BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189H13
Chromosome17 (Build37)
Map Location 69,210,935 - 69,320,963
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneArhgap28, D930040M24Rik, EG622645
Downstream geneEpb4.1l3, 2410021H03Rik, Zfp161, C030034I22Rik, A930029G22Rik, A330050F15Rik, LOC100043623, LOC668720, LOC673535, LOC100043630
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189H13.bB6Ng01-189H13.g
ACCGA013485GA013486
length1,1671,090
definitionB6Ng01-189H13.b B6Ng01-189H13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,210,935 - 69,212,103)(69,319,880 - 69,320,963)
sequence
gaattctactggctacattgtaacaggaactagaagtgatgggagatggt
ctaaaagtatactgaagaaggctcacaggtcacccgcagattccatgcca
ttgtatttgtatataaaggaatagcatgactttggaatttgcaatcctca
ggggtcctgaaagctgtcccttgtactaagagacattttgcattattatt
gattattagtcataaaatgaagctcttgtctgttgcagcatttaaggtta
tctccttactggttgtagctggtttcttcagcagcttcatttgaaaaaaa
attcatctcggcaagataccacagatgatcctctttagcctagcatctgc
ctctccttacttaaaatcagcacttgcgcaaagatgatcaggcctggcat
tagagaagtgaaatcattaatgctgtgttttcttgtcttccaatcccttc
caagactgatcctaaagctataagcccctggaccagggcaccaatgttag
ctgggggatgtattagaaaggtaatctcaggtcctattctatgtttacta
gcaatatgctggaaatggggccagaaacctgtgttttcaacaacttcaac
aaaactcgcaggcaactctggtatatgctcagtcactagccttggccagt
catcttttaaatatatgatgctttggagtccagaaggctccagcaaggaa
atgtatgttgtcaaggaacaggctgaaggtcctgagagattatcataaga
gcactcctcttttaaggctccttgaacccattacaaaacagagacctaca
tgaatggcaggatgctgagggacccattggtcacagggtcctgcagatca
agacaccctttacgtcacagtcctgtgggcggctctcttcccaacaatca
catcaccctgagcatgcagacacaagtaatatgtttctattgtgctagcc
tttttcagcctgacacagcaaagcaccaccacctatgttgccacagaaat
gtcctttcttcattgctccaagaaggccagatgacaaaggagcaatgatc
ttaaaccaaagtgattccccaagcccctcaatgtcctcttagttgctgtg
tttcaagtgtcttcaaaagtctgcatgctacatgacccacacccagatct
ctgctctgtatgtgata

gaattccacttagttatgaggagatctcagacaaaagtgcagggaaaccc
ccagagtctgcatttataaagaagtcctaagccaaggtcaggatttatta
tttgtaaaataggacagatctacagttgaattatgtggacaaagcaaacc
cctggtttttaaaaggacagcactttaggactggtggacgatggctcctg
ggaatgtgtaggattgagagatcattgagtgagactcttgttgactggtt
gattgaagctgacgttgattggttgactttgataagggcagttaccgaaa
tgaattttcatagcttatttgatgggagtctgaaagtggttttggtaaat
ctttgtccaaggctttggaacaatcctggaagaagtctttacatttcaca
aattcaaaggacagaaacacgtgaccattattttgttgcgttgtctttga
gaaacatgcttttccactagttataaatatatcagtaacaatagatgaac
tagatccagctgacttgcctgtagtcaaggcctggtatttgaacacgagt
tccttctgggtatttgaccctaataatgtttatattaacatagcactgta
gagtaatgaaattaggtctcgtttacaaatgttagagtgatatttgttct
cttacaggtggaaaattgaagctcaaagaaatgtcaacatgatcatagac
ttttcacatcttcttatcatcccttggcaacaaactttaccaaatcattt
gatggttgtttggtaaataaatagaagatgaagctatacaaataattgct
cattcaaagtagcaatgtgaattaggtactagggatataaacccagctaa
acataaaaatataataattaacaattttttattagtctgttgctatccac
atacaatgtaacattagttaagcacaatgtgctggctggttctttattgt
gttgttgcgccttttattaacctgactcagcttggagttaattgaaaaga
gggaagggcgattgaaaagaaaaaaagcctttcatcgtggtttgccttgt
aggcagtcttgaagactatttcttgattagtgatatgatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_69210935_69212103
seq2: B6Ng01-189H13.b_45_1211

seq1  GAATTCTACTGGCTACATTGTAACAGGAACTAGAAGTGATGGGAGATGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTGGCTACATTGTAACAGGAACTAGAAGTGATGGGAGATGGT  50

seq1  CTAAAAGTATACTGAAGAAGGCTCACAGGTCACCCGCAGATTCCATGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGTATACTGAAGAAGGCTCACAGGTCACCCGCAGATTCCATGCCA  100

seq1  TTGTATTTGTATATAAAGGAATAGCATGACTTTGGAATTTGCAATCCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTGTATATAAAGGAATAGCATGACTTTGGAATTTGCAATCCTCA  150

seq1  GGGGTCCTGAAAGCTGTCCCTTGTACTAAGAGACATTTTGCATTATTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCCTGAAAGCTGTCCCTTGTACTAAGAGACATTTTGCATTATTATT  200

seq1  GATTATTAGTCATAAAATGAAGCTCTTGTCTGTTGCAGCATTTAAGGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTAGTCATAAAATGAAGCTCTTGTCTGTTGCAGCATTTAAGGTTA  250

seq1  TCTCCTTACTGGTTGTAGCTGGTTTCTTCAGCAGCTTCATTTGAAAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTACTGGTTGTAGCTGGTTTCTTCAGCAGCTTCATTTGAAAAAAA  300

seq1  ATTCATCTCGGCAAGATACCACAGATGATCCTCTTTAGCCTAGCATCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCTCGGCAAGATACCACAGATGATCCTCTTTAGCCTAGCATCTGC  350

seq1  CTCTCCTTACTTAAAATCAGCACTTGCGCAAAGATGATCAGGCCTGGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTTACTTAAAATCAGCACTTGCGCAAAGATGATCAGGCCTGGCAT  400

seq1  TAGAGAAGTGAAATCATTAATGCTGTGTTTTCTTGTCTTCCAATCCCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAGTGAAATCATTAATGCTGTGTTTTCTTGTCTTCCAATCCCTTC  450

seq1  CAAGACTGATCCTAAAGCTATAAGCCCCTGGACCAGGGCACCAATGTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACTGATCCTAAAGCTATAAGCCCCTGGACCAGGGCACCAATGTTAG  500

seq1  CTGGGGGATGTATTAGAAAGGTAATCTCAGGTCCTATTCTATGTTTACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGGATGTATTAGAAAGGTAATCTCAGGTCCTATTCTATGTTTACTA  550

seq1  GCAATATGCTGGAAATGGGGCCAGAAACCTGTGTTTTCAACAACTTCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATGCTGGAAATGGGGCCAGAAACCTGTGTTTTCAACAACTTCAAC  600

seq1  AAAACTCGCAGGCAACTCTGGTATATGCTCAGTCACTAGCCTTGGCCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCGCAGGCAACTCTGGTATATGCTCAGTCACTAGCCTTGGCCAGT  650

seq1  CATCTTTTAAATATATGATGCTTTGGAGTCCAGAAGGCTCCAGCAAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTTAAATATATGATGCTTTGGAGTCCAGAAGGCTCCAGCAAGGAA  700

seq1  ATGTATGTTGTCAAGGAACAGGCTGAAGGTCCTGAGAGATTATCATAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTTGTCAAGGAACAGGCTGAAGGTCCTGAGAGATTATCATAAGA  750

seq1  GCACTCCTCTTTTAAGGCTCCTTGAACCCATTACAAAACAGAGACCTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCCTCTTTTAAGGCTCCTTGAACCCATTACAAAACAGAGACCTACA  800

seq1  TGAATGGCAGGATGCTGAGGGACCCATTGGTCACAGGGTCCTGCAGATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGCAGGATGCTGAGGGACCCATTGGTCACAGGGTCCTGCAGATCA  850

seq1  AGACACCCTTTACGTCACAGTCCTGTGGGCGGCTCTCTTCCCAACAATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACCCTTTACGTCACAGTCCTGTGGGCGGCTCTCTTCCCAACAATCA  900

seq1  CATCACCCTGAGCATGCAGACACAAAGTAATATGTTTCTATTGTGCTAGC  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCCTGAGCATGCAGACAC-AAGTAATATGTTTCTATTGTGCTAGC  949

seq1  C-TTTTCAGCCTGACACAGCAAAGCACCACCACCTATGTTGCCACAGAAA  999
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCAGCCTGACACAGCAAAGCACCACCACCTATGTTGCCACAGAAA  999

seq1  TGTCCTTTC-TCATTGCTCCA--GAGGCCAGATGACAAAGGAGCAATGAT  1046
      ||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTTCTTCATTGCTCCAAGAAGGCCAGATGACAAAGGAGCAATGAT  1049

seq1  CT--AAACAAAGTGATTTCCCCAAGGCCCCTCCATGT-CTCTTAGGTGGC  1093
      ||  || |||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||| || ||
seq2  CTTAAACCAAAGTGA-TTCCCCAA-GCCCCTCAATGTCCTCTTA-GTTGC  1096

seq1  TGTGGTTTCAAGTGTCCTCAAAAGGTCTGCATGCTACATGA-CCACACCC  1142
      ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGT-GTTTCAAGTGTCTTCAAAA-GTCTGCATGCTACATGACCCACACCC  1144

seq1  AGATCTCTGCCTTCTGTAAAGGTGATA  1169
      ||||||||||  |||||  | ||||||
seq2  AGATCTCTGC--TCTGT--ATGTGATA  1167


seq1: chr17_69319880_69320963
seq2: B6Ng01-189H13.g_64_1153 (reverse)

seq1  CATCA-ATCACAAATCAAGAAAATGTCTTC-AGACTTGCCTACAGGCCAA  48
      ||||| ||||| ||||||||||  |||||| |||| |||||||| | |||
seq2  CATCATATCACTAATCAAGAAATAGTCTTCAAGAC-TGCCTACAAGGCAA  49

seq1  --CACGATG-AAGACTTTTTTCTTTTTCAATCGCCCTTCCCTCTTTTCAA  95
        ||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACGATGAAAGGCTTTTTTTCTTTTCAATCGCCCTTCCCTCTTTTCAA  99

seq1  ATAACTCCAGCTTGAGTCAGGTTAATAAAAAGACGCAACAACAACAATAA  145
       ||||||||   |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||
seq2  TTAACTCCAAGCTGAGTCAGGTTAAT-AAAAGGCGCAACAAC-ACAATAA  147

seq1  AGAACCCAGCCAGCACATTGTGC-TAACTAATGTTACATTGTATGT-GAT  193
      |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGAA-CCAGCCAGCACATTGTGCTTAACTAATGTTACATTGTATGTGGAT  196

seq1  AGC-ACAGACTAAT-AAAAATTGTTAATTATTATA-TTTTATGTTTAGCT  240
      ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGCAACAGACTAATAAAAAATTGTTAATTATTATATTTTTATGTTTAGCT  246

seq1  GGGTTTATATCCCTAGTACCTAATTCACATTGCTACTTTGAATGAGCAAT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTATATCCCTAGTACCTAATTCACATTGCTACTTTGAATGAGCAAT  296

seq1  TATTTGTATAGCTTCATCTTCTATTTATTTACCAAACAACCATCAAATGA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTATAGCTTCATCTTCTATTTATTTACCAAACAACCATCAAATGA  346

seq1  TTTGGTAAAGTTTGTTGCCAAGGGATGATAAGAAGATGTGAAAAGTCTAT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTAAAGTTTGTTGCCAAGGGATGATAAGAAGATGTGAAAAGTCTAT  396

seq1  GATCATGTTGACATTTCTTTGAGCTTCAATTTTCCACCTGTAAGAGAACA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATGTTGACATTTCTTTGAGCTTCAATTTTCCACCTGTAAGAGAACA  446

seq1  AATATCACTCTAACATTTGTAAACGAGACCTAATTTCATTACTCTACAGT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCACTCTAACATTTGTAAACGAGACCTAATTTCATTACTCTACAGT  496

seq1  GCTATGTTAATATAAACATTATTAGGGTCAAATACCCAGAAGGAACTCGT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTTAATATAAACATTATTAGGGTCAAATACCCAGAAGGAACTCGT  546

seq1  GTTCAAATACCAGGCCTTGACTACAGGCAAGTCAGCTGGATCTAGTTCAT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAATACCAGGCCTTGACTACAGGCAAGTCAGCTGGATCTAGTTCAT  596

seq1  CTATTGTTACTGATATATTTATAACTAGTGGAAAAGCATGTTTCTCAAAG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTTACTGATATATTTATAACTAGTGGAAAAGCATGTTTCTCAAAG  646

seq1  ACAACGCAACAAAATAATGGTCACGTGTTTCTGTCCTTTGAATTTGTGAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACGCAACAAAATAATGGTCACGTGTTTCTGTCCTTTGAATTTGTGAA  696

seq1  ATGTAAAGACTTCTTCCAGGATTGTTCCAAAGCCTTGGACAAAGATTTAC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAGACTTCTTCCAGGATTGTTCCAAAGCCTTGGACAAAGATTTAC  746

seq1  CAAAACCACTTTCAGACTCCCATCAAATAAGCTATGAAAATTCATTTCGG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCACTTTCAGACTCCCATCAAATAAGCTATGAAAATTCATTTCGG  796

seq1  TAACTGCCCTTATCAAAGTCAACCAATCAACGTCAGCTTCAATCAACCAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGCCCTTATCAAAGTCAACCAATCAACGTCAGCTTCAATCAACCAG  846

seq1  TCAACAAGAGTCTCACTCAATGATCTCTCAATCCTACACATTCCCAGGAG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAGAGTCTCACTCAATGATCTCTCAATCCTACACATTCCCAGGAG  896

seq1  CCATCGTCCACCAGTCCTAAAGTGCTGTCCTTTTAAAAACCAGGGGTTTG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCGTCCACCAGTCCTAAAGTGCTGTCCTTTTAAAAACCAGGGGTTTG  946

seq1  CTTTGTCCACATAATTCAACTGTAGATCTGTCCTATTTTACAAATAATAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCCACATAATTCAACTGTAGATCTGTCCTATTTTACAAATAATAA  996

seq1  ATCCTGACCTTGGCTTAGGACTTCTTTATAAATGCAGACTCTGGGGGTTT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGACCTTGGCTTAGGACTTCTTTATAAATGCAGACTCTGGGGGTTT  1046

seq1  CCCTGCACTTTTGTCTGAGATCTCCTCATAACTAAGTGGAATTC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCACTTTTGTCTGAGATCTCCTCATAACTAAGTGGAATTC  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |