BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176N17
Chromosome17 (Build37)
Map Location 63,758,880 - 63,929,981
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbxl17, Ppia-ps17_1026.1
Upstream geneEfna5
Downstream geneLOC638867, LOC668677, A930002H24Rik, Fert2, LOC669778, Pja2, LOC100043582
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176N17.bB6Ng01-176N17.g
ACCGA004283GA004284
length1,0451,165
definitionB6Ng01-176N17.b B6Ng01-176N17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,928,968 - 63,929,981)(63,758,880 - 63,760,059)
sequence
gaattctttgtttagctctgaaccccatttttaatggggttatttgaatt
tctggagtccagcttcttgagctctttgtatatattggatattagtcccc
tatcagatttaggattggtaaaaatcctttcccaatctgttggttgcctt
tttgtcttattgacagtgtgttttgccttaataagctttgaaattttatg
aggtcccatttgtcaattcttgatcttacaacacaagccattgctgttct
gtttaggaattttcccccctctgcccatttctttgaggcttttccccact
ttcccctctattaatttcagtgtctctggtcttatgtggaggtctttgat
ccacttagagttgagctttgtacaaggagataagaatgtatcaatttgca
ttcttctacatgataaccgccagttgtgacagcattatttgttgaaaatt
cttccttttcccactggatggttttagctcccttgtcaaagatcaactga
ccataggtgtgtggattcatttctggtagacctaactcttgggagcattc
ttttcccagaagttctagcagaaagttttatactgatgttcatagctgta
attcactagccagctttgaactgtagctagaatcatagatcatggtagtt
tttgtcaatttgacacaaacctagatgtacatgagaaaagggaatcttga
gaaaatgccatcacaaaattgacctgttggcaagccttctgattatttta
ttaattaatggttgatgcagaaagggctcagctcactgtgggcggagcca
cccctaggcagataaccttgagttatataagaaagcacactgagaaagcc
atgggaagcaagacggtgctcccctagggcgtctgcttctgttcttgtca
tcaggttcctgacttgtgttctagactgacttcccttctattgtagcctg
taatgtagaagtataacatgaaataaacctttatctagcaccaagttgct
tttggtcatgggtggtttaaacagtgatagataccctaactaaga

gaattcctcaggcctgtgtccatggaaagcctgccttggctctatgcttg
ctgtattgcagctcccagagtgtaagagcagcagataactctacagacac
attagtccatcccactcggagtcttagctccacacactgcactgctttgc
tctgactgcaaaccccaatcttaaaactccaaagaatgtaaatccttcca
agggttttataaatgacacttctgcagtctgtttcgagctaaacaacctt
agacaaatcacttaggaaatggagcttttaaacagatatcactacaaaca
gattttaaagtttctacacagctattagtgagaaacaggaaacagtaatg
gctgactgtcctttctgtaaactccttagcactggggctttcagcttcag
agtgcctttgatttggggactgcttaaacagccctcatgcgaaaatctaa
agtatgaaatactccaaaatctgatactggaagattaaaagtatcccact
ttcactaagacccagagcgcccatggcgattagtgaggaactatgagaag
tggccagcaaaactccatggtcctgacaagcatgcagagatactaaggaa
agcttgaaatactggcttctaagctattcttctgtgtggcccaacatgtt
acactcagagaaaccattttcaaatataaaattatcctcctagattctaa
cccatccaggtgtaagagtctgtggctcaaagtccaagtctaggggagat
gagctgagtggagtttggtttctagtatcatgtgacacatgactctgcag
gacctctgtccctaccccactacaggtacttaaagtgtcagcatgtgaag
aaaacatttgttctgacatgaaaaagaagaaaactagagttcgacgcaga
accactgatgaaagagttctcttcctatctgctgaatatctttaacttac
agtatctgagccaagcagcccagagaaacagtcagagcaacatgatagaa
attacacccaaatgagaccaggaatcaaagcccatcgtgacttaggagct
gagtgaagcaagtcggcttcagaagctgcctctttctgcaggtgctgtgc
tacaaacctccacgccgagccaagtcaattccacctctgacacgacatat
gaccttccctgcaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_63928968_63929981
seq2: B6Ng01-176N17.b_77_1091 (reverse)

seq1  TCTTAGTTAGGGTATCTATCACTGTTTAAAACA-CCATGACCAAAAGCAA  49
      |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTTAGGGTATCTATCACTGTTTAAACCACCCATGACCAAAAGCAA  50

seq1  CTTGGTGCTAGATAAAAGGTTTATTTCATGTTATACTTCTACATTACAGG  99
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGCTAGAT-AAAGGTTTATTTCATGTTATACTTCTACATTACAGG  99

seq1  CTACAATAGAA-GGAAGTCAGTCTAGAAACACAAGTCAGGAACCTGATGA  148
      ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATAGAAGGGAAGTCAGTCTAG-AACACAAGTCAGGAACCTGATGA  148

seq1  CAAGAACAGAAGCAGACGCCCTAGGGGAGCACCGTCTTGCTTCCCATGGC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACAGAAGCAGACGCCCTAGGGGAGCACCGTCTTGCTTCCCATGGC  198

seq1  TTTCTCAGTGTGCTTTCTTATATAACTCAAGGTTATCTGCCTAGGGGTGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAGTGTGCTTTCTTATATAACTCAAGGTTATCTGCCTAGGGGTGG  248

seq1  CTCCGCCCACAGTGAGCTGAGCCC-TTCTGCATCAACCATTAATTAATAA  297
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGCCCACAGTGAGCTGAGCCCTTTCTGCATCAACCATTAATTAATAA  298

seq1  AATAATCAGAAGGCTTGCCAACAGGTCAATTTTGTGATGGCATTTTCTCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCAGAAGGCTTGCCAACAGGTCAATTTTGTGATGGCATTTTCTCA  348

seq1  AGATTCCCTTTTCTCATGTACATCTAGGTTTGTGTCAAATTGACAAAAAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCCCTTTTCTCATGTACATCTAGGTTTGTGTCAAATTGACAAAAAC  398

seq1  TACCATGATCTATGATTCTAGCTACAGTTCAAAGCTGGCTAGTGAATTAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGATCTATGATTCTAGCTACAGTTCAAAGCTGGCTAGTGAATTAC  448

seq1  AGCTATGAACATCAGTATAAAACTTTCTGCTAGAACTTCTGGGAAAAGAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGAACATCAGTATAAAACTTTCTGCTAGAACTTCTGGGAAAAGAA  498

seq1  TGCTCCCAAGAGTTAGGTCTACCAGAAATGAATCCACACACCTATGGTCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCAAGAGTTAGGTCTACCAGAAATGAATCCACACACCTATGGTCA  548

seq1  GTTGATCTTTGACAAGGGAGCTAAAACCATCCAGTGGGAAAAGGAAGAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATCTTTGACAAGGGAGCTAAAACCATCCAGTGGGAAAAGGAAGAAT  598

seq1  TTTCAACAAATAATGCTGTCACAACTGGCGGTTATCATGTAGAAGAATGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACAAATAATGCTGTCACAACTGGCGGTTATCATGTAGAAGAATGC  648

seq1  AAATTGATACATTCTTATCTCCTTGTACAAAGCTCAACTCTAAGTGGATC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGATACATTCTTATCTCCTTGTACAAAGCTCAACTCTAAGTGGATC  698

seq1  AAAGACCTCCACATAAGACCAGAGACACTGAAATTAATAGAGGGGAAAGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCTCCACATAAGACCAGAGACACTGAAATTAATAGAGGGGAAAGT  748

seq1  GGGGAAAAGCCTCAAAGAAATGGGCAGAGGGGGGAAAATTCCTAAACAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAAGCCTCAAAGAAATGGGCAGAGGGGGGAAAATTCCTAAACAGA  798

seq1  ACAGCAATGGCTTGTGTTGTAAGATCAAGAATTGACAAATGGGACCTCAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAATGGCTTGTGTTGTAAGATCAAGAATTGACAAATGGGACCTCAT  848

seq1  AAAATTTCAAAGCTTATTAAGGCAAAACACACTGTCAATAAGACAAAAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCAAAGCTTATTAAGGCAAAACACACTGTCAATAAGACAAAAAG  898

seq1  GCAACCAACAGATTGGGAAAGGATTTTTACCAATCCTAAATCTGATAGGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCAACAGATTGGGAAAGGATTTTTACCAATCCTAAATCTGATAGGG  948

seq1  GACTAATATCCAATATATACAAAGAGCTCAAGAAGCTGGACTCCAGAAAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATATCCAATATATACAAAGAGCTCAAGAAGCTGGACTCCAGAAAT  998

seq1  TCAAATAACCCCATTAA  1014
      |||||||||||||||||
seq2  TCAAATAACCCCATTAA  1015


seq1: chr17_63758880_63760059
seq2: B6Ng01-176N17.g_67_1231

seq1  GAATTCCTCAGGCCTGTGTCCATGGAAAGCCTGCCTTGGCTCTATGCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAGGCCTGTGTCCATGGAAAGCCTGCCTTGGCTCTATGCTTG  50

seq1  CTGTATTGCAGCTCCCAGAGTGTAAGAGCAGCAGATAACTCTACAGACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTGCAGCTCCCAGAGTGTAAGAGCAGCAGATAACTCTACAGACAC  100

seq1  ATTAGTCCATCCCACTCGGAGTCTTAGCTCCACACACTGCACTGCTTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTCCATCCCACTCGGAGTCTTAGCTCCACACACTGCACTGCTTTGC  150

seq1  TCTGACTGCAAACCCCAATCTTAAAACTCCAAAGAATGTAAATCCTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTGCAAACCCCAATCTTAAAACTCCAAAGAATGTAAATCCTTCCA  200

seq1  AGGGTTTTATAAATGACACTTCTGCAGTCTGTTTCGAGCTAAACAACCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTTATAAATGACACTTCTGCAGTCTGTTTCGAGCTAAACAACCTT  250

seq1  AGACAAATCACTTAGGAAATGGAGCTTTTAAACAGATATCACTACAAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATCACTTAGGAAATGGAGCTTTTAAACAGATATCACTACAAACA  300

seq1  GATTTTAAAGTTTCTACACAGCTATTAGTGAGAAACAGGAAACAGTAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTAAAGTTTCTACACAGCTATTAGTGAGAAACAGGAAACAGTAATG  350

seq1  GCTGACTGTCCTTTCTGTAAACTCCTTAGCACTGGGGCTTTCAGCTTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTGTCCTTTCTGTAAACTCCTTAGCACTGGGGCTTTCAGCTTCAG  400

seq1  AGTGCCTTTGATTTGGGGACTGCTTAAACAGCCCTCATGCGAAAATCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTTTGATTTGGGGACTGCTTAAACAGCCCTCATGCGAAAATCTAA  450

seq1  AGTATGAAATACTCCAAAATCTGATACTGGAAGATTAAAAGTATCCCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGAAATACTCCAAAATCTGATACTGGAAGATTAAAAGTATCCCACT  500

seq1  TTCACTAAGACCCAGAGCGCCCATGGCGATTAGTGAGGAACTATGAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTAAGACCCAGAGCGCCCATGGCGATTAGTGAGGAACTATGAGAAG  550

seq1  TGGCCAGCAAAACTCCATGGTCCTGACAAGCATGCAGAGATACTAAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAGCAAAACTCCATGGTCCTGACAAGCATGCAGAGATACTAAGGAA  600

seq1  AGCTTGAAATACTGGCTTCTAAGCTATTCTTCTGTGTGGCCCAACATGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAAATACTGGCTTCTAAGCTATTCTTCTGTGTGGCCCAACATGTT  650

seq1  ACACTCAGAGAAACCATTTTCAAATATAAAATTATCCTCCTAGATTCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCAGAGAAACCATTTTCAAATATAAAATTATCCTCCTAGATTCTAA  700

seq1  CCCATCCAGGTGTAAGAGTCTGTGGCTCAAAGTCCAAGTCTAGGGGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCAGGTGTAAGAGTCTGTGGCTCAAAGTCCAAGTCTAGGGGAGAT  750

seq1  GAGCTGAGTGGAGTTTGGTTTCTAGTATCATGTGACACATGACTCTGCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAGTGGAGTTTGGTTTCTAGTATCATGTGACACATGACTCTGCAG  800

seq1  GACCTCTGTCCCTACCCCACTACAGGTACTTAAAGTGTCAGCATGTGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCTGTCCCTACCCCACTACAGGTACTTAAAGTGTCAGCATGTGAAG  850

seq1  AAAACATTTGTTCTGACATGAAAAAGAAGAAAACTAGAGTTCGACGCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTTGTTCTGACATGAAAAAGAAGAAAACTAGAGTTCGACGCAGA  900

seq1  ACCACTGATGAAAGAGTTCTCTTCCTATCTGCTGAATATCTTTAACTTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGATGAAAGAGTTCTCTTCCTATCTGCTGAATATCTTTAACTTAC  950

seq1  AAGTATCTGAGCCAAGCAGGCCCAGAGAAAACAGTCAAGAGCAACAATGA  1000
       ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||
seq2  -AGTATCTGAGCCAAGCA-GCCCAGAG-AAACAGTC-AGAGCAAC-ATGA  995

seq1  TAGAAATTAACACCCAAATGAGACCAAGGAATCAAAGGCTCCATCGTTGG  1050
      |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||   |||||||  |
seq2  TAGAAATT-ACACCCAAATGAGACC-AGGAATCAAAG--CCCATCGT--G  1039

seq1  ACTTAGGAGCTGAGTGAAGGCCAGAGTCGGGGCTTCAGGAAAGCCTGCTC  1100
      |||||||||||||||||||  || ||||  ||||||||  ||||   |||
seq2  ACTTAGGAGCTGAGTGAAG--CA-AGTC--GGCTTCAG--AAGCTGCCTC  1082

seq1  -TTCTGCAGGTGCTGTGCTACAA--CTCCACG-CGGGCCATGTGCACATC  1146
       ||||||||||||||||||||||  ||||||| || |||| || || || 
seq2  TTTCTGCAGGTGCTGTGCTACAAACCTCCACGCCGAGCCAAGT-CA-ATT  1130

seq1  TCACCTCCTGACAGGAC-TATGA-CTTTCCTGCAAG  1180
       ||||| |||||| ||| ||||| ||| ||||||||
seq2  CCACCT-CTGACACGACATATGACCTTCCCTGCAAG  1165


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |