BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183F09
Chromosome17 (Build37)
Map Location 62,422,903 - 62,602,371
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC433129, EG620725, LOC100043560
Downstream geneEfna5, Fbxl17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183F09.bB6Ng01-183F09.g
ACCGA008986GA008987
length1,1611,117
definitionB6Ng01-183F09.b B6Ng01-183F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,601,213 - 62,602,371)(62,422,903 - 62,424,036)
sequence
gaattcagcaacactggagctgacctgttctcttacagcaataccaactc
actggtcacagaaggaagatgcagtactggccagttatcctaaacattcc
tagatgctttgtctttattgtggcatcccaagtcaccatcatccttcagt
ctcacttcgagttatactggtaagattccattctaggtgtgttgagagag
gtttaacagcagggttttctaaacctaagaaaaggggaaagcttgcattc
tgaatcatgaacaaaagtaagaaacaacaacagcaacaaaaacaaccaac
caaacaaccaaacaaacaaatattggagggtggcaaggacagagagtata
ggaattcattgcaaaaataaattgtaaaccataggatgaagattttaaaa
tggatttgggctatgagtttcttgcacatggacattgaaggtgaagagag
aatcgatggagacacagcttttgtttgaattatctgtgtggctatcacat
cttgagatggggagggaaggcatggcatagacccaacaatggtggaacca
atagattaattttgattatgtttatatgtttaatacaaatgatttacaag
tgacacaaacacatttataacaaattttatatattcaagtgtttatcctt
aagtactggggttaatatatttgatagttcaatataatgttcagtggtta
agaccattgctcatccaaaggacccaggcttgatttccagcatgttcctg
gttgctcacaaccacctgtaactccaatccaaggcatccaacacacttct
aactctgagagctccaaccatggatgtcatacacggtcatccatagaggc
aaaatagctatacacatataattaaaagtaatggacaaaaatacccattt
ttctgatcccaggttcttgtaattttaaccacaacttttgttgatctaac
aagatgccctgtgttcagctgctcagacttcttaaccaatagttaggtct
ctgctgccaagtctgcagctgccctgtgtgcagaacaaatggctggggga
aaagtcaaagtgtccaaggattcccatcttgcgaggtattcccactctcc
ttttattgagcccatatgtatatggattcagattagaaaaagtgaccctg
atgatctgcca
gaattcatttgtgtctcagagaatgggattaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaaacagtaacaaaaatgtttgaaccagagccacaatgtatcttt
gtaaacatggtaaatatcaaggcctatgatataatgaaagccatgtaaaa
attcattgtctgtttctccccaaatctgatgttaagttattcttcaaaat
ctctcccagtacaatctctatttacccccacctgtatgcatgtctcgaac
ttttctttctttgcctatctattcttcatgttattgagaaataccctggt
tttaatcaaaggtagatttcaaaactgaatggtatgtgcaacatgacaca
aaaatctcctttacagctggaggtatgatacactgttgttttttcatgtg
ggctggccaactgacctgtaagtagttttgcgtaaaattactgtttctgc
agaatgtgggacacattagatttgcttatcattcttttaaataaaatgtt
cttcacagaaaagccaccattatatactggctataggttttgggtttcaa
tccttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttgtt
ttgttttgttttgttttgttttaagccagatcacttgattagtttcaaat
tttcagtttcatttttcctattgctgtgataaaagaccatgaccaaagac
aaccatcagcataagtggatattagcccaaaacctaggatacccaagata
taagatacaatttgctaaacacatgaaactcaagaaaaatgaagactgaa
gtgtggacactatgcccctccttagaagtgggaacaaaacacccatggaa
aggagttacagagacaaagtttggagctgagacgaaaggatggaccatgt
agagactgccatatccagggatccaccccataatcagcttccaaacgctg
acatcattgcatacactagcagatttgctgaaggacccagatgtagctgt
ctcttgtgagactatgccagggctagcaaccagaagtggaatgctcacag
tcagctatgatgaatcaaggctcatgaggagctagagaaggtactagact
taaggatctgcaatcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_62601213_62602371
seq2: B6Ng01-183F09.b_47_1207 (reverse)

seq1  TGGCAGAATCATACAGGTCACTTTTTTCTAATCTGAAATTCATATACATA  50
      |||||| |||||   |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  TGGCAG-ATCATCAGGGTCAC-TTTTTCTAATCTG-AATCCATATACATA  47

seq1  TGGGCTC-ATAAAAGGAGAGTGGG-ATACTTCGC-AGATGGG-ATCTTTG  96
      ||||||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||| |||
seq2  TGGGCTCAATAAAAGGAGAGTGGGAATACCTCGCAAGATGGGAATCCTTG  97

seq1  GAACACTTTTGACTTTT-CCCCAGCCATTTG-TCTGCACACA-GGCAGCT  143
      | |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  G-ACAC-TTTGACTTTTCCCCCAGCCATTTGTTCTGCACACAGGGCAGCT  145

seq1  GCAGAC-TGGCAGCAGAGACCTAACTATTGGTTAAG-AGTCTGAGCAGCT  191
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCAGACTTGGCAGCAGAGACCTAACTATTGGTTAAGAAGTCTGAGCAGCT  195

seq1  GAACACCAGGGCATCTTGTTAGATCAAC-AAAGTTGTGGTTAAAATTACA  240
      ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  GAACA-CAGGGCATCTTGTTAGATCAACAAAAGTTGTGGTTAAAATTAC-  243

seq1  AAGAACCTGGGATCAGAAAAATGGGTATTTTTGTCCATTACTTTTAATTA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACCTGGGATCAGAAAAATGGGTATTTTTGTCCATTACTTTTAATTA  293

seq1  TATGTGTATAGCTATTTTGCCTCTATGGATGACCGTGTATGACATCCATG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTATAGCTATTTTGCCTCTATGGATGACCGTGTATGACATCCATG  343

seq1  GTTGGAGCTCTCAGAGTTAGAAGTGTGTTGGATGCCTTGGGATTGGAGTT  390
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTTGGAGCTCTCAGAGTTAGAAGTGTGTTGGATGCCTT-GGATTGGAGTT  392

seq1  ACAGGTGGTTGTGAGCAACCAGGAACATGCTGGAAATCAAGCCTGGGTCC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGGTTGTGAGCAACCAGGAACATGCTGGAAATCAAGCCTGGGTCC  442

seq1  TTTGGATGAGCAATGGTCTTAACCACTGAACATTATATTGAACTATCAAA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATGAGCAATGGTCTTAACCACTGAACATTATATTGAACTATCAAA  492

seq1  TATATTAACCCCAGTACTTAAGGATAAACACTTGAATATATAAAATTTGT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAACCCCAGTACTTAAGGATAAACACTTGAATATATAAAATTTGT  542

seq1  TATAAATGTGTTTGTGTCACTTGTAAATCATTTGTATTAAACATATAAAC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATGTGTTTGTGTCACTTGTAAATCATTTGTATTAAACATATAAAC  592

seq1  ATAATCAAAATTAATCTATTGGTTCCACCATTGTTGGGTCTATGCCATGC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCAAAATTAATCTATTGGTTCCACCATTGTTGGGTCTATGCCATGC  642

seq1  CTTCCCTCCCCATCTCAAGATGTGATAGCCACACAGATAATTCAAACAAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTCCCCATCTCAAGATGTGATAGCCACACAGATAATTCAAACAAA  692

seq1  AGCTGTGTCTCCATCGATTCTCTCTTCACCTTCAATGTCCATGTGCAAGA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGTCTCCATCGATTCTCTCTTCACCTTCAATGTCCATGTGCAAGA  742

seq1  AACTCATAGCCCAAATCCATTTTAAAATCTTCATCCTATGGTTTACAATT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATAGCCCAAATCCATTTTAAAATCTTCATCCTATGGTTTACAATT  792

seq1  TATTTTTGCAATGAATTCCTATACTCTCTGTCCTTGCCACCCTCCAATAT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTGCAATGAATTCCTATACTCTCTGTCCTTGCCACCCTCCAATAT  842

seq1  TTGTTTGTTTGGTTGTTTGGTTGGTTGTTTTTGTTGCTGTTGTTGTTTCT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTGGTTGTTTGGTTGGTTGTTTTTGTTGCTGTTGTTGTTTCT  892

seq1  TACTTTTGTTCATGATTCAGAATGCAAGCTTTCCCCTTTTCTTAGGTTTA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTGTTCATGATTCAGAATGCAAGCTTTCCCCTTTTCTTAGGTTTA  942

seq1  GAAAACCCTGCTGTTAAACCTCTCTCAACACACCTAGAATGGAATCTTAC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACCCTGCTGTTAAACCTCTCTCAACACACCTAGAATGGAATCTTAC  992

seq1  CAGTATAACTCGAAGTGAGACTGAAGGATGATGGTGACTTGGGATGCCAC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATAACTCGAAGTGAGACTGAAGGATGATGGTGACTTGGGATGCCAC  1042

seq1  AATAAAGACAAAGCATCTAGGAATGTTTAGGATAACTGGCCAGTACTGCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGACAAAGCATCTAGGAATGTTTAGGATAACTGGCCAGTACTGCA  1092

seq1  TCTTCCTTCTGTGACCAGTGAGTTGGTATTGCTGTAAGAGAACAGGTCAG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTCTGTGACCAGTGAGTTGGTATTGCTGTAAGAGAACAGGTCAG  1142

seq1  CTCCAGTGTTGCTGAATTC  1159
      |||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTGTTGCTGAATTC  1161

seq1: chr17_62422903_62424036
seq2: B6Ng01-183F09.g_62_1178

seq1  GAATTCATTTGTGTCTCAGAGAATGGGATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTGTGTCTCAGAGAATGGGATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  50

seq1  AAAAAAAAACAGTAACAAAAATGTTTGAACCAGAGCCACAATGTATCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAACAGTAACAAAAATGTTTGAACCAGAGCCACAATGTATCTTT  100

seq1  GTAAACATGGTAAATATCAAGGCCTATGATATAATGAAAGCCATGTAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACATGGTAAATATCAAGGCCTATGATATAATGAAAGCCATGTAAAA  150

seq1  ATTCATTGTCTGTTTCTCCCCAAATCTGATGTTAAGTTATTCTTCAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTGTCTGTTTCTCCCCAAATCTGATGTTAAGTTATTCTTCAAAAT  200

seq1  CTCTCCCAGTACAATCTCTATTTACCCCCACCTGTATGCATGTCTCGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCAGTACAATCTCTATTTACCCCCACCTGTATGCATGTCTCGAAC  250

seq1  TTTTCTTTCTTTGCCTATCTATTCTTCATGTTATTGAGAAATACCCTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCTTTGCCTATCTATTCTTCATGTTATTGAGAAATACCCTGGT  300

seq1  TTTAATCAAAGGTAGATTTCAAAACTGAATGGTATGTGCAACATGACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCAAAGGTAGATTTCAAAACTGAATGGTATGTGCAACATGACACA  350

seq1  AAAATCTCCTTTACAGCTGGAGGTATGATACACTGTTGTTTTTTCATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTCCTTTACAGCTGGAGGTATGATACACTGTTGTTTTTTCATGTG  400

seq1  GGCTGGCCAACTGACCTGTAAGTAGTTTTGCGTAAAATTACTGTTTCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCCAACTGACCTGTAAGTAGTTTTGCGTAAAATTACTGTTTCTGC  450

seq1  AGAATGTGGGACACATTAGATTTGCTTATCATTCTTTTAAATAAAATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTGGGACACATTAGATTTGCTTATCATTCTTTTAAATAAAATGTT  500

seq1  CTTCACAGAAAAGCCACCATTATATACTGGCTATAGGTTTTGGGTTTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAGAAAAGCCACCATTATATACTGGCTATAGGTTTTGGGTTTCAA  550

seq1  TCCTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT  600

seq1  TTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTAAGCCAGATCACTTGATTAGTTTCAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTAAGCCAGATCACTTGATTAGTTTCAAAT  650

seq1  TTTCAGTTTCATTTTTCCTATTGCTGTGATAAAAGACCATGACCAAAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTTTCATTTTTCCTATTGCTGTGATAAAAGACCATGACCAAAGAC  700

seq1  AACCATCAGCATAAGTGGATATTAGCCCAAAACCTAGGATACCCAAGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCAGCATAAGTGGATATTAGCCCAAAACCTAGGATACCCAAGATA  750

seq1  TAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAGAAAAATGAAGACTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAGAAAAATGAAGACTGAA  800

seq1  GTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAAGTGGGAACAAAACACCCATGG-A  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAAGTGGGAACAAAACACCCATGGAA  850

seq1  AGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGACGAAAGGATGGACCATGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGACGAAAGGATGGACCATGT  900

seq1  AGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATAATCAGCTTCCAAACGCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATAATCAGCTTCCAAACGCTG  950

seq1  ACATCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATGTAGC  999
      |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACATCATTGCATACACTAGC-AGA-TTTGCTG-AAGGACCCAGATGTAGC  997

seq1  TGTCTCTTGTGAGACTATGCCAGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGG-ATGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| ||||
seq2  TGTCTCTTGTGAGACTATGCCAGGG-CTAGCAA--CCAGAAGTGGAATGC  1044

seq1  TCACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGA  1098
      |||||||||||||   |||| ||  || |||||   || |||||||||||
seq2  TCACAGTCAGCTA--TGATGAAT--CAAGGCTC---AT-GAGGAGCTAGA  1086

seq1  GAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAATCCT  1134
      ||| ||||   |    || || ||||||||||||||
seq2  GAAGGTACTAGA----CTTAA-GGATCTGCAATCCT  1117