BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-167O24
Chromosome17 (Build37)
Map Location 15,557,610 - 15,696,530
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4932442K08Rik, Psmb1, Tbp, Pdcd2, LOC636398, Prdm9
Upstream geneThbs2, LOC100041236, Wdr27, LOC664893, 1600012H06Rik, Phf10, LOC100041586, LOC100041574, LOC100041289, LOC100041639, LOC100041621, LOC100041301, 9030025P20Rik, Tcte3, C330048F19, LOC664953, Dll1, LOC100041314
Downstream geneEG626573, LOC665017, LOC100041775, 5830433I10Rik, Chd1, Rgmb, LOC100041365, Eif3s6-ps3, LOC100041383, LOC100041394, LOC213781
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-167O24.bB6Ng01-167O24.g
ACCDH959307DH959308
length1,0611,141
definitionDH959307|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167O24, 5' end.DH959308|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167O24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,557,610 - 15,558,684)(15,695,382 - 15,696,530)
sequence
gaattcagtcagtgtccatatattaccagtgagcacatagaaactgagct
gtgaaggcaatgccctcaaaactattttactaaactgaattgcctaggta
caagttaaatgtaagtgtgatctgtaggtccagacttgccctggtgctag
gtgtggtggtgcatgcctttaatcccagctcctgggacagaggcaggcag
aggcaggatctacatagcaagatccagggcagccagggctacatagagag
ccctacccacctcccccagagaatgtacccttgattaaaaaaaaaaaaaa
aaaacacatgaaagaaagaagactttatgcctctggacgtctgctcactt
tactcatagagtcgatgaaaggaaaatagggtggtattaatgggctttga
gaatagttcgttaagttcagttctgctcatagtagactctgcagcccatg
catagaaagtttgcactagtgcagagccccgtcagagcctacaaagtatc
ccccagtggctctggaatgagcttctcagagccagacctctatataaaca
gcctatggagctgaagctgagcccttaggattaaaggctgagtctgcagt
gatccaggctcacagtaagcaactttttatttagagagacagggtctcac
actgtatcccctgctggactggaactcaccatgcagacctggggagtcat
gagctttgtgacagtcagcatgcctcagcctccaccattctggaactaca
gacatgcaccactgtatttctgatagttttttaaataattgtcaaattca
tttaagtgcggccttgtgtataaaatggttgaaacaacgatcacctctct
aacctttttttcacttttattaactcttagatatgtcatggtgttcaagg
tagcattgggtcagtgtgagcaaacagatgctcagaggtggctggcttac
ttgtgctccctttcaatggggtttcttgacatctgcagtgtgatgctgca
gcacgtcagcatcacagatcatggatacgcgtgcttctgtgggatgtgac
ttatgcgcata
gaattccaatatttcactattaaaactgacactgaaaattacctcttacc
gaatgacctttttgtgtgtatatgtatataatatctccttgttcctgttt
tattcagtgttttctttgtcacaggctgatttacttatttacttaaaaat
aaatgtattggatagcgtataaacataaaacaaagataagatgagttttg
tctaattggataagcttaaataaaaacaccaatgccccccaatagaatga
tagagttaatattttagaaataatttccggcggggggagggtatagggac
ctttgggatagcatttgaaatgtaaatgaagaaaatatctaataaatata
tatataaataagaaataatttccatatcactcttgggtcatccttgaagt
cttcactcagttattcagaattctctgttcctggtaagaatcccaagtgt
aaaactatataccaacccaaaccctgatttcctatccctttcagtcagtc
ctccttgggtgcctttccgggtgaagcacagtaaacagcagaaggtaagt
gctttccaaatcctacagacaaggaaaccttcctcatagatccaaacaca
ggtaaggaaaggagaaggcttagagtaccctgggaattgctaccttcccg
gtctcatctacacagtgtctctcagcctcccggtcatttgaattaataag
aacatcactcacttgagtgttcctacctcagtttttttctgctatgtgaa
agtgagaaattcactaatgtactctaaggatagtttacaaatacagagga
ttttactttgaatggcacacataaaggagatatgatcctctccttcataa
agactcactctgataagaaacagcaactctcgtcacttagaagattcaag
tttaatagcaagggatccacaaatgagacatgacttaatcaggcatggta
gtgcttgcctgtaattacatgagaagcagagtcccaaggaatactgtgag
tttgagtcagctagtctacttagggagttccaggtctacacagtatacaa
tgatataaatgagtttttgaatgggaaaagagaaaggatgtagcgttcat
ataggcaaatattcaatagaaatatcatctgtcgaagactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_15557610_15558684
seq2: B6Ng01-167O24.b_47_1107

seq1  GAATTCAGTCAGTGTCCATATATTACCAGTGAGCACATAGAAACTGAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCAGTGTCCATATATTACCAGTGAGCACATAGAAACTGAGCT  50

seq1  GTGAAGGCAATGCCCTCAAAACTATTTTACTAAACTGAATTGCCTAGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGCAATGCCCTCAAAACTATTTTACTAAACTGAATTGCCTAGGTA  100

seq1  CAAGTTAAATGTAAGTGTGATCTGTAGGTCCAGACTTGCCCTGGTGCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTAAATGTAAGTGTGATCTGTAGGTCCAGACTTGCCCTGGTGCTAG  150

seq1  GTGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCTCCTGGGACAGAGGCAGGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCTCCTGGGACAGAGGCAGGCAG  200

seq1  AGGCAGGATCTACATAGCAAGATCCAGGGCAGCCAGGGCTACATAGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGATCTACATAGCAAGATCCAGGGCAGCCAGGGCTACATAGAGAG  250

seq1  CCCTACCCACCTCCCCCAGAGAATGTACCCTTGATTAAAAAAAAAAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCCACCTCCCCCAGAGAATGTACCCTTGATTAAAAAAAAAAAAAA  300

seq1  AAAACACATGAAAGAAAGAAGACTTTATGCCTCTGGACGTCTGCTCACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACATGAAAGAAAGAAGACTTTATGCCTCTGGACGTCTGCTCACTT  350

seq1  TACTCATAGAGTCGATGAAAGGAAAATAGGGTGGTATTAATGGGCTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATAGAGTCGATGAAAGGAAAATAGGGTGGTATTAATGGGCTTTGA  400

seq1  GAATAGTTCGTTAAGTTCAGTTCTGCTCATAGTAGACTCTGCAGCCCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGTTCGTTAAGTTCAGTTCTGCTCATAGTAGACTCTGCAGCCCATG  450

seq1  CATAGAAAGTTTGCACTAGTGCAGAGCCCCGTCAGAGCCTACAAAGTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAAGTTTGCACTAGTGCAGAGCCCCGTCAGAGCCTACAAAGTATC  500

seq1  CCCCAGTGGCTCTGGAATGAGCTTCTCAGAGCCAGACCTCTATATAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGTGGCTCTGGAATGAGCTTCTCAGAGCCAGACCTCTATATAAACA  550

seq1  GCCTATGGAGCTGAAGCTGAGCCCTTAGGATTAAAGGCTGAGTCTGCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGGAGCTGAAGCTGAGCCCTTAGGATTAAAGGCTGAGTCTGCAGT  600

seq1  GATCCAGGCTCACAGTAAGCAACTTTTTATTTAGAGAGACAGGGTCTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAGGCTCACAGTAAGCAACTTTTTATTTAGAGAGACAGGGTCTCAC  650

seq1  ACTGTATCCCCTGCTGGACTGGAACTCACCATGCAGACCTGGGGAGTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATCCCCTGCTGGACTGGAACTCACCATGCAGACCTGGGGAGTCAT  700

seq1  GAGCTTTGTGACAGTCAGCATGCCTCAGCCTCCACCATTCTGGAACTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTGTGACAGTCAGCATGCCTCAGCCTCCACCATTCTGGAACTACA  750

seq1  GACATGCACCACTGTATTTCTGATAGTTTTTTAAATAATTGTCAAATTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCACCACTGTATTTCTGATAGTTTTTTAAATAATTGTCAAATTCA  800

seq1  TTTAAGTGCGGCCTTGTGTATAAAATGGTTGAAACAACGATCACCTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTGCGGCCTTGTGTATAAAATGGTTGAAACAACGATCACCTCTCT  850

seq1  AACCTTTTTTTCACTTTTATTAACTCTTAGATATGTCATGGTGTTCAAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTTTTTCACTTTTATTAACTCTTAGATATGTCATGGTGTTCAAGG  900

seq1  TAGCATT-GGTCAGTGTGAGCAAAACAGATGCCCAGAGGTGGCTGGCTTA  949
      ||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TAGCATTGGGTCAGTGTGAGC-AAACAGATGCTCAGAGGTGGCTGGCTTA  949

seq1  CTTGTGCTCCCCTTTCAATGGGGTTTCTTGGACATCTGCAGTGTTGATGC  999
      |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| 
seq2  CTTGTGCT-CCCTTTCAATGGGGTTTCTT-GACATCTGCAGTG-TGATG-  995

seq1  CTGCAGCACGGTCAGCATCACAGATCCATGGGAATACGCGTGGCTTCCTG  1049
      ||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||| |||
seq2  CTGCAGCAC-GTCAGCATCACAGAT-CATGG--ATACGCGT-GCTT-CTG  1039

seq1  TGGGATGTGGAACCTTATGCCGCATA  1075
      |||||||||    |||||| ||||||
seq2  TGGGATGTG---ACTTATG-CGCATA  1061

seq1: chr17_15695382_15696530
seq2: B6Ng01-167O24.g_67_1207 (reverse)

seq1  CAGTCTTTCCGACAGATGATATTTCTATGGAAATTATTTGCCTATATGAA  50
      |||||||  ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||
seq2  CAGTCTT--CGACAGATGATATTTCTATTGAA--TATTTGCCTATATGAA  46

seq1  CGCTTACATCCTTTTCTTTTTCCCATTCCAAAACTCA-TTATATCATTGT  99
      ||| ||||||||||   ||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  CGC-TACATCCTTTCTCTTTTCCCATTCAAAAACTCATTTATATCATTGT  95

seq1  ATACCTGTGGTAGACCTGGAACTCCTTAAGTAGACTAGGCTGGCCTCAAA  149
      ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||
seq2  ATA-CTGT-GTAGACCTGGAACTCCCTAAGTAGACTA-GCT-GACTCAAA  141

seq1  CTCACAGTATTCCTTGGGACTCTGCTTCTCATGTAATTACAGGCAAGCAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTATTCCTTGGGACTCTGCTTCTCATGTAATTACAGGCAAGCAC  191

seq1  TACCATGCCTGATTAAGTCATGTCTCATTTGTGGATCCCTTGCTATTAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGCCTGATTAAGTCATGTCTCATTTGTGGATCCCTTGCTATTAAA  241

seq1  CTTGAATCTTCTAAGTGACGAGAGTTGCTGTTTCTTATCAGAGTGAGTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATCTTCTAAGTGACGAGAGTTGCTGTTTCTTATCAGAGTGAGTCT  291

seq1  TTATGAAGGAGAGGATCATATCTCCTTTATGTGTGCCATTCAAAGTAAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAGGAGAGGATCATATCTCCTTTATGTGTGCCATTCAAAGTAAAA  341

seq1  TCCTCTGTATTTGTAAACTATCCTTAGAGTACATTAGTGAATTTCTCACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGTATTTGTAAACTATCCTTAGAGTACATTAGTGAATTTCTCACT  391

seq1  TTCACATAGCAGAAAAAAACTGAGGTAGGAACACTCAAGTGAGTGATGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATAGCAGAAAAAAACTGAGGTAGGAACACTCAAGTGAGTGATGTT  441

seq1  CTTATTAATTCAAATGACCGGGAGGCTGAGAGACACTGTGTAGATGAGAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTAATTCAAATGACCGGGAGGCTGAGAGACACTGTGTAGATGAGAC  491

seq1  CGGGAAGGTAGCAATTCCCAGGGTACTCTAAGCCTTCTCCTTTCCTTACC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAAGGTAGCAATTCCCAGGGTACTCTAAGCCTTCTCCTTTCCTTACC  541

seq1  TGTGTTTGGATCTATGAGGAAGGTTTCCTTGTCTGTAGGATTTGGAAAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGGATCTATGAGGAAGGTTTCCTTGTCTGTAGGATTTGGAAAGC  591

seq1  ACTTACCTTCTGCTGTTTACTGTGCTTCACCCGGAAAGGCACCCAAGGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACCTTCTGCTGTTTACTGTGCTTCACCCGGAAAGGCACCCAAGGAG  641

seq1  GACTGACTGAAAGGGATAGGAAATCAGGGTTTGGGTTGGTATATAGTTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGACTGAAAGGGATAGGAAATCAGGGTTTGGGTTGGTATATAGTTTT  691

seq1  ACACTTGGGATTCTTACCAGGAACAGAGAATTCTGAATAACTGAGTGAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGGGATTCTTACCAGGAACAGAGAATTCTGAATAACTGAGTGAAG  741

seq1  ACTTCAAGGATGACCCAAGAGTGATATGGAAATTATTTCTTATTTATATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAGGATGACCCAAGAGTGATATGGAAATTATTTCTTATTTATATA  791

seq1  TATATTTATTAGATATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTATTAGATATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAG  841

seq1  GTCCCTATACCCTCCCCCCGCCGGAAATTATTTCTAAAATATTAACTCTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTATACCCTCCCCCCGCCGGAAATTATTTCTAAAATATTAACTCTA  891

seq1  TCATTCTATTGGGGGGCATTGGTGTTTTTATTTAAGCTTATCCAATTAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTATTGGGGGGCATTGGTGTTTTTATTTAAGCTTATCCAATTAGA  941

seq1  CAAAACTCATCTTATCTTTGTTTTATGTTTATACGCTATCCAATACATTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTCATCTTATCTTTGTTTTATGTTTATACGCTATCCAATACATTT  991

seq1  ATTTTTAAGTAAATAAGTAAATCAGCCTGTGACAAAGAAAACACTGAATA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAGTAAATAAGTAAATCAGCCTGTGACAAAGAAAACACTGAATA  1041

seq1  AAACAGGAACAAGGAGATATTATATACATATACACACAAAAAGGTCATTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGAACAAGGAGATATTATATACATATACACACAAAAAGGTCATTC  1091

seq1  GGTAAGAGGTAATTTTCAGTGTCAGTTTTAATAGTGAAATATTGGAATTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGAGGTAATTTTCAGTGTCAGTTTTAATAGTGAAATATTGGAATTC  1141