BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253D07
Chromosome17 (Build37)
Map Location 17,825,094 - 17,960,643
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG626942
Upstream geneLOC100041407, LOC665072, EG383211, LOC626785, LOC665085, BC002059, BC018101, Zfp97, EG382161, LOC676238, EG626854, LOC100041965, Riok2, Lix1, LOC383297, Lnpep, EG665140, LOC100041519
Downstream gene4930546H06Rik, Has1, Fpr1, Fpr-rs2, LOC665183, LOC670250, EG665187, LOC546683, Fprl1, LOC627060, Fpr-rs4, EG637021, EG665210, Vmn2r92, EG665227, EG627132, LOC100041612, Vmn2r95, Vmn2r-ps114, EG433070, Vmn2r-ps115, Vmn2r-ps117
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253D07.bB6Ng01-253D07.g
ACCGA060004GA060005
length1,1411,027
definitionB6Ng01-253D07.b B6Ng01-253D07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,959,497 - 17,960,643)(17,825,094 - 17,826,114)
sequence
gaattcatcagttaagggctagtaagaagatttaacagataaaaagcatt
ttccatgcaagtgcaaaatgctgagtcttcagaacacatattaaaaagcc
aaatgtgatatctcacaactaaaattcagaaatcttacagccagatagga
aacaacagagaatcacccaacacctgtgaacactcaagtgccccccccat
aataatagtaaatgaatataatctaaaataaagttgttgttgggtttttg
ttttttgtttgtctcagcacatgctgcaattttatattttctgtttacct
tggcctcagccaagtctcttgaaaaaaaattgatacactacttatccact
tgaaggttttttctggactccaacatctgtggatgtagtgaacactagat
cagtgtcataaccttagtcatatgagccagttctgttgctctcatcttgt
tgcagacatctatgcactacttccttactagcatatgtcagttggatgaa
aggccaggtttctttttgttgttcttatctaaatttgtcttatattttgc
ttggacccactgcagtgtctcccttttagctgctttgtcaccagcttcct
ccgcgtgtttcccttccttcttgacttctatctacatgttcatgcatgtc
ttacgaatgttgttgcctgtgcgtatgctcatgttcacgcatgtcttatg
aatgttgttgcctgtgcgtatgctcatgttcatgcatgtcttatgaatgt
tgttgcctgtgcgtatgctcatgttcatgcatgtcttatgaatgttgttg
cctgtgcgtatgctcatgttcatgcatgtcttatgaatgttgttgcctgt
gcgtatgctcatgcagaatctggaggctgatggcaagcactaccctctat
tgttcttctaccgtattcattgaggcaggctctctatgtcaaattcagag
ctcacaaatacagctcatctcagcagcttgccctggggatcccctaattc
tgacttctaaacacagagcattctctttcggtctcttttatttaaagcaa
gggacatcttttagatttattatatgatgattgcgttttctgtatgttat
attcatgtaacaacatgcatggtcgtgccggtgaatcaaat
gaattctcttcaaaaatctgtaagtggtataggttcttctagctaggctg
ccttatctggcctcagttagagaggatgttcctaattttgcagagacttg
gtattccatggaggaggaatactaagtagggcccctatgcactcagagaa
aaagacaagggcagggaggcaaagaattgttggaggtggtgacagggagg
ggaggcagtgagcaggttataaagtgagtgagtaaaatgaaggagtgaat
aaataaataagtaagtaagtaaatacataaataattggttaaaaaaagga
gaaatgaaagacttaaaatgtaggtatagctcatggaaggagttacagag
acaaagtttggagctgagactgcccaacccggggatccatcccatataca
accaccaaacccagacactattgcatacgccagcaagattttgctgacag
gaccctgatatagctatctcttgtgaggctatgccagtgcctggcaaata
cagaagtggatgctcacagtcatctattggatggaacacaggacccctaa
aggagctagagaaagaacccaaggagctaaaggggtctgcaaccctatag
gaggatcaacaatatgaacttaccagtaccccacagaactgtgtctctag
ttgcatatgtagcaaaagatggcctagttagccatcaatgggaggagacc
cttggtcttgtgaagatcatataccccagtacaggggaatgccagggcca
ggaagcaggagtggatgggttggggaacatggccgggggagggtataggg
gacttttcgggatagcatttaaaatgtaaatgaagaaaatatccataaaa
atgaaatagaaaaaaatgtaggtataggtgaagatgaacagaaagaacac
ccacccacacaaacccaaattataaagtgcaatacattgatctgaagaaa
tgaatcatacctatgacttatcctggactgaatactctgtctgtcatcac
cccaggtggaattgtgaatggcttctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_17959497_17960643
seq2: B6Ng01-253D07.b_43_1183 (reverse)

seq1  ATTTGA-TCACCGGGCACCGAACATGCATGTTG-TACATTGATAT-ACAT  47
      |||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| |||||  |||| ||||
seq2  ATTTGATTCACC-GGCA-CGACCATGCATGTTGTTACATGAATATAACAT  48

seq1  ACAGAAAACGCATTCATACATATAAAATAAAAATCTTAAAAGATGTCCCT  97
      |||||||||||| |||| ||||||    | ||||| ||||||||||||||
seq2  ACAGAAAACGCAATCAT-CATATA----ATAAATC-TAAAAGATGTCCCT  92

seq1  TGCTTTAAATAAAAGAGACCCGAAGGAGAATGCTCTGTGTTTAGAAGTCA  147
      |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAAATAAAAGAGA-CCGAAAGAGAATGCTCTGTGTTTAGAAGTCA  141

seq1  GAATTAGGGGATCCCCAGGGCAAGCTGCTGAGATGAGCTGTATTTGTGAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAGGGGATCCCCAGGGCAAGCTGCTGAGATGAGCTGTATTTGTGAG  191

seq1  CTCTGAATTTGACATAGAGAGCCTGCCTCAATGAATACGGTAGAAGAACA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAATTTGACATAGAGAGCCTGCCTCAATGAATACGGTAGAAGAACA  241

seq1  ATAGAGGGTAGTGCTTGCCATCAGCCTCCAGATTCTGCATGAGCATACGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGGTAGTGCTTGCCATCAGCCTCCAGATTCTGCATGAGCATACGC  291

seq1  ACAGGCAACAACATTCATAAGACATGCATGAACATGAGCATACGCACAGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAACAACATTCATAAGACATGCATGAACATGAGCATACGCACAGG  341

seq1  CAACAACATTCATAAGACATGCATGAACATGAGCATACGCACAGGCAACA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACATTCATAAGACATGCATGAACATGAGCATACGCACAGGCAACA  391

seq1  ACATTCATAAGACATGCATGAACATGAGCATACGCACAGGCAACAACATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCATAAGACATGCATGAACATGAGCATACGCACAGGCAACAACATT  441

seq1  CATAAGACATGCGTGAACATGAGCATACGCACAGGCAACAACATTCGTAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGACATGCGTGAACATGAGCATACGCACAGGCAACAACATTCGTAA  491

seq1  GACATGCATGAACATGTAGATAGAAGTCAAGAAGGAAGGGAAACACGCGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCATGAACATGTAGATAGAAGTCAAGAAGGAAGGGAAACACGCGG  541

seq1  AGGAAGCTGGTGACAAAGCAGCTAAAAGGGAGACACTGCAGTGGGTCCAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTGGTGACAAAGCAGCTAAAAGGGAGACACTGCAGTGGGTCCAA  591

seq1  GCAAAATATAAGACAAATTTAGATAAGAACAACAAAAAGAAACCTGGCCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATATAAGACAAATTTAGATAAGAACAACAAAAAGAAACCTGGCCT  641

seq1  TTCATCCAACTGACATATGCTAGTAAGGAAGTAGTGCATAGATGTCTGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCAACTGACATATGCTAGTAAGGAAGTAGTGCATAGATGTCTGCA  691

seq1  ACAAGATGAGAGCAACAGAACTGGCTCATATGACTAAGGTTATGACACTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATGAGAGCAACAGAACTGGCTCATATGACTAAGGTTATGACACTG  741

seq1  ATCTAGTGTTCACTACATCCACAGATGTTGGAGTCCAGAAAAAACCTTCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGTGTTCACTACATCCACAGATGTTGGAGTCCAGAAAAAACCTTCA  791

seq1  AGTGGATAAGTAGTGTATCAATTTTTTTTCAAGAGACTTGGCTGAGGCCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATAAGTAGTGTATCAATTTTTTTTCAAGAGACTTGGCTGAGGCCA  841

seq1  AGGTAAACAGAAAATATAAAATTGCAGCATGTGCTGAGACAAACAAAAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAACAGAAAATATAAAATTGCAGCATGTGCTGAGACAAACAAAAAA  891

seq1  CAAAAACCCAACAACAACTTTATTTTAGATTATATTCATTTACTATTATT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACCCAACAACAACTTTATTTTAGATTATATTCATTTACTATTATT  941

seq1  ATGGGGGGGGCACTTGAGTGTTCACAGGTGTTGGGTGATTCTCTGTTGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGGGGGCACTTGAGTGTTCACAGGTGTTGGGTGATTCTCTGTTGTT  991

seq1  TCCTATCTGGCTGTAAGATTTCTGAATTTTAGTTGTGAGATATCACATTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATCTGGCTGTAAGATTTCTGAATTTTAGTTGTGAGATATCACATTT  1041

seq1  GGCTTTTTAATATGTGTTCTGAAGACTCAGCATTTTGCACTTGCATGGAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTTAATATGTGTTCTGAAGACTCAGCATTTTGCACTTGCATGGAA  1091

seq1  AATGCTTTTTATCTGTTAAATCTTCTTACTAGCCCTTAACTGATGAATTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTTTTATCTGTTAAATCTTCTTACTAGCCCTTAACTGATGAATTC  1141

seq1: chr17_17825094_17826114
seq2: B6Ng01-253D07.g_61_1087

seq1  GAATTCTCTTCAAAAATCTGTAAGTGGTATAGGTTCTTCTAGCTAGGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCAAAAATCTGTAAGTGGTATAGGTTCTTCTAGCTAGGCTG  50

seq1  CCTTATCTGGCCTCAGTTAGAGAGGATGTTCCTAATTTTGCAGAGACTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCTGGCCTCAGTTAGAGAGGATGTTCCTAATTTTGCAGAGACTTG  100

seq1  GTATTCCATGGAGGAGGAATACTAAGTAGGGCCCCTATGCACTCAGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCCATGGAGGAGGAATACTAAGTAGGGCCCCTATGCACTCAGAGAA  150

seq1  AAAGACAAGGGCAGGGAGGCAAAGAATTGTTGGAGGTGGTGACAGGGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAAGGGCAGGGAGGCAAAGAATTGTTGGAGGTGGTGACAGGGAGG  200

seq1  GGAGGCAGTGAGCAGGTTATAAAGTGAGTGAGTAAAATGAAGGAGTGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAGTGAGCAGGTTATAAAGTGAGTGAGTAAAATGAAGGAGTGAAT  250

seq1  AAATAAATAAGTAAGTAAGTAAATACATAAATAATTGGTTAAAAAAAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAGTAAGTAAGTAAATACATAAATAATTGGTTAAAAAAAGGA  300

seq1  GAAATGAAAGACTTAAAATGTAGGTATAGCTCATGGAAGGAGTTACAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGAAAGACTTAAAATGTAGGTATAGCTCATGGAAGGAGTTACAGAG  350

seq1  ACAAAGTTTGGAGCTGAGACTGCCCAACCCGGGGATCCATCCCATATACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTTGGAGCTGAGACTGCCCAACCCGGGGATCCATCCCATATACA  400

seq1  ACCACCAAACCCAGACACTATTGCATACGCCAGCAAGATTTTGCTGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCAAACCCAGACACTATTGCATACGCCAGCAAGATTTTGCTGACAG  450

seq1  GACCCTGATATAGCTATCTCTTGTGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGATATAGCTATCTCTTGTGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATA  500

seq1  CAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGAACACAGGACCCCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGAACACAGGACCCCTAA  550

seq1  AGGAGCTAGAGAAAGAACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTAGAGAAAGAACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTATAG  600

seq1  GAGGATCAACAATATGAACTTACCAGTACCCCACAGAACTGTGTCTCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATCAACAATATGAACTTACCAGTACCCCACAGAACTGTGTCTCTAG  650

seq1  TTGCATATGTAGCAAAAGATGGCCTAGTTAGCCATCAATGGGAGGAGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATATGTAGCAAAAGATGGCCTAGTTAGCCATCAATGGGAGGAGACC  700

seq1  CTTGGTCTTGTGAAGATCATATACCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTCTTGTGAAGATCATATACCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCA  750

seq1  GGAAGCAGGAGTGGATGGGTTGGGGAACAGGGCCGGGGGAGGGTATAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAGGAGTGGATGGGTTGGGGAACATGGCCGGGGGAGGGTATAGGG  800

seq1  GAC-TTTCGGGATAGCATTTAAAATGTAAATGAAGAAAATATCCAATAAA  849
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  GACTTTTCGGGATAGCATTTAAAATGTAAATGAAGAAAATATCCA--TAA  848

seq1  AAATGAAATAGAAAAAAATGTAGGTATAGGTGAAGATGAACAGAAAGGAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAATGAAATAGAAAAAAATGTAGGTATAGGTGAAGATGAACAGAAA-GAA  897

seq1  CACACACACACACAAACCCAAATATTAAAGTG-AATACATTGATCTGAAG  948
      ||| ||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||
seq2  CACCCACCCACACAAACCCAAATTATAAAGTGCAATACATTGATCTGAAG  947

seq1  AATTGAAT-AAAACTATGAC-TAT-CTGGACTGAATACTCTG-CTGTCAT  994
      || ||||| | | ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAATGAATCATACCTATGACTTATCCTGGACTGAATACTCTGTCTGTCAT  997

seq1  CA-CCCAGGTGGAA-TGTG-ATGGCTTCTG  1021
      || ||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  CACCCCAGGTGGAATTGTGAATGGCTTCTG  1027