BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218A11
Chromosome17 (Build37)
Map Location 6,101,865 - 6,242,644
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2210038L17Rik, LOC545184, Tulp4
Upstream geneArid1b, 5730437N04Rik, Ldhal6b, LOC100040282, LOC666919, LOC100040312, Zdhhc14, 3300005D01Rik, LOC100040342, LOC100040352, Snx9, LOC666951, Synj2, Serac1, Gtf2h5
Downstream geneEG433058, Tmem181, LOC100040453, LOC100040471, Dynlt1, LOC547127, LOC100040488, LOC100040500, LOC100040531, LOC100040525, LOC100040563, LOC100040546, LOC100040536, LOC100040556, LOC100040603, LOC100040596, LOC100040631, LOC100040616, Sytl3, Vil2, LOC100040654, Rshl2b, 1700122H20Rik, Tagap1, Rnaset2b, Gm1604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218A11.bB6Ng01-218A11.g
ACCGA034267GA034268
length1,182696
definitionB6Ng01-218A11.b B6Ng01-218A11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,241,453 - 6,242,644)(6,101,865 - 6,102,556)
sequence
gaattccttactgggaattgaataggtctgtgtgacttaaattcctaaaa
gctctttggtttagtctgacccatcaggtcttcccgggagttgtatgtgg
agaactgcagctcagttccccaacaaagactgttgtacccacctttctgc
cagcttccttagagctgaagttagctttgcagcttagcaactgctaggag
gtgtgggtaagaccaagataaatgttcaccagctcactcctgagatgaaa
gctctgtaagcaagtgggggagacctgccttctggatgcagcgtttggga
actgacggcaggaagacactggggttaagtcctaggggcttgggatgcgc
cagactgtctaggagctcaaaaagctgtagctttatcctgtagcttttag
accaatgtacccttcccagcctccaaggctggatctgcagtcatcaaaga
ccacacttgggtttgtggagactttcctgtaactgctagagatgaggccc
acgcagggactggcagttctaatggatgagcgaggaccagaggaatagtt
ttacacagctttaaaaagggagctgaaacctctaccacaggttaggaaac
cacactcttagcctcctacagtcagctaggaacttgaggaaggcaggaaa
cagaaggcaggaccctggggaagcacaggaagaacacatcacttgaggac
aatccttcctttggcagccaagagctatgcctgcggggtatgtactctgg
tgtttgggctgtttgcctttcacttggagagtgggaaaacaaaacaaaac
aagacagacaagacaaagcaaaaccaaaagccaagcaaagcactggtcag
gcttatgaagtttccatggcatgtgaaagtgaactgcacccactaccaga
ccaaagtgcaaggcctccatagcgaggcccatggagatccttgaagcagt
atcttcagatgcctcatgtcaagcgggaatcatcaggactttcgtcgact
cgagaggaaccgagagagccatgttagtctgaagaatgggaacagagcca
gatgacccagaagccaaagcacaaggtggcactcaccctgtagggttcga
aggggtagggctctgcctagcttacagaagaagccaggtgggtatagttg
aggactgctgagcacatacttacctactagct
gaattcattgggcatggtggcatacgcctttaatcccagcacttgggagg
cagaggcaggtggatttctgagttcgaggccagcctggtctacaaagtga
gttccaggacagccagagctatacagagaaaccctgtcacgaaaaaacaa
acaaaacaaaacaaaacaaaacaaacaaacaaaacaaaacaacccctgag
aatttagagaatcagacagcaacgccctcttcctattcacagactgaaat
atgcaggctggagggaagcagcaatgtgtacaagcttatctaagcatgtt
aaatatcaagtgcagcccagaccttgtgatcttgtcctcttagtttaaaa
tttatgctttattttacatgctttattttatttgcttgaatgtaggtctg
tgtaccacgtgtatgcctggtgcctgggaaggtcaggataatgcattgcc
ccctggaactggagttctaggtgtttgtgagctgccctgtgggtgccggg
aagtgaacacaggactggtgtaagaacatgtcctcttaaatgctgagcca
tctctctagccccatctgttcttcttgaagctcatagaatgcgtgcccgt
gctgtggatgagactgtccactatgggtgctgacttttgaacagttggtc
accaatttgctggtactgtcctgggtaaaatttagaagggtggcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_6241453_6242644
seq2: B6Ng01-218A11.b_46_1227 (reverse)

seq1  AGCTAGGTAGGTAAGGGCTAGATGCACAGCAGCCCTCAACTATTACCCCA  50
      ||||| |||||||||   ||  ||| |||||| ||||||||| |||||  
seq2  AGCTA-GTAGGTAAG---TATGTGCTCAGCAGTCCTCAACTA-TACCCAC  45

seq1  CTTGCTCTCTCCTGGTAAGGCTAGCC--AGCCCTACCCCTCTGAACCCT-  97
      || ||| ||| || |||| ||||| |  ||||||||||||  ||||||| 
seq2  CTGGCT-TCTTCT-GTAA-GCTAGGCAGAGCCCTACCCCTTCGAACCCTA  92

seq1  CAGGGTGGAGTG-CACCTTGTGCTTTTGCTCTTGGGTCATCCTGGCTCTG  146
      |||||| ||||| ||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||
seq2  CAGGGT-GAGTGCCACCTTGTGCTTTGGCTTCTGGGTCAT-CTGGCTCTG  140

seq1  TTCCCATTCTTCAGACTAACATGGCTCTCTCGGTTCCTTCTCGAGTCGAC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCCCATTCTTCAGACTAACATGGCTCTCTCGGTTCC-TCTCGAGTCGAC  189

seq1  GAAAGTCCTGATGATTCCCGCTTTGACATGAGGCATCTGAAGATACTGCT  246
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCCTGATGATTCCCGC-TTGACATGAGGCATCTGAAGATACTGCT  238

seq1  TCAAGGATCTCCCATGGGCCTCGCTATGGAGGCCTTGCACTTTGGTCTGG  296
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGATCT-CCATGGGCCTCGCTATGGAGGCCTTGCACTTTGGTCTGG  287

seq1  TAGTGGGTGCAGTTCACTTTCACATGCCATGGAAACTTCATAAGCCTGAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGTGCAGTTCACTTTCACATGCCATGGAAACTTCATAAGCCTGAC  337

seq1  CAGTGCTTTGCTTGGCTTTTGGTTTTGCTTTGTCTTGTCTGTCTTGTTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTTTGCTTGGCTTTTGGTTTTGCTTTGTCTTGTCTGTCTTGTTTT  387

seq1  GTTTTGTTTTCCCACTCTCCAAGTGAAAGGCAAACAGCCCAAACACCAGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTTCCCACTCTCCAAGTGAAAGGCAAACAGCCCAAACACCAGA  437

seq1  GTACATACCCCGCAGGCATAGCTCTTGGCTGCCAAAGGAAGGATTGTCCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATACCCCGCAGGCATAGCTCTTGGCTGCCAAAGGAAGGATTGTCCT  487

seq1  CAAGTGATGTGTTTCTTCCTGTGCTTCCCCAGGGTCCTGCCTTCTGTTTC  546
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGATGTG-TTCTTCCTGTGCTTCCCCAGGGTCCTGCCTTCTGTTTC  536

seq1  CTGCCTTCCTCAAGTTCCTAGCTGACTGTAGGAGGCTAAGAGTGTGGTTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTCCTCAAGTTCCTAGCTGACTGTAGGAGGCTAAGAGTGTGGTTT  586

seq1  CCTAACCTGTGGTAGAGGTTTCAGCTCCCTTTTTAAAGCTGTGTAAAACT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACCTGTGGTAGAGGTTTCAGCTCCCTTTTTAAAGCTGTGTAAAACT  636

seq1  ATTCCTCTGGTCCTCGCTCATCCATTAGAACTGCCAGTCCCTGCGTGGGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCTGGTCCTCGCTCATCCATTAGAACTGCCAGTCCCTGCGTGGGC  686

seq1  CTCATCTCTAGCAGTTACAGGAAAGTCTCCACAAACCCAAGTGTGGTCTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTCTAGCAGTTACAGGAAAGTCTCCACAAACCCAAGTGTGGTCTT  736

seq1  TGATGACTGCAGATCCAGCCTTGGAGGCTGGGAAGGGTACATTGGTCTAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACTGCAGATCCAGCCTTGGAGGCTGGGAAGGGTACATTGGTCTAA  786

seq1  AAGCTACAGGATAAAGCTACAGCTTTTTGAGCTCCTAGACAGTCTGGCGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTACAGGATAAAGCTACAGCTTTTTGAGCTCCTAGACAGTCTGGCGC  836

seq1  ATCCCAAGCCCCTAGGACTTAACCCCAGTGTCTTCCTGCCGTCAGTTCCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAGCCCCTAGGACTTAACCCCAGTGTCTTCCTGCCGTCAGTTCCC  886

seq1  AAACGCTGCATCCAGAAGGCAGGTCTCCCCCACTTGCTTACAGAGCTTTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGCTGCATCCAGAAGGCAGGTCTCCCCCACTTGCTTACAGAGCTTTC  936

seq1  ATCTCAGGAGTGAGCTGGGGAACATTTATCTTGGTCTTACCCACACCTCC  996
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGGAGTGAGCTGGTGAACATTTATCTTGGTCTTACCCACACCTCC  986

seq1  TAGCAGTTGCTAAGCTGCAAAGCTAACTTCAGCTCTAAGGAAGCTGGCAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGTTGCTAAGCTGCAAAGCTAACTTCAGCTCTAAGGAAGCTGGCAG  1036

seq1  AAAGGTGGGTACAACAGTCTTTGTTGGGGAACTGAGCTGCAGTTCTCCAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGGGTACAACAGTCTTTGTTGGGGAACTGAGCTGCAGTTCTCCAC  1086

seq1  ATACAACTCCCGGGAAGACCTGATGGGTCAGACTAAACCAAAGAGCTTTT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACTCCCGGGAAGACCTGATGGGTCAGACTAAACCAAAGAGCTTTT  1136

seq1  AGGAATTTAAGTCACACAGACCTATTCAATTCCCAGTAAGGAATTC  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTAAGTCACACAGACCTATTCAATTCCCAGTAAGGAATTC  1182

seq1: chr17_6101865_6102556
seq2: B6Ng01-218A11.g_63_758

seq1  GAATTCATTGGGCATGGTGGCATACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGGGCATGGTGGCATACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGG  50

seq1  CAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGA  100

seq1  GTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAACCCTGTCACGAAAAAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAACCCTGTCACGAAAAAACAA  150

seq1  ACAAAACAAAACAAAACAAAACAAACAAACAAAACAAAACAACCCCTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAAAACAAAACAAAACAAACAAACAAAACAAAACAACCCCTGAG  200

seq1  AATTTAGAGAATCAGACAGCAACGCCCTCTTCCTATTCACAGACTGAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGAGAATCAGACAGCAACGCCCTCTTCCTATTCACAGACTGAAAT  250

seq1  ATGCAGGCTGGAGGGAAGCAGCAATGTGTACAAGCTTATCTAAGCATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGCTGGAGGGAAGCAGCAATGTGTACAAGCTTATCTAAGCATGTT  300

seq1  AAATATCAAGTGCAGCCCAGACCTTGTGATCTTGTCCTCTTAGTTTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCAAGTGCAGCCCAGACCTTGTGATCTTGTCCTCTTAGTTTAAAA  350

seq1  TTTATGCTTTATTTTACATGCTTTATTTTATTTGCTTGAATGTAGGTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCTTTATTTTACATGCTTTATTTTATTTGCTTGAATGTAGGTCTG  400

seq1  TGTACCACGTGTATGCCTGGTGCCTGGGAAGGTCAGGATAATGCATTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCACGTGTATGCCTGGTGCCTGGGAAGGTCAGGATAATGCATTGCC  450

seq1  CCCTGGAACTGGAGTTCTAGGTGTTTGTGAGCTGCCCTGTGGGTGCCGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAACTGGAGTTCTAGGTGTTTGTGAGCTGCCCTGTGGGTGCCGGG  500

seq1  AAGTGAACACAGGACTGGTGTAAGAACATGTCCTCTTAAATGCTGAGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAACACAGGACTGGTGTAAGAACATGTCCTCTTAAATGCTGAGCCA  550

seq1  TCTCTCTAGCCCCATCTGTTCTTC-TGAAGCTCATAGAATGCGTG-CCGT  598
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCTCTCTAGCCCCATCTGTTCTTCTTGAAGCTCATAGAATGCGTGCCCGT  600

seq1  GCTGTGGATGAGACTGTCCACTATGGGTGCTGACATTTGAACAGGTGGTC  648
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  GCTGTGGATGAGACTGTCCACTATGGGTGCTGACTTTTGAACAGTTGGTC  650

seq1  ACC-AGTTGCTGGCACTGT-CTGGGT-AAATTTAGAAGGTGTGGCCT  692
      ||| | ||||||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||||
seq2  ACCAATTTGCTGGTACTGTCCTGGGTAAAATTTAGAAGG-GTGGCCT  696