BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232E14
Chromosome17 (Build37)
Map Location 74,120,500 - 74,273,465
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEhd3, LOC240160, Xdh
Upstream geneYpel5, Lbh, Lycat, LOC668709, Capn13, LOC100043666, Galnt14
Downstream geneSrd5a2, Memo1, EG668716, 2810410M20Rik, LOC668773, LOC668775, Spast, Slc30a6, Nlrc4, LOC100043883, LOC624159, Yipf4, Birc6, Ttc27
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232E14.bB6Ng01-232E14.g
ACCGA044661GA044662
length905708
definitionB6Ng01-232E14.b B6Ng01-232E14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,272,565 - 74,273,465)(74,120,500 - 74,121,206)
sequence
gaattcactgtaccagtctggatcttgccttgggaatggactcctcaagt
gggttgctctttgaagccttaagccataccaagatggagagtctggtatt
tctgtttcaactttccctatctgcaacactattgggtagactgagagagt
gcatcatctgggtctgtgggaccccagaatcagtgtcagcgtcagcatca
gcatcagcagaggcttctaacttgattagctgggtggagacagaaactgg
acaaagatgcagccctgtaaggattcctcactttgaggaacccagacagt
gatactggaggttagaagataggtttgaagttttatatctcattttcttc
tcttgcttgagtttaaggatttgatgtttttgctattatatcctaacact
tgtggctagtgcgatagtttagtggggaaaagatgggcctgatgacctga
gttctatctccaggacctatggtggacagagagaaccaacctctggaagt
cgccctctgatactacgctcacatcatggcatgcacacgcttctactgtg
cacgtgcacacatacacatacatgatcttatgttttaagttggacatttc
catacccaggtttcacatctacaaacagaaatctacagccccagtacagg
gctattaggaatattaagtaagttaaaatgtaaagtgtttgtttagaaga
atttcagacattccttaatgtcttgtgatttctaacatcactattgccac
cacacaatactcatgcattgcactgcagtgactctgagtgcacttttttt
tttttacttgcttttgacgaaaaagacagagattatgactgggcctggat
tttcttcttcatctgtcctgtttcgaatcaaaatcccccccccccatccg
ccata
gaattcctttgcactcagggcacttaatcatccctggctccactgtggct
gccgtctgcttatcgacagaacagctgctcgagagcactacaatgggaaa
gggtatttgcggtgctcaaccctgttgcctcaagacaaagggggcctttg
cgtgtaaactgactattaatgataaaggagcatcctgggtggggtgaggg
atcaggcctcccaactataggcagggttttctcatcactcctggcaatgc
tttaattaatagattagagatcatcacctttattcctaagttcactgatg
gagcttgtaattggccatggtgagcatgaccataccacaaaaccggcata
tggaacaaagtaagggctacattttaaaaaaaaaatgtttttgagagctg
gttgctaaacagttaccagcactccaccagttgagtctgagaaagcagac
tgacattggcagttgttgtgtaattgccaggtaaaagagtccaaactttt
ctgtgaatgtagaatccattgtctctggtgagaatcatttaagtgtttta
tcctgatcgtcacactgatgcagaaaggatcagatccagtggctgcagcc
tagacgatggcttaaagccattgatggattcaaactataaatagactcct
acaacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_74272565_74273465
seq2: B6Ng01-232E14.b_44_948 (reverse)

seq1  TATGGCGGAT-GGGGGGGGGGCTCTGGATTAGGAAACAGGACAGATG-AG  48
      |||||||||| |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||| ||
seq2  TATGGCGGATGGGGGGGGGGGATTTTGATT-CGAAACAGGACAGATGAAG  49

seq1  GAGAAA--TCAGG-CCAGTCATAATCTCTGTCTTTCTCCGTCAAAAGCAA  95
       |||||   |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
seq2  AAGAAAATCCAGGCCCAGTCATAATCTCTGTCTTT-TTCGTCAAAAGCAA  98

seq1  GT-AAAAAAAAAAAGTGCACTCAGAGTCACTGCAGTGCAATGCATGAGTA  144
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAAAAAAAAAGTGCACTCAGAGTCACTGCAGTGCAATGCATGAGTA  148

seq1  TTGTGTGGTGGCAATAGTGATGTTAGAAATCACAAGACATTAAGGAATGT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGGTGGCAATAGTGATGTTAGAAATCACAAGACATTAAGGAATGT  198

seq1  CTGAAATTCTTCTAAACAAACACTTTACATTTTAACTTACTTAATATTCC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATTCTTCTAAACAAACACTTTACATTTTAACTTACTTAATATTCC  248

seq1  TAATAGCCCTGTACTGGGGCTGTAGATTTCTGTTTGTAGATGTGAAACCT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGCCCTGTACTGGGGCTGTAGATTTCTGTTTGTAGATGTGAAACCT  298

seq1  GGGTATGGAAATGTCCAACTTAAAACATAAGATCATGTATGTGTATGTGT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGGAAATGTCCAACTTAAAACATAAGATCATGTATGTGTATGTGT  348

seq1  GCACGTGCACAGTAGAAGCGTGTGCATGCCATGATGTGAGCGTAGTATCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGTGCACAGTAGAAGCGTGTGCATGCCATGATGTGAGCGTAGTATCA  398

seq1  GAGGGCGACTTCCAGAGGTTGGTTCTCTCTGTCCACCATAGGTCCTGGAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCGACTTCCAGAGGTTGGTTCTCTCTGTCCACCATAGGTCCTGGAG  448

seq1  ATAGAACTCAGGTCATCAGGCCCATCTTTTCCCCACTAAACTATCGCACT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAACTCAGGTCATCAGGCCCATCTTTTCCCCACTAAACTATCGCACT  498

seq1  AGCCACAAGTGTTAGGATATAATAGCAAAAACATCAAATCCTTAAACTCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAAGTGTTAGGATATAATAGCAAAAACATCAAATCCTTAAACTCA  548

seq1  AGCAAGAGAAGAAAATGAGATATAAAACTTCAAACCTATCTTCTAACCTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGAAGAAAATGAGATATAAAACTTCAAACCTATCTTCTAACCTC  598

seq1  CAGTATCACTGTCTGGGTTCCTCAAAGTGAGGAATCCTTACAGGGCTGCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATCACTGTCTGGGTTCCTCAAAGTGAGGAATCCTTACAGGGCTGCA  648

seq1  TCTTTGTCCAGTTTCTGTCTCCACCCAGCTAATCAAGTTAGAAGCCTCTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTCCAGTTTCTGTCTCCACCCAGCTAATCAAGTTAGAAGCCTCTG  698

seq1  CTGATGCTGATGCTGACGCTGACACTGATTCTGGGGTCCCACAGACCCAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCTGATGCTGACGCTGACACTGATTCTGGGGTCCCACAGACCCAG  748

seq1  ATGATGCACTCTCTCAGTCTACCCAATAGTGTTGCAGATAGGGAAAGTTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGCACTCTCTCAGTCTACCCAATAGTGTTGCAGATAGGGAAAGTTG  798

seq1  AAACAGAAATACCAGACTCTCCATCTTGGTATGGCTTAAGGCTTCAAAGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAATACCAGACTCTCCATCTTGGTATGGCTTAAGGCTTCAAAGA  848

seq1  GCAACCCACTTGAGGAGTCCATTCCCAAGGCAAGATCCAGACTGGTACAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCCACTTGAGGAGTCCATTCCCAAGGCAAGATCCAGACTGGTACAG  898

seq1  TGAATTC  901
      |||||||
seq2  TGAATTC  905

seq1: chr17_74120500_74121206
seq2: B6Ng01-232E14.g_66_773

seq1  GAATTCCTTTGCACTCAGGGCACTTAATCATCCCTGGCTCCACTGTGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGCACTCAGGGCACTTAATCATCCCTGGCTCCACTGTGGCT  50

seq1  GCCGTCTGCTTATCGACAGAACAGCTGCTCGAGAGCACTACAATGGGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTCTGCTTATCGACAGAACAGCTGCTCGAGAGCACTACAATGGGAAA  100

seq1  GGGTATTTGCGGTGCTCAACCCTGTTGCCTCAAGACAAAGGGGGCCTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTTGCGGTGCTCAACCCTGTTGCCTCAAGACAAAGGGGGCCTTTG  150

seq1  CGTGTAAACTGACTATTAATGATAAAGGAGCATCCTGGGTGGGGTGAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTAAACTGACTATTAATGATAAAGGAGCATCCTGGGTGGGGTGAGGG  200

seq1  ATCAGGCCTCCCAACTATAGGCAGGGTTTTCTCATCACTCCTGGCAATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGCCTCCCAACTATAGGCAGGGTTTTCTCATCACTCCTGGCAATGC  250

seq1  TTTAATTAATAGATTAGAGATCATCACCTTTATTCCTAAGTTCACTGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTAATAGATTAGAGATCATCACCTTTATTCCTAAGTTCACTGATG  300

seq1  GAGCTTGTAATTGGCCATGGTGAGCATGACCATACCACAAAACCGGCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTGTAATTGGCCATGGTGAGCATGACCATACCACAAAACCGGCATA  350

seq1  TGGAACAAAGTAAGGGCTACATTTTAAAAAAAAAATGTTTTTGAGAGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAAAGTAAGGGCTACATTTTAAAAAAAAAATGTTTTTGAGAGCTG  400

seq1  GTTGCTAAACAGTTACCAGCACTCCACCAGTTGAGTCTGAGAAAGCAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTAAACAGTTACCAGCACTCCACCAGTTGAGTCTGAGAAAGCAGAC  450

seq1  TGACATTGGCAGTTGTTGTGTAATTGCCAGGTAAAAGAGTCCAAACTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTGGCAGTTGTTGTGTAATTGCCAGGTAAAAGAGTCCAAACTTTT  500

seq1  CTGTGAATGTAGAATCCATTGTCTCTGGTGAGAATCATTTAAGTGTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAATGTAGAATCCATTGTCTCTGGTGAGAATCATTTAAGTGTTTTA  550

seq1  TCCTGATCGTCACACTGATGCAGAAAGGATCAGATCCAGTGGCTGCAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATCGTCACACTGATGCAGAAAGGATCAGATCCAGTGGCTGCAGCC  600

seq1  TAGACGATGGCTT-AAGCCATTGATGGATTCAAACTATAAATAGACTCCT  649
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACGATGGCTTAAAGCCATTGATGGATTCAAACTATAAATAGACTCCT  650

seq1  ACAACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  700

seq1  TATGTGTG  707
      ||||||||
seq2  TATGTGTG  708