAGTATTA  745

seq1  AGTGTTGGCTCAGGATGGGTGAGGGGAGCTTGGAAATGAAAGAAAGAGGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGGCTCAGGATGGGTGAGGGGAGCTTGGAAATGAAAGAAAGAGGA  795

seq1  AGTTGATTGTCCTGTATTCAGAACAAGAAAGGCAGTAGTTCCACCGTGGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATTGTCCTGTATTCAGAACAAGAAAGGCAGTAGTTCCACCGTGGG  845

seq1  TATGGAGACTGCACAGGGGCACAGGATTAGAAGAGGAAACTTTTGGAATG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGACTGCACAGGGGCACAGGATTAGAAGAGGAAACTTTTGGAATG  895

seq1  AAATTTTAATCAGTGGGTATGTTCTCTGTAGTTCCAAGGCCCAGAGATGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTAATCAGTGGGTATGTTCTCTGTAGTTCCAAGGCCCAGAGATGC  945

seq1  CAGCACATGATCTCATTACTGTGTTGGCTTTTTTGTGACATTACTGTGTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACATGATCTCATTACTGTGTTGGCTTTTTTGTGACATTACTGTGTT  995

seq1  GGTGGTCGTATTTGGTTTGTTTTGAGACATGGTTTCCTCTGTGTAGCCCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTCGTATTTGGTTTGTTTTGAGACATGGTTTCCTCTGTGTAGCCCT  1045

seq1  GGCTGTTCTGGAATTC  1061
      ||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTCTGGAATTC  1061

seq1: chr17_28888081_28889120
seq2: B6Ng01-152I02.g_69_1118

seq1  GAATTCCACGACAGCCAGAGTTATTTAGTGAGACCTTGCCTTGAATGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACGACAGCCAGAGTTATTTAGTGAGACCTTGCCTTGAATGAAT  50

seq1  GAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAACGAACGAATGAATGAGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAACGAACGAATGAATGAGTGA  100

seq1  TGGATCATGAATGAATGAATGAATGAATGGTCCCTTTAAAAACTTTCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCATGAATGAATGAATGAATGAATGGTCCCTTTAAAAACTTTCATA  150

seq1  TTTCTTGAAGTCAGACTTTTCAGAAGGATGTCCTCAATGTGCTTCGTACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGAAGTCAGACTTTTCAGAAGGATGTCCTCAATGTGCTTCGTACC  200

seq1  TGTCATCCCAGGTAATCCATGTGCTCAGGAAGAAGAGATTTACTGCAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCCCAGGTAATCCATGTGCTCAGGAAGAAGAGATTTACTGCAAAT  250

seq1  TGGAAACCCTGTCTCAAACATCCTCCCTCCTACACCTGGAGAGATGGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACCCTGTCTCAAACATCCTCCCTCCTACACCTGGAGAGATGGCTG  300

seq1  AGTTAAGAGTGTTCACTGCTGATTCAGTTTCTAGCACCCACATTGTGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGAGTGTTCACTGCTGATTCAGTTTCTAGCACCCACATTGTGCTG  350

seq1  ACAACGGCCTGTGACTCCAGCTCCAGGGGATCCAACACCACTGGTCTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACGGCCTGTGACTCCAGCTCCAGGGGATCCAACACCACTGGTCTCTG  400

seq1  ATGTCCAAGAGCATCGGTACACATGTGCACATAACCACACACAGGTTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCAAGAGCATCGGTACACATGTGCACATAACCACACACAGGTTCAC  450

seq1  ATATGTACACATACTTATAAAACCCTCTAAAAGTCTTTTTTTTTTTTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTACACATACTTATAAAACCCTCTAAAAGTCTTTTTTTTTTTTTTA  500

seq1  CTTCAAATCTCTCCCTCACTTTTATAGGGGAGAAGTCAATTGTGAGCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATCTCTCCCTCACTTTTATAGGGGAGAAGTCAATTGTGAGCAAT  550

seq1  GACTACCACCCCTAGAGCAGAGCCTCCCAGTACCCATTGCTGGAGGCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACCACCCCTAGAGCAGAGCCTCCCAGTACCCATTGCTGGAGGCCAT  600

seq1  TTCCGGGCTGAATGCACCTATGGACATCTTCCTGACGCATGCTTACAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGGGCTGAATGCACCTATGGACATCTTCCTGACGCATGCTTACAGGC  650

seq1  AGTAGGGTTTATGAGGGAAGTCCAAGGCCTTTGTGTCCTGGGTGTTCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGGTTTATGAGGGAAGTCCAAGGCCTTTGTGTCCTGGGTGTTCCCT  700

seq1  GGACCTGCTGAGCTGCCTCTTCCACTCCCAGCTACAGTGTTGGT-GGCAC  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGACCTGCTGAGCTGCCTCTTCCACTCCCAGCTACAGTGTTGGTGGGCAC  750

seq1  CCAGATCCA-TTTCCTCTGAGCCGTTGCTCAGGCATGATGGAGTCTCTG-  797
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCAGATCCATTTTCCTCTGAGCCGTTGCTCAGGCATGATGGAGTCTCTGT  800

seq1  TGAAAGACTTGTCACCCGATGACTATCTGATAGTGGCTGTGGCAGCCCTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||
seq2  TGAAAGACTTGTCACCCGATGACTATCTGATTGTGCTTGTGGCAGCCCTG  850

seq1  TGTGGGGAATGTCC-CCACCTACAGATGCAGGACAGAGTGACTGCTCATA  896
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGAATGTCCTCCACCTACAGATGCAGGACAGAGTGACTGCTCATA  900

seq1  AGCCCTGCTCCCAGTGACCACTGCCCTCCAAGCTTCTGTGCTCAATCCCT  946
         |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  --GCCTGCT-CCAGTGACCACTGCCCTCCAAGCTTCTGTGCTCAATCCCT  947

seq1  -GGGTTTC-TGTGACTCGCTGGAGATTA-CCAAG-ATGGAGGACTCCC-A  991
       ||||||| |||  |||||| || |||| ||||| ||| ||||||||| |
seq2  GGGGTTTCTTGTATCTCGCTTGAAATTACCCAAGAATGAAGGACTCCCAA  997

seq1  TAGGACTCT-TCCTAACCTTTTAAGGTTTATT-TTTAT-TAGCC-GGGTG  1037
      ||||| ||| || ||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||
seq2  TAGGAATCTCTCTTAACCTTTTAAGGGTTATTATTTATATACCCGGGGTG  1047

seq1  TGG  1040
      |||
seq2  TGG  1050