BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198L24
Chromosome17 (Build37)
Map Location 59,438,939 - 59,578,617
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043537
Upstream geneCntnap5c, LOC620408, EG545216, LOC668648, 2610034M16Rik, Nudt12, 4930505H01Rik
Downstream geneLOC100043542
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198L24.bB6Ng01-198L24.g
ACCGA020268GA020269
length1,1161,144
definitionB6Ng01-198L24.b B6Ng01-198L24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,577,512 - 59,578,617)(59,438,939 - 59,440,085)
sequence
gaattcaaacatacatggatggtgctagaaacaaccgtgtgatttacatg
acctagcagacgagtgaaacgtgttttctctcatttctggatgttgattt
tgatctacaaatatatctacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacatatatatatatatatatatatatgattttttggaata
ctacaaatatatttttaatcttgatgactatctttttcaaacagagaaat
gtttatcttttgaatttatatggatatatgagaaacaatatgagtatata
cacactgtgtatattaaggtactgtggtggcagtcaattaagtatactat
taaactacataaatgaggatgctgggaactaaacccaggttctctacaag
tgcattcttaattatggatccatccctttagtcaataagaacaaggtatc
aatgacttctggcaagatccagccacctctacatgtcaactaataatagt
tgttacatcatgcataagacctgtcatggccaagccacatcttaacccag
catggagatcctagttgtgcatgaagcttcacccttttctgagaagtaat
tgacaattgttagctgggtgggagagaaagagtcaaatttgtttgtttgc
ttgtttgttttctagagttcaacctctgataagtagactgtgccctagcg
gcaggccacacatccaagaatatttgggaaaacaaattggccttgatggg
ataaactaaggacaataatttagatggatagggaaagcaggtggacctca
gacgtgttggggaaggaggtgaatatgatcaaaattttcaaaacactaat
gtaatattgttttaaaaaatcaaaacaaattacataataaaaaaaggaaa
gtcaaatctatggcttgactacataaactttaatacacaggagaatgaaa
ctgaatgaatgaaaaaatatattttccacacgacagaacaaaatggatca
ccaggtgggcgttatcatatcacacaaatttattttcagctaaaattccc
acaaaagagataaggtgaagatcattatgtaagaatggaagttgtctagc
aagcagtttttttctc

gaattccaaaaggtagactctgaatatagagtggagcctagaggattcag
atcattgcatacacaataagctatagactagaagaccatgcgaatcgtat
gaaaccgaagcagtgcatcattctaatgcagacaggtctggtaggcagtt
ggaagatcagagacaatgggactagaactgagaggcagccttaggatcat
gatccacatggtgggaaattggagttgagctgcatttctcaggatctgag
agtgtaaaaggcctgtgacctctttcccagagtgtaagatttgaagactt
caagtatacagcaaaaaggtcaaaaaagaggagaatatctcaaacatggg
tcttatgattctttcttaaaaatcttggactcttaaaaacagcagagatt
ctgtaagaaaaccctagtttaggatgaatatcagatgatggcataatcta
ggttaaaggtagattaagtctatcatgttcaaaggatagcatgtttggtt
gtttgcttgtttgtttggttgtttcgagacagggtttctctgtgtatagc
tgtggctgtcctggaactcactctgtagaccaggctggccccaaactcag
aagtctacctgcctctgcctcccaagtgctgggattaaaggtgtgagcca
ccactgcctggccaaaggatagcatcttaagaagaatgatagataaatga
gtaacacacaacatacaggatacagggtcctgagccatatgatacataat
acaaatagttttgagaatataaactctattgaagaaggaaacacaatcta
tcagatgggaatgaagctgttagaagaattgtaaaaattagcttgtactc
aagagtacttatcaattgttagaaatctaaagtacaacacaaattaggct
agcatgaattgcaaacacaaaatttatgctgtcatcatctgccatagaag
gaattcaaggccaatgagccaaattaaatctagcaatgtagtaataagct
gacttatcaactttgttcttatgtctgtgccatttctaacgtggatgtag
attgtaatagccactctgcttacttcaattttgggataataggaaggtac
atttcttataatgttatggttaagtctacattaaggaatggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_59577512_59578617
seq2: B6Ng01-198L24.b_49_1164 (reverse)

seq1  GAGAAAAAAAACTGC-TGCTAGACAA-TTTCATCTTTACATAATGATCTT  48
      ||| ||||||||||| |||||||||| || |||  |||||||||||||||
seq2  GAG-AAAAAAACTGCTTGCTAGACAACTTCCATTCTTACATAATGATCTT  49

seq1  CAC--TATCTCTTTT-TGTGGATTTTAGCTGAAAATATATTTGTGTGATA  95
      |||  |||||||||| || | |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CACCTTATCTCTTTTGTGGGAATTTTAGCTGAAAATAAATTTGTGTGATA  99

seq1  TGATAACGCC--ACTGGTGATCCATTTTGTTTCTGTC-TGTGTGAAATAT  142
      ||||||||||   |||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||
seq2  TGATAACGCCCACCTGGTGATCCATTTTG-TTCTGTCGTGTGGAAAATAT  148

seq1  A-TTTTTCATTC-TTCAGTTTCATTCTCTTGTGTATTAAAAGTTTATGTA  190
      | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  ATTTTTTCATTCATTCAGTTTCATTCTCCTGTGTATT-AAAGTTTATGTA  197

seq1  GTCA--GCATAGATTTGACTTTCC-TTTTTTATTATGTAATTTGTTTTGA  237
      ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGCCATAGATTTGACTTTCCTTTTTTTATTATGTAATTTGTTTTGA  247

seq1  TTTTTTAAAACAATATTACATTAGTGTTTTGAAAATTTTGATCATATTCA  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAAACAATATTACATTAGTGTTTTGAAAATTTTGATCATATTCA  297

seq1  CCTCCTTCCCCAACACGTCTGAGGTCCACCTGCTTTCCCTATCCATCTAA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCCCCAACACGTCTGAGGTCCACCTGCTTTCCCTATCCATCTAA  347

seq1  ATTATTGTCCTTAGTTTATCCCATCAAGGCCAATTTGTTTTCCCAAATAT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGTCCTTAGTTTATCCCATCAAGGCCAATTTGTTTTCCCAAATAT  397

seq1  TCTTGGATGTGTGGCCTGCCGCTAGGGCACAGTCTACTTATCAGAGGTTG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGATGTGTGGCCTGCCGCTAGGGCACAGTCTACTTATCAGAGGTTG  447

seq1  AACTCTAGAAAACAAACAAGCAAACAAACAAATTTGACTCTTTCTCTCCC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTAGAAAACAAACAAGCAAACAAACAAATTTGACTCTTTCTCTCCC  497

seq1  ACCCAGCTAACAATTGTCAATTACTTCTCAGAAAAGGGTGAAGCTTCATG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGCTAACAATTGTCAATTACTTCTCAGAAAAGGGTGAAGCTTCATG  547

seq1  CACAACTAGGATCTCCATGCTGGGTTAAGATGTGGCTTGGCCATGACAGG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTAGGATCTCCATGCTGGGTTAAGATGTGGCTTGGCCATGACAGG  597

seq1  TCTTATGCATGATGTAACAACTATTATTAGTTGACATGTAGAGGTGGCTG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGCATGATGTAACAACTATTATTAGTTGACATGTAGAGGTGGCTG  647

seq1  GATCTTGCCAGAAGTCATTGATACCTTGTTCTTATTGACTAAAGGGATGG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTGCCAGAAGTCATTGATACCTTGTTCTTATTGACTAAAGGGATGG  697

seq1  ATCCATAATTAAGAATGCACTTGTAGAGAACCTGGGTTTAGTTCCCAGCA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATAATTAAGAATGCACTTGTAGAGAACCTGGGTTTAGTTCCCAGCA  747

seq1  TCCTCATTTATGTAGTTTAATAGTATACTTAATTGACTGCCACCACAGTA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATTTATGTAGTTTAATAGTATACTTAATTGACTGCCACCACAGTA  797

seq1  CCTTAATATACACAGTGTGTATATACTCATATTGTTTCTCATATATCCAT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATATACACAGTGTGTATATACTCATATTGTTTCTCATATATCCAT  847

seq1  ATAAATTCAAAAGATAAACATTTCTCTGTTTGAAAAAGATAGTCATCAAG  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTCAAAAGATAAACATTTCTCTGTTTGAAAAAGATAGTCATCAAG  897

seq1  ATTAAAAATATATTTGTAGTATTCCAAAAAATCATATATATATATATATA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAATATATTTGTAGTATTCCAAAAAATCATATATATATATATATA  947

seq1  TATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  997

seq1  TAGATATATTTGTAGATCAAAATCAACATCCAGAAATGAGAGAAAACACG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATATTTGTAGATCAAAATCAACATCCAGAAATGAGAGAAAACACG  1047

seq1  TTTCACTCGTCTGCTAGGTCATGTAAATCACACGGTTGTTTCTAGCACCA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTCGTCTGCTAGGTCATGTAAATCACACGGTTGTTTCTAGCACCA  1097

seq1  TCCATGTATGTTTGAATTC  1106
      |||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTATGTTTGAATTC  1116


seq1: chr17_59438939_59440085
seq2: B6Ng01-198L24.g_63_1206

seq1  GAATTCCAAAAGGTAGACTCTGAATATAGAGTGGAGCCTAGAGGATTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAAGGTAGACTCTGAATATAGAGTGGAGCCTAGAGGATTCAG  50

seq1  ATCATTGCATACACAATAAGCTATAGACTAGAAGACCATGCGAATCGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTGCATACACAATAAGCTATAGACTAGAAGACCATGCGAATCGTAT  100

seq1  GAAACCGAAGCAGTGCATCATTCTAATGCAGACAGGTCTGGTAGGCAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCGAAGCAGTGCATCATTCTAATGCAGACAGGTCTGGTAGGCAGTT  150

seq1  GGAAGATCAGAGACAATGGGACTAGAACTGAGAGGCAGCCTTAGGATCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATCAGAGACAATGGGACTAGAACTGAGAGGCAGCCTTAGGATCAT  200

seq1  GATCCACATGGTGGGAAATTGGAGTTGAGCTGCATTTCTCAGGATCTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCACATGGTGGGAAATTGGAGTTGAGCTGCATTTCTCAGGATCTGAG  250

seq1  AGTGTAAAAGGCCTGTGACCTCTTTCCCAGAGTGTAAGATTTGAAGACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAAAAGGCCTGTGACCTCTTTCCCAGAGTGTAAGATTTGAAGACTT  300

seq1  CAAGTATACAGCAAAAAGGTCAAAAAAGAGGAGAATATCTCAAACATGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATACAGCAAAAAGGTCAAAAAAGAGGAGAATATCTCAAACATGGG  350

seq1  TCTTATGATTCTTTCTTAAAAATCTTGGACTCTTAAAAACAGCAGAGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGATTCTTTCTTAAAAATCTTGGACTCTTAAAAACAGCAGAGATT  400

seq1  CTGTAAGAAAACCCTAGTTTAGGATGAATATCAGATGATGGCATAATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGAAAACCCTAGTTTAGGATGAATATCAGATGATGGCATAATCTA  450

seq1  GGTTAAAGGTAGATTAAGTCTATCATGTTCAAAGGATAGCATGTTTGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAAGGTAGATTAAGTCTATCATGTTCAAAGGATAGCATGTTTGGTT  500

seq1  GTTTGCTTGTTTGTTTGGTTGTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTATAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTTGTTTGTTTGGTTGTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTATAGC  550

seq1  TGTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCCCAAACTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCCCAAACTCAG  600

seq1  AAGTCTACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGAGCCA  650

seq1  CCACTGCCTGGCCAAAGGATAGCATCTTAAGAAGAATGATAGATAAATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGCCTGGCCAAAGGATAGCATCTTAAGAAGAATGATAGATAAATGA  700

seq1  GTAACACACAACATACAGGATACAGGGTCCTGAGCCATATGATACATAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACACACAACATACAGGATACAGGGTCCTGAGCCATATGATACATAAT  750

seq1  ACAAATAGTTTTGAGAATATAAACTCTATTGAAGAAGGAAACACAATCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAGTTTTGAGAATATAAACTCTATTGAAGAAGGAAACACAATCTA  800

seq1  TCAGATGGGAATGAAGCTGTTAGAAGAATTGTAAAAATTAGCTTGTACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGGGAATGAAGCTGTTAGAAGAATTGTAAAAATTAGCTTGTACTC  850

seq1  AAGAGTACTTATCAATTGTTAGAAATCTAAAGTACAACACAAATTAGGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTACTTATCAATTGTTAGAAATCTAAAGTACAACACAAATTAGGCT  900

seq1  AGCATGAATTGCAAACACAAAA-TTATGCTGTCATCATCTGCCATAG-AG  948
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGCATGAATTGCAAACACAAAATTTATGCTGTCATCATCTGCCATAGAAG  950

seq1  GAATTC-AGGCCAATGAGCCAAATTAAATCTAGCAATGTAGTAATAAAGC  997
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAATTCAAGGCCAATGAGCCAAATTAAATCTAGCAATGTAGTAAT-AAGC  999

seq1  TGACTTATCAACCTTTGTTC-TATGTCTGTGCCATTTCCTAACGTGGATG  1046
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGACTTATCAA-CTTTGTTCTTATGTCTGTGCCATTT-CTAACGTGGATG  1047

seq1  GTAAGATTGTAATAGCCACTCTGCTTACTTCAATTTT-GGATAATAGGAA  1095
         |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  --TAGATTGTAATAGCCACTCTGCTTACTTCAATTTTGGGATAATAGG-A  1094

seq1  AAGTACATTCCTTTATAATGTTATTGTTAAAATTCTACATTAA-GAATGG  1144
      | ||||||| | |||||||||||| |||  || |||||||||| ||||||
seq2  AGGTACATTTC-TTATAATGTTATGGTT--AAGTCTACATTAAGGAATGG  1141

seq1  AGA  1147
      |||
seq2  AGA  1144


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |