BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257M01
Chromosome17 (Build37)
Map Location 45,060,455 - 45,239,677
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSupt3h
Upstream geneDscr1l1, Enpp5, Enpp4, Clic5, Runx2, 4930564C03Rik
Downstream geneEG210562, EG668314, Cdc5l, Spats1, EG668319, Aars2, Tcte1, Gm323, Nfkbie, Slc35b2, Hsp90ab1, Slc29a1, EG653016, Capn11, Tmem63b, Mrpl14, LOC100043363, Vegfa
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257M01.bB6Ng01-257M01.g
ACCGA063369GA063370
length1,1351,111
definitionB6Ng01-257M01.b B6Ng01-257M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,060,455 - 45,061,596)(45,238,563 - 45,239,677)
sequence
gaattcacttgactgtaacgaaaatatctacaactggtatagagttctca
gatgccattcagctctctctaatgtcaatatctcatataacagttatgaa
aacctgtaaataatcctgccacaataccttcacagccttatttgaattcc
atcttccttggcactaatcccagtttcttttcagaagtgcagtgaaggct
cccacattggctgatagactattgttgccttgtcgcggctgtctctttct
gtctctgctttagcttcagtacctcctgacctttcgtgatctgaacattt
ccaagaagcagcgtgtgcttctgttctattgctcttctcttacagtagaa
tgtggtcccacattctgaacaagattgttggggaagtgatgggatctatt
cagtgtggcatgtcaagggtatcctgtcttgttactgatacttcttattg
tgcccatttcttggatcaccctttggaggtgctatatgctgagttatttt
gctgtgtaggtttgcttgtttggttggtgggctttttgcatgtttagtgc
ctatagttgtactgagctatactccaaacccacattggtgttattttaga
tatttaggctaggttagtaaaatatactgggacatatagttttatagcta
tgtaatattttcttttccagagtacatttcaactatgaaccttatagctc
atcaagaaattttataaaattattactctagtgtctgcataggagtgact
tttccaggctctcctatttatcactcctattcttcttaactgaagagctg
tcttcttccccatgtttgttatttcctgggtgccattacccagtgttacc
cttgttattactcaggattactcagctagttaagtgctgaccaggggctg
cacatccatttctcagctaacgcgtgtcccaaatacattatgaccccaac
acttcatctgtagtatatggagcaaagataccttacagtgtgttaatttt
atcagttttaaaagtttgctatcagagattttgtttggcttgaaatactt
acttaacatatggatctttattatgttgaatttgaatcacgagtcagttt
gcataagtggaatttaaagataatcacttggaatt
gaattctcagctactgtaggctacttagtgagatccaggctagtgagaaa
cctatacacaaccacgccccccaccccccacagagaaagagagggagagg
gagagaatgaacttagggtctaggttgatttagaagtatcctgtgccttt
ggaggtaaagcaagggctgcagaggtcgtagcatggcaacatcattaata
ggaccttaagattcattctttgtccttaaatagctgctttcagaatctgc
tgtgatcatgcaacagacagtatttctcagtgaatatcctaacatgaaca
tctgatgaacttagtgctcacagaacagcttctccccagacaactaatga
ttccttctgtgtaatgtttctcacctgaagctgtctacagattactctct
gtgttttccttcccagatgctgagatgccaccctgaagggactcagctag
gtcactagccacaacatagacaaaggcatttggaaaatcagcccatgaaa
ctaagttgaataaaccctttgcaaacagctagaatgaaggcacaatggtt
ggtatctataggccaattttcagcagttgaagacagtaatgcccaaaggg
agtgacccatccatggtgctgtagggagaggctggagggccctggcccag
actgcagctcttcatagacactcctgactctacccagagctatgtatttg
tccttaacagagaaaatagatgtagggaaagaaatattttttgtcttgtt
tttgttccttggttttggttaagagctcttgggagtggaacaaaagcaga
gggagtaggggatgggatttaatgccccaaatagtacagcagggtagttg
ggaagcccctccccagtccctacatttgtctaaggagatgactgccctga
ctgcatatagctttgctttagtacaaaaatctttgaagctctgggacttc
gtatcaaagctattgaatagtttctaaaagataaaacaatgccccctttc
tttgctgctctgttgctgcgttgtgtcaaaagaatgtaattataatgatg
aactgatgttgtctgagacacctttaaattcaagtgaatcatggcctaat
tcattagcaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_45060455_45061596
seq2: B6Ng01-257M01.b_51_1185

seq1  GAATTCACTTGACTGTAACGAAAATATCTACAACTGGTATAGAGTTCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGACTGTAACGAAAATATCTACAACTGGTATAGAGTTCTCA  50

seq1  GATGCCATTCAGCTCTCTCTAATGTCAATATCTCATATAACAGTTATGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCATTCAGCTCTCTCTAATGTCAATATCTCATATAACAGTTATGAA  100

seq1  AACCTGTAAATAATCCTGCCACAATACCTTCACAGCCTTATTTGAATTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTAAATAATCCTGCCACAATACCTTCACAGCCTTATTTGAATTCC  150

seq1  ATCTTCCTTGGCACTAATCCCAGTTTCTTTTCAGAAGTGCAGTGAAGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCTTGGCACTAATCCCAGTTTCTTTTCAGAAGTGCAGTGAAGGCT  200

seq1  CCCACATTGGCTGATAGACTATTGTTGCCTTGTCGCGGCTGTCTCTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATTGGCTGATAGACTATTGTTGCCTTGTCGCGGCTGTCTCTTTCT  250

seq1  GTCTCTGCTTTAGCTTCAGTACCTCCTGACCTTTCGTGATCTGAACATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGCTTTAGCTTCAGTACCTCCTGACCTTTCGTGATCTGAACATTT  300

seq1  CCAAGAAGCAGCGTGTGCTTCTGTTCTATTGCTCTTCTCTTACAGTAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAGCAGCGTGTGCTTCTGTTCTATTGCTCTTCTCTTACAGTAGAA  350

seq1  TGTGGTCCCACATTCTGAACAAGATTGTTGGGGAAGTGATGGGATCTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCCCACATTCTGAACAAGATTGTTGGGGAAGTGATGGGATCTATT  400

seq1  CAGTGTGGCATGTCAAGGGTATCCTGTCTTGTTACTGATACTTCTTATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGGCATGTCAAGGGTATCCTGTCTTGTTACTGATACTTCTTATTG  450

seq1  TGCCCATTTCTTGGATCACCCTTTGGAGGTGCTATATGCTGAGTTATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCATTTCTTGGATCACCCTTTGGAGGTGCTATATGCTGAGTTATTTT  500

seq1  GCTGTGTAGGTTTGCTTGTTTGGTTGGTGGGCTTTTTGCATGTTTAGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTAGGTTTGCTTGTTTGGTTGGTGGGCTTTTTGCATGTTTAGTGC  550

seq1  CTATAGTTGTACTGAGCTATACTCCAAACCCACATTGGTGTTATTTTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTTGTACTGAGCTATACTCCAAACCCACATTGGTGTTATTTTAGA  600

seq1  TATTTAGGCTAGGTTAGTAAAATATACTGGGACATATAGTTTTATAGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGGCTAGGTTAGTAAAATATACTGGGACATATAGTTTTATAGCTA  650

seq1  TGTAATATTTTCTTTTCCAGAGTACATTTCAACTATGAACCTTATAGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATATTTTCTTTTCCAGAGTACATTTCAACTATGAACCTTATAGCTC  700

seq1  ATCAAGAAATTTTATAAAATTATTACTCTAGTGTCTGCATAGGAGTGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAAATTTTATAAAATTATTACTCTAGTGTCTGCATAGGAGTGACT  750

seq1  TTTCCAGGCTCTCCTATTTATCACTCCTATTCTTCTTAACTGAAGAGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGGCTCTCCTATTTATCACTCCTATTCTTCTTAACTGAAGAGCTG  800

seq1  TCTTCTTCCCCATGTTTGTTATTTCCTGGGTGCCATTACCCAGTGTTACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTCCCCATGTTTGTTATTTCCTGGGTGCCATTACCCAGTGTTACC  850

seq1  CTTGTTATTACTCAGGATTACTCAGGCTAGTTAAGTGCTGACCAGGGGCT  900
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTATTACTCAGGATTACTCA-GCTAGTTAAGTGCTGACCAGGGGCT  899

seq1  GCACATCCATTTCTCAGCTAACGCGTGTCCCAAATACATTATGACCCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATCCATTTCTCAGCTAACGCGTGTCCCAAATACATTATGACCCCAA  949

seq1  CACTTCATCTGTAGTATATGGAGCAAAGATACCCTTACAGTGTGTTAATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACTTCATCTGTAGTATATGGAGCAAAGATA-CCTTACAGTGTGTTAATT  998

seq1  TTATCAGTTTTAAAAGTTTGCTATCAGAGATTTTGTTTGGCTTGAAATAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGTTTTAAAAGTTTGCTATCAGAGATTTTGTTTGGCTTGAAATAC  1048

seq1  TTTTACTTTACCATAT-GATCTTTATTTATGTTGAATTTTGAATCACGAG  1099
        |||| ||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  --TTAC-TTAACATATGGATCTTTA-TTATGTTGAA-TTTGAATCACGAG  1093

seq1  TTCCAGTTTGCAT-AGT-GAATTTAAAGAATAATTCACTT-GAATT  1142
      |  |||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||| |||||
seq2  T--CAGTTTGCATAAGTGGAATTTAAAG-ATAA-TCACTTGGAATT  1135

seq1: chr17_45238563_45239677
seq2: B6Ng01-257M01.g_66_1176 (reverse)

seq1  CTTGCTAATGAAATTAAGCCATGATTTCCACTTTGATTTTAA-GTGTCTC  49
      |||||||||| ||||| |||||||||  |||||  |||| || |||||||
seq2  CTTGCTAATG-AATTAGGCCATGATT--CACTTGAATTTAAAGGTGTCTC  47

seq1  AGACCACCATTCAGTTTCATTCATTATAATTACA-TCTTTTGGCCACACG  98
      |||| ||   |||| |||| |||||||||||||| ||||||| |   |||
seq2  AGACAAC--ATCAG-TTCA-TCATTATAATTACATTCTTTTGACACAACG  93

seq1  CAGGCACAGAGCAGCAAAGAAAGGGGGCA-TGTTTTATCTTTTAAGAAAC  147
      |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  CAGCAACAGAGCAGCAAAGAAAGGGGGCATTGTTTTATCTTTT-AGAAAC  142

seq1  TATTCCATAGCTTTGATACGAAGTCCCAGAGCTTCAAAGATTTTTGTACT  197
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAATAGCTTTGATACGAAGTCCCAGAGCTTCAAAGATTTTTGTACT  192

seq1  AAAGCAAAGCTATATGCAGTCAGGGCAGTCATCTCCTTAGACAAATGTAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAAGCTATATGCAGTCAGGGCAGTCATCTCCTTAGACAAATGTAG  242

seq1  GGACTGGGGAGGGGCTT-CCAACTACCCTGCTGTACTATTTGGGGCATTA  296
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGGGAGGGGCTTCCCAACTACCCTGCTGTACTATTTGGGGCATTA  292

seq1  AATCCCATCCCCTACTCCCTCTGCTTTTGTTCCACTCCCAAGAGCTCTTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCATCCCCTACTCCCTCTGCTTTTGTTCCACTCCCAAGAGCTCTTA  342

seq1  ACCAAAACCAAGGAACAAAAACAAGACAAAAAATATTTCTTTCCCTACAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAACCAAGGAACAAAAACAAGACAAAAAATATTTCTTTCCCTACAT  392

seq1  CTATTTTCTCTGTTAAGGACAAATACATAGCTCTGGGTAGAGTCAGGAGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTCTCTGTTAAGGACAAATACATAGCTCTGGGTAGAGTCAGGAGT  442

seq1  GTCTATGAAGAGCTGCAGTCTGGGCCAGGGCCCTCCAGCCTCTCCCTACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGAAGAGCTGCAGTCTGGGCCAGGGCCCTCCAGCCTCTCCCTACA  492

seq1  GCACCATGGATGGGTCACTCCCTTTGGGCATTACTGTCTTCAACTGCTGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCATGGATGGGTCACTCCCTTTGGGCATTACTGTCTTCAACTGCTGA  542

seq1  AAATTGGCCTATAGATACCAACCATTGTGCCTTCATTCTAGCTGTTTGCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGCCTATAGATACCAACCATTGTGCCTTCATTCTAGCTGTTTGCA  592

seq1  AAGGGTTTATTCAACTTAGTTTCATGGGCTGATTTTCCAAATGCCTTTGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTTTATTCAACTTAGTTTCATGGGCTGATTTTCCAAATGCCTTTGT  642

seq1  CTATGTTGTGGCTAGTGACCTAGCTGAGTCCCTTCAGGGTGGCATCTCAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTGTGGCTAGTGACCTAGCTGAGTCCCTTCAGGGTGGCATCTCAG  692

seq1  CATCTGGGAAGGAAAACACAGAGAGTAATCTGTAGACAGCTTCAGGTGAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGGAAGGAAAACACAGAGAGTAATCTGTAGACAGCTTCAGGTGAG  742

seq1  AAACATTACACAGAAGGAATCATTAGTTGTCTGGGGAGAAGCTGTTCTGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTACACAGAAGGAATCATTAGTTGTCTGGGGAGAAGCTGTTCTGT  792

seq1  GAGCACTAAGTTCATCAGATGTTCATGTTAGGATATTCACTGAGAAATAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTAAGTTCATCAGATGTTCATGTTAGGATATTCACTGAGAAATAC  842

seq1  TGTCTGTTGCATGATCACAGCAGATTCTGAAAGCAGCTATTTAAGGACAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTGCATGATCACAGCAGATTCTGAAAGCAGCTATTTAAGGACAA  892

seq1  AGAATGAATCTTAAGGTCCTATTAATGATGTTGCCATGCTACGACCTCTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAATCTTAAGGTCCTATTAATGATGTTGCCATGCTACGACCTCTG  942

seq1  CAGCCCTTGCTTTACCTCCAAAGGCACAGGATACTTCTAAATCAACCTAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTTGCTTTACCTCCAAAGGCACAGGATACTTCTAAATCAACCTAG  992

seq1  ACCCTAAGTTCATTCTCTCCCTCTCCCTCTCTTTCTCTGTGGGGGGTGGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAAGTTCATTCTCTCCCTCTCCCTCTCTTTCTCTGTGGGGGGTGGG  1042

seq1  GGGCGTGGTTGTGTATAGGTTTCTCACTAGCCTGGATCTCACTAAGTAGC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGTGGTTGTGTATAGGTTTCTCACTAGCCTGGATCTCACTAAGTAGC  1092

seq1  CTACAGTAGCTGAGAATTC  1115
      |||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTAGCTGAGAATTC  1111