BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250M18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 58,725,190 - 58,854,965
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG545216
Upstream geneCntnap5c, LOC674419, LOC620408
Downstream geneLOC668648, 2610034M16Rik, Nudt12, 4930505H01Rik, LOC100043537, LOC100043542
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250M18.bB6Ng01-250M18.g
ACCGA058242GA058243
length562867
definitionB6Ng01-250M18.b B6Ng01-250M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,725,190 - 58,725,751)(58,854,099 - 58,854,965)
sequence
gaattcagtgaattcttactggatgtcaatatatattattccattctctt
cagtttatatttcacagagcatcaatcataattaccaattttcaggctag
tcactgagaacagtttcaaactatcaggaatgacatgaagaagaaaatat
gtgaatcaaacatagtcctcacactggggccactccccagtcccacacaa
gggccttctatatccaaatggcagctgacttatactctacaatctgtaat
aatcttccttgttcagagatattcacctgaggcaaatggaacatgattaa
aatcaaggttgtttttcctgaactcataatcaaacagtaattatagtaat
tataaaagaaacctgcattgaatgtgaacacttcccaacatagaacattt
tcttatgcagatttgaacagaattgttctgtgactatgaaagttgacatg
ctttgcttttcttcctcccatcccccctctccccctctctcctctctctc
tctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctc
tctctctctctc

gaattctttctgcagtactgtttttttctttctgtttttgttgttgttgt
tctttatgataaaagctgaaaacagtctaagtctccaaaagtggctaata
agttatgaacacaatatgcatttatgcaaacacaaaaagcactgtaaaat
actttttaaatatatgaacatagtcacaatatgttaagtataaaaaatta
ctatggggctggaaatattactcaacgctcttgtagaagaccttccttct
gtttgaatacctatatcacattctcaagcatgtaaaacctcagttccata
gaacctgacacctctcctctggcctccaggggaacatgagttcatacata
catacatacatatgtacatatgtacatacatacatacatacatacatgta
ggcaaatattcatatatataaatgaaattcacaaatttaaaaataataga
gtggataaatagcttggtcagtagagggtctgcggcacaaacatgaaaac
atgagttcaagaacccaaataaacctgagtatggtggtacatatctgtaa
ttccagggcagggaaggcaatgatcactaggactcaatggctggccacct
gggactgcctgctgagctctgaatcagtgagagaacctgccacagaaaac
aaggtagtttctgagggatatcatctaaggtcattctttgatctattgta
tagatttatacacaagcacatggacctatgtatgtgtgcatatacctctg
cacatatacacaaaaaataataaataactatattgtggtctgattttatg
agtgtgggggaatgtcatctttctctctctcaatatgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_58725190_58725751
seq2: B6Ng01-250M18.b_46_607

seq1  GAATTCAGTGAATTCTTACTGGATGTCAATATATATTATTCCATTCTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGAATTCTTACTGGATGTCAATATATATTATTCCATTCTCTT  50

seq1  CAGTTTATATTTCACAGAGCATCAATCATAATTACCAATTTTCAGGCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTATATTTCACAGAGCATCAATCATAATTACCAATTTTCAGGCTAG  100

seq1  TCACTGAGAACAGTTTCAAACTATCAGGAATGACATGAAGAAGAAAATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAGAACAGTTTCAAACTATCAGGAATGACATGAAGAAGAAAATAT  150

seq1  GTGAATCAAACATAGTCCTCACACTGGGGCCACTCCCCAGTCCCACACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATCAAACATAGTCCTCACACTGGGGCCACTCCCCAGTCCCACACAA  200

seq1  GGGCCTTCTATATCCAAATGGCAGCTGACTTATACTCTACAATCTGTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTCTATATCCAAATGGCAGCTGACTTATACTCTACAATCTGTAAT  250

seq1  AATCTTCCTTGTTCAGAGATATTCACCTGAGGCAAATGGAACATGATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCCTTGTTCAGAGATATTCACCTGAGGCAAATGGAACATGATTAA  300

seq1  AATCAAGGTTGTTTTTCCTGAACTCATAATCAAACAGTAATTATAGTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGGTTGTTTTTCCTGAACTCATAATCAAACAGTAATTATAGTAAT  350

seq1  TATAAAAGAAACCTGCATTGAATGTGAACACTTCCCAACATAGAACATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGAAACCTGCATTGAATGTGAACACTTCCCAACATAGAACATTT  400

seq1  TCTTATGCAGATTTGAACAGAATTGTTCTGTGACTATGAAAGTTGACATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGCAGATTTGAACAGAATTGTTCTGTGACTATGAAAGTTGACATG  450

seq1  CTTTGCTTTTCTTCCTCCCATCCCCCCTCTCCCCCTCTCTCCTCTCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTTTTCTTCCTCCCATCCCCCCTCTCCCCCTCTCTCCTCTCTCTC  500

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  550

seq1  TCTCTCTCTCTC  562
      ||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTC  562


seq1: chr17_58854099_58854965
seq2: B6Ng01-250M18.g_68_934 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACATATTGAGAGAGAGAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACATATTGAGAGAGAGAAAGA  50

seq1  TGACATTCCCCCACACTCATAAAATCAGACCACAATATAGTTATTTATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTCCCCCACACTCATAAAATCAGACCACAATATAGTTATTTATTA  100

seq1  TTTTTTGTGTATATGTGCAGAGGTATATGCACACATACATAGGTCCATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGTGTATATGTGCAGAGGTATATGCACACATACATAGGTCCATGT  150

seq1  GCTTGTGTATAAATCTATACAATAGATCAAAGAATGACCTTAGATGATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTGTATAAATCTATACAATAGATCAAAGAATGACCTTAGATGATAT  200

seq1  CCCTCAGAAACTACCTTGTTTTCTGTGGCAGGTTCTCTCACTGATTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGAAACTACCTTGTTTTCTGTGGCAGGTTCTCTCACTGATTCAGA  250

seq1  GCTCAGCAGGCAGTCCCAGGTGGCCAGCCATTGAGTCCTAGTGATCATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCAGGCAGTCCCAGGTGGCCAGCCATTGAGTCCTAGTGATCATTG  300

seq1  CCTTCCCTGCCCTGGAATTACAGATATGTACCACCATACTCAGGTTTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCTGCCCTGGAATTACAGATATGTACCACCATACTCAGGTTTATT  350

seq1  TGGGTTCTTGAACTCATGTTTTCATGTTTGTGCCGCAGACCCTCTACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCTTGAACTCATGTTTTCATGTTTGTGCCGCAGACCCTCTACTGA  400

seq1  CCAAGCTATTTATCCACTCTATTATTTTTAAATTTGTGAATTTCATTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTATTTATCCACTCTATTATTTTTAAATTTGTGAATTTCATTTAT  450

seq1  ATATATGAATATTTGCCTACATGTATGTATGTATGTATGTATGTACATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGAATATTTGCCTACATGTATGTATGTATGTATGTATGTACATAT  500

seq1  GTACATATGTATGTATGTATGTATGAACTCATGTTCCCCTGGAGGCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATATGTATGTATGTATGTATGAACTCATGTTCCCCTGGAGGCCAGA  550

seq1  GGAGAGGTGTCAGGTTCTATGGAACTGAGGTTTTACATGCTTGAGAATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGTGTCAGGTTCTATGGAACTGAGGTTTTACATGCTTGAGAATGT  600

seq1  GATATAGGTATTCAAACAGAAGGAAGGTCTTCTACAAGAGCGTTGAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAGGTATTCAAACAGAAGGAAGGTCTTCTACAAGAGCGTTGAGTAA  650

seq1  TATTTCCAGCCCCATAGTAATTTTTTATACTTAACATATTGTGACTATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCAGCCCCATAGTAATTTTTTATACTTAACATATTGTGACTATGT  700

seq1  TCATATATTTAAAAAGTATTTTACAGTGCTTTTTGTGTTTGCATAAATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATATTTAAAAAGTATTTTACAGTGCTTTTTGTGTTTGCATAAATGC  750

seq1  ATATTGTGTTCATAACTTATTAGCCACTTTTGGAGACTTAGACTGTTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTGTTCATAACTTATTAGCCACTTTTGGAGACTTAGACTGTTTTC  800

seq1  AGCTTTTATCATAAAGAACAACAACAACAAAAACAGAAAGAAAAAAACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTATCATAAAGAACAACAACAACAAAAACAGAAAGAAAAAAACAG  850

seq1  TACTGCAGAAAGAATTC  867
      |||||||||||||||||
seq2  TACTGCAGAAAGAATTC  867


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |