BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-179D08
Chromosome17 (Build37)
Map Location 45,642,495 - 45,767,213
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAars2, Tcte1, Gm323, Nfkbie, Slc35b2, Hsp90ab1, Slc29a1, EG653016, Capn11
Upstream geneRunx2, Supt3h, 4930564C03Rik, EG210562, EG668314, Cdc5l, Spats1, EG668319
Downstream geneTmem63b, Mrpl14, LOC100043363, Vegfa, Mrps18a, 1700027N10Rik, Mad2l1bp, Gtpbp2, Polh, Xpo5, Rpo1-1, Yipf3, Gm88, Tjap1, Egfl9, Abcc10, BC040756, Zfp318, LOC677168, Crip3, Slc22a7, EG328825, Ttbk1, BC048355, Parc, Srf, Ptk7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-179D08.bB6Ng01-179D08.g
ACCGA005994GA005995
length1,157571
definitionB6Ng01-179D08.b B6Ng01-179D08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,642,495 - 45,643,660)(45,766,637 - 45,767,213)
sequence
gaattcactattgctatagaaactcaagtccaaaatagactatgtattcc
ccgaaaagaagctgtgcttcaaaagttcaaaagacccaaataacacacaa
agactggtggccaaaagagccccctgggtggccaaggctgtccttctgac
cacaaagacctcagttctgtaacctctagtgcagtggctctcaaccttcc
taatgcttcaaccctttaaaacagttcctcatgttgtgatggcccctaac
catagaattatttcattgctacttcataactgtaattttgctattgttac
aaatcgtaatgtaaatgaatgatatgcaaccctatgtggttgcaacccac
agggtgagaaccactgctctgttgggtcttaaacttggcaaatccctttc
tcttcctagatctgctaactttcccagactaaaggtcaagcaaggtcatc
atgagaagtccttgagctgtctagctgcacccacaaggtctgttaccata
gaaaggaagtcaaggggactgggcctgccaggacaggtatctcttttctc
tcagcaaaattcaaagcctcagggccctgggaggctcatggaaagccatc
gccacagctctcagccaacagctttgtcctgacctgtcgacctggattct
ctcatccccaagcaaattaaaagaccaaatgtcattaagcaattaataat
ggagcagatgcagtctggcttctgtgtctccaccagactcctgctccaaa
gaacctgcttcagtccctaaggacaaagtggctctgcaaaccgagggcag
aagaggacctggcaaggtcttagagcagtgcctggcacttacgcaggttc
ttgaccacctcttgaatactcacgatcccttggcactcttcagcctggat
cagcacaaaccacacggtccacgcaccgaattgcacccacacctgttcct
ttgcaactccacaaaatcaatagcacaacaccataactgccagaatacag
attttggaagcagaggcattgttgtatatttgctactacgttcaaaaata
acagcctagcatgtatgatctttttatatatcctgttcatcctgatggat
aggctacctatgccaaagttacgtatgcttgatccgcctcgccaggtaag
aagtccc
catcgcctccccgcgccgcgtcgtacacattattctaataaagaggacaa
ggttattttcccacttaattcttcaataccaaagaggggctctgcaaatg
tgcttgtctacaaattactagggggcgctgcagggttacaggatgttaaa
cgcagctcagccccaagctttgaaaacattaggaactcttagatgcgttg
aacgttgtggggtggaggggcgccactgagccaatggccagcgaagcctg
acctggggctgacaaagccaagaggccacaaggctttgaggtgcctttgt
cctattttccctcaaactgcccctcctccaaagaccgcaccgcaggggtc
tcaaagatcagaggacaagctccaggtgtgtgtgttgggagtggtggggg
tgaccaacgcctttattccccagacttgagaggcaggtggatctctatga
gttcaggccagcctggtctacagagggagttcctaagacagccagggccc
tgtcttggaaaccaaaccaaaccaaccaaccaaatcaaaggacaggcagt
tagttgcaagagccagctggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_45642495_45643660
seq2: B6Ng01-179D08.b_45_1201

seq1  GAATTCACTATTGCTATAGAAACTCAAGTCCAAAATAGACTATGTATTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATTGCTATAGAAACTCAAGTCCAAAATAGACTATGTATTCC  50

seq1  CCGAAAAGAAGCTGTGCTTCAAAAGTTCAAAAGACCCAAATAACACACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAAAGAAGCTGTGCTTCAAAAGTTCAAAAGACCCAAATAACACACAA  100

seq1  AGACTGGTGGCCAAAAGAGCCCCCTGGGTGGCCAAGGCTGTCCTTCTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGTGGCCAAAAGAGCCCCCTGGGTGGCCAAGGCTGTCCTTCTGAC  150

seq1  CACAAAGACCTCAGTTCTGTAACCTCTAGTGCAGTGGCTCTCAACCTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGACCTCAGTTCTGTAACCTCTAGTGCAGTGGCTCTCAACCTTCC  200

seq1  TAATGCTTCAACCCTTTAAAACAGTTCCTCATGTTGTGATGGCCCCTAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTTCAACCCTTTAAAACAGTTCCTCATGTTGTGATGGCCCCTAAC  250

seq1  CATAGAATTATTTCATTGCTACTTCATAACTGTAATTTTGCTATTGTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAATTATTTCATTGCTACTTCATAACTGTAATTTTGCTATTGTTAC  300

seq1  AAATCGTAATGTAAATGAATGATATGCAACCCTATGTGGTTGCAACCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGTAATGTAAATGAATGATATGCAACCCTATGTGGTTGCAACCCAC  350

seq1  AGGGTGAGAACCACTGCTCTGTTGGGTCTTAAACTTGGCAAATCCCTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGAGAACCACTGCTCTGTTGGGTCTTAAACTTGGCAAATCCCTTTC  400

seq1  TCTTCCTAGATCTGCTAACTTTCCCAGACTAAAGGTCAAGCAAGGTCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTAGATCTGCTAACTTTCCCAGACTAAAGGTCAAGCAAGGTCATC  450

seq1  ATGAGAAGTCCTTGAGCTGTCTAGCTGCACCCACAAGGTCTGTTACCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAGTCCTTGAGCTGTCTAGCTGCACCCACAAGGTCTGTTACCATA  500

seq1  GAAAGGAAGTCAAGGGGACTGGGCCTGCCAGGACAGGTATCTCTTTTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAGTCAAGGGGACTGGGCCTGCCAGGACAGGTATCTCTTTTCTC  550

seq1  TCAGCAAAATTCAAAGCCTCAGGGCCCTGGGAGGCTCATGGAAAGCCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAAATTCAAAGCCTCAGGGCCCTGGGAGGCTCATGGAAAGCCATC  600

seq1  GCCACAGCTCTCAGCCAACAGCTTTGTCCTGACCTGTCGACCTGGATTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGCTCTCAGCCAACAGCTTTGTCCTGACCTGTCGACCTGGATTCT  650

seq1  CTCATCCCCAAGCAAATTAAAAGACCAAATGTCATTAAGCAATTAATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCCCCAAGCAAATTAAAAGACCAAATGTCATTAAGCAATTAATAAT  700

seq1  GGAGCAGATGCAGTCTGGCTTCTGTGTCTCCACCAGACTCCTGCTCCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGATGCAGTCTGGCTTCTGTGTCTCCACCAGACTCCTGCTCCAAA  750

seq1  GAACCTGCTTCAGTCCCTAAGGACAAAGTGGCTCTGCAAACCGAGGGCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGCTTCAGTCCCTAAGGACAAAGTGGCTCTGCAAACCGAGGGCAG  800

seq1  AAGAGGACCTGGCAAGGTCTTAGAGCAGTGCCTGGCACTTACGCAGGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGAGGACCTGGCAAGGTCTTAGAGCAGTGCCTGGCACTTACGCA-GGTT  849

seq1  CTTGACCACCTCTTGAATACTCACGATCCCTTGGCACTCTTCAGCCTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCACCTCTTGAATACTCACGATCCCTTGGCACTCTTCAGCCTGGA  899

seq1  TCAGCACAAACCACACGGTCCACGCACCGAATTGCACCCACACCTGTTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACAAACCACACGGTCCACGCACCGAATTGCACCCACACCTGTTCC  949

seq1  TTTGCAACTCCACAAAATCAATAGCACAACAACCATTACTGCCAGAATAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  TTTGCAACTCCACAAAATCAATAGCACAAC-ACCATAACTGCCAGAATAC  998

seq1  AGATTTTGGAAGCAGAGGCATTGTGTTAATATTGCTACTAACGTTCAAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||  ||   |||||||| ||||||||||
seq2  AGATTTTGGAAGCAGAGGCATTGTTGTATATTTGCTACT-ACGTTCAAAA  1047

seq1  --TACAGCCTAGCATGTAATGATCTTTTTATAATTAT-CTGTTCAATCCT  1097
         |||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||| |||||
seq2  ATAACAGCCTAGCATGT-ATGATCTTTTTATA--TATCCTGTTC-ATCCT  1093

seq1  GGATGAATTAAGGGCCTACTCTATG-CAAAGTTACGGTATGC-TGAGCCG  1145
       |||| ||  |||  |||| ||||| ||||||||| |||||| ||| |||
seq2  -GATGGAT--AGG--CTAC-CTATGCCAAAGTTAC-GTATGCTTGATCCG  1136

seq1  -CTCGCCAGGGGAAGAAGTCCC  1166
       ||||||| || ||||||||||
seq2  CCTCGCCA-GGTAAGAAGTCCC  1157

seq1: chr17_45766637_45767213
seq2: B6Ng01-179D08.g_67_643 (reverse)

seq1  ACCAGCTGGCTCTTGCAACTAACTGCCTGTCCTTTGATTTGGTTGGTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTGGCTCTTGCAACTAACTGCCTGTCCTTTGATTTGGTTGGTTGG  50

seq1  TTTGGTTTGGTTTCCAAGACAGGGCCCTGGCTGTCTTAGGAACTCCCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTTGGTTTCCAAGACAGGGCCCTGGCTGTCTTAGGAACTCCCTCT  100

seq1  GTAGACCAGGCTGGCCTGAACTCATAGAGATCCACCTGCCTCTCAAGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACCAGGCTGGCCTGAACTCATAGAGATCCACCTGCCTCTCAAGTCT  150

seq1  GGGGATTAAAGGCGTTGGTCACCCCCACCACTCCCAACACACACACCTGG  200
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATAAAGGCGTTGGTCACCCCCACCACTCCCAACACACACACCTGG  200

seq1  AGCTTGTCCTCTGATCTTTGAGACCCCTGCGGTGCGGTCTTTGGAGGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTCCTCTGATCTTTGAGACCCCTGCGGTGCGGTCTTTGGAGGAGG  250

seq1  GGCAGTTTGAGGGAAAATAGGACAAAGGCACCTCAAAGCCTTGTGGCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTTTGAGGGAAAATAGGACAAAGGCACCTCAAAGCCTTGTGGCCTC  300

seq1  TTGGCTTTGTCAGCCCCAGGTCAGGCTTCGCTGGCCATTGGCTCAGTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTTGTCAGCCCCAGGTCAGGCTTCGCTGGCCATTGGCTCAGTGGC  350

seq1  GCCCCTCCACCCCACAACGTTCAACGCATCTAAGAGTTCCTAATGTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTCCACCCCACAACGTTCAACGCATCTAAGAGTTCCTAATGTTTTC  400

seq1  AAAGCTTGGGGCTGAGCTGCGTTTAACATCCTGTAACCCTGCAGCGCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTGGGGCTGAGCTGCGTTTAACATCCTGTAACCCTGCAGCGCCCC  450

seq1  CTAGTAATTTGTAGACAAGCACATTTGCAGAGCCCCTCTTTGGTATTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAATTTGTAGACAAGCACATTTGCAGAGCCCCTCTTTGGTATTGAA  500

seq1  GAATTAAGTGGGAAAATAACCTTGTCCTCTTTATTAGAATAATGTGTACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAGTGGGAAAATAACCTTGTCCTCTTTATTAGAATAATGTGTACG  550

seq1  ACGCGGCGCGGGGAGGCGATGGAATTC  577
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCGGCGCGGGGAGGCGATGGAATTC  577