BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228F24
Chromosome17 (Build37)
Map Location 64,620,092 - 64,726,767
singlet/doubletdoublet
Overlap genePja2
Upstream geneFbxl17, Ppia-ps17_1026.1, LOC638867, LOC668677, A930002H24Rik, Fert2, LOC669778
Downstream geneLOC100043582, Man2a1, 4930583I09Rik, LOC100043871, E130009J12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228F24.bB6Ng01-228F24.g
ACCGA041802GA041803
length1,023818
definitionB6Ng01-228F24.b B6Ng01-228F24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,620,092 - 64,621,111)(64,725,962 - 64,726,767)
sequence
gaattcacactgatccccttccagctcaacagcccaaggctagtttaccc
cctctccacgtttgcagtacccgcgactgataatgaaaaataataatcac
tattctacatcattaatacattcactcacttcatcaagccccctgcactg
ggccagccttccagcctctgccactcccagacactcccctgcactccctt
ccaaacagctatggcttttggcgctgggctgccctgggtggggtctgctt
cttaccctcacatggctctaatgacctgtggtgggatgtcctccgtgggg
cttggatggtgagctcatctcatatgtatggggttaaccttctttcctta
cctcctggatgctgggtccagccttggactcccttggcactggtatacaa
acccaccctgtttagtggctttctgtcggcactaacttgttcagtaagga
aggagaggtagtcttgtttatcttttaaggtaaatttaaaatttaaaaat
agatttggtgttgaatacgagtcacattttttgtaaagtcagaaagggag
agaaggggcttttctggtcaatggccctgtgctgttttgtactcctggtt
ctgggcaagcgattaagggattgtcaacacctttaaaggaatatactgca
atctagtagaagtggctttccttaatgggtgagggaatcaatggtctgaa
gaaggacttttattggcctagcctcggcacaatagagtgactttatcagc
ctggtccctcaaaaccaactgcaccatcccattgtgaatgacagcacatg
tccttccccatggcttcttagtgcctgactcccttggcagtctgagcaac
cttgaccctcaaagatatttctcctctactgtataaaagataacttcgta
ggaggcttcatcatttatttcagagctttgaaaattaattttgtgctgcg
tttagagtactatttaaattgagtcctgctgcttatgtagattgtgattt
aaatattattcatgaatttctgt

gaattcaatgtttttatgattattgtgacttgtataaactcagttctctg
tagtactgattagtgggagatctacacagaatttggagaggagacacacc
atgacaaagtgtggagtcagctgaatggagtgatttaagaaagaggacac
tagcccattggtgtgtctgacacatttatcacaagtcactcgttctcacg
tgggaactgtgcaaggaaacacaaccagggagtagtcattttatatccaa
ttctcactatcagggcctgtccatcaggcatcaccctgctaccatatgta
cacatctggtagaacacatgcccttgaatatatgccattcatgactagat
cagtttcagaggagagcatgtggggattctaagctagaggctataatgac
caggttgagcattgagcagacgatccatgttagactagccacatacattc
taagaccttcctgtgaaaggtttccctagattgatctaaaattttcagga
tataatcatcgagctcttggctgatgcttttgcccccatgaagaaagaag
gcaatgaagaataagccagcatggaggaggaagaagaggaggagaagaag
ggagaataataaaaagagagacttcttgaaaacttacaactgtggggatt
gactgactagtgacctttccaaatttagttaaagctcagttcccctcttg
actcaggtctagttttcaaccagaggcctcattctctttgccacgaaagg
gactatgattccagtaagacagtataagtattctgtgagaaaaccatctt
cttattgaggggcattac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_64620092_64621111
seq2: B6Ng01-228F24.b_52_1074

seq1  GAATTCACACTGATCCCCTTCCAGCTCAACAGCCCAAGGCTAGTTTACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACTGATCCCCTTCCAGCTCAACAGCCCAAGGCTAGTTTACCC  50

seq1  CCTCTCCACGTTTGCAGTACCCGCGACTGATAATGAAAAATAATAATCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCACGTTTGCAGTACCCGCGACTGATAATGAAAAATAATAATCAC  100

seq1  TATTCTACATCATTAATACATTCACTCACTTCATCAAGCCCCCTGCACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTACATCATTAATACATTCACTCACTTCATCAAGCCCCCTGCACTG  150

seq1  GGCCAGCCTTCCAGCCTCTGCCACTCCCAGACACTCCCCTGCACTCCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCCTTCCAGCCTCTGCCACTCCCAGACACTCCCCTGCACTCCCTT  200

seq1  CCAAACAGCTATGGCTTTTGGCGCTGGGCTGCCCTGGGTGGGGTCTGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAGCTATGGCTTTTGGCGCTGGGCTGCCCTGGGTGGGGTCTGCTT  250

seq1  CTTACCCTCACATGGCTCTAATGACCTGTGGTGGGATGTCCTCCGTGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCCTCACATGGCTCTAATGACCTGTGGTGGGATGTCCTCCGTGGGG  300

seq1  CTTGGATGGTGAGCTCATCTCATATGTATGGGGTTAACCTTCTTTCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATGGTGAGCTCATCTCATATGTATGGGGTTAACCTTCTTTCCTTA  350

seq1  CCTCCTGGATGCTGGGTCCAGCCTTGGACTCCCTTGGCACTGGTATACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGGATGCTGGGTCCAGCCTTGGACTCCCTTGGCACTGGTATACAA  400

seq1  ACCCACCCTGTTTAGTGGCTTTCTGTCGGCACTAACTTGTTCAGTAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCCTGTTTAGTGGCTTTCTGTCGGCACTAACTTGTTCAGTAAGGA  450

seq1  AGGAGAGGTAGTCTTGTTTATCTTTTAAGGTAAATTTAAAATTTAAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGGTAGTCTTGTTTATCTTTTAAGGTAAATTTAAAATTTAAAAAT  500

seq1  AGATTTGGTGTTGAATACGAGTCACATTTTTTGTAAAGTCAGAAAGGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGGTGTTGAATACGAGTCACATTTTTTGTAAAGTCAGAAAGGGAG  550

seq1  AGAAGGGGC-TTTCTGGTCAATGGCCCTGTGCTGTTTTGTACTCCTGGTT  599
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGGCTTTTCTGGTCAATGGCCCTGTGCTGTTTTGTACTCCTGGTT  600

seq1  CTGGGCAAGCGATTAAGGGATTGTCAACACCTTTAAAGGAATATACTGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAAGCGATTAAGGGATTGTCAACACCTTTAAAGGAATATACTGCA  650

seq1  ATCTAGTAGAAGTGGCTTTCCTTAATGGGTGAGGGAATCAATGGTCTGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGTAGAAGTGGCTTTCCTTAATGGGTGAGGGAATCAATGGTCTGAA  700

seq1  GAAGGACTTTTATTGGCCTAGCCTCGGCACAATAGAGTGACTTTATCAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTTTTATTGGCCTAGCCTCGGCACAATAGAGTGACTTTATCAGC  750

seq1  CTGGCCCCTCAAAACCAACTGCACCATCCCATTGTGAATGACAGCACATG  799
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCCTCAAAACCAACTGCACCATCCCATTGTGAATGACAGCACATG  800

seq1  TCCTTCCCCATGGCTTCCTAGTGCCTGACTCCCTTGGCAGCCTGAGCAAC  849
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCCTTCCCCATGGCTTCTTAGTGCCTGACTCCCTTGGCAGTCTGAGCAAC  850

seq1  C-TGACCCTCAAAGATATTTCTCCTCTACTGCATAAAAGATAACCTCGTA  898
      | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  CTTGACCCTCAAAGATATTTCTCCTCTACTGTATAAAAGATAACTTCGTA  900

seq1  GGAGGCTTCATCATTTATTTTCAGAGCTTTGAAAA-TAAATTTGTGCTTG  947
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||
seq2  GGAGGCTTCATCATTTA-TTTCAGAGCTTTGAAAATTAATTTTGTGC-TG  948

seq1  CGTTTAGAGTACTATTTAAATTGAGGCCCTGCTGCTTA-GGAGAGTG-GA  995
      |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | ||| || ||
seq2  CGTTTAGAGTACTATTTAAATTGA-GTCCTGCTGCTTATGTAGATTGTGA  997

seq1  TTTAAATATTATTCATG-AGTTCTGT  1020
      ||||||||||||||||| | ||||||
seq2  TTTAAATATTATTCATGAATTTCTGT  1023


seq1: chr17_64725962_64726767
seq2: B6Ng01-228F24.g_73_890 (reverse)

seq1  GTAATG-CCCTCAAT-AGAAGATGG-TTTCTCACAGAATACTTATACTGT  47
      |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGCCCCTCAATAAGAAGATGGTTTTCTCACAGAATACTTATACTGT  50

seq1  CTTACTGGAATCATAGTCCC-TTCGTGGC-AAGAGAATGAGG-CTCTGGT  94
      |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  CTTACTGGAATCATAGTCCCTTTCGTGGCAAAGAGAATGAGGCCTCTGGT  100

seq1  TG-AAACTAGACCTGAGTCAAGAGGGGAACTGAGC-TTAACT-AATTTGG  141
      || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  TGAAAACTAGACCTGAGTCAAGAGGGGAACTGAGCTTTAACTAAATTTGG  150

seq1  -AAGGTCACTAGTCAGTCAAT-CCCACAGTTGTAAGTTTTC-AGAAGTCT  188
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAAGGTCACTAGTCAGTCAATCCCCACAGTTGTAAGTTTTCAAGAAGTCT  200

seq1  CTCTTTTTATTATTCTCCCTTCTTCTCCTCCTCTTCTTCCTCCTCCATGC  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTTATTATTCTCCCTTCTTCTCCTCCTCTTCTTCCTCCTCCATGC  250

seq1  TGGCTTATTCTTCATTGCCTTCTTTCTTCATGGGGGCAAAAGCATCAGCC  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTATTCTTCATTGCCTTCTTTCTTCATGGGGGCAAAAGCATCAGCC  300

seq1  AAGAGCTCGATGATTATATCCTGAAAATTTTAGATCAATCTAGGGAAACC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTCGATGATTATATCCTGAAAATTTTAGATCAATCTAGGGAAACC  350

seq1  TTTCACAGGAAGGTCTTAGAATGTATGTGGCTAGTCTAACATGGATCGTC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAGGAAGGTCTTAGAATGTATGTGGCTAGTCTAACATGGATCGTC  400

seq1  TGCTCAATGCTCAACCTGGTCATTATAGCCTCTAGCTTAGAATCCCCACA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAATGCTCAACCTGGTCATTATAGCCTCTAGCTTAGAATCCCCACA  450

seq1  TGCTCTCCTCTGAAACTGATCTAGTCATGAATGGCATATATTCAAGGGCA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCCTCTGAAACTGATCTAGTCATGAATGGCATATATTCAAGGGCA  500

seq1  TGTGTTCTACCAGATGTGTACATATGGTAGCAGGGTGATGCCTGATGGAC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTACCAGATGTGTACATATGGTAGCAGGGTGATGCCTGATGGAC  550

seq1  AGGCCCTGATAGTGAGAATTGGATATAAAATGACTACTCCCTGGTTGTGT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTGATAGTGAGAATTGGATATAAAATGACTACTCCCTGGTTGTGT  600

seq1  TTCCTTGCACAGTTCCCACGTGAGAACGAGTGACTTGTGATAAATGTGTC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGCACAGTTCCCACGTGAGAACGAGTGACTTGTGATAAATGTGTC  650

seq1  AGACACACCAATGGGCTAGTGTCCTCTTTCTTAAATCACTCCATTCAGCT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACACCAATGGGCTAGTGTCCTCTTTCTTAAATCACTCCATTCAGCT  700

seq1  GACTCCACACTTTGTCATGGTGTGTCTCCTCTCCAAATTCTGTGTAGATC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCACACTTTGTCATGGTGTGTCTCCTCTCCAAATTCTGTGTAGATC  750

seq1  TCCCACTAATCAGTACTACAGAGAACTGAGTTTATACAAGTCACAATAAT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTAATCAGTACTACAGAGAACTGAGTTTATACAAGTCACAATAAT  800

seq1  CATAAAAACATTGAATTC  806
      ||||||||||||||||||
seq2  CATAAAAACATTGAATTC  818


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |