BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201N21
Chromosome17 (Build37)
Map Location 75,832,460 - 76,029,295
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRasgrp3, 2810405J04Rik
Upstream geneNlrc4, LOC100043883, LOC624159, Yipf4, Birc6, Ttc27, LOC100043672, Ltbp1, EG621988
Downstream geneLOC668787, LOC100043885, LOC100043886
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201N21.bB6Ng01-201N21.g
ACCGA022521GA022522
length1,0261,022
definitionB6Ng01-201N21.b B6Ng01-201N21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,028,281 - 76,029,295)(75,832,460 - 75,833,481)
sequence
gaattcactaagactaataagctatatagaaagaacaaagaaggccaagt
tctgaccccaccccatcacctttcaagactgaataaagagcttggatttt
gctaagcagccaaggcaagatgatgaggtcatcgatggagaatatgaata
aagtacaatgatgctgtcttgccattttaaatgcttacctagatgaagag
agacagcagtcttgcagtgacagctatacattattacagaaaataatgat
attttttgctagacggtcattttttttttggctagtagtcatttcgaatc
actgttataatcattggaacaacttgtaaatatccatagaaggacctgga
tggtgcatactggaacagcatttcctttggatatgcaacagcctctgttc
aatccccactgctggccagagtggagaggacggggaagctcatagaagcc
ataataatccatcctttgcactgggattctaccttcagaacacatggtca
ttttgtctcattaggtcttctgtctacccattatttttgcacctatagct
gattcatctttcgaagttcaagtcaagttcaagtcaaattcaagtcaagt
tcaagtcaagttcaggtcaagttcaagtcaagtcatttctattgagcact
attaagatcacaatacttttcttctttttttttccctttggttttttgag
acagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactttgtagac
caggctggcctcgaactcagaaatccgcctgcctctgcctcccaagtgct
gggattaaaggcgtgtgccaccaccgcccggctcacagtacttttctatg
tgctgcaaagcaaaacatgaaacagtttgtcaaaaaagaaaggagttgtg
aagaagggaaatttattctgtttcaacacacaaaaattcttcaatagttt
tggtccaggaacaaattatgaccacctttcccttcaagaagaagtttacc
atctttctgttagttagtgtgtgtgt

gaattcctgacctctagccatcttctataggagctatgtaaagcctgtat
ccttctgagccttcatcacagaagtccctgtgcatcttattaacatgatg
caacatttgagttggagggcacaattcaacagtgaccgggggcttctgtt
ccgtgtagacaacaagaagctgttaccaaaaccacaaaattaaggctcag
atgcacactgctcctctgagaaacagcatccagacctttttgtttgtttc
ctttgaggacatgggtttgagtttcttctacattgcagttactgaagttg
tttttaggcaactgcaatagaatatatgctgtttcattcacttaacagaa
ccaagacaaccaacgaaagttgctctttagctccccagacaggccgccag
tacgccagataacttttctgaagtaactctgagtgtcttaacattagatg
caaaagcttatcttctgaataagagtggcatcaatagaaccaatatttaa
tttttattcttacatttaaaaatctaaaattccctttagaagataagata
tacataatcataacttcatagaggatcacttgatagtcatcgtgtgtgct
cagaacttctgatgtgtgtgtcactgtggtgactggtccttccctggttt
ttgagtggctcctccaacaggtgaggcatcactgtaaggtctccatgtca
cttgtgtgttaagagcagcttgttagtcagttaagtgtagaaaggtacag
agatagatggatagagatgttagctgggcaatatacaggcatttcataga
atcttgtggatctctttgaatagtacagttttttcaactcctcttttaac
tgaataacgcttgactttttacttttagtgttttacagtgctgggattga
acctaggacctcaagcatactaagcaagtactctaccattaagctacgtt
ctcggtgctgataaaaaatttgagcatgacatattgcagctataatcaat
taagagctaacagttgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_76028281_76029295
seq2: B6Ng01-201N21.b_48_1073 (reverse)

seq1  ACACACACACTAACTAACAG-AAGATGGTAA--CTCTTC-TGAA-GGAAA  45
      |||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||| |||| |||||
seq2  ACACACACACTAACTAACAGAAAGATGGTAAACTTCTTCTTGAAGGGAAA  50

seq1  GGT-GTCAT-ATTTG-TCCTGGACC-AAACTATTGA--GATTTTTGTGTG  89
      ||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||   |||||||||||
seq2  GGTGGTCATAATTTGTTCCTGGACCAAAACTATTGAAGAATTTTTGTGTG  100

seq1  TTGAAACAGAATAAATTTCCCTTCTTCACAACTCCTTTCTTTTTTGACAA  139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACAGAATAAATTTCCCTTCTTCACAACTCCTTTCTTTTTTGACAA  150

seq1  ACTGTTTCATGTTTTGCTTTGCAGCACATAGAAAAGTACTGTGAGCCGGG  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTCATGTTTTGCTTTGCAGCACATAGAAAAGTACTGTGAGCCGGG  200

seq1  CGGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGC  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGC  250

seq1  GGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACA  300

seq1  GCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACCAAAGGGAAAAAAA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACCAAAGGGAAAAAAA  350

seq1  AAGAAGAAAAGTATTGTGATCTTAATAGTGCTCAATAGAAATGACTTGAC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAAAAGTATTGTGATCTTAATAGTGCTCAATAGAAATGACTTGAC  400

seq1  TTGAACTTGACCTGAACTTGACTTGAACTTGACTTGAATTTGACTTGAAC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTTGACCTGAACTTGACTTGAACTTGACTTGAATTTGACTTGAAC  450

seq1  TTGACTTGAACTTCGAAAGATGAATCAGCTATAGGTGCAAAAATAATGGG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTGAACTTCGAAAGATGAATCAGCTATAGGTGCAAAAATAATGGG  500

seq1  TAGACAGAAGACCTAATGAGACAAAATGACCATGTGTTCTGAAGGTAGAA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGAAGACCTAATGAGACAAAATGACCATGTGTTCTGAAGGTAGAA  550

seq1  TCCCAGTGCAAAGGATGGATTATTATGGCTTCTATGAGCTTCCCCGTCCT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTGCAAAGGATGGATTATTATGGCTTCTATGAGCTTCCCCGTCCT  600

seq1  CTCCACTCTGGCCAGCAGTGGGGATTGAACAGAGGCTGTTGCATATCCAA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACTCTGGCCAGCAGTGGGGATTGAACAGAGGCTGTTGCATATCCAA  650

seq1  AGGAAATGCTGTTCCAGTATGCACCATCCAGGTCCTTCTATGGATATTTA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATGCTGTTCCAGTATGCACCATCCAGGTCCTTCTATGGATATTTA  700

seq1  CAAGTTGTTCCAATGATTATAACAGTGATTCGAAATGACTACTAGCCAAA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGTTCCAATGATTATAACAGTGATTCGAAATGACTACTAGCCAAA  750

seq1  AAAAAAATGACCGTCTAGCAAAAAATATCATTATTTTCTGTAATAATGTA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATGACCGTCTAGCAAAAAATATCATTATTTTCTGTAATAATGTA  800

seq1  TAGCTGTCACTGCAAGACTGCTGTCTCTCTTCATCTAGGTAAGCATTTAA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTCACTGCAAGACTGCTGTCTCTCTTCATCTAGGTAAGCATTTAA  850

seq1  AATGGCAAGACAGCATCATTGTACTTTATTCATATTCTCCATCGATGACC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCAAGACAGCATCATTGTACTTTATTCATATTCTCCATCGATGACC  900

seq1  TCATCATCTTGCCTTGGCTGCTTAGCAAAATCCAAGCTCTTTATTCAGTC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATCTTGCCTTGGCTGCTTAGCAAAATCCAAGCTCTTTATTCAGTC  950

seq1  TTGAAAGGTGATGGGGTGGGGTCAGAACTTGGCCTTCTTTGTTCTTTCTA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGGTGATGGGGTGGGGTCAGAACTTGGCCTTCTTTGTTCTTTCTA  1000

seq1  TATAGCTTATTAGTCTTAGTGAATTC  1015
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTTATTAGTCTTAGTGAATTC  1026


seq1: chr17_75832460_75833481
seq2: B6Ng01-201N21.g_62_1083

seq1  GAATTCCTGACCTCTAGCCATCTTCTATAGGAGCTATGTAAAGCCTGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACCTCTAGCCATCTTCTATAGGAGCTATGTAAAGCCTGTAT  50

seq1  CCTTCTGAGCCTTCATCACAGAAGTCCCTGTGCATCTTATTAACATGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGAGCCTTCATCACAGAAGTCCCTGTGCATCTTATTAACATGATG  100

seq1  CAACATTTGAGTTGGAGGGCACAATTCAACAGTGACCGGGGGCTTCTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTTGAGTTGGAGGGCACAATTCAACAGTGACCGGGGGCTTCTGTT  150

seq1  CCGTGTAGACAACAAGAAGCTGTTACCAAAACCACAAAATTAAGGCTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTAGACAACAAGAAGCTGTTACCAAAACCACAAAATTAAGGCTCAG  200

seq1  ATGCACACTGCTCCTCTGAGAAACAGCATCCAGACCTTTTTGTTTGTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACTGCTCCTCTGAGAAACAGCATCCAGACCTTTTTGTTTGTTTC  250

seq1  CTTTGAGGACATGGGTTTGAGTTTCTTCTACATTGCAGTTACTGAAGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGGACATGGGTTTGAGTTTCTTCTACATTGCAGTTACTGAAGTTG  300

seq1  TTTTTAGGCAACTGCAATAGAATATATGCTGTTTCATTCACTTAACAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGGCAACTGCAATAGAATATATGCTGTTTCATTCACTTAACAGAA  350

seq1  CCAAGACAACCAACGAAAGTTGCTCTTTAGCTCCCCAGACAGGCCGCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGACAACCAACGAAAGTTGCTCTTTAGCTCCCCAGACAGGCCGCCAG  400

seq1  TACGCCAGATAACTTTTCTGAAGTAACTCTGAGTGTCTTAACATTAGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGCCAGATAACTTTTCTGAAGTAACTCTGAGTGTCTTAACATTAGATG  450

seq1  CAAAAGCTTATCTTCTGAATAAGAGTGGCATCAATAGAACCAATATTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCTTATCTTCTGAATAAGAGTGGCATCAATAGAACCAATATTTAA  500

seq1  TTTTTATTCTTACATTTAAAAATCTAAAATTCCCTTTAGAAGATAAGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTCTTACATTTAAAAATCTAAAATTCCCTTTAGAAGATAAGATA  550

seq1  TACATAATCATAACTTCATAGAGGATCACTTGATAGTCATCGTGTGTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAATCATAACTTCATAGAGGATCACTTGATAGTCATCGTGTGTGCT  600

seq1  CAGAACTTCTGATGTGTGTGTCACTGTGGTGACTGGTCCTTCCCTGGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTTCTGATGTGTGTGTCACTGTGGTGACTGGTCCTTCCCTGGTTT  650

seq1  TTGAGTGGCTCCTCCAACAGGTGAGGCATCACTGTAAGGTCTCCATGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTGGCTCCTCCAACAGGTGAGGCATCACTGTAAGGTCTCCATGTCA  700

seq1  CTTGTGTGTTAAGAGCAGCTTGTTAGTCAGTTAAGTGTAGAAAGGTACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTGTTAAGAGCAGCTTGTTAGTCAGTTAAGTGTAGAAAGGTACAG  750

seq1  AGATAGATGGATAGAGATGTTAGCTGGGCAATATACAGGCATTTCATAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATGGATAGAGATGTTAGCTGGGCAATATACAGGCATTTCATAGA  800

seq1  ATCTTGTGGATCTCTTTGAATAGTACAG-TTTTTCAACTCCTCTTTTAAC  849
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTGGATCTCTTTGAATAGTACAGTTTTTTCAACTCCTCTTTTAAC  850

seq1  TGAATAACGCTTGACTTTTTACTTTTAGTGTTTTTACAGTGCTGGGATTG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGAATAACGCTTGACTTTTTACTTTTAGTG-TTTTACAGTGCTGGGATTG  899

seq1  AACCTAGGACCTCAAGCATACTAAGCAAGTACTCTACCATTAAGCTACGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAGGACCTCAAGCATACTAAGCAAGTACTCTACCATTAAGCTACGT  949

seq1  TCTCGGTGCTGAATAAAAATTTGAAGCATGACATA-TGCAGCTATAATCA  998
      ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCTCGGTGCTGATAAAAAATTTG-AGCATGACATATTGCAGCTATAATCA  998

seq1  ATTAAGAGCT-ACAGTGTGTGTGTG  1022
      |||||||||| ||||| ||||||||
seq2  ATTAAGAGCTAACAGT-TGTGTGTG  1022


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |