BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249P03
Chromosome17 (Build37)
Map Location 26,496,318 - 26,634,028
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG240055, C230078M08Rik
Upstream geneMcpt6, Tpsg1, Cacna1h, Tekt4, Sstr5, LOC100042580, Sox8, Tmem112, LOC545396, Gng13, Chtf18, Rpusd1, BC052484, Msln, Narfl, Haghl, Ccdc78, BC008155, Metrn, Fbxl16, Wdr24, 2610003J06Rik, Stub1, Rhbdl1, Rhot2, Wdr90, 9530058B02Rik, 0610011F06Rik, Wfikkn1, Rab40c, LOC100043160, Pigq, F430201B04Rik, D630044L22Rik, Solh, 1700022N22Rik, Rab11fip3, Decr2, Nme4, EG666609, Tmem8, Mrpl28, Axin1, Pdia2, Arhgdig, Rgs11, Itfg3, LOC100042643, Luc7l, EG383229
Downstream geneDusp1, EG666668, Ergic1, Atp6v0e, A930001N09Rik, Bnip1, Nkx2-5, Kifc1, Phf1, Cuta, Syngap1, Zbtb9, Bak1, Ggnbp1, Itpr3, 2900010M23Rik, Ihpk3, Lemd2, LOC100042713, ENSMUSG00000073430, Grm4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249P03.bB6Ng01-249P03.g
ACCGA057633GA057634
length1,137654
definitionB6Ng01-249P03.b B6Ng01-249P03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,496,318 - 26,497,459)(26,633,377 - 26,634,028)
sequence
gaattccaatggtccttactattgtccactgggagacctgagacagtgac
tgggaccctgatgtgggccccagacttgtgcttcagcagccatgtgaccc
tgggactgtcattactgtccagagtctctttcttcaaattcactagataa
taagtatcctaaaacgcatgcataggctctgcatgagggttaagtgggcc
ggcgtgaagcactcacaatgtctacagagccagccatagggtctaggctt
tcagcaagtacacagtccacggcagccaggacaattgtgacaacaatcag
tttgtacagactaggaaagaacttgttttactcccttttcatcactgtca
tacaatccctgacattgggaagtggccctgtggagggcctatgtctcttg
tataacaagctcatctctcaggacgcagctcactctggaaagcctacctc
agcctatggaaccagcatcttgttattcacgatgggcatgtccaatacct
aactatctctcagcaggcccacttcttaaagtttctctgcctcaacctca
ccttactggggaccaaaccttcagcacaaacacctttggggcacgcttaa
acacaaccagcccataggagtgctccaacggtatctcctccaccatgctg
catcctgcccggtcctccctgcagccatgctgtcaccacggctaccctca
gccccaggatcagtgtgaagcaagtgagggcataagctagatgccacagg
cgaggctctgtcctgtgctggtgtgcccagtggctgctgggtggtcctgt
cacctgctacagctgcagaggcaagcctgctggcgccccacaggccacct
gcacacacctgtgctctttggtgggacataaacagcagctgggctccatg
ggccaggtggctgcgggcacttctcccctgggcattgcagccactctgat
acccttcttgactagcccctccgggctgcagctgggtgggtattcaaagg
ctaccggcttctctcagcctttgctcagctgctgctgcagaacttcatgg
gagctgcttgagctgaactgatcagagcaagcatgcaagagaacttatcc
cagaagaaacttgttcaaagcttcgaatggggttgtg
gaattccattcacattaccaacccttcctgagtgagaagtgccatgcctt
ttgctggacattaaccatagaaagacggagatacataggggtgactctaa
cttctggttctctctgctgttggtaagtagtcacgaccacattgcttcag
gaatgtgtaggagggatagtggtccaggaacagagagctgccggaggaga
ccaggtaggaagactacatggaggaagaggcgaccattcattttagacgc
ctggagacatggcataggaagggcttcttagtcccagaatgtgtagagag
tctggagccttggctttatgtaaggaataagagttcctggagttgttcct
gggccccttcttctccagaaccgcatcccaagaggctcatgcaccgttca
gctctcacaaagggtggggcagagcagtgtgcttcctaccctggatacat
cacagaatgggcagctagtgtcctgagaagacagaagaaagctgatctgg
ttaggactgtggcctctgcattctcttagtactgctgttagatgtagttt
ctaccatttttgtcagtaactcagatgggagtgttgccgaaagctttgct
ggccagcctcctatagcttatcactgctcgactcttactggggaaaacct
atat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_26496318_26497459
seq2: B6Ng01-249P03.b_47_1183

seq1  GAATTCCAATGGTCCTTACTATTGTCCACTGGGAGACCTGAGACAGTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATGGTCCTTACTATTGTCCACTGGGAGACCTGAGACAGTGAC  50

seq1  TGGGACCCTGATGTGGGCCCCAGACTTGTGCTTCAGCAGCCATGTGACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCCTGATGTGGGCCCCAGACTTGTGCTTCAGCAGCCATGTGACCC  100

seq1  TGGGACTGTCATTACTGTCCAGAGTCTCTTTCTTCAAATTCACTAGATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTGTCATTACTGTCCAGAGTCTCTTTCTTCAAATTCACTAGATAA  150

seq1  TAAGTATCCTAAAACGCATGCATAGGCTCTGCATGAGGGTTAAGTGGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATCCTAAAACGCATGCATAGGCTCTGCATGAGGGTTAAGTGGGCC  200

seq1  GGCGTGAAGCACTCACAATGTCTACAGAGCCAGCCATAGGGTCTAGGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGAAGCACTCACAATGTCTACAGAGCCAGCCATAGGGTCTAGGCTT  250

seq1  TCAGCAAGTACACAGTCCACGGCAGCCAGGACAATTGTGACAACAATCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAGTACACAGTCCACGGCAGCCAGGACAATTGTGACAACAATCAG  300

seq1  TTTGTACAGACTAGGAAAGAACTTGTTTTACTCCCTTTTCATCACTGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACAGACTAGGAAAGAACTTGTTTTACTCCCTTTTCATCACTGTCA  350

seq1  TACAATCCCTGACATTGGGAAGTGGCCCTGTGGAGGGCCTATGTCTCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCCCTGACATTGGGAAGTGGCCCTGTGGAGGGCCTATGTCTCTTG  400

seq1  TATAACAAGCTCATCTCTCAGGACGCAGCTCACTCTGGAAAGCCTACCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACAAGCTCATCTCTCAGGACGCAGCTCACTCTGGAAAGCCTACCTC  450

seq1  AGCCTATGGAACCAGCATCTTGTTATTCACGATGGGCATGTCCAATACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATGGAACCAGCATCTTGTTATTCACGATGGGCATGTCCAATACCT  500

seq1  AACTATCTCTCAGCAGGCCCACTTCTTAAAGTTTCTCTGCCTCAACCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATCTCTCAGCAGGCCCACTTCTTAAAGTTTCTCTGCCTCAACCTCA  550

seq1  CCTTACTGGGGACCAAACCTTCAGCACAAACACCTTTGGGGCACGCTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTGGGGACCAAACCTTCAGCACAAACACCTTTGGGGCACGCTTAA  600

seq1  ACACAACCAGCCCATAGGAGTGCTCCAACGGTATCTCCTCCACCATGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACCAGCCCATAGGAGTGCTCCAACGGTATCTCCTCCACCATGCTG  650

seq1  CATCCTGCCCGGTCCTCCCTGCAGCCATGCTGTCACCACGGCTACCCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGCCCGGTCCTCCCTGCAGCCATGCTGTCACCACGGCTACCCTCA  700

seq1  GCCCCAGGATCAGTGTGAAGCAAGTGAGGGCATAAGCTAGATGCCACAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGGATCAGTGTGAAGCAAGTGAGGGCATAAGCTAGATGCCACAGG  750

seq1  CGAGGCTCTGTCCTGTGCTGGTGTGCCCAGTGGCTGCTGGGTGGTCCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCTCTGTCCTGTGCTGGTGTGCCCAGTGGCTGCTGGGTGGTCCTGT  800

seq1  CACCTGCTACAGCTGCAGAGGCAAGCCTGCTGGCGCCCCACAGGCCACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCTACAGCTGCAGAGGCAAGCCTGCTGGCGCCCCACAGGCCACCT  850

seq1  GCACACACCTGTGCTCTTTGGTGGGACATAAACAGCAGCTGGGCTCCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACCTGTGCTCTTTGGTGGGACATAAACAGCAGCTGGGCTCCATG  900

seq1  GGCCAGGTGGCTGCGGGCACTTCTCCCCTGGGCATTGCAGCCACTCTGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGCCAGGTGGCTGCGGGCACTTCTCCCCTGGGCATTGCAGCCACTCTGA-  949

seq1  TACCCTTCTTGACTAGCCCCTCCCGGGCTGCAAGCTGGGTGGGTATTCAA  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TACCCTTCTTGACTAGCCCCT-CCGGGCTGC-AGCTGGGTGGGTATTCAA  997

seq1  AGGCTACCGGCTTCTCTCAGCCTTTGCTTCAGCTTGCTGCTGCAG-ACTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||
seq2  AGGCTACCGGCTTCTCTCAGCCTTTGC-TCAGC-TGCTGCTGCAGAACTT  1045

seq1  CATGGGAGCTGCTGGAGCTGGACTGAACCAGAGCAAGCATGC-AGAGAGA  1098
      ||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||||| |||||  
seq2  CATGGGAGCTGCTTGAGCTGAACTG-ATCAGAGCAAGCATGCAAGAGAAC  1094

seq1  CTATCCCCAGAG-AACTTGTTCCCAAAGCCCTCG-ATGGGGTTGTG  1142
       ||||||   || ||||||||  ||||| | ||| |||||||||||
seq2  TTATCCCAGAAGAAACTTGTT--CAAAG-CTTCGAATGGGGTTGTG  1137

seq1: chr17_26633377_26634028
seq2: B6Ng01-249P03.g_72_725 (reverse)

seq1  ATTTAGGTTTT-CCCAGTAAGAGTCGAGCAGTGATAAGCTATAGGAGGCT  49
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGGTTTTCCCCAGTAAGAGTCGAGCAGTGATAAGCTATAGGAGGCT  50

seq1  GGCCAGCAAAGCTTTCGGCAACACTCCCATCTGAGTTACTGAC-AAAATG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCCAGCAAAGCTTTCGGCAACACTCCCATCTGAGTTACTGACAAAAATG  100

seq1  GTAGAAACTACATCTAACAGCAGTACTAAGAGAATGCAGAGGCCACAGTC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAACTACATCTAACAGCAGTACTAAGAGAATGCAGAGGCCACAGTC  150

seq1  CTAACCAGATCAGCTTTCTTCTGTCTTCTCAGGACACTAGCTGCCCATTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCAGATCAGCTTTCTTCTGTCTTCTCAGGACACTAGCTGCCCATTC  200

seq1  TGTGATGTATCCAGGGTAGGAAGCACACTGCTCTGCCCCACCCTTTGTGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGTATCCAGGGTAGGAAGCACACTGCTCTGCCCCACCCTTTGTGA  250

seq1  GAGCTGAACGGTGCATGAGCCTCTTGGGATGCGGTTCTGGAGAAGAAGGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAACGGTGCATGAGCCTCTTGGGATGCGGTTCTGGAGAAGAAGGG  300

seq1  GCCCAGGAACAACTCCAGGAACTCTTATTCCTTACATAAAGCCAAGGCTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGAACAACTCCAGGAACTCTTATTCCTTACATAAAGCCAAGGCTC  350

seq1  CAGACTCTCTACACATTCTGGGACTAAGAAGCCCTTCCTATGCCATGTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCTCTACACATTCTGGGACTAAGAAGCCCTTCCTATGCCATGTCT  400

seq1  CCAGGCGTCTAAAATGAATGGTCGCCTCTTCCTCCATGTAGTCTTCCTAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCGTCTAAAATGAATGGTCGCCTCTTCCTCCATGTAGTCTTCCTAC  450

seq1  CTGGTCTCCTCCGGCAGCTCTCTGTTCCTGGACCACTATCCCTCCTACAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTCCTCCGGCAGCTCTCTGTTCCTGGACCACTATCCCTCCTACAC  500

seq1  ATTCCTGAAGCAATGTGGTCGTGACTACTTACCAACAGCAGAGAGAACCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGAAGCAATGTGGTCGTGACTACTTACCAACAGCAGAGAGAACCA  550

seq1  GAAGTTAGAGTCACCCCTATGTATCTCCGTCTTTCTATGGTTAATGTCCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTAGAGTCACCCCTATGTATCTCCGTCTTTCTATGGTTAATGTCCA  600

seq1  GCAAAAGGCATGGCACTTCTCACTCAGGAAGGGTTGGTAATGTGAATGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGGCATGGCACTTCTCACTCAGGAAGGGTTGGTAATGTGAATGGA  650

seq1  ATTC  652
      ||||
seq2  ATTC  654