BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209H18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 90,465,202 - 90,631,801
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn1
Upstream geneFshr, LOC100043904, LOC100043906
Downstream geneEG668871, LOC668872
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209H18.bB6Ng01-209H18.g
ACCGA028088GA028089
length1,1341,133
definitionB6Ng01-209H18.b B6Ng01-209H18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,630,662 - 90,631,801)(90,465,202 - 90,466,325)
sequence
gaattctcaactgaggaatacagaatggctgagaagcacctaaaaagaat
ttcaacttccttagtcatcatggaaatgcaaatcaaaacaaccttgagat
tccaccttacaccagtcagaatggttaagataaaaaactcaggtggcagc
agatgctggtgagtatgtggagaaagaggaacactcctccattgctggtg
ggattgcaagcttttacactgtgacttcttagaatccaacattctgaata
ggcagataagcttcacatatagacgagaattaaaaaatagaacttgaggc
ttcaacaacggtcaagttgtaaacagaaaagccttgttgataactgtttt
aaagcctgagagtgtcagtaaggggagtaccaatcatattgtactgattc
ctaatgttaacctgtgtgagagatacaactttcatcaaaagaatttttaa
atgaagaactaggtttaagaaacatttatacatacatgtttcctgtaaaa
tttatctaacatgaagtcagggatatgtttattatgtggttgacacattg
tgtatattatcccattgattaagtgaagcattggcactactcttaattat
tgtttaacaacttcatggctatgtctataactaatgctagttgttttcaa
gccccaggtccctctctcatccacctttttattttgtccctttcccactg
aaacagaaacccttcttccatgaagtattctcttatttttcttattttgt
gtgtatcccacattttagtcctttttgttttttttaatcttaatttaaat
gggtggagggctatctatgcaagtaaatgaagcttagggactggctatcc
caaagaagaaaatggtacccatttcctcagaagcattaattgtcattact
tcctcgctgatgagggcccttcatgaaaaaatataggccaccatttttgg
gtaaatcttgtacagataacacagcaacagtgagtttatgagtacatggg
ccatgtcagttccagaagacatcatatgtgtcatgtccctgctcttgtgc
tgtctgcttctcatgcacttatgtatcctgtatttggtttagaagacgta
ttatgtcaataccctccagtacttggaagatcat

gaattcactgaaagcacggcttatttgatgcatatatgcgagtttaatat
ttaatcaatgaggcaagacaacaaggtatgcattttcctttagcggtaag
cacagagtttcagagacacttacatcctgcatcctgttcactgtatatac
caacttattgcaacctaagagatagatttaaatgttgctttatgccatat
ggtttctacaatatttaaacaaacagggaacaagatggggtcaattatca
gcaggactaagggaatataaagagaggagggggatatggagagacagaga
tagagacatagacagagaaggacagagagacagagaaactgagagaaagg
agacagatgcacagagaaaaacatagatagatactgagagtatagataga
tactacatagatatctactgaaaatgattctctcagggcgatctatgcac
cagggctccatgttatagtggctgcatctacagttataatggataccctg
tggcatatttgttgtaattatttttagatgtgccaataaactcttatgag
tcatttgacataagttttatttatattaaatagaaaggtgtacctttcca
aattaccctgaaaatttttgaaaactgcttagacaatgttttattctgtt
ttaaacacaatgacttcacatctgtactttagcatatgtcccagtgaata
gtgttggtttaaaatcatattactacttaagattgtggcatattttcttt
aaatattttatttatatatgtaaagcattttatgaaaatgaccatggttt
ataaaccaataattatgtaaatagtggttattttgttttgagatcaaaac
tacaagaattattacacattgcatttgaatgtgttactatcattacacta
agaatctgtttgccctactctaatttcacaacaaatctttttgcaacaaa
tggtatttgtcaacattgctcttatgtgacagacttcgatataagaattg
agacagtatagattcttttcttagaacctgcatccccttaagactagagg
ttaatattgagtggaaaggcacacctttccaggaatttttaacttccctt
tatatcttctgccaatgacatgaaggatgtggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_90630662_90631801
seq2: B6Ng01-209H18.b_48_1181 (reverse)

seq1  ATGATTCTTCAAGTACT---GAGTAATGACATAATACGTTCTTCTAAAAC  47
      |||||  | ||||||||   | ||| |||||||||||| ||||||||| |
seq2  ATGATCTTCCAAGTACTGGAGGGTATTGACATAATACG-TCTTCTAAACC  49

seq1  AAATACAGGA-ACATAAGTGCATGAGGAAGCAGAACAAGGCAC-AGAGCC  95
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||  |||| ||||| 
seq2  AAATACAGGATACATAAGTGCATGA-GAAGCAG-ACA--GCACAAGAGC-  94

seq1  AGGGGACATGAACCACATAATGATGTCTTCTGGAACTGACATGGCCCATG  145
        |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AGGGACATGA--CACAT-ATGATGTCTTCTGGAACTGACATGGCCCATG  140

seq1  TACTCATAAACTCACTGTTGCTGTGGTTATCTGTACAAGATTTACCCAAA  195
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATAAACTCACTGTTGCTGT-GTTATCTGTACAAGATTTACCCAAA  189

seq1  AATGGTGGCCTATATTTTTTCATGAAGGGCCCTCATCAGCGAGGAAGTAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGGCCTATATTTTTTCATGAAGGGCCCTCATCAGCGAGGAAGTAA  239

seq1  TGACAATTAATGCTTCTGAGGAAATGGGTACCATTTTCTTCTTTGGGATA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATTAATGCTTCTGAGGAAATGGGTACCATTTTCTTCTTTGGGATA  289

seq1  GCCAGTCCCTAAGCTTCATTTACTTGCATAGATAGCCCTCCACCCATTTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCCCTAAGCTTCATTTACTTGCATAGATAGCCCTCCACCCATTTA  339

seq1  AATTAAGATTAAAAAAAACAAAAAGGACTAAAATGTGGGATACACACAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGATTAAAAAAAACAAAAAGGACTAAAATGTGGGATACACACAAA  389

seq1  ATAAGAAAAATAAGAGAATACTTCATGGAAGAAGGGTTTCTGTTTCAGTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAAAATAAGAGAATACTTCATGGAAGAAGGGTTTCTGTTTCAGTG  439

seq1  GGAAAGGGACAAAATAAAAAGGTGGATGAGAGAGGGACCTGGGGCTTGAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGGACAAAATAAAAAGGTGGATGAGAGAGGGACCTGGGGCTTGAA  489

seq1  AACAACTAGCATTAGTTATAGACATAGCCATGAAGTTGTTAAACAATAAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTAGCATTAGTTATAGACATAGCCATGAAGTTGTTAAACAATAAT  539

seq1  TAAGAGTAGTGCCAATGCTTCACTTAATCAATGGGATAATATACACAATG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTAGTGCCAATGCTTCACTTAATCAATGGGATAATATACACAATG  589

seq1  TGTCAACCACATAATAAACATATCCCTGACTTCATGTTAGATAAATTTTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAACCACATAATAAACATATCCCTGACTTCATGTTAGATAAATTTTA  639

seq1  CAGGAAACATGTATGTATAAATGTTTCTTAAACCTAGTTCTTCATTTAAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAACATGTATGTATAAATGTTTCTTAAACCTAGTTCTTCATTTAAA  689

seq1  AATTCTTTTGATGAAAGTTGTATCTCTCACACAGGTTAACATTAGGAATC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTTTGATGAAAGTTGTATCTCTCACACAGGTTAACATTAGGAATC  739

seq1  AGTACAATATGATTGGTACTCCCCTTACTGACACTCTCAGGCTTTAAAAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAATATGATTGGTACTCCCCTTACTGACACTCTCAGGCTTTAAAAC  789

seq1  AGTTATCAACAAGGCTTTTCTGTTTACAACTTGACCGTTGTTGAAGCCTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCAACAAGGCTTTTCTGTTTACAACTTGACCGTTGTTGAAGCCTC  839

seq1  AAGTTCTATTTTTTAATTCTCGTCTATATGTGAAGCTTATCTGCCTATTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTATTTTTTAATTCTCGTCTATATGTGAAGCTTATCTGCCTATTC  889

seq1  AGAATGTTGGATTCTAAGAAGTCACAGTGTAAAAGCTTGCAATCCCACCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTTGGATTCTAAGAAGTCACAGTGTAAAAGCTTGCAATCCCACCA  939

seq1  GCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATACTCACCAGCATCTGCTGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATACTCACCAGCATCTGCTGC  989

seq1  CACCTGAGTTTTTTATCTTAACCATTCTGACTGGTGTAAGGTGGAATCTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGAGTTTTTTATCTTAACCATTCTGACTGGTGTAAGGTGGAATCTC  1039

seq1  AAGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCATGATGACTAAGGAAGTTGAAATTCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCATGATGACTAAGGAAGTTGAAATTCT  1089

seq1  TTTTAGGTGCTTCTCAGCCATTCTGTATTCCTCAGTTGAGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGTGCTTCTCAGCCATTCTGTATTCCTCAGTTGAGAATTC  1134


seq1: chr17_90465202_90466325
seq2: B6Ng01-209H18.g_66_1198

seq1  GAATTCACTGAAAGCACGGCTTATTTGATGCATATATGCGAGTTTAATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAAAGCACGGCTTATTTGATGCATATATGCGAGTTTAATAT  50

seq1  TTAATCAATGAGGCAAGACAACAAGGTATGCATTTTCCTTTAGCGGTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCAATGAGGCAAGACAACAAGGTATGCATTTTCCTTTAGCGGTAAG  100

seq1  CACAGAGTTTCAGAGACACTTACATCCTGCATCCTGTTCACTGTATATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGTTTCAGAGACACTTACATCCTGCATCCTGTTCACTGTATATAC  150

seq1  CAACTTATTGCAACCTAAGAGATAGATTTAAATGTTGCTTTATGCCATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTATTGCAACCTAAGAGATAGATTTAAATGTTGCTTTATGCCATAT  200

seq1  GGTTTCTACAATATTTAAACAAACAGGGAACAAGATGGGGTCAATTATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTACAATATTTAAACAAACAGGGAACAAGATGGGGTCAATTATCA  250

seq1  GCAGGACTAAGGGAATATAAAGAGAGGAGGGGGATATGGAGAGACAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACTAAGGGAATATAAAGAGAGGAGGGGGATATGGAGAGACAGAGA  300

seq1  TAGAGACATAGACAGAGAAGGACAGAGAGACAGAGAAACTGAGAGAAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACATAGACAGAGAAGGACAGAGAGACAGAGAAACTGAGAGAAAGG  350

seq1  AGACAGATGCACAGAGAAAAACATAGATAGATACTGAGAGTATAGATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGATGCACAGAGAAAAACATAGATAGATACTGAGAGTATAGATAGA  400

seq1  TACTACATAGATATCTACTGAAAATGATTCTCTCAGGGCGATCTATGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACATAGATATCTACTGAAAATGATTCTCTCAGGGCGATCTATGCAC  450

seq1  CAGGGCTCCATGTTATAGTGGCTGCATCTACAGTTATAATGGATACCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTCCATGTTATAGTGGCTGCATCTACAGTTATAATGGATACCCTG  500

seq1  TGGCATATTTGTTGTAATTATTTTTAGATGTGCCAATAAACTCTTATGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATATTTGTTGTAATTATTTTTAGATGTGCCAATAAACTCTTATGAG  550

seq1  TCATTTGACATAAGTTTTATTTATATTAAATAGAAAGGTGTACCTTTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGACATAAGTTTTATTTATATTAAATAGAAAGGTGTACCTTTCCA  600

seq1  AATTACCCTGAAAATTTTTGAAAACTGCTTAGACAATGTTTTATTCTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACCCTGAAAATTTTTGAAAACTGCTTAGACAATGTTTTATTCTGTT  650

seq1  TTAAACACAATGACTTCACATCTGTACTTTAGCATATGTCCCAGTGAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACACAATGACTTCACATCTGTACTTTAGCATATGTCCCAGTGAATA  700

seq1  GTGTTGGTTTAAAATCATATTACTACTTAAGATTGTGGCATATTTTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGTTTAAAATCATATTACTACTTAAGATTGTGGCATATTTTCTTT  750

seq1  AAATATTTTATTTATATATGTAAAGCATTTTATGAAAATGACCATGG-TT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAATATTTTATTTATATATGTAAAGCATTTTATGAAAATGACCATGGTTT  800

seq1  ATAAACCAATAATTATGTAAATAGTGGTTATTTTGTTTTGAGATCAAAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACCAATAATTATGTAAATAGTGGTTATTTTGTTTTGAGATCAAAAC  850

seq1  TACAAGAATTATTACACATTGCATTTGAATGTGTTACTATCATTACACTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGAATTATTACACATTGCATTTGAATGTGTTACTATCATTACACTA  900

seq1  AGAATCTGTTTG-CCTACTCTAATTTCACAACAAATCTTTTTGCAACAAA  948
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTGTTTGCCCTACTCTAATTTCACAACAAATCTTTTTGCAACAAA  950

seq1  TGGTATTTGTCACCATTGCTCTTATGTGACAGAC-TCGATATAAG-ATTG  996
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TGGTATTTGTCAACATTGCTCTTATGTGACAGACTTCGATATAAGAATTG  1000

seq1  AGACAGTATAGATTCTTT--CTAGAA-CTGCATCCCC-TAAGACCTAGAG  1042
      ||||||||||||||||||   ||||| |||||||||| ||||| ||||||
seq2  AGACAGTATAGATTCTTTTCTTAGAACCTGCATCCCCTTAAGA-CTAGAG  1049

seq1  GTAATAATTGAGTTGAAAGTCACACCTTTCAAAG-ATTTTTAACT--CCC  1089
      || |  ||||||| ||||| |||||||||| | | ||||||||||  || 
seq2  GTTAATATTGAGTGGAAAGGCACACCTTTCCAGGAATTTTTAACTTCCCT  1099

seq1  TTATATC-TCTGGCAATGACAATGAAAGTTTGTGGC  1124
      ||||||| |||| ||||||| ||| |||  ||||||
seq2  TTATATCTTCTGCCAATGAC-ATG-AAGGATGTGGC  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |