BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254I14
Chromosome17 (Build37)
Map Location 91,390,900 - 91,479,409
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn1
Upstream genenone
Downstream geneEG668871, LOC668872, LOC627235, LOC100043741, LOC100043742
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254I14.bB6Ng01-254I14.g
ACCGA060978GA060979
length1,1511,011
definitionB6Ng01-254I14.b B6Ng01-254I14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,478,254 - 91,479,409)(91,390,900 - 91,391,902)
sequence
ggaattcactgtacaaaattttatgcaaaatatccaatgtttgtaatata
aatgaaaacatcatcttgagagcagacacatttatggataaataaatttg
gaacaaatagagttctctgttttaaattccttatacaacgttgaattatt
tttcaatttttgatgttttaataatatttagaaatacaatacacttttaa
ctttgatttatagtgtttaaacatgtatctacccattacaattgatcagt
gtaaaccttccaatgtggacaacccaaatgctaaaattggcaagtgctga
taactttgaatgagcccagtcaatacttaagtgagtagatattggaaaac
acattactagatagtctaatcaaattctcacaaatcctctaagtctataa
ataaccatgctctccaaaaatgctgtagactaattacttaaaatttggta
gttcaaaagagctgcagataccttgtaaacatgagatcagcttaaaattg
ttctgttgccttcatagtacttataattactttatttcactttagtgaaa
tcattttatattgtgttctatccaccttaccttgcttatttcttcaacag
tattatttccctagctttataacacttctattttacttatgagtcaagtg
caggctagagcccaatatggagttgatggctgggttgaaatctgagtcag
gggctcaagcaggcagctctgcaagtgcatgacaaagtctgtgtattcac
taatcaaagggttaaaggttcttgggacagttgccaagtactttaagtga
ctgtttcacaattaggtcttagacttgcagcttgtagcagacttacaatt
agcatttcccaatatgagggcagaactaaaagtccatggagtgtatttgc
tcctgttgtggaccttctaatagtaggatgtttagtgtgctgactaaaca
cccagtcaccaaaagaaaaaatttcatatattacacccaaaagacactac
tctgtcattttgagttacaaaggaatgaatcttacaactacagtatagtg
aatttcttccagttttatgtttggggaaataaaattgaaatataaaagtt
caattgtcgttggtacaacgtaagcacatgatcaacagttccaggtactt
a
gaattctgcctggtttacaggaaggtacatgcaagggattggaagcccat
gctcatgtgaaagaaggttcccaaaggccacagggagaaaagtatcaatt
gcatgaaatgctacaatcagcactctgaaaaacaaaggcaaagctggctg
catgtttccaaactgccatgcatggatgaaaaatggacttttgctgtagc
agcttagactgggtgttttcagactttagctcctaactgctcttggcttt
cctttactgcacacactctttctatgtgttcttataagtgaagattccag
tcacagttgtctgtctgatttatttgcagatgttatagtgcaagggatgg
aggaaaacaagtgtcacaggagcaaactaatatccaatcaacaaaaagca
gacaaaaccatgaaagaatgtgaacaaaagccatggatttcatttgcagc
cacatcacttccaagcatccgcccatactttgcagcgatggtttgaaagc
agctacagagcaataaaacactgagagcagagtggagaaggagcagagcc
cataccttggtcgcccatcatcaggtgtgccagaccttgaagggaaacaa
agagcacagtcagcaataaacaagggagcatgggaaggcagggttgtcac
ggtgacaagaatcttcagtgacagacattgtgcttcctatgagacatgtc
tgtatctcagaggcaaattcaaaaacattctttgaacccttggttgggaa
tgctttgggccaaagagttatataaactgcagtttatacacaaacacatg
ctatgcttgtgtgttctaagtatcagaacaatcaaaagatgagatcattg
attcaaaatccaactggtcccttaacagtattagatgccctttcgtgccc
tctgataaaattatttggaacactgtccccatagttcagtgatggaatta
tattctataaacttccgaggaatatctttacattgggctggattctgatt
ctttttcctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_91478254_91479409
seq2: B6Ng01-254I14.b_45_1194 (reverse)

seq1  TAAGTACCTGGGACTTGGTTGATTCATGTGCTTACGTTTGTACCAAACGA  50
      ||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TAAGTACCTGGAACT--GTTGA-TCATGTGCTTACG-TTGTACC-AACGA  45

seq1  CAA-TGGACTTTTATAATTTCAAATTTTATTT-CCCAAACATTAAAACTG  98
      ||| || |||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  CAATTGAACTTTTAT-ATTTC-AATTTTATTTCCCCAAACA-TAAAACTG  92

seq1  GAAGAAATTCACTATACTGTAGTTTGTAAAGATTCATT-CTTTGTAACTC  147
      |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||
seq2  GAAGAAATTCACTATACTGTAG-TTGT-AAGATTCATTCCTTTGTAACTC  140

seq1  AAAATGACAGAGTAGTGTCTTTTGGGTGTAATATATGAAATTTTTTCTTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGACAGAGTAGTGTCTTTTGGGTGTAATATATGAAATTTTTTCTTT  190

seq1  TGGTGACT-GGTGTTTAGTCAGCACACTAAACATCCTACTATTAGAAGGT  246
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACTGGGTGTTTAGTCAGCACACTAAACATCCTACTATTAGAAGGT  240

seq1  CCACAACAGGAGCAAATACACTCCATGGACTTTTAGTTCTGCCCTCATAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACAGGAGCAAATACACTCCATGGACTTTTAGTTCTGCCCTCATAT  290

seq1  TGGGAAATGCTAATTGTAAGTCTGCTACAAGCTGCAAGTCTAAGACCTAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAATGCTAATTGTAAGTCTGCTACAAGCTGCAAGTCTAAGACCTAA  340

seq1  TTGTGAAACAGTCACTTAAAGTACTTGGCAACTGTCCCAAGAACCTTTAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAACAGTCACTTAAAGTACTTGGCAACTGTCCCAAGAACCTTTAA  390

seq1  CCCTTTGATTAGTGAATACACAGACTTTGTCATGCACTTGCAGAGCTGCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGATTAGTGAATACACAGACTTTGTCATGCACTTGCAGAGCTGCC  440

seq1  TGCTTGAGCCCCTGACTCAGATTTCAACCCAGCCATCAACTCCATATTGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGAGCCCCTGACTCAGATTTCAACCCAGCCATCAACTCCATATTGG  490

seq1  GCTCTAGCCTGCACTTGACTCATAAGTAAAATAGAAGTGTTATAAAGCTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGCCTGCACTTGACTCATAAGTAAAATAGAAGTGTTATAAAGCTA  540

seq1  GGGAAATAATACTGTTGAAGAAATAAGCAAGGTAAGGTGGATAGAACACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATAATACTGTTGAAGAAATAAGCAAGGTAAGGTGGATAGAACACA  590

seq1  ATATAAAATGATTTCACTAAAGTGAAATAAAGTAATTATAAGTACTATGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAATGATTTCACTAAAGTGAAATAAAGTAATTATAAGTACTATGA  640

seq1  AGGCAACAGAACAATTTTAAGCTGATCTCATGTTTACAAGGTATCTGCAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACAGAACAATTTTAAGCTGATCTCATGTTTACAAGGTATCTGCAG  690

seq1  CTCTTTTGAACTACCAAATTTTAAGTAATTAGTCTACAGCATTTTTGGAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTGAACTACCAAATTTTAAGTAATTAGTCTACAGCATTTTTGGAG  740

seq1  AGCATGGTTATTTATAGACTTAGAGGATTTGTGAGAATTTGATTAGACTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGTTATTTATAGACTTAGAGGATTTGTGAGAATTTGATTAGACTA  790

seq1  TCTAGTAATGTGTTTTCCAATATCTACTCACTTAAGTATTGACTGGGCTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTAATGTGTTTTCCAATATCTACTCACTTAAGTATTGACTGGGCTC  840

seq1  ATTCAAAGTTATCAGCACTTGCCAATTTTAGCATTTGGGTTGTCCACATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAGTTATCAGCACTTGCCAATTTTAGCATTTGGGTTGTCCACATT  890

seq1  GGAAGGTTTACACTGATCAATTGTAATGGGTAGATACATGTTTAAACACT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTTTACACTGATCAATTGTAATGGGTAGATACATGTTTAAACACT  940

seq1  ATAAATCAAAGTTAAAAGTGTATTGTATTTCTAAATATTATTAAAACATC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCAAAGTTAAAAGTGTATTGTATTTCTAAATATTATTAAAACATC  990

seq1  AAAAATTGAAAAATAATTCAACGTTGTATAAGGAATTTAAAACAGAGAAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTGAAAAATAATTCAACGTTGTATAAGGAATTTAAAACAGAGAAC  1040

seq1  TCTATTTGTTCCAAATTTATTTATCCATAAATGTGTCTGCTCTCAAGATG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTGTTCCAAATTTATTTATCCATAAATGTGTCTGCTCTCAAGATG  1090

seq1  ATGTTTTCATTTATATTACAAACATTGGATATTTTGCATAAAATTTTGTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTCATTTATATTACAAACATTGGATATTTTGCATAAAATTTTGTA  1140

seq1  CAGTGAATTC  1156
      ||||||||||
seq2  CAGTGAATTC  1150

seq1: chr17_91390900_91391902
seq2: B6Ng01-254I14.g_72_1082

seq1  GAATTCTGCCTGGTTTACAGGAAGGTACATGCAAGGGATTGGAAGCCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCTGGTTTACAGGAAGGTACATGCAAGGGATTGGAAGCCCAT  50

seq1  GCTCATGTGAAAGAAGGTTCCCAAAGGCCACAGGGAGAAAAGTATCAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGTGAAAGAAGGTTCCCAAAGGCCACAGGGAGAAAAGTATCAATT  100

seq1  GCATGAAATGCTACAATCAGCACTCTGAAAAACAAAGGCAAAGCTGGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAATGCTACAATCAGCACTCTGAAAAACAAAGGCAAAGCTGGCTG  150

seq1  CATGTTTCCAAACTGCCATGCATGGATGAAAAATGGACTTTTGCTGTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTCCAAACTGCCATGCATGGATGAAAAATGGACTTTTGCTGTAGC  200

seq1  AGCTTAGACTGGGTGTTTTCAGACTTTAGCTCCTAACTGCTCTTGGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAGACTGGGTGTTTTCAGACTTTAGCTCCTAACTGCTCTTGGCTTT  250

seq1  CCTTTACTGCACACACTCTTTCTATGTGTTCTTATAAGTGAAGATTCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTACTGCACACACTCTTTCTATGTGTTCTTATAAGTGAAGATTCCAG  300

seq1  TCACAGTTGTCTGTCTGATTTATTTGCAGATGTTATAGTGCAAGGGATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTTGTCTGTCTGATTTATTTGCAGATGTTATAGTGCAAGGGATGG  350

seq1  AGGAAAACAAGTGTCACAGGAGCAAACTAATATCCAATCAACAAAAAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAACAAGTGTCACAGGAGCAAACTAATATCCAATCAACAAAAAGCA  400

seq1  GACAAAACCATGAAAGAATGTGAACAAAAGCCATGGATTTCATTTGCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAACCATGAAAGAATGTGAACAAAAGCCATGGATTTCATTTGCAGC  450

seq1  CACATCACTTCCAAGCATCCGCCCATACTTTGCAGCGATGGTTTGAAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCACTTCCAAGCATCCGCCCATACTTTGCAGCGATGGTTTGAAAGC  500

seq1  AGCTACAGAGCAATAAAACACTGAGAGCAGAGTGGAGAAGGAGCAGAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACAGAGCAATAAAACACTGAGAGCAGAGTGGAGAAGGAGCAGAGCC  550

seq1  CATACCTTGGTCGCCCATCATCAGGTGTGCCAGACCTTGAAGGGAAAC-A  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CATACCTTGGTCGCCCATCATCAGGTGTGCCAGACCTTGAAGGGAAACAA  600

seq1  AGAGCACAGTCAGCAATAAACAAGGGAGCATGGGAAGGCAGGGTTGTCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACAGTCAGCAATAAACAAGGGAGCATGGGAAGGCAGGGTTGTCAC  650

seq1  GGTGACAAGAATCTTCAGTGACAGACATTGTGCTTCCTATGAGACATGTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACAAGAATCTTCAGTGACAGACATTGTGCTTCCTATGAGACATGTC  700

seq1  TGTATCTCAGAGGCAAA-TCAAAAACATTCTTTGAACCCTTGGTT-GGAA  747
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTATCTCAGAGGCAAATTCAAAAACATTCTTTGAACCCTTGGTTGGGAA  750

seq1  TGCTTTGGGCCAAAGAGTTATA-AAACTGCAGTTTATACACAAACACATG  796
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGGGCCAAAGAGTTATATAAACTGCAGTTTATACACAAACACATG  800

seq1  CTATGC-TGTGTGTTCTAAGTATCAGAACAATCAAAAGATGAGATCA-TG  844
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTATGCTTGTGTGTTCTAAGTATCAGAACAATCAAAAGATGAGATCATTG  850

seq1  ATTCAAAATCCAACTGGTCCCTTAAACAGTA-TAGATGCCC-TTCGTGCC  892
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  ATTCAAAATCCAACTGGTCCCTT-AACAGTATTAGATGCCCTTTCGTGCC  899

seq1  CTCTGATAAAATTATTTGGAACACTGTCCCCATAGGTTCAGTGATGGAAT  942
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCTGATAAAATTATTTGGAACACTGTCCCCATA-GTTCAGTGATGGAAT  948

seq1  TATATTCTATAAACTCCCGAGGAATATCTTTAACATGGGCTGGA-TCTGA  991
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||| |||||
seq2  TATATTCTATAAACTTCCGAGGAATATCTTTACATTGGGCTGGATTCTGA  998

seq1  -TCTTTTTCCTCT  1003
       ||||||||||||
seq2  TTCTTTTTCCTCT  1011