BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261O19
Chromosome17 (Build37)
Map Location 51,545,874 - 51,694,357
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043451, LOC100043452
Upstream genePlcl2, EG654432, Tbc1d5
Downstream geneSatb1, EG628919, LOC672987, EG328839
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261O19.bB6Ng01-261O19.g
ACCGA066475GA066476
length1,1491,143
definitionB6Ng01-261O19.b B6Ng01-261O19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,545,874 - 51,547,016)(51,693,208 - 51,694,357)
sequence
gtgatatcatggggatgtatgtagcagttctatggaggtgtaccatatgg
gttagcagttctatggaggtgtaccatatgggttagcatggtgtggcaag
ggttgaatgaggctgagagatggaaaaggatcttcagagaccaagagtta
gttgatttgttagaggagaatactcattgagaggggacacttaaatgagc
aagaagacgagcattttaggggcagagccaatgataccttgacttgttta
aacataaactctatatttgattgacagactttcctgctccaggtacagat
gaactgctatttagttttcttttaaaggttctcttacacttatatacttg
cacttgcatggactggtctacacaccacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacactcaacacaaaataagatgaaacggttgtggtaaa
tcacactcaactcaaagatttgcttcccatactgcagaaatgtagaagtc
caacgttaagagtaataaaaatttatgaagtgacaagttggacacgggtg
ggtttatctgagggttcaggggtcttattttaaggccagagcccccaggt
gctcttcttcctctttgcaagtgacagttgtggttgcgcaaggacttggg
ctgtccctggtgaactgttaaccaggctggaacaagcagccacatgtgcc
tgtggatttcctctcagctctactgaggaggcagcagatggtgttggggg
gagcatggtggctgttggctgggccagcttttgagtagtgctaattctga
cttccgccctccatcttccacacattgtttttgatttctgtctgataatt
ctcctttggacacacattttgtctgggggaaggggttgggacagatgggt
ctctagaactggacgtcatcctacttttcaatgactcctaatcggaggat
gctttatacttgggtctttggggagcatcagaggccacttacttttcccc
atttgtactgaataaaaagctcactggtgacacaaatgaattagaacagc
caatgttaacctctttaggtcactgccaatctgaagaaggttctttaact
gctttcctcttgatgaaacacccatacatcattgatctgaacttgattg

gaattcaaaatgggaaaccttcaagttcacactcacatttgaggatacct
ttccttcctctctgactagcctttaaaactttcaagggttctgggtttgg
tctccaccagcaagcagggttgggcgggctttcgcaatagtcatgaaaat
ctacccacaggttttgaatgttagggggcagagggaagaggggacacaca
caagtacacaaaaggcccttttgtaattgagggtgaattggttcttgtgc
aggcacagttgtttgggtgtgagtgaaacagcctgggtctctgcagcctc
tattcagaaatgcactgcatgcaaataggtgcttgacagaacactgagct
aggtgttgagtagggtggagcctgtgtcaaaagactacaacccactgggc
ttgtgggaaggctgggctgagacacctagataacagcaagagagaaaatg
cagtcatgtttacgctaaagtaagtcaaatacatttgcttatctgaccat
tgtgctaaagttaaaaatggctgggaaaagtcccttgaaacacttattct
tcctggccaaatgagaacgaaggaagaaaaaaaatccaggtacagataat
attcagttaagaataaagaattcttgtgggtgctgggcttggtggtgtag
gctgagacaggagtatcacacattcaagagcagggttatagagaatttat
gagtgggaggtaaatgtctgagtgaggaaataaaggtccctgggactgtg
actgtggagtcccagcttcaagtcacattcttcccaagctctcccaggtc
accccctgaaaagaccatcaggaaagaagagacaaagacaggagatcgaa
cactaggggaaaggaacaggagagggaaaggcgatatttgtcccaacaag
gacaaagaactgcttctgtatagaaaggagatagacccagacacaattga
cccagacacaattgacccagacacattgatccatacgcaaatggaggttt
agaaaggaaatgacaatccccatgtaaggatgaaaatatttcattttaat
tggcatgtaattagctgagtcaagggccttggatgctggacttccatact
ctggataggtgaacaatgttagtcagctacagaaggagaagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_51545874_51547016
seq2: B6Ng01-261O19.b_57_1205

seq1  GTGATATCATGGGGATGTATGTAGCAGTTCTATGGAGGTGTACCATATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATCATGGGGATGTATGTAGCAGTTCTATGGAGGTGTACCATATGG  50

seq1  GTTAGCAGTTCTATGGAGGTGTACCATATGGGTTAGCATGGTGTGGCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCAGTTCTATGGAGGTGTACCATATGGGTTAGCATGGTGTGGCAAG  100

seq1  GGTTGAATGAGGCTGAGAGATGGAAAAGGATCTTCAGAGACCAAGAGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAATGAGGCTGAGAGATGGAAAAGGATCTTCAGAGACCAAGAGTTA  150

seq1  GTTGATTTGTTAGAGGAGAATACTCATTGAGAGGGGACACTTAAATGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTTGTTAGAGGAGAATACTCATTGAGAGGGGACACTTAAATGAGC  200

seq1  AAGAAGACGAGCATTTTAGGGGCAGAGCCAATGATACCTTGACTTGTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGACGAGCATTTTAGGGGCAGAGCCAATGATACCTTGACTTGTTTA  250

seq1  AACATAAACTCTATATTTGATTGACAGACTTTCCTGCTCCAGGTACAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAACTCTATATTTGATTGACAGACTTTCCTGCTCCAGGTACAGAT  300

seq1  GAACTGCTATTTAGTTTTCTTTTAAAGGTTCTCTTACACTTATATACTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCTATTTAGTTTTCTTTTAAAGGTTCTCTTACACTTATATACTTG  350

seq1  CACTTGCATGGACTGGTCTACACAC----CACACACACACACACACACAC  396
      |||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCATGGACTGGTCTACACACCACACACACACACACACACACACAC  400

seq1  ACACACACACACACACTCAACACAAAATAAGATGAAACGGTTGTGGTAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACTCAACACAAAATAAGATGAAACGGTTGTGGTAAA  450

seq1  TCACACTCAACTCAAAGATTTGCTTCCCATACTGCAGAAATGTAGAAGTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTCAACTCAAAGATTTGCTTCCCATACTGCAGAAATGTAGAAGTC  500

seq1  CAACGTTAAGAGTAATAAAAATTTATGAAGTGACAAGTTGGACACGGGTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGTTAAGAGTAATAAAAATTTATGAAGTGACAAGTTGGACACGGGTG  550

seq1  GGTTTATCTGAGGGTTCAGGGGTCTTATTTTAAGGCCAGAGCCCCCAGGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATCTGAGGGTTCAGGGGTCTTATTTTAAGGCCAGAGCCCCCAGGT  600

seq1  GCTCTTCTTCCTCTTTGCAAGTGACAGTTGTGGTTGCGCAAGGACTTGGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCTTCCTCTTTGCAAGTGACAGTTGTGGTTGCGCAAGGACTTGGG  650

seq1  CTGTCCCTGGTGAACTGTTAACCAGGCTGGAACAAGCAGCCACATGTGCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCTGGTGAACTGTTAACCAGGCTGGAACAAGCAGCCACATGTGCC  700

seq1  TGTGGATTTCCTCTCAGCTCTACTGAGGAGGCAGCAGATGGTGTTGGGGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATTTCCTCTCAGCTCTACTGAGGAGGCAGCAGATGGTGTTGGGGG  750

seq1  GAGCATGGTGGCTGTTGGCTGGGCCAGCTTTTGAGTAGTGCTAATTCTGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGGTGGCTGTTGGCTGGGCCAGCTTTTGAGTAGTGCTAATTCTGA  800

seq1  CTTCCGCCCTCCATCTTCCACACATTGTTTTTGATTTCTGTCTGATAATT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCGCCCTCCATCTTCCACACATTGTTTTTGATTTCTGTCTGATAATT  850

seq1  CTCCTTTGGACACACATTTTGTCTGGGGGAAGGGGTTGGACAAGATGGGT  896
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  CTCCTTTGGACACACATTTTGTCTGGGGGAAGGGGTTGGGACAGATGGGT  900

seq1  CTCTAGAACTGGACGTCATCCTACTTTTCAATGACTCCTAATCGGGAGGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCTAGAACTGGACGTCATCCTACTTTTCAATGACTCCTAATC-GGAGGA  949

seq1  TGCTTTTATACTT-GGTCTTTGGGGAGCATCAGAGGCCACTTACTTTTCC  995
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGC-TTTATACTTGGGTCTTTGGGGAGCATCAGAGGCCACTTACTTTTCC  998

seq1  CCATTTGTACTGA--TAAAAGCTCACTGGTGACAC-AATGAATTAG-ACA  1041
      |||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  CCATTTGTACTGAATAAAAAGCTCACTGGTGACACAAATGAATTAGAACA  1048

seq1  GCCATGTTTAACCTCTTTAGGGTCACTGCCAATCTG-AGAAGGTCTTTAA  1090
      ||||   |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  || |
seq2  GCCAATGTTAACCTCTTTA-GGTCACTGCCAATCTGAAGAAGGTTCTTTA  1097

seq1  ACTGCTTTTCCTCTTGATAGAACA-CCATACTACATTGATTCTGACATTG  1139
      ||||| ||||||||||||  |||| ||||||  |||||| |||||  |||
seq2  ACTGC-TTTCCTCTTGATGAAACACCCATACATCATTGA-TCTGAACTTG  1145

seq1  ATTG  1143
      ||||
seq2  ATTG  1149


seq1: chr17_51693208_51694357
seq2: B6Ng01-261O19.g_64_1206 (reverse)

seq1  CACTTCCTCCTCCTGTAGCTGACTACCATGGTCCACCTAT-CAGAGTATG  49
      ||||| ||||| ||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||
seq2  CACTT-CTCCTTCTGTAGCTGACTAACATTGTTCACCTATCCAGAGTATG  49

seq1  GAAGTCCAGCAATCAAAAGCCCCCTTTGACTCAGCTAATTAACATGCCAA  99
      |||||||||| ||| || ||||   ||||||||||||||| ||||||| |
seq2  GAAGTCCAGC-ATCCAAGGCCC---TTGACTCAGCTAATT-ACATGCC-A  93

seq1  ATTAAAATGAAATA-TCTCATCCTAACATGGGGATTTGTCATTTCCTTTT  148
      |||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||
seq2  ATTAAAATGAAATATTTTCATCCTTACATGGGGA-TTGTCATTTCC-TTT  141

seq1  CTAAACCTCCATTTGCGTATGGATCAATTGTGTCTGGGTCAATTGTGTCT  198
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACCTCCATTTGCGTATGGATCAA-TGTGTCTGGGTCAATTGTGTCT  190

seq1  GGGTCAATTGTGTCTGGGTCTATCTCCTTTCTATACAGAAGCAGTTCTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAATTGTGTCTGGGTCTATCTCCTTTCTATACAGAAGCAGTTCTTT  240

seq1  GTCC-TGTTGGGACAAATATCGCCTTTCCCTCTCCTGTTCCTTTCCCCTA  297
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGTTGGGACAAATATCGCCTTTCCCTCTCCTGTTCCTTTCCCCTA  290

seq1  GTGTTCGATCTCCTGTCTTTGTCTCTTCTTTCCTGATGGTCTTTTCAGGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCGATCTCCTGTCTTTGTCTCTTCTTTCCTGATGGTCTTTTCAGGG  340

seq1  GGTGACCTGGGAGAGCTTGGGAAGAATGTGACTTGAAGCTGGGACTCCAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACCTGGGAGAGCTTGGGAAGAATGTGACTTGAAGCTGGGACTCCAC  390

seq1  AGTCACAGTCCCAGGGACCTTTATTTCCTCACTCAGACATTTACCTCCCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACAGTCCCAGGGACCTTTATTTCCTCACTCAGACATTTACCTCCCA  440

seq1  CTCATAAATTCTCTATAACCCTGCTCTTGAATGTGTGATACTCCTGTCTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAAATTCTCTATAACCCTGCTCTTGAATGTGTGATACTCCTGTCTC  490

seq1  AGCCTACACCACCAAGCCCAGCACCCACAAGAATTCTTTATTCTTAACTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTACACCACCAAGCCCAGCACCCACAAGAATTCTTTATTCTTAACTG  540

seq1  AATATTATCTGTACCTGGATTTTTTTTCTTCCTTCGTTCTCATTTGGCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTATCTGTACCTGGATTTTTTTTCTTCCTTCGTTCTCATTTGGCCA  590

seq1  GGAAGAATAAGTGTTTCAAGGGACTTTTCCCAGCCATTTTTAACTTTAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAATAAGTGTTTCAAGGGACTTTTCCCAGCCATTTTTAACTTTAGC  640

seq1  ACAATGGTCAGATAAGCAAATGTATTTGACTTACTTTAGCGTAAACATGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGTCAGATAAGCAAATGTATTTGACTTACTTTAGCGTAAACATGA  690

seq1  CTGCATTTTCTCTCTTGCTGTTATCTAGGTGTCTCAGCCCAGCCTTCCCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTTTCTCTCTTGCTGTTATCTAGGTGTCTCAGCCCAGCCTTCCCA  740

seq1  CAAGCCCAGTGGGTTGTAGTCTTTTGACACAGGCTCCACCCTACTCAACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCAGTGGGTTGTAGTCTTTTGACACAGGCTCCACCCTACTCAACA  790

seq1  CCTAGCTCAGTGTTCTGTCAAGCACCTATTTGCATGCAGTGCATTTCTGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTCAGTGTTCTGTCAAGCACCTATTTGCATGCAGTGCATTTCTGA  840

seq1  ATAGAGGCTGCAGAGACCCAGGCTGTTTCACTCACACCCAAACAACTGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGCTGCAGAGACCCAGGCTGTTTCACTCACACCCAAACAACTGTG  890

seq1  CCTGCACAAGAACCAATTCACCCTCAATTACAAAAGGGCCTTTTGTGTAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACAAGAACCAATTCACCCTCAATTACAAAAGGGCCTTTTGTGTAC  940

seq1  TTGTGTGTGTCCCCTCTTCCCTCTGCCCCCTAACATTCAAAACCTGTGGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTGTCCCCTCTTCCCTCTGCCCCCTAACATTCAAAACCTGTGGG  990

seq1  TAGATTTTCATGACTATTGCGAAAGCCCGCCCAACCCTGCTTGCTGGTGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTTCATGACTATTGCGAAAGCCCGCCCAACCCTGCTTGCTGGTGG  1040

seq1  AGACCAAACCCAGAACCCTTGAAAGTTTTAAAGGCTAGTCAGAGAGGAAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAACCCAGAACCCTTGAAAGTTTTAAAGGCTAGTCAGAGAGGAAG  1090

seq1  GAAAGGTATCCTCAAATGTGAGTGTGAACTTGAAGGTTTCCCATTTTGAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTATCCTCAAATGTGAGTGTGAACTTGAAGGTTTCCCATTTTGAA  1140

seq1  TTC  1150
      |||
seq2  TTC  1143


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |