BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209L12
Chromosome17 (Build37)
Map Location 60,397,236 - 60,541,727
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043537, LOC100043542
Downstream geneLOC100043549, LOC433129, EG620725
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209L12.bB6Ng01-209L12.g
ACCGA028265GA028266
length1,1061,102
definitionB6Ng01-209L12.b B6Ng01-209L12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,540,629 - 60,541,727)(60,397,236 - 60,398,348)
sequence
gaattcatccccttgggtctttaattaaacaattttttaaaaaatcatat
ccttttcctgaaagtatcatgtacagctgtgcttaaaattaatgggggaa
atattgtggcaattcagcagtaaaagaaaacaatcaatgtgtctctgcaa
agctgttttccattgatctgttttaaatgactcttttcctgaaatacagt
gctttatatacctcacctaagaaaagcacatctctgccataggcatctgt
aggttaattgagctattgttatattgctttcggctaccttggatttgaat
ttgtcatatgtgatgtattattttcctcactttagggtaatgggtatact
tggcagtaatcaaaatgactgatgattcgcagtatgaagattttcctaac
acagagggtttgtacagaaacagaattgagagggaaacacttgagctgga
aataaagaagctttcagttgaaaattcgcattatacaatgccaactctat
gggttaactctaagcagacaccaatataaggttttgagtactttttgggt
gagggttcattttctgccaagaaatgaaattcagtctgaattgtatccca
gaaattaatcttctgctctgtggtaaatcatatgtatgaactaggcacag
ggagctgatgcaatagtttgtaccttgaaggaaaaatttttcccaatgtg
aatgctttaatacttaatttaacagagagcaaacatttagcttcacattg
ataggctgtcctgaacattatgcatcctttatctcctcttccttttcgtt
caaagtcatcattttcttcgtcttagtgttccagtacactacaggttgga
tctctaggcaagccatctttcaaaatcatctctgtggtgatctaatcctc
ttgtttagagggctcacgaaatgaaatcaatagtctattttcattttttg
tcatgggccatacagactttactgtcactccagtctaggcaggggaaatg
ctgtgagttgttatcacctttttttttttttttcagtttcaaggttacca
ccccagttcagtacaagtatcttgtactttatcttctttatagtttggag
tttgag

gaattcactatgtagaccaggctggccttgaactcaaatatcccacctgc
ctctatctatggaatgttggggttaaaggtgtgcacaattatacctggct
atgaaatatggatgattttcactgatagaagggtttagtttatagatctg
gagtactcatttgaatatttgtcttcttgtacattttcaaattcctacag
ttgttccttttccagtgtcccttcttaaagagtgaaaatttgatttaatt
tacagatttgaagctgtctcttaaatgtttcctgttctatgctacctaat
tgaaataaacagaagcagactttaaggcaaaagtaaacgaagtgataact
gatttacaattaagattatgtcaaatgaaacatgtctttgttattcaaaa
tatactttgtagcttgacgtaaacattgattatgctctatgttattcata
ttagttgtccaactatcatattctcaattccccaaaggactgaccatatt
tatatcttattatgttttttccacatctaaagttagttatcttgactaga
agtcaggaaaattttcttagcctattttttttaattccactggaaataat
tcggacacattctttgtattgttgagagagttggtagctatataattaaa
atactcaaggttgttgacagtaactgtcagctgttgtggctaatttccct
tccacctttgtcttggaagtgatttatattccgtattctggtgcttaggg
agtctcatgggctctctggttctgttcttcttgaacagtcagtcatctag
aaattaaaaaaataaaataaaaaaagagttgcaggcttgggactgtacag
cactcaccatgttttaaatgtatgctcatcttcttctaaatagaaagaat
attattgggtagtttgaaatcatattcatcattttgttattccacaaata
aaagtattataagatacttttatatacatcaccttgactttcaagaagtg
cagtgagtcaatgagtattagaaagaaggtgggaggtaatgagaaactag
actttgggtcagagctttctttggatatggatgcttactgctgatgattt
gt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_60540629_60541727
seq2: B6Ng01-209L12.b_49_1154 (reverse)

seq1  CTCAAACT-CAAACTATAAAG-AGAT-AAGTAC-AGATACTTTGTACTGA  46
      |||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||
seq2  CTCAAACTCCAAACTATAAAGAAGATAAAGTACAAGATAC-TTGTACTGA  49

seq1  ACTTGGGGTTGTTACCTTGAAACTG-AAAAAAAAAAAAAAGGTGATAACA  95
      || |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-TGGGGTGGTAACCTTGAAACTGAAAAAAAAAAAAAAAGGTGATAACA  98

seq1  ACTCACAGCATTTCCCCTGCCTAGACTGGAGTGACAGTAAAGTCTGTATG  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGCATTTCCCCTGCCTAGACTGGAGTGACAGTAAAGTCTGTATG  148

seq1  G-CCATGAC-AAAAATG-AAATAGACTATTGATTTCATTTCGTGAGCCCT  192
      | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGACAAAAAATGAAAATAGACTATTGATTTCATTTCGTGAGCCCT  198

seq1  CTAAACAAGAGGATTAGATCACCACAGAGATGATTTTG-AAGATGGCTTG  241
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTAAACAAGAGGATTAGATCACCACAGAGATGATTTTGAAAGATGGCTTG  248

seq1  CCTAGAGATCCAACCTGTAGTGTACTGGAACACTAAGACGAAGAAAATGA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGATCCAACCTGTAGTGTACTGGAACACTAAGACGAAGAAAATGA  298

seq1  TGACTTTGAACGAAAAGGAAGAGGAGATAAAGGATGCATAATGTTCAGGA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTGAACGAAAAGGAAGAGGAGATAAAGGATGCATAATGTTCAGGA  348

seq1  CAGCCTATCAATGTGAAGCTAAATGTTTGCTCTCTGTTAAATTAAGTATT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTATCAATGTGAAGCTAAATGTTTGCTCTCTGTTAAATTAAGTATT  398

seq1  AAAGCATTCACATTGGGAAAAATTTTTCCTTCAAGGTACAAACTATTGCA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATTCACATTGGGAAAAATTTTTCCTTCAAGGTACAAACTATTGCA  448

seq1  TCAGCTCCCTGTGCCTAGTTCATACATATGATTTACCACAGAGCAGAAGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCCCTGTGCCTAGTTCATACATATGATTTACCACAGAGCAGAAGA  498

seq1  TTAATTTCTGGGATACAATTCAGACTGAATTTCATTTCTTGGCAGAAAAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTCTGGGATACAATTCAGACTGAATTTCATTTCTTGGCAGAAAAT  548

seq1  GAACCCTCACCCAAAAAGTACTCAAAACCTTATATTGGTGTCTGCTTAGA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTCACCCAAAAAGTACTCAAAACCTTATATTGGTGTCTGCTTAGA  598

seq1  GTTAACCCATAGAGTTGGCATTGTATAATGCGAATTTTCAACTGAAAGCT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACCCATAGAGTTGGCATTGTATAATGCGAATTTTCAACTGAAAGCT  648

seq1  TCTTTATTTCCAGCTCAAGTGTTTCCCTCTCAATTCTGTTTCTGTACAAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATTTCCAGCTCAAGTGTTTCCCTCTCAATTCTGTTTCTGTACAAA  698

seq1  CCCTCTGTGTTAGGAAAATCTTCATACTGCGAATCATCAGTCATTTTGAT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGTGTTAGGAAAATCTTCATACTGCGAATCATCAGTCATTTTGAT  748

seq1  TACTGCCAAGTATACCCATTACCCTAAAGTGAGGAAAATAATACATCACA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCAAGTATACCCATTACCCTAAAGTGAGGAAAATAATACATCACA  798

seq1  TATGACAAATTCAAATCCAAGGTAGCCGAAAGCAATATAACAATAGCTCA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACAAATTCAAATCCAAGGTAGCCGAAAGCAATATAACAATAGCTCA  848

seq1  ATTAACCTACAGATGCCTATGGCAGAGATGTGCTTTTCTTAGGTGAGGTA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACCTACAGATGCCTATGGCAGAGATGTGCTTTTCTTAGGTGAGGTA  898

seq1  TATAAAGCACTGTATTTCAGGAAAAGAGTCATTTAAAACAGATCAATGGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGCACTGTATTTCAGGAAAAGAGTCATTTAAAACAGATCAATGGA  948

seq1  AAACAGCTTTGCAGAGACACATTGATTGTTTTCTTTTACTGCTGAATTGC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCTTTGCAGAGACACATTGATTGTTTTCTTTTACTGCTGAATTGC  998

seq1  CACAATATTTCCCCCATTAATTTTAAGCACAGCTGTACATGATACTTTCA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATATTTCCCCCATTAATTTTAAGCACAGCTGTACATGATACTTTCA  1048

seq1  GGAAAAGGATATGATTTTTTAAAAAATTGTTTAATTAAAGACCCAAGGGG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGGATATGATTTTTTAAAAAATTGTTTAATTAAAGACCCAAGGGG  1098

seq1  ATGAATTC  1099
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1106


seq1: chr17_60397236_60398348
seq2: B6Ng01-209L12.g_71_1172

seq1  GAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAAATATCCCACCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAAATATCCCACCTGC  50

seq1  CTCTATCTATGGAATGTTGGGGTTAAAGGTGTGCACAATTATACCTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCTATGGAATGTTGGGGTTAAAGGTGTGCACAATTATACCTGGCT  100

seq1  ATGAAATATGGATGATTTTCACTGATAGAAGGGTTTAGTTTATAGATCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATATGGATGATTTTCACTGATAGAAGGGTTTAGTTTATAGATCTG  150

seq1  GAGTACTCATTTGAATATTTGTCTTCTTGTACATTTTCAAATTCCTACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACTCATTTGAATATTTGTCTTCTTGTACATTTTCAAATTCCTACAG  200

seq1  TTGTTCCTTTTCCAGTGTCCCTTCTTAAAGAGTGAAAATTTGATTTAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCCTTTTCCAGTGTCCCTTCTTAAAGAGTGAAAATTTGATTTAATT  250

seq1  TACAGATTTGAAGCTGTCTCTTAAATGTTTCCTGTTCTATGCTACCTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATTTGAAGCTGTCTCTTAAATGTTTCCTGTTCTATGCTACCTAAT  300

seq1  TGAAATAAACAGAAGCAGACTTTAAGGCAAAAGTAAACGAAGTGATAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAAACAGAAGCAGACTTTAAGGCAAAAGTAAACGAAGTGATAACT  350

seq1  GATTTACAATTAAGATTATGTCAAATGAAACATGTCTTTGTTATTCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACAATTAAGATTATGTCAAATGAAACATGTCTTTGTTATTCAAAA  400

seq1  TATACTTTGTAGCTTGACGTAAACATTGATTATGCTCTATGTTATTCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTTGTAGCTTGACGTAAACATTGATTATGCTCTATGTTATTCATA  450

seq1  TTAGTTGTCCAACTATCATATTCTCAATTCCCCAAAGGACTGACCATATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTGTCCAACTATCATATTCTCAATTCCCCAAAGGACTGACCATATT  500

seq1  TATATCTTATTATGTTTTTTCCACATCTAAAGTTAGTTATCTTGACTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTTATTATGTTTTTTCCACATCTAAAGTTAGTTATCTTGACTAGA  550

seq1  AGTCAGGAAAATTTTCTTAGCCTATTTTTTTTAATTCCACTGGAAATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGAAAATTTTCTTAGCCTATTTTTTTTAATTCCACTGGAAATAAT  600

seq1  TCGGACACATTCTTTGTATTGTTGAGAGAGTTGGTAGCTATATAATTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGACACATTCTTTGTATTGTTGAGAGAGTTGGTAGCTATATAATTAAA  650

seq1  ATACTCAAGGTTGTTGACAGTAACTGTCAGCTGTTGTGGCTAATTTCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCAAGGTTGTTGACAGTAACTGTCAGCTGTTGTGGCTAATTTCCCT  700

seq1  TCCACCTTTGTCTTGGAAGTGATTTATATTCCGTATTCTGGTGCTTAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTTTGTCTTGGAAGTGATTTATATTCCGTATTCTGGTGCTTAGGG  750

seq1  AGTCTCATGGGCTCTCTGGTTCTGTTCTTCTTGAACAGTCAGTCATCTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCATGGGCTCTCTGGTTCTGTTCTTCTTGAACAGTCAGTCATCTAG  800

seq1  AAATTAAAAAAATAAAATAAAAAAAGAGTTGCAGGCTTGGGACTGTACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAAAAATAAAATAAAAAAAGAGTTGCAGGCTTGGGACTGTACAG  850

seq1  CACTCACCATGTTTTAAATGTATGCTCATCTTCTTCTAAATAGAAAGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACCATGTTTTAAATGTATGCTCATCTTCTTCTAAATAGAAAGAAT  900

seq1  ATTATT-GGTAGTTTGAAATCATATTCATCATTTTGTTATTCCACAAATA  949
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTATTGGGTAGTTTGAAATCATATTCATCATTTTGTTATTCCACAAAT-  949

seq1  AAAAGTATTTATAAGATAACTTTATAATACATCACCTTGACTTTCAAGAA  999
      ||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  AAAAGTA-TTATAAGATACTTTTAT-ATACATCACCTTGACTTTCAAG-A  996

seq1  AGTGCAAGTGAGTCAAATGAGTATTAGAAAGAAGTGGGGAAGTAATGAAG  1049
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||| |||||| ||
seq2  AGTGC-AGTGAGTC-AATGAGTATTAGAAAGAAGGTGGGAGGTAATG-AG  1043

seq1  AAACTTAGGACTTTGTGTCCAGAGCTTTTCTTTGATATTGATGCTAACCT  1099
      |||||   ||||||| || |||||||||  || ||||| |||||| | ||
seq2  AAACT--AGACTTTGGGT-CAGAGCTTTCTTTGGATATGGATGCTTA-CT  1089

seq1  GCTGATGTATTTGT  1113
      ||||||| ||||||
seq2  GCTGATG-ATTTGT  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |