BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241P06
Chromosome17 (Build37)
Map Location 72,860,614 - 73,012,959
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAlk
Upstream geneNdc80, LOC668740, Spdya, LOC623451, Wdr43, 4632412N22Rik, BC027072, Clip4
Downstream geneYpel5, Lbh, Lycat, LOC668709, Capn13, LOC100043666, Galnt14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241P06.bB6Ng01-241P06.g
ACCGA051734GA051735
length1,0911,117
definitionB6Ng01-241P06.b B6Ng01-241P06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,860,614 - 72,861,711)(73,011,827 - 73,012,959)
sequence
gaattccttcccagtaggtagggagatcccactgaagatctgggacgtct
aatggagacttcaagtaggaggagtcatgttagttcaaggtcttctccag
tcttattccagagcttctgaatccttgctctcctaagtggcccagtgctc
aaggacattgacatcaccagaacaattcagagtccctgggtcacaaacca
gccttctgagaccagggtctgcagaggaacagaaccccaggagggttttc
tcccatgctgaggaatgaccacaggctgggcttctagttgcgtctcagtt
ccttgtcctttcagtgtttgtgctgtgggccatcctgacccaaacccagc
acagttgacccagatctgcctctgcattttggctttgaatcccaccctca
gactacagtacagcatttatggcacatgtcctctaaagacaataccttcc
caaggttcaatatctaatagttaaccttgggagtagataaaaatcacctc
acctgtctcggtaatagtttccccagatgctaaatggtgatatacatatg
tgtcactctctatgggacatacatgccaggaggacgaatgaggtcattta
tatttaatagcactcattattatacagtgagtgtaaggcattatttgtga
gcatctgtctgggttaatggccactatcacctgaataggctcgaccattc
tcattacatgcttaattctagcaatgttagggaagttgggagcttcacaa
ttctccatctgggtaagttatcattccaagatgtcggtttatgaacaagt
ttattgtgtaccttcaacaacagatggggggggtcacaaatagtggagaa
cagttagaacattcactatcacttcacatctgcattgtcatctccggtgg
aaacagaccagcaagagatgggccctctagctcatcttgttcaacctggg
taaagaaactgggattgaaatccagggatgctcagataccagctcagagc
actagaggcagaactgtaaaaagtagagtcagaaagcagatgtagagcag
cagtggtacttcagaaagctggagagagctatatagcattg

gaattctcctcctttttaatgattgtgaagactacactaatgtgtccatg
ttggctgctacaagcaacctgatgtgcacttgtgtgtgctttcttttctc
ctgtgtctaattggctcttcctttcctgccttaagatattcagtgtgtga
gctttacatgttagaaaaccaaagctgtcagtcattttgtcttttgcaga
ttttttttcacaacctgatgtctttcacaacctgatgtctttcacaacct
gaagtccccaaagtgagtgcaatcagtttctaagaacctaaaggttgctc
tccctttgggtaaaattgcaccctactgagccaagttcttgtctctgctg
ggtggcaggtctccagctgtatgtgacaagaacaccacgggccttggggg
agctttgaaactgcctagtatggatgtatgagagcttatagggggtccca
tgccgaatcaacactgtgaagtgtaggctccataaatgttccccatggtt
tttgcctaacttccttttgaaagaattcaggggagtttatgaagaaaaat
aagttaaccatataggaaggaaacaaagagaaaaaagttcctgtctgtga
ggtggaaaaagattaatatccaaatgcacatccagtgatctatccacctg
tagaagtaggtcattaatttgcctctggcccttcttataagcccctaaaa
tacctactgtggtgatacatgcctttaatcccaggatttaggaggcagaa
gcaggcagatctccatgagttcaaggccagcctgctcaacttagtgagtt
cctgtatcagacctgtaacataacaaacaaagaacccctatcatattaca
acggccatgtatagagacaatcctgttggttgaaagaagtgtgaagtgtg
atactacttttaagctcagatagattcttcttctgagcctttcatcaaaa
tatcatacagtgatcatgtctagagatcacgtgacagtgtcctagataca
tatgagactatactcagagatcacatgaatgaacatgtctagagattata
tagtacaacatctatgaagttcacagtgacaattaacttaagagaatagc
tccttagtagcatgact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_72860614_72861711
seq2: B6Ng01-241P06.b_48_1138

seq1  GAATTCCTTCCCAGTAGGTAGGGAGATCCCACTGAAGATCTGGGACGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCCCAGTAGGTAGGGAGATCCCACTGAAGATCTGGGACGTCT  50

seq1  AATGGAGACTTCAAGTAGGAGGAGTCATGTTAGTTCAAGGTCTTCTCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGACTTCAAGTAGGAGGAGTCATGTTAGTTCAAGGTCTTCTCCAG  100

seq1  TCTTATTCCAGAGCTTCTGAATCCTTGCTCTCCTAAGTGGCCCAGTGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTCCAGAGCTTCTGAATCCTTGCTCTCCTAAGTGGCCCAGTGCTC  150

seq1  AAGGACATTGACATCACCAGAACAATTCAGAGTCCCTGGGTCACAAACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACATTGACATCACCAGAACAATTCAGAGTCCCTGGGTCACAAACCA  200

seq1  GCCTTCTGAGACCAGGGTCTGCAGAGGAACAGAACCCCAGGAGGGTTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTGAGACCAGGGTCTGCAGAGGAACAGAACCCCAGGAGGGTTTTC  250

seq1  TCCCATGCTGAGGAATGACCACAGGCTGGGCTTCTAGTTGCGTCTCAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGCTGAGGAATGACCACAGGCTGGGCTTCTAGTTGCGTCTCAGTT  300

seq1  CCTTGTCCTTTCAGTGTTTGTGCTGTGGGCCATCCTGACCCAAACCCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCCTTTCAGTGTTTGTGCTGTGGGCCATCCTGACCCAAACCCAGC  350

seq1  ACAGTTGACCCAGATCTGCCTCTGCATTTTGGCTTTGAATCCCACCCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGACCCAGATCTGCCTCTGCATTTTGGCTTTGAATCCCACCCTCA  400

seq1  GACTACAGTACAGCATTTATGGCACATGTCCTCTAAAGACAATACCTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACAGTACAGCATTTATGGCACATGTCCTCTAAAGACAATACCTTCC  450

seq1  CAAGGTTCAATATCTAATAGTTAACCTTGGGAGTAGATAAAAATCACCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTCAATATCTAATAGTTAACCTTGGGAGTAGATAAAAATCACCTC  500

seq1  ACCTGTCTCGGTAATAGTTTCCCCAGATGCTAAATGGTGATATACATATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTCTCGGTAATAGTTTCCCCAGATGCTAAATGGTGATATACATATG  550

seq1  TGTCACTCTCTATGGGACATACATGCCAGGAGGACGAATGAGGTCATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTCTCTATGGGACATACATGCCAGGAGGACGAATGAGGTCATTTA  600

seq1  TATTTAATAGCACTCATTATTATACAGTGAGTGTAAGGCATTATTTGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAATAGCACTCATTATTATACAGTGAGTGTAAGGCATTATTTGTGA  650

seq1  GCATCTGTCTGGGTTAATGGCCACTATCACCTGAATAGGCT-AACCATTC  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  GCATCTGTCTGGGTTAATGGCCACTATCACCTGAATAGGCTCGACCATTC  700

seq1  TCATTACATGCTTAATTCTAGCAATGTTAGGGAAGTTGGGAGCTTCACAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTACATGCTTAATTCTAGCAATGTTAGGGAAGTTGGGAGCTTCACAA  750

seq1  TTCTCCATCTGGGTAAGTTATCATTCCAAGATGTCGGTTTATGAACAAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCATCTGGGTAAGTTATCATTCCAAGATGTCGGTTTATGAACAAGT  800

seq1  TTATTGTGTACCTTCAACAACAGAT-GGGGGGGTCACAAATAGTGGAGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTGTACCTTCAACAACAGATGGGGGGGGTCACAAATAGTGGAGAA  850

seq1  CAGTTAGAACATTCACTATCACTTCACATCTGCATTGTCATCTCC-GTGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGTTAGAACATTCACTATCACTTCACATCTGCATTGTCATCTCCGGTGG  900

seq1  AAACAGACCAGCAAGAGAT-GGCCCTCTAGCTCATCTTGTTCAACCT-GG  945
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAACAGACCAGCAAGAGATGGGCCCTCTAGCTCATCTTGTTCAACCTGGG  950

seq1  TAAAGAAACT-GGATTGAAATCCA-GGATGCTCAGATACCAGCTCCAGAG  993
      |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAAAGAAACTGGGATTGAAATCCAGGGATGCTCAGATACCAGCT-CAGAG  999

seq1  CACTAGAGGCAGAACTGTAAAAAGTAGGAGGCCAAGAAAGCAGGAATGTA  1043
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||  |||||
seq2  CACTAGAGGCAGAACTGTAAAAAGTA-GAGTC--AGAAAGCAG--ATGTA  1044

seq1  GAGCCAGCAGGTGGTAACTTCAGAAAGCTGGGAGAAGGAGGCCTATATAG  1093
      ||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||  |||  ||||||||
seq2  GAG-CAGCA-GTGGT-ACTTCAGAAAGCT-GGAGA--GAG--CTATATAG  1086

seq1  CATTG  1098
      |||||
seq2  CATTG  1091


seq1: chr17_73011827_73012959
seq2: B6Ng01-241P06.g_66_1182 (reverse)

seq1  AGTCATGCCTATATTAAGAAGCTA-TCTCTT-AGTATATTGTCACTGTGG  48
      ||||||||   || |||| ||||| |||||| |||  |||||||||||| 
seq2  AGTCATGC---TACTAAGGAGCTATTCTCTTAAGTTAATTGTCACTGTG-  46

seq1  AAACTTCATAGGATGTTGTTACTATATAATCTCTTAAGACATGGTCA-TC  97
       ||||||||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||| ||
seq2  -AACTTCATA-GATGTTG-TACTATATAATCTCT--AGACATGTTCATTC  91

seq1  ATGTGATCTCTTGGAGTATAGTCTCCATATGTTATCTTAGGACACTGTCA  147
      |||||||||||  ||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||
seq2  ATGTGATCTCT--GAGTATAGTCT-CATATG-TATC-TAGGACACTGTCA  136

seq1  CGTGATCTCTTAGGACATGATCACTGTATGATATTTTTGATGAAAGGCCT  197
      ||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  CGTGATCTCT--AGACATGATCACTGTATGATA-TTTTGATGAAAGG-CT  182

seq1  CAGAAGAAGAATCTATCTGAGCTTAAAAGTAGTTATCACACTTCACACTT  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAAGAATCTATCTGAGCTTAAAAGTAG-TATCACACTTCACACTT  231

seq1  CTTTCAACCAACAGGATTGTCTCTATACATGGCCGTTGTAATATGATAGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAACCAACAGGATTGTCTCTATACATGGCCGTTGTAATATGATAGG  281

seq1  GGTTCTTTGTTTGTTATGTTACAGGTCTGATACAGGAACTCACTAAGTTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTTGTTTGTTATGTTACAGGTCTGATACAGGAACTCACTAAGTTG  331

seq1  AGCAGGCTGGCCTTGAACTCATGGAGATCTGCCTGCTTCTGCCTCCTAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCTGGCCTTGAACTCATGGAGATCTGCCTGCTTCTGCCTCCTAAA  381

seq1  TCCTGGGATTAAAGGCATGTATCACCACAGTAGGTATTTTAGGGGCTTAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGATTAAAGGCATGTATCACCACAGTAGGTATTTTAGGGGCTTAT  431

seq1  AAGAAGGGCCAGAGGCAAATTAATGACCTACTTCTACAGGTGGATAGATC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGGCCAGAGGCAAATTAATGACCTACTTCTACAGGTGGATAGATC  481

seq1  ACTGGATGTGCATTTGGATATTAATCTTTTTCCACCTCACAGACAGGAAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATGTGCATTTGGATATTAATCTTTTTCCACCTCACAGACAGGAAC  531

seq1  TTTTTTCTCTTTGTTTCCTTCCTATATGGTTAACTTATTTTTCTTCATAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTCTTTGTTTCCTTCCTATATGGTTAACTTATTTTTCTTCATAA  581

seq1  ACTCCCCTGAATTCTTTCAAAAGGAAGTTAGGCAAAAACCATGGGGAACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCTGAATTCTTTCAAAAGGAAGTTAGGCAAAAACCATGGGGAACA  631

seq1  TTTATGGAGCCTACACTTCACAGTGTTGATTCGGCATGGGACCCCCTATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGAGCCTACACTTCACAGTGTTGATTCGGCATGGGACCCCCTATA  681

seq1  AGCTCTCATACATCCATACTAGGCAGTTTCAAAGCTCCCCCAAGGCCCGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTCATACATCCATACTAGGCAGTTTCAAAGCTCCCCCAAGGCCCGT  731

seq1  GGTGTTCTTGTCACATACAGCTGGAGACCTGCCACCCAGCAGAGACAAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTCTTGTCACATACAGCTGGAGACCTGCCACCCAGCAGAGACAAGA  781

seq1  ACTTGGCTCAGTAGGGTGCAATTTTACCCAAAGGGAGAGCAACCTTTAGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGCTCAGTAGGGTGCAATTTTACCCAAAGGGAGAGCAACCTTTAGG  831

seq1  TTCTTAGAAACTGATTGCACTCACTTTGGGGACTTCAGGTTGTGAAAGAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGAAACTGATTGCACTCACTTTGGGGACTTCAGGTTGTGAAAGAC  881

seq1  ATCAGGTTGTGAAAGACATCAGGTTGTGAAAAAAAATCTGCAAAAGACAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGTTGTGAAAGACATCAGGTTGTGAAAAAAAATCTGCAAAAGACAA  931

seq1  AATGACTGACAGCTTTGGTTTTCTAACATGTAAAGCTCACACACTGAATA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTGACAGCTTTGGTTTTCTAACATGTAAAGCTCACACACTGAATA  981

seq1  TCTTAAGGCAGGAAAGGAAGAGCCAATTAGACACAGGAGAAAAGAAAGCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGGCAGGAAAGGAAGAGCCAATTAGACACAGGAGAAAAGAAAGCA  1031

seq1  CACACAAGTGCACATCAGGTTGCTTGTAGCAGCCAACATGGACACATTAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAGTGCACATCAGGTTGCTTGTAGCAGCCAACATGGACACATTAG  1081

seq1  TGTAGTCTTCACAATCATTAAAAAGGAGGAGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCTTCACAATCATTAAAAAGGAGGAGAATTC  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |