BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-195K13
Chromosome17 (Build37)
Map Location 16,531,852 - 16,723,837
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041394, LOC213781
Upstream gene4932442K08Rik, Psmb1, Tbp, Pdcd2, LOC636398, Prdm9, EG626573, LOC665017, LOC100041775, 5830433I10Rik, Chd1, Rgmb, LOC100041365, Eif3s6-ps3, LOC100041383
Downstream geneLOC100041407, LOC665072, EG383211, LOC626785, LOC665085, BC002059, BC018101, Zfp97, EG382161, LOC676238, EG626854, LOC100041965, Riok2, Lix1, LOC383297, Lnpep
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-195K13.bB6Ng01-195K13.g
ACCGA018018GA018019
length1,0781,071
definitionB6Ng01-195K13.b B6Ng01-195K13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,722,760 - 16,723,837)(16,531,852 - 16,532,904)
sequence
gaattcatttggtaaaagttttctgtcatcaaagcaacgatgaaagactt
ggagcattatcataagatctatcacttttattacaaaagcattaagtata
aaatcttatgcaccatctgttatccatctgtctatcatcaatcaatctat
ttgtctatctatatctattgtcatgtatctattacttatcatttatctat
atattattatgcatctattacttatcatttatttatcagttatattaata
tatcatctatttttatcaatctatcatatgattgtcatctatctattgtc
tatcatttacaaagcaattatttatctgtgaattataaaagtcagtaata
agttgggttaaaacatttgataggttccagaatatgtaaatactcctaga
tgcaaaaccttctcattgtatttatgatcaggtatgacatagctggtcaa
gtagctcagtgcctactcttgaagtgaagttttaagatatgaatgagaaa
aaaaagtggctgttcactttctaccacatttatgcacagattgattgcaa
ttttagttccatagtttttaactgttagaaacttcaattgaatgtttttt
ttcctaaattgcacctttcaacacttgattaggtagtctgcatccattat
aagaaaaagtagggtgtatacttcaacttataagcataaacaaggacttt
ctgaacagtagtgctgaaacaagaccaacaattgactgatggggcctcat
gccccatcaactaaaaagcttttgtacagcaaaggagacaatcagggaag
tgaggtgtaagcctatggaatgggaaaacaaaacaaacataccaaaacgt
ttccaactatgcatctggccaaggattttatgtgtaaataacaaaaagtt
aaaaaaaagaattatttagaaaagcaacagtcaattaaaagaacccgggt
gtaaaatcttaacagagatctcaaaaagaatagagcagcaatgaccttgt
tgagagctatgcagtagtgtcacatccctttgagcattatgccaagatgt
gttgagtggtggtgttggtggtttggat
gaattcttaatatgcattaaatgtttttgcttggtttataaagaaacgat
tgaataaatcagtagacatttaatagtttatagttttctcacaaaataac
cttttattttatttttttctgaaattaatttatttgagtcttttgaaatc
aggtacgacaagctgcaagttctgtgttagataaaagttccaatgaaaga
accaattgaaagattccattgatgtattcatacaaaaaaacagtatctct
ttaaagccatgtaactttatgtggtttagcatcagatgttactgtcaaac
ctctcagacactatcccttcctatttatcatattgaggtgctggatagga
ctcattaaatggcaatgtaacaataggggttaattatatttttatcatga
agcaatcactgttctcagaaatgctcaggcacccatctgtggcctctgcc
tggggcagggggggggcagttttcctttgataatctcacctattgaactg
tcatgtttcattgctcaattaatttagctcaggagatggttcaataaaat
gttccctctactcaggcattttgatgactctctctgctctttcagaccaa
aaataatgaagtcatagcatgcattcctgcagctgaacacaaaagcttcc
agacactggatgccctggggtatcctcctgtggcccctgcttttgggcat
atggggaaggagtgtcactgatctttctctatgcctttgagaagcaatcc
agctgcttttctgtggctctgaatagtcaggttaaacaaaataactgaaa
tttcccatttagagatctgtgccttacatcttgacctctctactcaaaaa
taaactgttgtcttcaagaagagtgatctttatttgatttacgcaatgtc
caaaatatctgtttagtcttctaatcttttgctataattgggattccaaa
taatactaagcagcaccacctagctaaatatctttaaatagtaataatta
aatggtgcctaaatggttcagtttgaaaaaggaatttacaagggaataga
agaagaacaggaaaattcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_16722760_16723837
seq2: B6Ng01-195K13.b_43_1120 (reverse)

seq1  ATACAAACCATC-ACA-CACCACTCCACCACATCTTGGCAT-ATGCTCAA  47
      || ||||||| | ||| ||||||| || ||||||||||||| ||||||||
seq2  ATCCAAACCACCAACACCACCACT-CAACACATCTTGGCATAATGCTCAA  49

seq1  A-GGATGTGACACCTACTGCATAGCTTCTCAAACAAGGTCATTGCTGCTC  96
      | |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGTGACA-CTACTGCATAGC-TCTC-AACAAGGTCATTGCTGCTC  96

seq1  TATTC-TTTTGAGATCTCTGTT-AGATTTTACACCCGGGTTCTTTTAATT  144
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTTTTGAGATCTCTGTTAAGATTTTACACCCGGGTTCTTTTAATT  146

seq1  GGACTGTTTGCTTTTCTAA--TATTCTTTTTTTTAACTTTTTGTTTATTT  192
       ||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||   ||
seq2  -GACTG-TTGCTTTTCTAAATAATTCTTTTTTTTAACTTTTTGTT--ATT  192

seq1  TACACAT-AAATCCTTGGCCAGATGCATAGTTGGAAACGTTTTGGTATGT  241
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TACACATAAAATCCTTGGCCAGATGCATAGTTGGAAACGTTTTGGTATG-  241

seq1  TTTGTTTTGTTTTCCCATTCCATAGGCTTACACCTCACTTCCCTGATTGT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGTTTTCCCATTCCATAGGCTTACACCTCACTTCCCTGATTGT  291

seq1  CTCCTTTGCTGTACAAAAGCTTTTTAGTTGATGGGGCATGAGGCCCCATC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTGCTGTACAAAAGCTTTTTAGTTGATGGGGCATGAGGCCCCATC  341

seq1  AGTCAATTGTTGGTCTTGTTTCAGCACTACTGTTCAGAAAGTCCTTGTTT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATTGTTGGTCTTGTTTCAGCACTACTGTTCAGAAAGTCCTTGTTT  391

seq1  ATGCTTATAAGTTGAAGTATACACCCTACTTTTTCTTATAATGGATGCAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATAAGTTGAAGTATACACCCTACTTTTTCTTATAATGGATGCAG  441

seq1  ACTACCTAATCAAGTGTTGAAAGGTGCAATTTAGGAAAAAAAACATTCAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCTAATCAAGTGTTGAAAGGTGCAATTTAGGAAAAAAAACATTCAA  491

seq1  TTGAAGTTTCTAACAGTTAAAAACTATGGAACTAAAATTGCAATCAATCT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTTTCTAACAGTTAAAAACTATGGAACTAAAATTGCAATCAATCT  541

seq1  GTGCATAAATGTGGTAGAAAGTGAACAGCCACTTTTTTTTCTCATTCATA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATAAATGTGGTAGAAAGTGAACAGCCACTTTTTTTTCTCATTCATA  591

seq1  TCTTAAAACTTCACTTCAAGAGTAGGCACTGAGCTACTTGACCAGCTATG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAACTTCACTTCAAGAGTAGGCACTGAGCTACTTGACCAGCTATG  641

seq1  TCATACCTGATCATAAATACAATGAGAAGGTTTTGCATCTAGGAGTATTT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACCTGATCATAAATACAATGAGAAGGTTTTGCATCTAGGAGTATTT  691

seq1  ACATATTCTGGAACCTATCAAATGTTTTAACCCAACTTATTACTGACTTT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTCTGGAACCTATCAAATGTTTTAACCCAACTTATTACTGACTTT  741

seq1  TATAATTCACAGATAAATAATTGCTTTGTAAATGATAGACAATAGATAGA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTCACAGATAAATAATTGCTTTGTAAATGATAGACAATAGATAGA  791

seq1  TGACAATCATATGATAGATTGATAAAAATAGATGATATATTAATATAACT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATCATATGATAGATTGATAAAAATAGATGATATATTAATATAACT  841

seq1  GATAAATAAATGATAAGTAATAGATGCATAATAATATATAGATAAATGAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATAAATGATAAGTAATAGATGCATAATAATATATAGATAAATGAT  891

seq1  AAGTAATAGATACATGACAATAGATATAGATAGACAAATAGATTGATTGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATAGATACATGACAATAGATATAGATAGACAAATAGATTGATTGA  941

seq1  TGATAGACAGATGGATAACAGATGGTGCATAAGATTTTATACTTAATGCT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGACAGATGGATAACAGATGGTGCATAAGATTTTATACTTAATGCT  991

seq1  TTTGTAATAAAAGTGATAGATCTTATGATAATGCTCCAAGTCTTTCATCG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAATAAAAGTGATAGATCTTATGATAATGCTCCAAGTCTTTCATCG  1041

seq1  TTGCTTTGATGACAGAAAACTTTTACCAAATGAATTC  1078
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTGATGACAGAAAACTTTTACCAAATGAATTC  1078

seq1: chr17_16531852_16532904
seq2: B6Ng01-195K13.g_68_1138

seq1  GAATTCTTAATATGCATTAAATGTTTTTGCTTGGTTTATAAAGAAACGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAATATGCATTAAATGTTTTTGCTTGGTTTATAAAGAAACGAT  50

seq1  TGAATAAATCAGTAGACATTTAATAGTTTATAGTTTTCTCACAAAATAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAAATCAGTAGACATTTAATAGTTTATAGTTTTCTCACAAAATAAC  100

seq1  CTTTTATTTTATTTTTTTCTGAAATTAATTTATTTGAGTCTTTTGAAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATTTTATTTTTTTCTGAAATTAATTTATTTGAGTCTTTTGAAATC  150

seq1  AGGTACGACAAGCTGCAAGTTCTGTGTTAGATAAAAGTTCCAATGAAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACGACAAGCTGCAAGTTCTGTGTTAGATAAAAGTTCCAATGAAAGA  200

seq1  ACCAATTGAAAGATTCCATTGATGTATTCATACAAAAAAACAGTATCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTGAAAGATTCCATTGATGTATTCATACAAAAAAACAGTATCTCT  250

seq1  TTAAAGCCATGTAACTTTATGTGGTTTAGCATCAGATGTTACTGTCAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCCATGTAACTTTATGTGGTTTAGCATCAGATGTTACTGTCAAAC  300

seq1  CTCTCAGACACTATCCCTTCCTATTTATCATATTGAGGTGCTGGATAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGACACTATCCCTTCCTATTTATCATATTGAGGTGCTGGATAGGA  350

seq1  CTCATTAAATGGCAATGTAACAATAGGGGTTAATTATATTTTTATCATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAAATGGCAATGTAACAATAGGGGTTAATTATATTTTTATCATGA  400

seq1  AGCAATCACTGTTCTCAGAAATGCTCAGGCACCCATCTGTGGCCTCTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATCACTGTTCTCAGAAATGCTCAGGCACCCATCTGTGGCCTCTGCC  450

seq1  TGGGGCAGGGGGGGGGCAGTTTTCCTTTGATAATCTCACCTATTGAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCAGGGGGGGGGCAGTTTTCCTTTGATAATCTCACCTATTGAACTG  500

seq1  TCATGTTTCATTGCTCAATTAATTTAGCTCAGGAGATGGTTCAATAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTTCATTGCTCAATTAATTTAGCTCAGGAGATGGTTCAATAAAAT  550

seq1  GTTCCCTCTACTCAGGCATTTTGATGACTCTCTCTGCTCTTTCAGACCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTCTACTCAGGCATTTTGATGACTCTCTCTGCTCTTTCAGACCAA  600

seq1  AAATAATGAAGTCATAGCATGCATTCCTGCAGCTGAACACAAAAGCTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATGAAGTCATAGCATGCATTCCTGCAGCTGAACACAAAAGCTTCC  650

seq1  AGACACTGGATGCCCTGGGGTATCCTCCTGTGGCCCCTGCTTTTGGGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTGGATGCCCTGGGGTATCCTCCTGTGGCCCCTGCTTTTGGGCAT  700

seq1  ATGGGGAAGGAGTGTCACTGATCTTTCTCTATGCCTTTGAGAAGCAATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGAAGGAGTGTCACTGATCTTTCTCTATGCCTTTGAGAAGCAATCC  750

seq1  AGCTGCTTTTCTGTGGCTCTGAATAGTCAGGTTAAAC-AAATAACTGAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGCTGCTTTTCTGTGGCTCTGAATAGTCAGGTTAAACAAAATAACTGAAA  800

seq1  -TTCCCA-TTAGAGATCTGTGCCTTACATC-TGACCTCTCTACTCAAAAA  846
       |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCATTTAGAGATCTGTGCCTTACATCTTGACCTCTCTACTCAAAAA  850

seq1  TAAACTGTTGTCTTCAAGAAGAGTGATC-TTATTTGATTTACGCAATGTC  895
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGTTGTCTTCAAGAAGAGTGATCTTTATTTGATTTACGCAATGTC  900

seq1  CAAAATATCTGTTTAGTCTTCTAATC-TTTGCTAT-ATTTGGATTCC-AA  942
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||
seq2  CAAAATATCTGTTTAGTCTTCTAATCTTTTGCTATAATTGGGATTCCAAA  950

seq1  TAATACTAAGCAGCCACCA-CTAGCTAAATATCTTTTAATAGT-ATAATT  990
      ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  TAATACTAAGCAG-CACCACCTAGCTAAATATCTTTAAATAGTAATAATT  999

seq1  AAAT-GTG-CTAATTGTTTCAGTTTGAAAA--GAA-TTACAAGG--ATAG  1033
      |||| ||| |||| || |||||||||||||  ||| ||||||||  ||||
seq2  AAATGGTGCCTAAATGGTTCAGTTTGAAAAAGGAATTTACAAGGGAATAG  1049

seq1  AAG-AGAACA-GAAAATTCTTG  1053
      ||| |||||| |||||||||||
seq2  AAGAAGAACAGGAAAATTCTTG  1071