BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259M20
Chromosome17 (Build37)
Map Location 90,710,236 - 90,889,176
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn1
Upstream geneLOC100043904, LOC100043906
Downstream geneEG668871, LOC668872, LOC627235
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259M20.bB6Ng01-259M20.g
ACCGA064890GA064891
length1,1791,062
definitionB6Ng01-259M20.b B6Ng01-259M20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,887,981 - 90,889,176)(90,710,236 - 90,711,300)
sequence
gaattcacaaatgggacctcataaaattgaaaaacttctgtaaggcacag
gatactgtcaataagaccaaatggcaaccaacagattggggaaagatctt
tactaatcctaaatcctgtagagtgctattatccaatatatataaagaac
tcaagaagttggacttcagaaaaacaaataacctttcctatttaaaaaaa
atggggtacagagctaaacagagaattctcaattaaggaataacgaatgg
ctgagaagcacctaaaaaaaagttcaacatccttactcatcagggaaatg
ctaatcagaacccattttctaatgccattaagaaaagtcacagactccct
gaagagaggcttaagaccatgcactttagctgtcaaatacttgttcatac
tgttcttaacacttttgcatttaacagagtaactgaatagaactcaactt
cgcactcatgtatctgtctgacagaagttcattacataagtttgagtaag
tagaaaatgtaaatgataaagaaacctacatgtattttaaaggaccactg
ctacttaatactgttaaagacatacagacatgaccactgttatgcttatt
cacctttctccccagtgctggtgccatgagcacaccaggaacaatgtcac
atgaagaacagaaaacattcaattgacaatagtttaataaaaaatggttt
ttactcatttagacaagattgttttattattcttacttcaaagggggctt
ttcttttataatatgtgaaaaatgcagacaggactgtacttattattagg
ggactttctctccaaccatacactgtcttttcatattccttgtataaaat
atcttgtatcttcaacaactgactattctgtagattcatgggtaaaaagt
attaattgagaaagtatggaaacacaagatgaatccagccctatttgact
ggtgtgacaacgtgaagttgtatgggtttgttcctttcacaagaacttta
tttaggtagtatctagaaaatcacaagtctcaatttggcactataaatga
gaggaatagtgtaatacatgttacaggagcatggacagaactctgcattc
tgctctgcccagtcctagtgccagatgactagaggcgatgaaatctggga
gtcactgaggcgtgcctgcctgcctcata

gaattctctgttgtccatgttacttgtgtcaggactgagaagcagtgatt
gaggagagagatttatattggaggagggtttatatttatggacaagccca
ccttaatcagaacgggttaggaagggaattacagcccagcacaggctgtg
gtactggagtgaaagagtgagaattttttgcatggaattttaaaaggtat
gtttgcattgatgtaattaagttaccagcaatgacagaatatgtttctat
gtatagcattttataactgggctataaaattgcatatttaactaaaactg
gacagttttttgaatagaaattatttttcaaacatcattaatattcttca
cctcctccttaatgaatatcaaatgaatattaaaaacttgaatatgattt
tacttctaccagttacctcatcacgttcttaaagatatttacaagtaaat
ttatagcaaataataagtagatattaatcacttcacaaatattaatcata
attcttccagataagagaaacagtcaccttccatataagagtgagaatca
agagctcacatttcactgagtggcactctttctccatcattgcaaagtgc
tctcagccaacatcgattatcctcaagtatttatttaacatgtaaatatt
tacactaaaatacatagcccactgagaatagagaagatcaaagattagga
tataaaggaatagagattaggataacccagtgataaccacattgtctagc
taaaagatgtaggtattcctatacaatgacctctgggaataagtcaccta
gatgaaattcaaggacaactacaataatgatagttcaaaacatagaagtg
ctccaaaatttcagtcttcaaaaaaacacttttcactgaaatccttaaga
agtagtgtctctctcttctgttacataatagatgtgatacagttcttaca
acatggctgatatagctgcttctggatatgaacgtatctaattctgctaa
gaccccatgagatgtgtaacatatgtagtctccaatttatagtaaaactg
aaagaatgcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_90887981_90889176
seq2: B6Ng01-259M20.b_47_1225 (reverse)

seq1  TATGAGGCAGGCAGGCA-GCCTCCAGGTGAACTCCAGTATTTTCATCTGC  49
      ||||||||||||||||| |||||   ||||   ||||   ||||||| ||
seq2  TATGAGGCAGGCAGGCACGCCTC--AGTGACTCCCAG--ATTTCATC-GC  45

seq1  TTCTAGTTCATTCTGTGCCACTAGGGACTGGGCAAGGAGCAGAATGCAGA  99
       ||||| |||   | || ||||| ||||||||||  ||||||||||||||
seq2  CTCTAG-TCA---TCTGGCACTA-GGACTGGGCA--GAGCAGAATGCAGA  88

seq1  GTTCTGTCCATGCTCCTTGTAACATTGTATTACAACTATTCTCTTCATTT  149
      |||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||   ||||||
seq2  GTTCTGTCCATGCTCC-TGTAACA-TGTATTAC-ACTATTCCTCTCATTT  135

seq1  ATAGTTGGCAAAATTGAGACTTGGTGATTTTCTAGATACTACCTAAATAA  199
      |||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGT--GCCAAATTGAGACTT-GTGATTTTCTAGATACTACCTAAATAA  182

seq1  AGTTCTTTGTGAAAGGAACAAACCCATACAACTTCACGTTGTCACACCAG  249
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTC-TTGTGAAAGGAACAAACCCATACAACTTCACGTTGTCACACCAG  231

seq1  TCAAATAGGGCTGGATTCATCTTGTGTTTCCATACTTTCTCAATTAATAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAGGGCTGGATTCATCTTGTGTTTCCATACTTTCTCAATTAATAC  281

seq1  TTTTTACCCATGAATCTACAGAATAGTCAGTTGTTGAAGATACAAGATAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACCCATGAATCTACAGAATAGTCAGTTGTTGAAGATACAAGATAT  331

seq1  TTTATACAAGGAATATGAAAAGACAGTGTATGGTTGGAGAGAAAGTCCCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACAAGGAATATGAAAAGACAGTGTATGGTTGGAGAGAAAGTCCCC  381

seq1  TAATAATAAGTACAGTCCTGTCTGCATTTTTCACATATTATAAAAGAAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATAAGTACAGTCCTGTCTGCATTTTTCACATATTATAAAAGAAAA  431

seq1  G-CCCCTTTGAAGTAAGAATAATAAAACAATCTTGTCTAAATGAGTAAAA  498
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCTTTGAAGTAAGAATAATAAAACAATCTTGTCTAAATGAGTAAAA  481

seq1  ACCATTTTTTATTAAACTATTGTCAATTGAATGTTTTCTGTTCTTCATGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTTTTTATTAAACTATTGTCAATTGAATGTTTTCTGTTCTTCATGT  531

seq1  GACATTGTTCCTGGTGTGCTCATGGCACCAGCACTGGGGAGAAAGGTGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGTTCCTGGTGTGCTCATGGCACCAGCACTGGGGAGAAAGGTGAA  581

seq1  TAAGCATAACAGTGGTCATGTCTGTATGTCTTTAACAGTATTAAGTAGCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATAACAGTGGTCATGTCTGTATGTCTTTAACAGTATTAAGTAGCA  631

seq1  GTGGTCCTTTAAAATACATGTAGGTTTCTTTATCATTTACATTTTCTACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCTTTAAAATACATGTAGGTTTCTTTATCATTTACATTTTCTACT  681

seq1  TACTCAAACTTATGTAATGAACTTCTGTCAGACAGATACATGAGTGCGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAAACTTATGTAATGAACTTCTGTCAGACAGATACATGAGTGCGAA  731

seq1  GTTGAGTTCTATTCAGTTACTCTGTTAAATGCAAAAGTGTTAAGAACAGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTTCTATTCAGTTACTCTGTTAAATGCAAAAGTGTTAAGAACAGT  781

seq1  ATGAACAAGTATTTGACAGCTAAAGTGCATGGTCTTAAGCCTCTCTTCAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAAGTATTTGACAGCTAAAGTGCATGGTCTTAAGCCTCTCTTCAG  831

seq1  GGAGTCTGTGACTTTTCTTAATGGCATTAGAAAATGGGTTCTGATTAGCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTGTGACTTTTCTTAATGGCATTAGAAAATGGGTTCTGATTAGCA  881

seq1  TTTCCCTGATGAGTAAGGATGTTGAACTTTTTTTTAGGTGCTTCTCAGCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGATGAGTAAGGATGTTGAACTTTTTTTTAGGTGCTTCTCAGCC  931

seq1  ATTCGTTATTCCTTAATTGAGAATTCTCTGTTTAGCTCTGTACCCCATTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGTTATTCCTTAATTGAGAATTCTCTGTTTAGCTCTGTACCCCATTT  981

seq1  TTTTTAAATAGGAAAGGTTATTTGTTTTTCTGAAGTCCAACTTCTTGAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAATAGGAAAGGTTATTTGTTTTTCTGAAGTCCAACTTCTTGAGT  1031

seq1  TCTTTATATATATTGGATAATAGCACTCTACAGGATTTAGGATTAGTAAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATATATATTGGATAATAGCACTCTACAGGATTTAGGATTAGTAAA  1081

seq1  GATCTTTCCCCAATCTGTTGGTTGCCATTTGGTCTTATTGACAGTATCCT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTTCCCCAATCTGTTGGTTGCCATTTGGTCTTATTGACAGTATCCT  1131

seq1  GTGCCTTACAGAAGTTTTTCAATTTTATGAGGTCCCATTTGTGAATTC  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTTACAGAAGTTTTTCAATTTTATGAGGTCCCATTTGTGAATTC  1179


seq1: chr17_90710236_90711300
seq2: B6Ng01-259M20.g_66_1127

seq1  GAATTCTCTGTTGTCCATGTTACTTGTGTCAGGACTGAGAAGCAGTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTGTCCATGTTACTTGTGTCAGGACTGAGAAGCAGTGATT  50

seq1  GAGGAGAGAGATTTATATTGGAGGAGGGTTTATATTTATGGACAAGCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGAGATTTATATTGGAGGAGGGTTTATATTTATGGACAAGCCCA  100

seq1  CCTTAATCAGAACGGGTTAGGAAGGGAATTACAGCCCAGCACAGGCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATCAGAACGGGTTAGGAAGGGAATTACAGCCCAGCACAGGCTGTG  150

seq1  GTACTGGAGTGAAAGAGTGAGAATTTTTTGCATGGAATTTTAAAAGGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGAGTGAAAGAGTGAGAATTTTTTGCATGGAATTTTAAAAGGTAT  200

seq1  GTTTGCATTGATGTAATTAAGTTACCAGCAATGACAGAATATGTTTCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCATTGATGTAATTAAGTTACCAGCAATGACAGAATATGTTTCTAT  250

seq1  GTATAGCATTTTATAACTGGGCTATAAAATTGCATATTTAACTAAAACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGCATTTTATAACTGGGCTATAAAATTGCATATTTAACTAAAACTG  300

seq1  GACAGTTTTTTGAATAGAAATTATTTTTCAAACATCATTAATATTCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTTTTTGAATAGAAATTATTTTTCAAACATCATTAATATTCTTCA  350

seq1  CCTCCTCCTTAATGAATATCAAATGAATATTAAAAACTTGAATATGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCTTAATGAATATCAAATGAATATTAAAAACTTGAATATGATTT  400

seq1  TACTTCTACCAGTTACCTCATCACGTTCTTAAAGATATTTACAAGTAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTACCAGTTACCTCATCACGTTCTTAAAGATATTTACAAGTAAAT  450

seq1  TTATAGCAAATAATAAGTAGATATTAATCACTTCACAAATATTAATCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCAAATAATAAGTAGATATTAATCACTTCACAAATATTAATCATA  500

seq1  ATTCTTCCAGATAAGAGAAACAGTCACCTTCCATATAAGAGTGAGAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCCAGATAAGAGAAACAGTCACCTTCCATATAAGAGTGAGAATCA  550

seq1  AGAGCTCACATTTCACTGAGTGGCACTCTTTCTCCATCATTGCAAAGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCACATTTCACTGAGTGGCACTCTTTCTCCATCATTGCAAAGTGC  600

seq1  TCTCAGCCAACATCGATTATCCTCAAGTATTTATTTAACATGTAAATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCCAACATCGATTATCCTCAAGTATTTATTTAACATGTAAATATT  650

seq1  TACACTAAAATACATAGCCCACTGAGAATAGAGAAGATCAAAGATTAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTAAAATACATAGCCCACTGAGAATAGAGAAGATCAAAGATTAGGA  700

seq1  TATAAAGGAATAGAGATTAGGATAACCCAGTGATAACCACATTGTCTAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGGAATAGAGATTAGGATAACCCAGTGATAACCACATTGTCTAGC  750

seq1  TAAAAGATGTAGGTATTCCTATACAATGACCTCTGGGAATAAGTCACCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGATGTAGGTATTCCTATACAATGACCTCTGGGAATAAGTCACCTA  800

seq1  GATGAAATTCAAGGACAACTACAATAATGATAGTTCAAAACATAGAAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAATTCAAGGACAACTACAATAATGATAGTTCAAAACATAGAAGTG  850

seq1  CTCCAAAATTTCAGTCTTCAAAAAAACACTTTTCACTGAAATCCTTAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAATTTCAGTCTTCAAAAAAACACTTTTCACTGAAATCCTTAAGA  900

seq1  AGTAGTGTCTCTCTCTTCTGTTAACATAATAGATGTTGATACAGTTCTTA  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGTAGTGTCTCTCTCTTCTGTT-ACATAATAGATG-TGATACAGTTCTTA  948

seq1  CAACATGGCTGATTATAGCTGCCTTCTGGATATGAACGTATCTAATTCTG  1000
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGGCTGA-TATAGCTG-CTTCTGGATATGAACGTATCTAATTCTG  996

seq1  CTAAAGACCCCATGAGATGTGT-ACATATGTAGTCTCCATTTTATAGTAA  1049
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CT-AAGACCCCATGAGATGTGTAACATATGTAGTCTCCAATTTATAGTAA  1045

seq1  AACTGAAAG-ATGCAGA  1065
      ||||||||| |||||||
seq2  AACTGAAAGAATGCAGA  1062


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |