BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227A14
Chromosome17 (Build37)
Map Location 28,912,251 - 29,044,875
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMapk13, Brpf3, Pnpla1, 4930539E08Rik
Upstream geneD17Wsu92e, EG666682, Snrpc, F830021D11Rik, Taf11, Anks1, Tcp11, 4930526A20Rik, Scube3, LOC100042764, Zfp523, Def6, Ppard, 1810013A23Rik, Fance, Rpl10a, Tead3, Tulp1, Fkbp5, 4930511I11Rik, Gm749, Clps, Tmhs, Srpk1, Slc26a8, Mapk14, LOC100043318
Downstream genePxt1, Kctd20, Stk38, Sfrs3, LOC100042815, Cdkn1a, 9830134C10Rik, LOC100043341, Cpne5, Ppil1, BC004004, LOC100043348, Pi16, Mtch1, Fgd2, Pim1, 4933413N12Rik, Tbc1d22b, Rnf8, 1300018I05Rik, Mdga1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227A14.bB6Ng01-227A14.g
ACCGA040811GA040812
length1,157475
definitionB6Ng01-227A14.b B6Ng01-227A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,043,737 - 29,044,875)(28,912,251 - 28,912,731)
sequence
gaattcagaaatccacctgcctctgcctcccaagtgctgggattaaaggc
attcgccaccacacttggccttcaatttcttaaaatatatcttgaaatat
gtaggagacagagcagggatgcacctcagtttgcacagcccttgcctggc
atcaggaagctggcattagatccccagcattggggctggagagatggctc
agcaggtaagaacactgactgctcttcaaaaggtcctgagttcaaatccc
agcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaatgagattggatgccctc
ttctggtgtgtctgaagacagctacaatgtacttacatataataaataaa
taaatctaaaaaaaaaaaaaagttccctctttaaaaaaaaaaatccccag
cattgtgtaattgggttgtggtagtgtacacgtgtaatcccagcactggg
gaggtggaggcaagaggattggttcaagattatctgctatgtagtgaatc
agaggccacttggagctacatgagaccctatttatctatttatctatcta
tctatttatctatctgtcatctatctatccatctatcatctatctaatct
gtcatctatttatctagcctatctacctatttcatctattctatctaatc
tatcatctagtctatctatcatctatccatccatctatctatctatctat
ctatctatctatctatctatctatctatctattcatccatccatccatcc
atccatccatccatctatccatccacccatctattatctatcaccaattc
tattttatatatttatatcttatctatctaacctatctaatctatcatct
ttatctatccattcatctattatgtctatctttatctatctattatacct
accacctattctattgaatagagacttaaaggtgtagttaggacagggac
ccttgtggttagcaggtaaaaggttctttgggctttaacttatacaaggc
agctacattggaaaaatggaaaggatctgttccacggccccgtggaggag
cctttcggtggtgctctgaatcttccttgcagaattacagggcataaaac
gaagcttcattcatacgaacttaaacaacccgttctctcagtagtgtgtt
ccaacct
agcgaggataaggtccagtacttggtgtaccagatgctcaaaggtctaaa
ggtgggtggagcctacatggtagccaaggcaacttccttgttgagagcca
gcccgctgttgtggggcagaggagggttctcgatgctggtgtggaagctg
acgtctctgattcacatctctctctctctctcattctctctctctctctc
tctctctctccctccctccctccctccctccctccctttcagtacatcca
ctccgctggcatcgtccacagggtgagtgctttctctatcatggttccgg
ggaatgagttttggggtaggaacagggtactctggtggccaagggattgg
gagtgacagttctcaggagacagaggctgtgagtgtttcagccgtgagag
ggctgatgtagaatgttgagagaatggctgtgttgagaagttggggagat
gtttgtgattgtaggtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_29043737_29044875
seq2: B6Ng01-227A14.b_48_1204 (reverse)

seq1  AGGTTGG-ACGCACTACTGAGAG-ACGGG-TGTTTAAGTCTGTATGGATG  47
      ||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||  ||||| |||
seq2  AGGTTGGAACACACTACTGAGAGAACGGGTTGTTTAAGTTCGTATGAATG  50

seq1  AAGCTTCGTTTTATTCCCTGTAATTCTGCAA-GAAGATTCAGAGCA-CAC  95
      |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  AAGCTTCGTTTTATGCCCTGTAATTCTGCAAGGAAGATTCAGAGCACCAC  100

seq1  TG-AAGGCTCCTCACTGTGGCCGTTGGACAG-TTCTTTCCATTTTTCC-A  142
       | ||||||||||   | |||||| | |||| | |||||||||||||| |
seq2  CGAAAGGCTCCTCCACGGGGCCGTGGAACAGATCCTTTCCATTTTTCCAA  150

seq1  TGTAGCTGCCTTGT-TTAGTT-AAGCCCAA--GACCTTTTACCTGCTAA-  187
      |||||||||||||| | |||| ||||||||   |||||||||||||||| 
seq2  TGTAGCTGCCTTGTATAAGTTAAAGCCCAAAGAACCTTTTACCTGCTAAC  200

seq1  CAC-AGGGTCCCTGT-CTAACTACACCTTT-AGTCTCTATTCAATAG-AT  233
      ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  CACAAGGGTCCCTGTCCTAACTACACCTTTAAGTCTCTATTCAATAGAAT  250

seq1  AGGTGGTAGGTATAATAGATAGATAAAGATAGACATAATAGATGAATGGA  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTAGGTATAATAGATAGATAAAGATAGACATAATAGATGAATGGA  300

seq1  TAGAT-AAGATGATAGATTAGATAGGTTAGATAGATAAGATATAAATATA  332
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAAAGATGATAGATTAGATAGGTTAGATAGATAAGATATAAATATA  350

seq1  TAAAATAGAATTGGTGATAGATAATAGATGGGTGGATGGATAGATGGATG  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGAATTGGTGATAGATAATAGATGGGTGGATGGATAGATGGATG  400

seq1  GATGGATGGATGGATGGATGGATGAATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATGGATGGATGGATGGATGAATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  450

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATGGATAGATGATAGATAGACTA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATGGATAGATGATAGATAGACTA  500

seq1  GATGATAGATTAGATAGAATAGATGAAATAGGTAGATAGGCTAGATAAAT  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATAGATTAGATAGAATAGATGAAATAGGTAGATAGGCTAGATAAAT  550

seq1  AGATGACAGATTAGATAGATGATAGATGGATAGATAGATGACAGATAGAT  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACAGATTAGATAGATGATAGATGGATAGATAGATGACAGATAGAT  600

seq1  AAATAGATAGATAGATAAATAGATAAATAGGGTCTCATGTAGCTCCAAGT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGATAGATAGATAAATAGATAAATAGGGTCTCATGTAGCTCCAAGT  650

seq1  GGCCTCTGATTCACTACATAGCAGATAATCTTGAACCAATCCTCTTGCCT  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGATTCACTACATAGCAGATAATCTTGAACCAATCCTCTTGCCT  700

seq1  CCACCTCCCCAGTGCTGGGATTACACGTGTACACTACCACAACCCAATTA  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCCCCAGTGCTGGGATTACACGTGTACACTACCACAACCCAATTA  750

seq1  CACAATGCTGGGGATTTTTTTTTTTAAAGAGGGAACTTTTTTTTTTTTTT  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGCTGGGGATTTTTTTTTTTAAAGAGGGAACTTTTTTTTTTTTTT  800

seq1  AGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACATTGTAGCTGTCTTCAGACAC  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACATTGTAGCTGTCTTCAGACAC  850

seq1  ACCAGAAGAGGGCATCCAATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAAGAGGGCATCCAATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGT  900

seq1  GGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTTGAAGAGCAGTCAGTGTTCTT  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTTGAAGAGCAGTCAGTGTTCTT  950

seq1  ACCTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAATGCTGGGGATCTAATGCCAGCT  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAATGCTGGGGATCTAATGCCAGCT  1000

seq1  TCCTGATGCCAGGCAAGGGCTGTGCAAACTGAGGTGCATCCCTGCTCTGT  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATGCCAGGCAAGGGCTGTGCAAACTGAGGTGCATCCCTGCTCTGT  1050

seq1  CTCCTACATATTTCAAGATATATTTTAAGAAATTGAAGGCCAAGTGTGGT  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACATATTTCAAGATATATTTTAAGAAATTGAAGGCCAAGTGTGGT  1100

seq1  GGCGAATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTC  1150

seq1  TGAATTC  1139
      |||||||
seq2  TGAATTC  1157

seq1: chr17_28912251_28912731
seq2: B6Ng01-227A14.g_64_544

seq1  GAATTCAGCGAGGATAAGGTCCAGTACTTGGTGTACCAGATGCTCAAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCGAGGATAAGGTCCAGTACTTGGTGTACCAGATGCTCAAAGG  50

seq1  TCTAAAGGTGGGTGGAGCCTACATGGTAGCCAAGGCAACTTCCTTGTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGGTGGGTGGAGCCTACATGGTAGCCAAGGCAACTTCCTTGTTGA  100

seq1  GAGCCAGCCCGCTGTTGTGGGGCAGAGGAGGGTTCTCGATGCTGGTGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGCCCGCTGTTGTGGGGCAGAGGAGGGTTCTCGATGCTGGTGTGG  150

seq1  AAGCTGACGTCTCTGATTCACATCTCTCTCTCTCTCTCATTCTCTCTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGACGTCTCTGATTCACATCTCTCTCTCTCTCTCATTCTCTCTCTC  200

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTTTCAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTTTCAGTA  250

seq1  CATCCACTCCGCTGGCATCGTCCACAGGGTGAGTGCTTTCTCTATCATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACTCCGCTGGCATCGTCCACAGGGTGAGTGCTTTCTCTATCATGG  300

seq1  TTCCGGGGAATGAGTTTTGGGGTAGGAACAGGGTACTCTGGTGGCCAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGGGGAATGAGTTTTGGGGTAGGAACAGGGTACTCTGGTGGCCAAGG  350

seq1  GATTGGGAGTGACAGTTCTCAGGAGACAGAGGCTGTGAGTGTTTCAGCCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGGAGTGACAGTTCTCAGGAGACAGAGGCTGTGAGTGTTTCAGCCG  400

seq1  TGAGAGGGCTGATGTAGAATGTTGAGAGAATGGCTGTGTTGAGAAGTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGGCTGATGTAGAATGTTGAGAGAATGGCTGTGTTGAGAAGTTGG  450

seq1  GGAGATGTTTGTGATTGTAGGTGTGTGTGTG  481
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGTTTGTGATTGTAGGTGTGTGTGTG  481