BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259F07
Chromosome17 (Build37)
Map Location 90,106,188 - 90,202,150
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGtf2a1lf, Lhcgr, LOC668867, Fshr, LOC100043904
Downstream geneLOC100043906, Nrxn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259F07.bB6Ng01-259F07.g
ACCGA064538GA064539
length1,1631,105
definitionB6Ng01-259F07.b B6Ng01-259F07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,200,982 - 90,202,150)(90,106,188 - 90,107,294)
sequence
gaattcttccaaggagctcctaaatgttaagcagaattctatgatcatac
agtgtataaaaaggaacatgaagagcacttggcaatctgaatgagaactg
ggaaaagtgactcagaaaatgaagaacaaagtgtggtgtatatgtctaaa
aattatataataaaatctaccactttggatggtaatataaaattaattaa
aggttaaaatttttaaatgtgaaaaaaataagcatgtcaaatatttctca
gacattcaaactatcactctgagagtatggcatggaagtggataagattt
ttaaaacgattaaattgtttaagtgagaaattaacctcagaataaaattg
taaaagcaatgaaagaaaatgaggccagttgggtcctcctggagcacagc
cagcagaggtgagctgcctgcagtcccctgacatttagtgtctggctctc
agctcacccttccatgccaagaagcctttggaaacccaagagcatcctgc
ttccctgtagaggcctctgtgggcttaaggaacaaccaactggaaacctg
accagcaatcacttgccagctgggtccacctggggcacagcaagtatagg
taagctgtgcactgcacactaacccccattgtatgacacatacatatttc
ttcctcctttctgaggaggcctgctggcgtgaaaatcaaccatccaacac
ccagagcaagcatatggctaaaggctagcataaaaacaccatcaagaaga
gctaaggcaagaagatagcaccaaagcccagctatcaagccttggatatc
ctaacacacttgaagtacaagaaaatgatcctaaattcaatctttttaaa
ttaattaattaattaattaattaaatgtgtgtgagtatattgtcactctc
ttcagacataccagaagtgggcatcgaatgccattacagatagatggttg
tggttgctgggaagtgaactcaggacctctggaagagagtcagtgttctt
actgtttaaccatcttctccagcccctaaattcaatcttagaaatctgat
agagaccttttaaagaagaaatgaataatccttagtcaatacagggaaat
attattcaacaggcatgaaataaaatgttccaggatcttgaaatgaaaat
aagcagaaaagat

gaattctctatgtagaccaggctggcctcgaactaaaaaatctgcctgcc
tctgcctcccaagtgctggtattaaaggcgtgcgccaccactgcccggca
taaatctccaagttgtaaatgggtttaaaacactaacgttcacttttact
ggagatgttattccaaaagtccacttgatatgggacccaataaacatttt
taattataacttatgggtttttgtttggttggttataatttacttatgta
tttataccccaaatgatgcctactctcatttgaagggtaccaaggaattt
acccatttagtgatattactatcagtgtaacaatgagacacctagctcta
tttgcctagatgtttctctagggaaaatggggaagagcaaatgacttgaa
aagcatagggcaggattctaagtagaggacaatggcagacttctagttca
aatgaaattaagtgtaaagctgcaaggaccattccagtgtaagtaaaagg
aaagatgtgatttcctgagtgtgtttaggattttcacactcccttgagtt
accaaaatattaatgagaataatgcatcaattctagattgctctcggaca
cagaactttgaatgtgagttttgatttgacttgtgcaagtatggggaatc
tgagacccagtattcaggcaaatatcccagagtaaaggctgaatcataag
agcactgtgttcaaagtatatatcccttcctattggcttaattagtgatc
accaaaacactcaacttcagtccttgacttcagtcattcaagtattttta
aattatatgataataaaatgaccacaaattaatagcacaagcatactcaa
atagtgtttatgatgttgttctataaggtactcttttaaaggtttaatta
ttatctttaagtgacatcattttattaaataatacctgtcaatgtttgaa
tacaaaagatgtggagaagaacaggagaatttgacattaaatgaaaaaaa
tggttgttttttagatatcagaaataaataaatggattttgagaagtgga
gattgttagcatattttaagttgtatgtatgattaactgatttatggtag
gataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_90200982_90202150
seq2: B6Ng01-259F07.b_44_1206 (reverse)

seq1  ATCTTTTCTGCTTTTATTTTCATTTTCAGATCTTGGACATTTTTATTTTC  50
      |||||||||||  ||||||||||||  ||||| ||||   ||||| ||||
seq2  ATCTTTTCTGC--TTATTTTCATTTCAAGATCCTGGAACATTTTA-TTTC  47

seq1  ATTGCCTGTTTGATTATATTTTCCTGTATTTGACTAAGGATTTATTCATT  100
      | ||||||||  || |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  A-TGCCTGTTGAATAATATTTCCCTGTA-TTGACTAAGGA-TTATTCATT  94

seq1  TCTTCTTT-AAAGGTCTCTATCAGATTTCTAAGATTGAATTTAGGGGCTG  149
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTAAAAGGTCTCTATCAGATTTCTAAGATTGAATTTAGGGGCTG  144

seq1  GAG-AGATGGTTAAACAGTTAAGAACACTGACTCTTCTTCCAGAGGTCCT  198
      ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAGAAGATGGTTAAACAG-TAAGAACACTGACTC-TCTTCCAGAGGTCCT  192

seq1  GAGTTCACTTCCCAGCAACCACAACCATCTATCTGTAATGGCATTCGATG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCACTTCCCAGCAACCACAACCATCTATCTGTAATGGCATTCGATG  242

seq1  CCCACTTCTGGTATGTCTGAAGAGAGTGACAATATACTCACACACATTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTCTGGTATGTCTGAAGAGAGTGACAATATACTCACACACATTTA  292

seq1  ATTAATTAATTAATTAATTAATTTAAAAAGATTGAATTTAGGATCATTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTAATTAATTAATTAATTTAAAAAGATTGAATTTAGGATCATTTT  342

seq1  CTTGTACTTCAAGTGTGTTAGGATATCCAAGGCTTGATAGCTGGGCTTTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTACTTCAAGTGTGTTAGGATATCCAAGGCTTGATAGCTGGGCTTTG  392

seq1  GTGCTATCTTCTTGCCTTAGCTCTTCTTGATGGTGTTTTTATGCTAGCCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATCTTCTTGCCTTAGCTCTTCTTGATGGTGTTTTTATGCTAGCCT  442

seq1  TTAGCCATATGCTTGCTCTGGGTGTTGGATGGTTGATTTTCACGCCAGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCATATGCTTGCTCTGGGTGTTGGATGGTTGATTTTCACGCCAGCA  492

seq1  GGCCTCCTCAGAAAGGAGGAAGAAATATGTATGTGTCATACAATGGGGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCCTCAGAAAGGAGGAAGAAATATGTATGTGTCATACAATGGGGGT  542

seq1  TAGTGTGCAGTGCACAGCTTACCTATACTTGCTGTGCCCCAGGTGGACCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGCAGTGCACAGCTTACCTATACTTGCTGTGCCCCAGGTGGACCC  592

seq1  AGCTGGCAAGTGATTGCTGGTCAGGTTTCCAGTTGGTTGTTCCTTAAGCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCAAGTGATTGCTGGTCAGGTTTCCAGTTGGTTGTTCCTTAAGCC  642

seq1  CACAGAGGCCTCTACAGGGAAGCAGGATGCTCTTGGGTTTCCAAAGGCTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGGCCTCTACAGGGAAGCAGGATGCTCTTGGGTTTCCAAAGGCTT  692

seq1  CTTGGCATGGAAGGGTGAGCTGAGAGCCAGACACTAAATGTCAGGGGACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCATGGAAGGGTGAGCTGAGAGCCAGACACTAAATGTCAGGGGACT  742

seq1  GCAGGCAGCTCACCTCTGCTGGCTGTGCTCCAGGAGGACCCAACTGGCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCAGCTCACCTCTGCTGGCTGTGCTCCAGGAGGACCCAACTGGCCT  792

seq1  CATTTTCTTTCATTGCTTTTACAATTTTATTCTGAGGTTAATTTCTCACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTTTCATTGCTTTTACAATTTTATTCTGAGGTTAATTTCTCACT  842

seq1  TAAACAATTTAATCGTTTTAAAAATCTTATCCACTTCCATGCCATACTCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAATTTAATCGTTTTAAAAATCTTATCCACTTCCATGCCATACTCT  892

seq1  CAGAGTGATAGTTTGAATGTCTGAGAAATATTTGACATGCTTATTTTTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGATAGTTTGAATGTCTGAGAAATATTTGACATGCTTATTTTTTT  942

seq1  CACATTTAAAAATTTTAACCTTTAATTAATTTTATATTACCATCCAAAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTAAAAATTTTAACCTTTAATTAATTTTATATTACCATCCAAAGT  992

seq1  GGTAGATTTTATTATATAATTTTTAGACATATACACCACACTTTGTTCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGATTTTATTATATAATTTTTAGACATATACACCACACTTTGTTCTT  1042

seq1  CATTTTCTGAGTCACTTTTCCCAGTTCTCATTCAGATTGCCAAGTGCTCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTGAGTCACTTTTCCCAGTTCTCATTCAGATTGCCAAGTGCTCT  1092

seq1  TCATGTTCCTTTTTATACACTGTATGATCATAGAATTCTGCTTAACATTT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCCTTTTTATACACTGTATGATCATAGAATTCTGCTTAACATTT  1142

seq1  AGGAGCTCCTTGGAAGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTCCTTGGAAGAATTC  1163


seq1: chr17_90106188_90107294
seq2: B6Ng01-259F07.g_66_1170

seq1  GAATTCTCTATGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTAAAAAATCTGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTAAAAAATCTGCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGTATTAAAGGCGTGCGCCACCACTGCCCGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGTATTAAAGGCGTGCGCCACCACTGCCCGGCA  100

seq1  TAAATCTCCAAGTTGTAAATGGGTTTAAAACACTAACGTTCACTTTTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTCCAAGTTGTAAATGGGTTTAAAACACTAACGTTCACTTTTACT  150

seq1  GGAGATGTTATTCCAAAAGTCCACTTGATATGGGACCCAATAAACATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGTTATTCCAAAAGTCCACTTGATATGGGACCCAATAAACATTTT  200

seq1  TAATTATAACTTATGGGTTTTTGTTTGGTTGGTTATAATTTACTTATGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATAACTTATGGGTTTTTGTTTGGTTGGTTATAATTTACTTATGTA  250

seq1  TTTATACCCCAAATGATGCCTACTCTCATTTGAAGGGTACCAAGGAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACCCCAAATGATGCCTACTCTCATTTGAAGGGTACCAAGGAATTT  300

seq1  ACCCATTTAGTGATATTACTATCAGTGTAACAATGAGACACCTAGCTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATTTAGTGATATTACTATCAGTGTAACAATGAGACACCTAGCTCTA  350

seq1  TTTGCCTAGATGTTTCTCTAGGGAAAATGGGGAAGAGCAAATGACTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTAGATGTTTCTCTAGGGAAAATGGGGAAGAGCAAATGACTTGAA  400

seq1  AAGCATAGGGCAGGATTCTAAGTAGAGGACAATGGCAGACTTCTAGTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATAGGGCAGGATTCTAAGTAGAGGACAATGGCAGACTTCTAGTTCA  450

seq1  AATGAAATTAAGTGTAAAGCTGCAAGGACCATTCCAGTGTAAGTAAAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAATTAAGTGTAAAGCTGCAAGGACCATTCCAGTGTAAGTAAAAGG  500

seq1  AAAGATGTGATTTCCTGAGTGTGTTTAGGATTTTCACACTCCCTTGAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGTGATTTCCTGAGTGTGTTTAGGATTTTCACACTCCCTTGAGTT  550

seq1  ACCAAAATATTAATGAGAATAATGCATCAATTCTAGATTGCTCTCGGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAATATTAATGAGAATAATGCATCAATTCTAGATTGCTCTCGGACA  600

seq1  CAGAACTTTGAATGTGAGTTTTGATTTGACTTGTGCAAGTATGGGGAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTTTGAATGTGAGTTTTGATTTGACTTGTGCAAGTATGGGGAATC  650

seq1  TGAGACCCAGTATTCAGGCAAATATCCCAGAGTAAAGGCTGAATCATAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCCAGTATTCAGGCAAATATCCCAGAGTAAAGGCTGAATCATAAG  700

seq1  AGCACTGTGTTCAAAGTATATATCCCTTCCTATTGGCTTAATTAGTGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGTGTTCAAAGTATATATCCCTTCCTATTGGCTTAATTAGTGATC  750

seq1  ACCAAAACACTCAACTTCAGTCCTTGACTTCAGTCATTCAAGTATTTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAACACTCAACTTCAGTCCTTGACTTCAGTCATTCAAGTATTTTTA  800

seq1  AATTATATGATAATAAAATGACCACAAATTAATAGCACAAGCATACTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATGATAATAAAATGACCACAAATTAATAGCACAAGCATACTCAA  850

seq1  ATAGTGTTTATGATGTTGTTCTATAAGGTACTCTTTTAAAGGTTTAATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGTTTATGATGTTGTTCTATAAGGTACTCTTTTAAAGGTTTAATTA  900

seq1  TTATCTTTAAGTGACATCATTTTATTAAATAATACCTGTCAATGTTTGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTAAGTGACATCATTTTATTAAATAATACCTGTCAATGTTTGAA  950

seq1  TACAAAAGATGTGGAGAAGAACAGGAGAATTTGACATTAAATGAAAAAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAAGATGTGGAGAAGAACAGGAGAATTTGACATTAAATGAAAAAAA  1000

seq1  TGGTTGTTTTTTAAGATATCAAGAAATAATAAAATGAATTTTGAGAAAGT  1050
      |||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||| |||||||| ||||
seq2  TGGTTGTTTTTT-AGATATC-AGAAATAAATAAATGGATTTTGAG-AAGT  1047

seq1  GGAGATTG-TAGCATATTTTAGGTTGTATGTTATGATTAACTGATTTATT  1099
      |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  GGAGATTGTTAGCATATTTTAAGTTGTATG-TATGATTAACTGATTTATG  1096

seq1  GTA-GATAA  1107
      ||| |||||
seq2  GTAGGATAA  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |