BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245K11
Chromosome17 (Build37)
Map Location 83,414,041 - 83,594,888
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043900
Upstream geneLOC625467, LOC668836, EG433141, EG625514, LOC100043711
Downstream geneAW548124, EG545226, Eml4, Cox7a2l, Kcng3, Mta3, Haao, Zfp36l2, Thada
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245K11.bB6Ng01-245K11.g
ACCGA054483GA054484
length1,0761,085
definitionB6Ng01-245K11.b B6Ng01-245K11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,414,041 - 83,415,107)(83,593,806 - 83,594,888)
sequence
gaattcctgtgtctctcttgtcatacagcaaccaggagggactctttggc
ttgctgaagtcctggagtagccatagtgaaccaggatcctgcaccttcaa
gtacaattttaatgtcagttccttgctgcacatcagtatgttgctaggca
ccacaagaagttcagtgatggcagaccacaagaccacaggcgagcagaaa
ggttcatagccaagactgtcaagctaagtcacgctcttactgttgttgtt
gttgttgctgctgctgctgctgctgttgctgctgctgttgctgctgttgc
tgctgttgttgatgatgatgttatacaaatgacaaagtacaagggcccag
ttggctgctgcacactccagaactaagtctgacacctttctgatcttgtg
ggtatagttttatgatatgaccctcagagaaaggtgtggttttttagggt
tttacattaaaagtattgtcatttttttattctttttttgtttcattcac
ttaacagtctatctcaaagataggggtgtggaggtgtctttctgtgtcta
tcttacttacggcacctaaaggtctttcatacctgagctcattttaccat
tcccttattgtcatacacctaattttattttgaccttagtattatttgtg
tgtgcatggggggtgcagagcagaagacagctttgtacagtcagttcttt
tctttttttaaaaaaagatttatttgtttatttatttatttatttattta
tttattatatgtaagtacactgtagatgtcttcagacgcaccagaagagg
gcatcagatctcgtttatgggtggttgtgagcaaccatgtggttgctggg
atttgaactttcggacctttggaagagcagtcgggtgctcttacccactg
agccatcttcaccagccccagtcagttctttcttttctgggagttctagg
aactgaactcaagttgttattcttgcttggccagccagtttacccattga
gcacactccccacctaccactactggttcatatattctaaacttttaaga
acaaagctctgtgagttcttctacat

gaattcaacaaaggtgccaggtggttcaatgtatgacaaggttgcaagtc
ataactggaaactttggacaacagaactcatgtgtctttcctcaatggtg
gtcagcaagagattgacaaattctaggaagatgacagggagacccaccag
gcggttaggaagtgttcagtatggctctgaaaccaataataaggcactga
agatagaaagaagcgatgggttcgggcgatgcttgggagcacggatctta
gaaatgtaatatgtatgacaggcaaggtgagaaggaactgagaccaaacc
ctgggtcccggggttgtcaggtgcacaggtgaaggagaggccatcattta
gataagattaccatggggggagacctagtctgggggataagattatgagt
ttaatcttagacctattgatcacaggggacttctggaaactgaaaaggaa
accatgaagcccagaacaggagatttccaatgcccgtcatctaaaccatc
atggttagtgtggaaaaggttggtcttcagctaagcaaagagacttccat
caaaggaaacaacagagactagctcttgtgtgggaaaatgcagacatata
attcccattgtgagagacaaagtcatagaggctgaagtaaaattacatat
ggtctgagggaacaaaatgaaagacagaatccatgtgggtagatggcatg
tgtcgctgtcactgaaagggtttgctgacacaaatatgaaatgataggca
gtgactcacagagaaggcaattcaatctgcacacttgcccctgaccttgg
gtgccttagccgagcttggaggttgctctaactgaaccaatgccaaactg
ggtggggatgcagggggagatgcgatgtcgtctacaagcactgtgggaag
acactgcactttaaacacacagagagaaaaatgggctgaggtgattcaca
tggggaaagaggctcaaggcagcaggtggcattgctagcctctccagccc
tggcccttgggggagggatgttaggctgtgtaattttagaatggtctgaa
tgctcgggaggccttcattgctctcgggagaaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_83414041_83415107
seq2: B6Ng01-245K11.b_50_1125

seq1  GAATTCCTGTGTCTCTCTTGTCATACAGCAACCAGGAGGGACTCTTTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTGTCTCTCTTGTCATACAGCAACCAGGAGGGACTCTTTGGC  50

seq1  TTGCTGAAGTCCTGGAGTAGCCATAGTGAACCAGGATCCTGCACCTTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAAGTCCTGGAGTAGCCATAGTGAACCAGGATCCTGCACCTTCAA  100

seq1  GTACAATTTTAATGTCAGTTCCTTGCTGCACATCAGTATGTTGCTAGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAATTTTAATGTCAGTTCCTTGCTGCACATCAGTATGTTGCTAGGCA  150

seq1  CCACAAGAAGTTCAGTGATGGCAGACCACAAGACCACAGGCGAGCAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGAAGTTCAGTGATGGCAGACCACAAGACCACAGGCGAGCAGAAA  200

seq1  GGTTCATAGCCAAGACTGTCAAGCTAAGTCACGCTCTTACTGTTGTTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCATAGCCAAGACTGTCAAGCTAAGTCACGCTCTTACTGTTGTTGTT  250

seq1  GTTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGTTGC  300

seq1  TGCTGTTGTTGATGATGATGTTATACAAATGACAAAGTACAAGGGCCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGTTGATGATGATGTTATACAAATGACAAAGTACAAGGGCCCAG  350

seq1  TTGGCTGCTGCACACTCCAGAACTAAGTCTGACACCTTTCTGATCTTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGCTGCACACTCCAGAACTAAGTCTGACACCTTTCTGATCTTGTG  400

seq1  GGTATAGTTTTATGATATGACCCTCAGAGAAAGGTGTGGTTTTTTAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAGTTTTATGATATGACCCTCAGAGAAAGGTGTGGTTTTTTAGGGT  450

seq1  TTTACATTAAAAGTATTGTCATTTTTTTATTCTTTTTTTGTTTCATTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATTAAAAGTATTGTCATTTTTTTATTCTTTTTTTGTTTCATTCAC  500

seq1  TTAACAGTCTATCTCAAAGATAGGGGTGTGGAGGTGTCTTTCTGTGTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGTCTATCTCAAAGATAGGGGTGTGGAGGTGTCTTTCTGTGTCTA  550

seq1  TCTTACTTACGGCACCTAAAGGTCTTTCATACCTGAGCTCATTTTACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTTACGGCACCTAAAGGTCTTTCATACCTGAGCTCATTTTACCAT  600

seq1  TCCCTTATTGTCATACACCTAATTTTATTTTGACCTTAGTATTATTTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTATTGTCATACACCTAATTTTATTTTGACCTTAGTATTATTTGTG  650

seq1  TGTGCATGGGGGGTGCAGAGCAGAAGACAGCTTTGTACAGTCAGTTC-TT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGTGCATGGGGGGTGCAGAGCAGAAGACAGCTTTGTACAGTCAGTTCTTT  700

seq1  TCTTTTTTTAAAAAAAGATTTATTTGTTTATTTATTTATTTATTTATTTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTTAAAAAAAGATTTATTTGTTTATTTATTTATTTATTTATTTA  750

seq1  TTTATTATATGTAAGTACACTGTAGATGTCTTCAGACGCACCAGAAGAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATATGTAAGTACACTGTAGATGTCTTCAGACGCACCAGAAGAGG  800

seq1  GCATCAGATCTCG-TTATGGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGG  848
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCATCAGATCTCGTTTATGGGTGGTTGTGAGCAACCATGTGGTTGCTGGG  850

seq1  ATTTGAAC-TTCGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTG  897
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAACTTTCGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTG  900

seq1  AGCCATC-TCACCAGCCCCAGTCAGTTCTTTC-TTTCTGGGAGTTCTAGG  945
      ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCCATCTTCACCAGCCCCAGTCAGTTCTTTCTTTTCTGGGAGTTCTAGG  950

seq1  GACTGAACTCAAGTTGTTATTCTTGCTTGGCCAGCATGTTTACCCAATGA  995
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||
seq2  AACTGAACTCAAGTTGTTATTCTTGCTTGGCCAGCCAGTTTACCCATTGA  1000

seq1  GCACA--CCCCACC-ACCACCACTGGTCCATATATTCT-AACTTTTAAAG  1041
      |||||  ||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||  
seq2  GCACACTCCCCACCTACCACTACTGGTTCATATATTCTAAACTTTTAAGA  1050

seq1  AC-AAGCTCTGTGGAGTTCTTCTACAT  1067
      || ||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACAAAGCTCTGT-GAGTTCTTCTACAT  1076


seq1: chr17_83593806_83594888
seq2: B6Ng01-245K11.g_67_1151 (reverse)

seq1  CCCTCCTCCC-AGAGCAATGAA-GCCTCCCTGGCCATCAGGCCATTCCTA  48
      |||| ||||| ||||||||||| |||||||  ||  |||| ||||||  |
seq2  CCCTTCTCCCGAGAGCAATGAAGGCCTCCCGAGCATTCAGACCATTCTAA  50

seq1  AATTTCACAGCCT-ACATCCCCTCCCCCAGGGCCA-GGCTGGAGAGGCTA  96
      |||| |||||||| |||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  AATTACACAGCCTAACATCCCTCCCCCAAGGGCCAGGGCTGGAGAGGCTA  100

seq1  GCCATTGCCACCTTGCTGCCCTGAGCCTCTTTCCCCATGTGAATCACCTC  146
      | || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CAATGCCACC-TGCTGCCTTGAGCCTCTTTCCCCATGTGAATCACCTC  148

seq1  AGCCCATTTTTCTCTCTGTGTGTTTAAAGTGCAGTGTCTTCCCACAGTGC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATTTTTCTCTCTGTGTGTTTAAAGTGCAGTGTCTTCCCACAGTGC  198

seq1  TTGTAGACGACATCGCATCTCCCCCTGCATCCCCACCCAGTTTGGCATTG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGACGACATCGCATCTCCCCCTGCATCCCCACCCAGTTTGGCATTG  248

seq1  GTTCAGTTAGAGCAACCTCCAAGCTCGGCTAAGGCACCCAAGGTCAGGGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTTAGAGCAACCTCCAAGCTCGGCTAAGGCACCCAAGGTCAGGGG  298

seq1  CAAGTGTGCAGATTGAATTGCCTTCTCTGTGAGTCACTGCCTATCATTTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTGCAGATTGAATTGCCTTCTCTGTGAGTCACTGCCTATCATTTC  348

seq1  ATATTTGTGTCAGCAAACCCTTTCAGTGACAGCGACACATGCCATCTACC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGTGTCAGCAAACCCTTTCAGTGACAGCGACACATGCCATCTACC  398

seq1  CACATGGATTCTGTCTTTCATTTTGTTCCCTCAGACCATATGTAATTTTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGATTCTGTCTTTCATTTTGTTCCCTCAGACCATATGTAATTTTA  448

seq1  CTTCAGCCTCTATGACTTTGTCTCTCACAATGGGAATTATATGTCTGCAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCCTCTATGACTTTGTCTCTCACAATGGGAATTATATGTCTGCAT  498

seq1  TTTCCCACACAAGAGCTAGTCTCTGTTGTTTCCTTTGATGGAAGTCTCTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCACACAAGAGCTAGTCTCTGTTGTTTCCTTTGATGGAAGTCTCTT  548

seq1  TGCTTAGCTGAAGACCAACCTTTTCCACACTAACCATGATGGTTTAGATG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGCTGAAGACCAACCTTTTCCACACTAACCATGATGGTTTAGATG  598

seq1  ACGGGCATTGGAAATCTCCTGTTCTGGGCTTCATGGTTTCCTTTTCAGTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCATTGGAAATCTCCTGTTCTGGGCTTCATGGTTTCCTTTTCAGTT  648

seq1  TCCAGAAGTCCCCTGTGATCAATAGGTCTAAGATTAAACTCATAATCTTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAGTCCCCTGTGATCAATAGGTCTAAGATTAAACTCATAATCTTA  698

seq1  TCCCCCAGACTAGGTCTCCCCCCATGGTAATCTTATCTAAATGATGGCCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCAGACTAGGTCTCCCCCCATGGTAATCTTATCTAAATGATGGCCT  748

seq1  CTCCTTCACCTGTGCACCTGACAACCCCGGGACCCAGGGTTTGGTCTCAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCACCTGTGCACCTGACAACCCCGGGACCCAGGGTTTGGTCTCAG  798

seq1  TTCCTTCTCACCTTGCCTGTCATACATATTACATTTCTAAGATCCGTGCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCTCACCTTGCCTGTCATACATATTACATTTCTAAGATCCGTGCT  848

seq1  CCCAAGCATCGCCCGAACCCATCGCTTCTTTCTATCTTCAGTGCCTTATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCATCGCCCGAACCCATCGCTTCTTTCTATCTTCAGTGCCTTATT  898

seq1  ATTGGTTTCAGAGCCATACTGAACACTTCCTAACCGCCTGGTGGGTCTCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTTCAGAGCCATACTGAACACTTCCTAACCGCCTGGTGGGTCTCC  948

seq1  CTGTCATCTTCCTAGAATTTGTCAATCTCTTGCTGACCACCATTGAGGAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATCTTCCTAGAATTTGTCAATCTCTTGCTGACCACCATTGAGGAA  998

seq1  AGACACATGAGTTCTGTTGTCCAAAGTTTCCAGTTATGACTTGCAACCTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATGAGTTCTGTTGTCCAAAGTTTCCAGTTATGACTTGCAACCTT  1048

seq1  GTCATACATTGAACCACCTGGCACCTTTGTTGAATTC  1083
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATACATTGAACCACCTGGCACCTTTGTTGAATTC  1085


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |