BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257H18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 82,043,888 - 82,114,208
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc8a1
Upstream geneMap4k3, LOC100043697, C230072F16Rik, LOC675572, EG668830, Tmem178, Thumpd2, LOC100043700, LOC100043704
Downstream geneEG668832, LOC100043707, LOC625467, LOC668836, EG433141, EG625514
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257H18.bB6Ng01-257H18.g
ACCGA063171GA063172
length9471,151
definitionB6Ng01-257H18.b B6Ng01-257H18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,043,888 - 82,044,832)(82,113,047 - 82,114,208)
sequence
gaattctacaaagtctagctgaaatctgtttaaaatgctgggaaggacaa
aaataaatgcagggctgtaacttcattctacttaaaaaataaaatgcttt
tccatctctaacatttctcatttcattgtagagaatatagtacagtacca
attttctacactggtattttgtggttggtgtagaaaacccaggggcttca
gggaaagccttggaacttgattccaatctgattctcagaactccgtaaaa
gaatgcaatgtggtccctatctcctcggggatgctcaatcctcccaactc
ttctaaaagacttcttaacctgggtctatcctttgagtgtgggtgctctg
catctgttttggttatcttctggctggagcctctcagaggattcacacaa
ggtaactgaaggagaaaggcaggccagcagtgtgtccctattggtcctct
gaggacagctggatacattgctccccaacctggcagaggttgctacgata
ttcatttatgttcctcccacacgagacacctgtgtatccagaccagcgct
gacaaatatagctgtccatcagagagttaactaaccttggggattcccag
agactaagccaccaaccaaagagaacaaggactggacctagtcctccccc
acccccacctcccacacatatgtggcagatatgtggctggttcttcatgc
aggttccccaataactagagcaagggcttatcctgactctgttgcctgct
tgtggatactgtacccctaactggtctgctttgtctggcctcattggaag
aggatgtgcctactgctgcagtgacttgtgtgctagggtgggtgactacc
cggggtgggaggacctccctcttctcagaggtaaaggggaggggtgggga
ggaaaggagctatgtctggaaaataggggggattcatttgggctata

gaattcactgctccctcgcactcctataactaaatactaccctgttatat
tcaaatcttcatattcagaatatgcacagccttttaaatgactatgactc
attaagcatctcaaggacatccatctttgcttactaaaaacttattagaa
tgctgggttatccagtgagttacaatcaaccttgaatgcattaatgtatt
tatattcacagagagaaataaggtgtatgcattccagatttaggcaaaca
aacaattagagcatatgaaattagtattaaatgatctgaaaactgcacaa
caaaattattatgtgcttgttaccatctgaaatggtagaacttcaattta
aaatctccacctacaaggcaaggttaaaacaataacagaaactacctttc
tgtcttccactgagccctatgtcttcaagtcaagcacattgcatatgccc
tcgtaagcatgttaatgcatctttcaagcgaccaaccctgcttggacaat
gcatattttccttgaaagtaaataacatacatacaatttcaccagtctca
tgagggaaaagaaaatcttctgcagagttctcatcaaacttatcataaga
atttctagatggttaagggagccaactatacatttctctttcatgttcag
catagacttaatgacaccatgtaaaaatgtttggagtatgtcatgtgagg
aagagagcctccctctctttacaggggctataaagtgtgtagaatgactt
ttcagtagcctaataccatgccagctccttgggaatctgggggactgttt
taatggtgctaggttagggcttattggtctgtgagaactccgctagcaag
ccttctgatcctcttgctaactctaagtccacagacatagagaccccgct
caaatgggaagagatggatatttgttctttggactttgtgcttctccctg
cccagtactctccaaacaaagtgtcctcagtccaaaagtaaacccaacat
attatctattcttgcagcccaccatctcatagctctgtagcacccactga
gacagatggatcagtgcaatcatttttatatcttttctgatcccagatcc
aacatcaggtattgcccccaggatggtactcaggttaagaaatagagctg
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_82043888_82044832
seq2: B6Ng01-257H18.b_47_993

seq1  GAATTCTACAAAGTCTAGCTGAAATCTGTTTAAAATGCTGGGAAGGACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACAAAGTCTAGCTGAAATCTGTTTAAAATGCTGGGAAGGACAA  50

seq1  AAATAAATGCAGGGCTGTAACTTCATTCTACTTAAAAAATAAAATGCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATGCAGGGCTGTAACTTCATTCTACTTAAAAAATAAAATGCTTT  100

seq1  TCCATCTCTAACATTTCTCATTTCATTGTAGAGAATATAGTACAGTACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTCTAACATTTCTCATTTCATTGTAGAGAATATAGTACAGTACCA  150

seq1  ATTTTCTACACTGGTATTTTGTGGTTGGTGTAGAAAACCCAGGGGCTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTACACTGGTATTTTGTGGTTGGTGTAGAAAACCCAGGGGCTTCA  200

seq1  GGGAAAGCCTTGGAACTTGATTCCAATCTGATTCTCAGAACTCCGTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGCCTTGGAACTTGATTCCAATCTGATTCTCAGAACTCCGTAAAA  250

seq1  GAATGCAATGTGGTCCCTATCTCCTCGGGGATGCTCAATCCTCCCAACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCAATGTGGTCCCTATCTCCTCGGGGATGCTCAATCCTCCCAACTC  300

seq1  TTCTAAAAGACTTCTTAACCTGGGTCTATCCTTTGAGTGTGGGTGCTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAAGACTTCTTAACCTGGGTCTATCCTTTGAGTGTGGGTGCTCTG  350

seq1  CATCTGTTTTGGTTATCTTCTGGCTGGAGCCTCTCAGAGGATTCACACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTTTGGTTATCTTCTGGCTGGAGCCTCTCAGAGGATTCACACAA  400

seq1  GGTAACTGAAGGAGAAAGGCAGGCCAGCAGTGTGTCCCTATTGGTCCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACTGAAGGAGAAAGGCAGGCCAGCAGTGTGTCCCTATTGGTCCTCT  450

seq1  GAGGACAGCTGGATACATTGCTCCCCAACCTGGCAGAGGTTGCTACGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACAGCTGGATACATTGCTCCCCAACCTGGCAGAGGTTGCTACGATA  500

seq1  TTCATTTATGTTCCTCCCACACGAGACACCTGTGTATCCAGACCAGCGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTATGTTCCTCCCACACGAGACACCTGTGTATCCAGACCAGCGCT  550

seq1  GACAAATATAGCTGTCCATCAGAGAGTTAACTAACCTTGGGGATTCCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATATAGCTGTCCATCAGAGAGTTAACTAACCTTGGGGATTCCCAG  600

seq1  AGACTAAGCCACCAACCAAAGAGAACAAGGACTGGACCTAGTCCTCCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAAGCCACCAACCAAAGAGAACAAGGACTGGACCTAGTCCTCCCCC  650

seq1  ACCCCCACCTCCCACACATATGTGGCAGATATGTGGCTGGTTCTTCATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCACCTCCCACACATATGTGGCAGATATGTGGCTGGTTCTTCATGC  700

seq1  AGGTTCCCCAATAACTAGAGCAAGGGCTTATCCTGACTCTGTTGCCTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCCCAATAACTAGAGCAAGGGCTTATCCTGACTCTGTTGCCTGCT  750

seq1  TGTGGATACTGTACCCCTAACTGGTCTGCTTTGTCTGGCCTCATTGGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATACTGTACCCCTAACTGGTCTGCTTTGTCTGGCCTCATTGGAAG  800

seq1  AGGATGTGCCTACTGCTGCAGTGACTTGTGTGCTAGGGTGGGTGACTACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTGCCTACTGCTGCAGTGACTTGTGTGCTAGGGTGGGTGACTACC  850

seq1  CGGGGTGGGAGGACCTCCCTCTTCTCAGAGGTAAAGGGGAGGGGT-GGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CGGGGTGGGAGGACCTCCCTCTTCTCAGAGGTAAAGGGGAGGGGTGGGGA  900

seq1  GGAAAGGAGCTATGTCT-GAGAATAGGGGGGATTCATTTGGGCTATA  945
      ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAGCTATGTCTGGAAAATAGGGGGGATTCATTTGGGCTATA  947


seq1: chr17_82113047_82114208
seq2: B6Ng01-257H18.g_69_1219 (reverse)

seq1  GCAGCTTCTATTTCTTACACCTGAGTACCAATACTGTGG--CATACTGAA  48
      ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||| ||   ||||   |
seq2  GCAGC-TCTATTTCTTA-ACCTGAGTACC-ATCCTGGGGGCAATACCTGA  47

seq1  TGGTTGGGAATCTGGGAATCAAGAAAGATAT-AAAATGATTTGCAACTGA  97
      | |||||  ||||||| ||||  |||||||| ||||||| |||| |||||
seq2  T-GTTGG--ATCTGGG-ATCAGAAAAGATATAAAAATGA-TTGC-ACTGA  91

seq1  TCCATCTGTCTCCAGTGGGTGCCTACAGAGCTATTGAAGATGGTGGGCCT  147
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||
seq2  TCCATCTGTCT-CAGTGGGTG-CTACAGAGCTAT--GAGATGGTGGG-CT  136

seq1  GCAAGAATAGATAATATGTTGGGTTTACTTTTGGACTGAGGACACTTTGT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAATAGATAATATGTTGGGTTTACTTTTGGACTGAGGACACTTTGT  186

seq1  TTGGAGAGTACTGGGCAGGGAGAAGCACAAAGTCCAAAGAACAAATATCC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGAGTACTGGGCAGGGAGAAGCACAAAGTCCAAAGAACAAATATCC  236

seq1  ATCTCTTCCCATTTGAGCGGGGTCTCTATGTCTGTGGACTTAGAGTTAGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTCCCATTTGAGCGGGGTCTCTATGTCTGTGGACTTAGAGTTAGC  286

seq1  AAGAGGATCAGAAGGCTTGCTAGCGGAGTTCTCACAGACCAATAAGCCCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGATCAGAAGGCTTGCTAGCGGAGTTCTCACAGACCAATAAGCCCT  336

seq1  AACCTAGCACCATTAAAACAGTCCCCCAGATTCCCAAGGAGCTGGCATGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAGCACCATTAAAACAGTCCCCCAGATTCCCAAGGAGCTGGCATGG  386

seq1  TATTAGGCTACTGAAAAGTCATTCTACACACTTTATAGCCCCTGTAAAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGCTACTGAAAAGTCATTCTACACACTTTATAGCCCCTGTAAAGA  436

seq1  GAGGGAGGCTCTCTTCCTCACATGACATACTCCAAACATTTTTACATGGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGGCTCTCTTCCTCACATGACATACTCCAAACATTTTTACATGGT  486

seq1  GTCATTAAGTCTATGCTGAACATGAAAGAGAAATGTATAGTTGGCTCCCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTAAGTCTATGCTGAACATGAAAGAGAAATGTATAGTTGGCTCCCT  536

seq1  TAACCATCTAGAAATTCTTATGATAAGTTTGATGAGAACTCTGCAGAAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCATCTAGAAATTCTTATGATAAGTTTGATGAGAACTCTGCAGAAGA  586

seq1  TTTTCTTTTCCCTCATGAGACTGGTGAAATTGTATGTATGTTATTTACTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTTCCCTCATGAGACTGGTGAAATTGTATGTATGTTATTTACTT  636

seq1  TCAAGGAAAATATGCATTGTCCAAGCAGGGTTGGTCGCTTGAAAGATGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAAAATATGCATTGTCCAAGCAGGGTTGGTCGCTTGAAAGATGCA  686

seq1  TTAACATGCTTACGAGGGCATATGCAATGTGCTTGACTTGAAGACATAGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATGCTTACGAGGGCATATGCAATGTGCTTGACTTGAAGACATAGG  736

seq1  GCTCAGTGGAAGACAGAAAGGTAGTTTCTGTTATTGTTTTAACCTTGCCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTGGAAGACAGAAAGGTAGTTTCTGTTATTGTTTTAACCTTGCCT  786

seq1  TGTAGGTGGAGATTTTAAATTGAAGTTCTACCATTTCAGATGGTAACAAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTGGAGATTTTAAATTGAAGTTCTACCATTTCAGATGGTAACAAG  836

seq1  CACATAATAATTTTGTTGTGCAGTTTTCAGATCATTTAATACTAATTTCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAATAATTTTGTTGTGCAGTTTTCAGATCATTTAATACTAATTTCA  886

seq1  TATGCTCTAATTGTTTGTTTGCCTAAATCTGGAATGCATACACCTTATTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTCTAATTGTTTGTTTGCCTAAATCTGGAATGCATACACCTTATTT  936

seq1  CTCTCTGTGAATATAAATACATTAATGCATTCAAGGTTGATTGTAACTCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGTGAATATAAATACATTAATGCATTCAAGGTTGATTGTAACTCA  986

seq1  CTGGATAACCCAGCATTCTAATAAGTTTTTAGTAAGCAAAGATGGATGTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATAACCCAGCATTCTAATAAGTTTTTAGTAAGCAAAGATGGATGTC  1036

seq1  CTTGAGATGCTTAATGAGTCATAGTCATTTAAAAGGCTGTGCATATTCTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGATGCTTAATGAGTCATAGTCATTTAAAAGGCTGTGCATATTCTG  1086

seq1  AATATGAAGATTTGAATATAACAGGGTAGTATTTAGTTATAGGAGTGCGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAAGATTTGAATATAACAGGGTAGTATTTAGTTATAGGAGTGCGA  1136

seq1  GGGAGCAGTGAATTC  1162
      |||||||||||||||
seq2  GGGAGCAGTGAATTC  1151


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |