BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216M20
Chromosome17 (Build37)
Map Location 44,753,160 - 44,854,084
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRunx2
Upstream geneTdrd6, Slc25a27, Cyp39a1, Dscr1l1, Enpp5, Enpp4, Clic5
Downstream geneSupt3h, 4930564C03Rik, EG210562, EG668314, Cdc5l, Spats1, EG668319, Aars2, Tcte1, Gm323, Nfkbie, Slc35b2, Hsp90ab1, Slc29a1, EG653016, Capn11, Tmem63b, Mrpl14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216M20.bB6Ng01-216M20.g
ACCGA033395GA033396
length1,073914
definitionB6Ng01-216M20.b B6Ng01-216M20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,853,001 - 44,854,084)(44,753,160 - 44,754,079)
sequence
gaattcactctgaaggtgttagtgtcactgtcactacacatggcctctgc
aaactttatcgtactttatttttgaatacatttcagggaagggcagttca
tagaactttacagttaatagaaaataaaattatagcttagtctttcccat
agaactgctttataactttggggaacaagtggatagctattcagtcatga
taactttttagctaaggcactccgctcatcccttctgtgcagtgggaggg
gccaaagagacccacgaggctgaggaagcaaactataaactttaaaatct
tgagcttagtaaaaaagcatttgtgtgtgtttcccatggcccaagaatgc
ggtgtttttttttttttttgttttgtttttttttttttttttaagctcgc
ccactcagttccctttataaagagcacaggacttaattacaaagaattta
tttgcaaatgataacttgcttcatcattacaaacacggttgtctggccat
tttctagtaactgttttggatagtttctttaacagagagatagatacaag
ctaggttcatgtccaccttggtttctttgtctatgtcttgcaaagcttta
tctggtgctcagctgcaggtagtgtctctgtctaggccaggatttattct
cttcctgaatctgggtcagacctgactgacttccactgccgcccacagtg
acttgagcaagcctggcactaaaatacatctacagagcaaaggttattcc
aagtcgaggtgagacgagttctgtagcacataatataatgtaaatagcat
agaatgggctgcctttgcaggctgaatacattggaagtcccaggcattgc
aattaggaggttaaatttggcttttgatgggggcaggcagcaatgggaag
tgtttgttctaacttgatcttccacctagacagtgaggacggatctttcc
atccccagagtaaggaggaggctagagggctcgctctcttgtactgttgc
atctttagcaatgggatcatcttacagtagccccacccccactcattctc
ttatgcctgtctttgtcacaaag
gaattccatatcttgctatactccgtgttaattgttgccttattcactag
aggagagagctggaatcaaccttagttgtccctccacaagtgactggata
atgaaaatcggatatatatgaaatgtagatagatatagatatcacattta
atatatataggaatactacttaacatatatagaataatatatatacatac
acacacatttttatatattacataatggaatactacttagctctaaaaag
tgaaatttaaaatttgcaagaaaatggatgagatgcatattattaagtaa
gatcacatgatctcaaaaaagaaactgcattttcagtctctcacaagtgg
gatatggccaataatatatgtatatatggaaacaaatgtgcacatggcta
caggaaacatggagaaacaggacaaggtaaatatacaggggagcaggaag
ggcagatgcagataatgcacatgagttagaagagagaatacaaagctggt
tgtttttctaagtcgaactctatcctgggtgtttgtctgtctggttggtt
ggtttggtatttttgatggtagataagtgcataaaatagatccaataata
aaagtgtaaaacctaattcacagcttccattctgaacgccaattctcact
gtataaaagctcactgggttgtatagaccctggctctggttaatcttggt
atgtgaggtttttacttatttgcaaagttttttataataaggtttacttt
aaaacattattttgttaacttggaagaacatattaagaaaatgaactctc
ttgtgttgtgtgtgttgtgtgtcttgactctctcttgtgtgtctctgtgt
tgtctcctttcccttcccctcctttctctcgtgttatgtgtgtgtcagtg
taagttgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_44853001_44854084
seq2: B6Ng01-216M20.b_47_1119 (reverse)

seq1  CTTTGTGACAAAGACAGGGGCATAAGAGATGGAGGTGGGGGTGGGGGCTA  50
      ||||||||||||||||  |||||||||||  || |||||||| |||||||
seq2  CTTTGTGACAAAGACA--GGCATAAGAGAATGA-GTGGGGGT-GGGGCTA  46

seq1  CTGTAAGATTGATCCCATTGCTAAAAGATGC-ACAGTACAGGAAGAG-GC  98
      |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||   ||||| ||
seq2  CTGTAAGA-TGATCCCATTGCT-AAAGATGCAACAGTAC---AAGAGAGC  91

seq1  GAAGCCCTCTAGGCCTCCTCCCTTACTTCTGGGGATGGAAAGAATCCGTC  148
      | ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  G-AGCCCTCTA-GCCTCCT-CCTTAC-TCTGGGGATGGAAAG-ATCCGTC  136

seq1  CTCACTGTCTAGGTGGAAGATCAAGTTAGAACAAACACTT-CCATTGCTG  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTCACTGTCTAGGTGGAAGATCAAGTTAGAACAAACACTTCCCATTGCTG  186

seq1  CCTGCCCCCATCAAAAGCCAAATTTAACCTCCTAATTGCAATGCCTGGGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCCCATCAAAAGCCAAATTTAACCTCCTAATTGCAATGCCTGGGA  236

seq1  CTTCCAATGTATTCAGCCTGCAAAGGCAGCCCATTCTATGCTATTTACAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAATGTATTCAGCCTGCAAAGGCAGCCCATTCTATGCTATTTACAT  286

seq1  TATATTATGTGCTACAGAACTCGTCTCACCTCGACTTGGAATAACCTTTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTATGTGCTACAGAACTCGTCTCACCTCGACTTGGAATAACCTTTG  336

seq1  CTCTGTAGATGTATTTTAGTGCCAGGCTTGCTCAAGTCACTGTGGGCGGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAGATGTATTTTAGTGCCAGGCTTGCTCAAGTCACTGTGGGCGGC  386

seq1  AGTGGAAGTCAGTCAGGTCTGACCCAGATTCAGGAAGAGAATAAATCCTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGTCAGTCAGGTCTGACCCAGATTCAGGAAGAGAATAAATCCTG  436

seq1  GCCTAGACAGAGACACTACCTGCAGCTGAGCACCAGATAAAGCTTTGCAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGACAGAGACACTACCTGCAGCTGAGCACCAGATAAAGCTTTGCAA  486

seq1  GACATAGACAAAGAAACCAAGGTGGACATGAACCTAGCTTGTATCTATCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGACAAAGAAACCAAGGTGGACATGAACCTAGCTTGTATCTATCT  536

seq1  CTCTGTTAAAGAAACTATCCAAAACAGTTACTAGAAAATGGCCAGACAAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTAAAGAAACTATCCAAAACAGTTACTAGAAAATGGCCAGACAAC  586

seq1  CGTGTTTGTAATGATGAAGCAAGTTATCATTTGCAAATAAATTCTTTGTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTTTGTAATGATGAAGCAAGTTATCATTTGCAAATAAATTCTTTGTA  636

seq1  ATTAAGTCCTGTGCTCTTTATAAAGGGAACTGAGTGGGCGAGCTTAAAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTCCTGTGCTCTTTATAAAGGGAACTGAGTGGGCGAGCTTAAAAA  686

seq1  AAAAAAAAAAAACAAAACAAAAAAAAAAAAAAACACCGCATTCTTGGGCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAACAAAACAAAAAAAAAAAAAAACACCGCATTCTTGGGCC  736

seq1  ATGGGAAACACACACAAATGCTTTTTTACTAAGCTCAAGATTTTAAAGTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAAACACACACAAATGCTTTTTTACTAAGCTCAAGATTTTAAAGTT  786

seq1  TATAGTTTGCTTCCTCAGCCTCGTGGGTCTCTTTGGCCCCTCCCACTGCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTTGCTTCCTCAGCCTCGTGGGTCTCTTTGGCCCCTCCCACTGCA  836

seq1  CAGAAGGGATGAGCGGAGTGCCTTAGCTAAAAAGTTATCATGACTGAATA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGGATGAGCGGAGTGCCTTAGCTAAAAAGTTATCATGACTGAATA  886

seq1  GCTATCCACTTGTTCCCCAAAGTTATAAAGCAGTTCTATGGGAAAGACTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCACTTGTTCCCCAAAGTTATAAAGCAGTTCTATGGGAAAGACTA  936

seq1  AGCTATAATTTTATTTTCTATTAACTGTAAAGTTCTATGAACTGCCCTTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATAATTTTATTTTCTATTAACTGTAAAGTTCTATGAACTGCCCTTC  986

seq1  CCTGAAATGTATTCAAAAATAAAGTACGATAAAGTTTGCAGAGGCCATGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAATGTATTCAAAAATAAAGTACGATAAAGTTTGCAGAGGCCATGT  1036

seq1  GTAGTGACAGTGACACTAACACCTTCAGAGTGAATTC  1084
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGACAGTGACACTAACACCTTCAGAGTGAATTC  1073

seq1: chr17_44753160_44754079
seq2: B6Ng01-216M20.g_65_978

seq1  GAATTCCATATCTTGCTATACTCCGTGTTAATTGTTGCCTTATTCACTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATCTTGCTATACTCCGTGTTAATTGTTGCCTTATTCACTAG  50

seq1  AGGAGAGAGCTGGAATCAACCTTAGTTGTCCCTCCACAAGTGACTGGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAGCTGGAATCAACCTTAGTTGTCCCTCCACAAGTGACTGGATA  100

seq1  ATGAAAATCGGATATATATGAAATGTAGATAGATATAGATATCACATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATCGGATATATATGAAATGTAGATAGATATAGATATCACATTTA  150

seq1  ATATATATAGGAATACTACTTAACATATATAGAATAATATATATACATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATAGGAATACTACTTAACATATATAGAATAATATATATACATAC  200

seq1  ACACACATTTTTATATATTACATAATGGAATACTACTTAGCTCTAAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATTTTTATATATTACATAATGGAATACTACTTAGCTCTAAAAAG  250

seq1  TGAAATTTAAAATTTGCAAGAAAATGGATGAGATGCATATTATTAAGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTTAAAATTTGCAAGAAAATGGATGAGATGCATATTATTAAGTAA  300

seq1  GATCACATGATCTCAAAAAAGAAACTGCATTTTCAGTCTCTCACAAGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACATGATCTCAAAAAAGAAACTGCATTTTCAGTCTCTCACAAGTGG  350

seq1  GATATGGCCAATAATATATGTATATATGGAAACAAATGTGCACATGGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGGCCAATAATATATGTATATATGGAAACAAATGTGCACATGGCTA  400

seq1  CAGGAAACATGGAGAAACAGGACAAGGTAAATATACAGGGGAGCAGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAACATGGAGAAACAGGACAAGGTAAATATACAGGGGAGCAGGAAG  450

seq1  GGCAGATGCAGATAATGCACATGAGTTAGAAGAGAGAATACAAAGCTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATGCAGATAATGCACATGAGTTAGAAGAGAGAATACAAAGCTGGT  500

seq1  TGTTTTTCTAAGTCGAACTCTATCCTGGGTGTTTGTCTGTCTGGTTGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTCTAAGTCGAACTCTATCCTGGGTGTTTGTCTGTCTGGTTGGTT  550

seq1  GGTTTGGTATTTTTGATGGTAGATAAGTGCATAAAATAGATCCAATAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGTATTTTTGATGGTAGATAAGTGCATAAAATAGATCCAATAATA  600

seq1  AAAGTGTAAAACCTAATTCACAGCTTCCATTCTGAACGCCAATTCTCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTAAAACCTAATTCACAGCTTCCATTCTGAACGCCAATTCTCACT  650

seq1  GTATAAAAGCTCACTGGGTTGTATAGACCCTGGCTCTGGTTAATCTTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAAGCTCACTGGGTTGTATAGACCCTGGCTCTGGTTAATCTTGGT  700

seq1  ATGTGAGGTTTTTACTTATTTGCAAAGTTTTTTATAATAAGGTTTACTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGGTTTTTACTTATTTGCAAAGTTTTTTATAATAAGGTTTACTTT  750

seq1  AAAACATTATTTTGTTAACTTGGAAGAACATATTAAGAAAATGAACTCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTATTTTGTTAACTTGGAAGAACATATTAAGAAAATGAACTCTC  800

seq1  TTGTGTTGTGTGTGTTGTGTGTCTTGTCTCTCTCTTGTGTGTCTCTTGTG  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  TTGTGTTGTGTGTGTTGTGTGTCTTGACTCTCTCTTGTGTGTCTC-TGTG  849

seq1  TTTGTCTCCTTTCCCTTCCCCTCCTTTCTCTCGTGTATGTGTGTGTGTGT  900
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||
seq2  -TTGTCTCCTTTCCCTTCCCCTCCTTTCTCTCGTGT---TATGTGTGTGT  895

seq1  CAGTGTAGGGGTGTGTGTGT  920
      |||||||  | |||||||||
seq2  CAGTGTA-AGTTGTGTGTGT  914