BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175C08
Chromosome17 (Build37)
Map Location 20,748,139 - 20,967,148
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFpr-rs3, EG433073, V1re2, V1re6, LOC100041976, V1re3, V1re1
Upstream geneEG627576, EG224572, EG627618, EG627636, LOC100042273, LOC210465, LOC670534, EG627664, V2r7, LOC100041856, EG545190, Fpr-rs7, Fpr-rs6, EG627743, EG224576, V2r6, EG637720, EG665525, EG627805, V1re5, EG627814, EG381065, EG224582
Downstream geneV1re8, V1re7, V1re4, LOC627884, Ppp2r1a, V1rf5, Zfp160, LOC627912, LOC435509, EG627924, 4933430A09, EG665654, EG665662, LOC665666, EG665669, V1rf1, V1rf2, V1rf4, V1rf3, A830058L05Rik, Zfp54, Zfp51, Zfp53, LOC100042508, Zfp52, BC049807, Zfp760, BC043476, 4930515G13Rik, 2610036F08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175C08.bB6Ng01-175C08.g
ACCGA003032GA003033
length1,1541,144
definitionB6Ng01-175C08.b B6Ng01-175C08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,748,139 - 20,749,292)(20,965,995 - 20,967,148)
sequence
gaattcctaaaattccgccaccgtgcctctcctgggctgtacctagggca
tttgctctcaggtctgcctgagctcttgcttctcctctgcccctgactcc
acgccatggcctcctccctccccggtcccaccagcaaaactttccatccc
tccctccctctcaccccttatttgtcttggttcgatccatgccgcaccga
agggtcctcccaacctccccgcttataggacccagaaaataatcaaccat
gcttctgtcagccttctaggatatcgacttcttgtgcaaaatggagaaat
ccctggcaaaccccaatctgaacaacatactggacaagaaggcggtaaag
acccccgtggctgctgctttgtttaatgacagtctaaaacttgcactatt
atttttcagtgtaaagaggcagaaatgtttcctggctctcctggcctgca
gatgaatgagcagtctgtatgtagtgtatgtaggtacagttgcaacaccg
agcatgcactctggactactttgacagaagtaggtttttgaatgtaacaa
gataagtcaacttgagttgtaatatattttgataaatcagttcactgcta
agtgtgactgtaaacattgtactgtaaatgttttatagtttcccacatta
aattcttttggggaaaaaaaagaatcctaaaattattaagctattttata
atggagaggaggcctgtgattggacagggaaagggaggtgaagctaaaag
ttgcagagactgagagcaccacagagttggaggggaaggaagatggctgc
agttgtgaacccacacccacaaggcgttttccagatgcaaatagctatga
tttcacaagggttagaaacaatgagggaaagcttttattattatcaattg
gatccgaaattattgtattggcatcttgtaaattgtgatattattgacac
ctaaatctgattggttaatttaacattaagagtcttgattctacctgggt
actgggttattgttttatcataccttgaaggatgcaggttcttattctgg
ttattggatgttgggacagagcagccagaacatagtgttgtggcccaact
atgtgtactagagcagacttgcccagtggtagagtgttggtggcttgaga
gaaa
gaattctttagagctctgggcctctccctcgactccagccctcacaaagt
tcttctatccagcaataaagtcaataacttcctaacacataagttatgga
acttaaaatcaccccacagtagaataaagtcatttggaaattcttggcag
ttcaatgaagtattagtaaaatgacaagcacaatgttgtaatctacaata
aaaaatcattacactcttcatacaaccaaatgcaaaataactggtaatgc
ttgcatcaaaatattctagaaattacagttttcatgtttacaataacagg
aagtctaaatatagccccatcctagaagaatgtttaaatataccacttct
taaaaaaattaatccagcaccacatggtacataaactaatgttaccttct
taattaaaaggcctagaataaagaattctaagattaatgatgaaaatgag
aattattcattgttcaataattaataaaaaatgaagttattggtttaaca
tttgccttctgtccactcagtgtccactgtaggaagttttaagccgacat
agaagtgaaatatcatcttttggactcatatataagtcattggtccccac
atttccctgtaagtggataattcattataatgagttggaaacacagagag
ctattgagcttatggtttttgcttactcaaagaaagttgaaaccagtcaa
aggaagaagaagatgttctgaaacagaatcacatttgctccatcactgat
cctcacgtcacccaaatgtgctggataggatgacacagcacaataacaaa
ttggaagagtgaattaaaaacctcttcaatacttagggaagcaatttaat
gagtttcaaattcctgacaacactcataccctataacaagtttgtcattc
acaagcagccctcagtagttctgtttcctgaaagagaacatcatgaagat
agttgaacaagtgcctgttcttgtagaagaaacttgttttgggtattatg
tccagatagtatggctgatgctgttgagattgattctcattctctgagag
tacacattgaattttcatagtgaattacgttccatccaggtagcaatgag
cagtgtcaattatcccaatgccttgcctagcatgagctgtcact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_20748139_20749292
seq2: B6Ng01-175C08.b_44_1196

seq1  GAATTCCTAAAATTCCGCCACCGTGCCTCTCCTGGGCTGTACCTAGGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAAATTCCGCCACCGTGCCTCTCCTGGGCTGTACCTAGGGCA  50

seq1  TTTGCTCTCAGGTCTGCCTGAGCTCTTGCTTCTCCTCTGCCCCTGACTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCTCAGGTCTGCCTGAGCTCTTGCTTCTCCTCTGCCCCTGACTCC  100

seq1  ACGCCATGGCCTCCTCCCTCCCCGGTCCCACCAGCAAAACTTTCCATCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCATGGCCTCCTCCCTCCCCGGTCCCACCAGCAAAACTTTCCATCCC  150

seq1  TCCCTCCCTCTCACCCCTTATTTGTCTTGGTTCGATCCATGCCGCACCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCTCTCACCCCTTATTTGTCTTGGTTCGATCCATGCCGCACCGA  200

seq1  AGGGTCCTCCCAACCTCCCCGCTTATAGGACCCAGAAAATAATCAACCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCCTCCCAACCTCCCCGCTTATAGGACCCAGAAAATAATCAACCAT  250

seq1  GCTTCTGTCAGCCTTCTAGGATATCGACTTCTTGTGCAAAATGGAGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGTCAGCCTTCTAGGATATCGACTTCTTGTGCAAAATGGAGAAAT  300

seq1  CCCTGGCAAACCCCAATCTGAACAACATACTGGACAAGAAGGCGGTAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCAAACCCCAATCTGAACAACATACTGGACAAGAAGGCGGTAAAG  350

seq1  ACCCCCGTGGCTGCTGCTTTGTTTAATGACAGTCTAAAACTTGCACTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCGTGGCTGCTGCTTTGTTTAATGACAGTCTAAAACTTGCACTATT  400

seq1  ATTTTTCAGTGTAAAGAGGCAGAAATGTTTCCTGGCTCTCCTGGCCTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCAGTGTAAAGAGGCAGAAATGTTTCCTGGCTCTCCTGGCCTGCA  450

seq1  GATGAATGAGCAGTCTGTATGTAGTGTATGTAGGTACAGTTGCAACACCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATGAGCAGTCTGTATGTAGTGTATGTAGGTACAGTTGCAACACCG  500

seq1  AGCATGCACTCTGGACTACTTTGACAGAAGTAGGTTTTTGAATGTAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCACTCTGGACTACTTTGACAGAAGTAGGTTTTTGAATGTAACAA  550

seq1  GATAAGTCAACTTGAGTTGTAATATATTTTGATAAATCAGTTCACTGCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTCAACTTGAGTTGTAATATATTTTGATAAATCAGTTCACTGCTA  600

seq1  AGTGTGACTGTAAACATTGTACTGTAAATGTTTTATAGTTTCCCACATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGACTGTAAACATTGTACTGTAAATGTTTTATAGTTTCCCACATTA  650

seq1  AATTCTTTTGGGGAAAAAAAAGAATCCTAAAATTATTAAGCTATTTTATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTTTGGGGAAAAAAAAGAATCCTAAAATTATTAAGCTATTTTATA  700

seq1  ATGGAGAGGAGGCCTGTGATTGGACAGGGAAAGGGAGGTGAAGCTAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAGGAGGCCTGTGATTGGACAGGGAAAGGGAGGTGAAGCTAAAAG  750

seq1  TTGCAGAGACTGAGAGCACCACAGAGTTGGAGGGGAAGGAAGATGGCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAGACTGAGAGCACCACAGAGTTGGAGGGGAAGGAAGATGGCTGC  800

seq1  AGTTGTGAACCCACACCCACAAGGCGTTTTCCAGATGCAAATAGCTATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGAACCCACACCCACAAGGCGTTTTCCAGATGCAAATAGCTATGA  850

seq1  TTTCACAA-GGTTAGAAACAATGAGGGAAAGCTTTTATTATTATCAATTG  899
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAAGGGTTAGAAACAATGAGGGAAAGCTTTTATTATTATCAATTG  900

seq1  GATCCGAAATTATTGTATTGGCATCTTGTAAATTGTGATATTATTGACAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCGAAATTATTGTATTGGCATCTTGTAAATTGTGATATTATTGACAC  950

seq1  CTAAATCTGATTGGTTAATTAAACATTAAGAGTCTTGATTCTACCTGGGT  999
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATCTGATTGGTTAATTTAACATTAAGAGTCTTGATTCTACCTGGGT  1000

seq1  ACTGGG-TATTGTTTTATCATACCTTG-AGGATGGCAGG-TCT--ATCTG  1044
      |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||   ||||
seq2  ACTGGGTTATTGTTTTATCATACCTTGAAGGAT-GCAGGTTCTTATTCTG  1049

seq1  GTTATTGGAATGTGGGACAGAGCCAGCCAGAACATAGTGTTGTGGCCCAA  1094
      |||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGGATGTTGGGACAGAG-CAGCCAGAACATAGTGTTGTGGCCCAA  1098

seq1  CTATGTTGGTACTAGAGCAGAACTTGGCCCAGTGGGTAGAGTGTTGGTGG  1144
      ||||||  |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTATGT--GTACTAGAGCAG-ACTT-GCCCAGT-GGTAGAGTGTTGGTGG  1143

seq1  GTTGAGAGAA  1154
       |||||||||
seq2  CTTGAGAGAA  1153

seq1: chr17_20965995_20967148
seq2: B6Ng01-175C08.g_66_1209 (reverse)

seq1  AGTGACAGCTCATGCTA-GCAAGCATTTGGGATAAATGGAACACTGCTCC  49
      ||||||||||||||||| |||||   ||||||||| ||  |||||||| |
seq2  AGTGACAGCTCATGCTAGGCAAGGCATTGGGATAATTG--ACACTGCT-C  47

seq1  ATTGCTACTGGGAATGAAACGTTTAAATCCACTATGAAAA-TCAATGTGG  98
      ||||||||  || ||| |||||   ||| ||||||||||| ||||||| |
seq2  ATTGCTACCTGG-ATGGAACGT---AATTCACTATGAAAATTCAATGT-G  92

seq1  TACTCTTCAGAAGAATGAGAATCAATCCTCAACAGCATCCAGCCATACTA  148
      ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| 
seq2  TACTC-TCAG-AGAATGAGAATCAAT-CTCAACAGCAT-CAGCCATACT-  137

seq1  ATCTTGGACAT-ATACCCAAAACAAGTTTCTTCTACAAG-ACAGGCACTT  196
      ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATC-TGGACATAATACCCAAAACAAGTTTCTTCTACAAGAACAGGCACTT  186

seq1  GTTCAACTATCTTCATGATGTTCTCTTTCAGGAAACAGAACTACTGAGGG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAACTATCTTCATGATGTTCTCTTTCAGGAAACAGAACTACTGAGGG  236

seq1  CTGCTTGTGAATGACAAACTTGTTATAGGGTATGAGTGTTGTCAGGAATT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGTGAATGACAAACTTGTTATAGGGTATGAGTGTTGTCAGGAATT  286

seq1  TGAAACTCATTAAATTGCTTCCCTAAGTATTGAAGAGGTTTTTAATTCAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTCATTAAATTGCTTCCCTAAGTATTGAAGAGGTTTTTAATTCAC  336

seq1  TCTTCCAATTTGTTATTGTGCTGTGTCATCCTATCCAGCACATTTGGGTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAATTTGTTATTGTGCTGTGTCATCCTATCCAGCACATTTGGGTG  386

seq1  ACGTGAGGATCAGTGATGGAGCAAATGTGATTCTGTTTCAGAACATCTTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGAGGATCAGTGATGGAGCAAATGTGATTCTGTTTCAGAACATCTTC  436

seq1  TTCTTCCTTTGACTGGTTTCAACTTTCTTTGAGTAAGCAAAAACCATAAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTTTGACTGGTTTCAACTTTCTTTGAGTAAGCAAAAACCATAAG  486

seq1  CTCAATAGCTCTCTGTGTTTCCAACTCATTATAATGAATTATCCACTTAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATAGCTCTCTGTGTTTCCAACTCATTATAATGAATTATCCACTTAC  536

seq1  AGGGAAATGTGGGGACCAATGACTTATATATGAGTCCAAAAGATGATATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAATGTGGGGACCAATGACTTATATATGAGTCCAAAAGATGATATT  586

seq1  TCACTTCTATGTCGGCTTAAAACTTCCTACAGTGGACACTGAGTGGACAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCTATGTCGGCTTAAAACTTCCTACAGTGGACACTGAGTGGACAG  636

seq1  AAGGCAAATGTTAAACCAATAACTTCATTTTTTATTAATTATTGAACAAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAATGTTAAACCAATAACTTCATTTTTTATTAATTATTGAACAAT  686

seq1  GAATAATTCTCATTTTCATCATTAATCTTAGAATTCTTTATTCTAGGCCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATTCTCATTTTCATCATTAATCTTAGAATTCTTTATTCTAGGCCT  736

seq1  TTTAATTAAGAAGGTAACATTAGTTTATGTACCATGTGGTGCTGGATTAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTAAGAAGGTAACATTAGTTTATGTACCATGTGGTGCTGGATTAA  786

seq1  TTTTTTTAAGAAGTGGTATATTTAAACATTCTTCTAGGATGGGGCTATAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAAGAAGTGGTATATTTAAACATTCTTCTAGGATGGGGCTATAT  836

seq1  TTAGACTTCCTGTTATTGTAAACATGAAAACTGTAATTTCTAGAATATTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTTCCTGTTATTGTAAACATGAAAACTGTAATTTCTAGAATATTT  886

seq1  TGATGCAAGCATTACCAGTTATTTTGCATTTGGTTGTATGAAGAGTGTAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCAAGCATTACCAGTTATTTTGCATTTGGTTGTATGAAGAGTGTAA  936

seq1  TGATTTTTTATTGTAGATTACAACATTGTGCTTGTCATTTTACTAATACT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTTATTGTAGATTACAACATTGTGCTTGTCATTTTACTAATACT  986

seq1  TCATTGAACTGCCAAGAATTTCCAAATGACTTTATTCTACTGTGGGGTGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGAACTGCCAAGAATTTCCAAATGACTTTATTCTACTGTGGGGTGA  1036

seq1  TTTTAAGTTCCATAACTTATGTGTTAGGAAGTTATTGACTTTATTGCTGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGTTCCATAACTTATGTGTTAGGAAGTTATTGACTTTATTGCTGG  1086

seq1  ATAGAAGAACTTTGTGAGGGCTGGAGTCGAGGGAGAGGCCCAGAGCTCTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGAACTTTGTGAGGGCTGGAGTCGAGGGAGAGGCCCAGAGCTCTA  1136

seq1  AAGAATTC  1154
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1144