BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267B21
Chromosome17 (Build37)
Map Location 59,156,338 - 59,276,822
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntnap5c, LOC620408, EG545216, LOC668648, 2610034M16Rik, Nudt12, 4930505H01Rik
Downstream geneLOC100043537, LOC100043542
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267B21.bB6Ng01-267B21.g
ACCGA070334GA070335
length1,1321,080
definitionB6Ng01-267B21.b B6Ng01-267B21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,156,338 - 59,157,480)(59,275,744 - 59,276,822)
sequence
gaattcaccattagttaagaaaatggcctacagcttgatcttatgggggg
gcattttctcaattgaagtttgtccctctctgctggctgacaagaacttg
tatttaagttatataaaagaagctagcacacagccatagggttttggtaa
taaatgggtttaataatctcagcaacaaattcctggcactccattgcata
ccacgggggaaggattttctatttgagagcactgtgctggtagattagga
ttagatgaaagagggttaaaggaaaatttttgtcattaccagtagttagc
agataggtgaatgtcctagtcactgtcctataaggagacaccatgaccaa
ggcaactcttataaaagaatggttttaactgacggttggcttacatttcc
aggctttagttcattatcatcatggcagcacggatggtgctggagcagta
gctgagagttatatcctcatccacgggaccagacagacactagtcctgga
atggaatttggaagcctcaaagtctaccccaacatggccacacctcctaa
tccttctaatcctatcgaagacttccactacctggtaactaaacattcaa
atatataagctcatgggagccatgcttatttaaaccatcttagtggaaac
aaacaaacaaacaaacaaataacaacaaaacaaccatttaactataatta
attgagaataaggctatgccagtcttaactaaggaaacaccattgcttgc
atgactttgtagctcttgaatcctgtaacagcctccatttgcctgctttc
ttttctttctttctttttttttataacaaagttagagatgtacgaaggac
tcttataccattctgtgtgcccagtctgtaattctcctccaaaacattgg
cagcagtctatttaccactcccaagtgcctactatgcctggcaactaggg
ctcatataccccagtagggatggcttgggtcccaggttagggttgcagta
aattggttggtagagctgagtctacccccactgcctgatgtgcttgaata
gagctgatgatgatgcattttgtgactggcatcacgtgtcttgcctgttg
tgtggagctctcaaggtgaattccctactgat

gaattccttaaatgaaagtactgtttaaactcatgagaatgaaaacagtg
atagaagatgaattacaaacttaaaggcaaggtgaggaggactgactaca
atggggtgtagtgacttcatggaacaagatacagagctattctagaaatc
agtataaatgtgttctaagattgagagtgtgcctactcctgtaaaatgat
atcaagcatgagtgagaaagatttagaactgatcacccaatgtattccca
taaaagactgtttcaagattgtcactagtttaaaagttaaaatgggaaag
atagtctgtggcacatatagaggaaccctttccatgagagttaactataa
aggagacaaaattaatacgaggtggattttaaagtattttattgttgttt
gtaagtacgggcaatcctggaaacaatctattgaaagcaagaaatgaagg
aagaggctagatctgccagcataatgtccttgaatagaccagagatgata
gtcttgacactaaagagtggatactaatggagaagacatatttatggttg
tatctaaggaacccactccccccacagtgactgagggagagagaacataa
ggcagtaggtacaaaatggtaaaagattcagtgatgaaaagaccaaaaat
tctctcgtgattgcttcaatattgtgaaatgcaaaacaaagagaaagaag
aaccattaaaggtttgaaggaaaagaaaggagaaagtcatcttctcttct
gactgctgcacaactcggccaacatcagcccttgcctgtgataatagaaa
agtgtagaacactacccactcttaattatccacaccactgctcccctaca
taatcaggaggtggcttcatgttccagaaaaattggcaaagggttgtctt
attagtttcacctttgaagtagttctcaaactatgtgtgctcagtgcaca
catacttttctccttttgtcatcctcccaccttcattattgcgtgaacat
tattttagcactctctctgacttcttgtttagacaaagcatccccctaaa
gcgcacagagcttcttggcagatgccactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_59156338_59157480
seq2: B6Ng01-267B21.b_46_1177

seq1  GAATTCACCATTAGTTAAGAAAATGGCCTACAGCTTGATCTTATGGGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCATTAGTTAAGAAAATGGCCTACAGCTTGATCTTATGGGGGG  50

seq1  GCATTTTCTCAATTGAAGTTTGTCCCTCTCTGCTGGCTGACAAGAACTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTCTCAATTGAAGTTTGTCCCTCTCTGCTGGCTGACAAGAACTTG  100

seq1  TATTTAAGTTATATAAAAGAAGCTAGCACACAGCCATAGGGTTTTGGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAGTTATATAAAAGAAGCTAGCACACAGCCATAGGGTTTTGGTAA  150

seq1  TAAATGGGTTTAATAATCTCAGCAACAAATTCCTGGCACTCCATTGCATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGGTTTAATAATCTCAGCAACAAATTCCTGGCACTCCATTGCATA  200

seq1  CCACGGGGGAAGGATTTTCTATTTGAGAGCACTGTGCTGGTAGATTAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGGGGAAGGATTTTCTATTTGAGAGCACTGTGCTGGTAGATTAGGA  250

seq1  TTAGATGAAAGAGGGTTAAAGGAAAATTTTTGTCATTACCAGTAGTTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGAAAGAGGGTTAAAGGAAAATTTTTGTCATTACCAGTAGTTAGC  300

seq1  AGATAGGTGAATGTCCTAGTCACTGTCCTATAAGGAGACACCATGACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGTGAATGTCCTAGTCACTGTCCTATAAGGAGACACCATGACCAA  350

seq1  GGCAACTCTTATAAAAGAATGGTTTTAACTGACGGTTGGCTTACATTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACTCTTATAAAAGAATGGTTTTAACTGACGGTTGGCTTACATTTCC  400

seq1  AGGCTTTAGTTCATTATCATCATGGCAGCACGGATGGTGCTGGAGCAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTAGTTCATTATCATCATGGCAGCACGGATGGTGCTGGAGCAGTA  450

seq1  GCTGAGAGTTATATCCTCATCCACGGGACCAGACAGACACTAGTCCTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAGTTATATCCTCATCCACGGGACCAGACAGACACTAGTCCTGGA  500

seq1  ATGGAATTTGGAAGCCTCAAAGTCTACCCCAACATGGCCACACCTCCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATTTGGAAGCCTCAAAGTCTACCCCAACATGGCCACACCTCCTAA  550

seq1  TCCTTCTAATCCTATCGAAGACTTCCACTACCTGGTAACTAAACATTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTAATCCTATCGAAGACTTCCACTACCTGGTAACTAAACATTCAA  600

seq1  ATATATAAGCTCATGGGAGCCATGCTTATTTAAACCATCTTAGTGGAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAAGCTCATGGGAGCCATGCTTATTTAAACCATCTTAGTGGAAAC  650

seq1  AAACAAACAAACAAACAAATAACAACAAAACAACCATTTAACTATAATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAACAAACAAATAACAACAAAACAACCATTTAACTATAATTA  700

seq1  ATTGAGAATAAGGCTATGCCAGTCTTAACTAAGGAAACACCATTGCTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGAATAAGGCTATGCCAGTCTTAACTAAGGAAACACCATTGCTTGC  750

seq1  ATGACTTTGTAGCTCTTGAATCCTGTAACAGCCTCCATTTGCCTGCTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTTGTAGCTCTTGAATCCTGTAACAGCCTCCATTTGCCTGCTTTC  800

seq1  TTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTATAACAAAGTTAGAGATGTACGAAGGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTATAACAAAGTTAGAGATGTACGAAGGAC  850

seq1  TCTTATACCATTCTGTGTGCCCAGTCTGTAATTCTCCTCCAAAACATTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATACCATTCTGTGTGCCCAGTCTGTAATTCTCCTCCAAAACATTGG  900

seq1  CAGCAGTCTATTTACCACTCCCAAGTGCCTACTATGCCTGGCAACTAGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTCTATTTACCACTCCCAAGTGCCTACTATGCCTGGCAACTAGGG  950

seq1  CTCATATACCCCAGTAGGGATGGCTTGGGTCCCCAGGTTAGGGGTTGCAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  CTCATATACCCCAGTAGGGATGGCTTGGGT-CCCAGGTTA-GGGTTGCAG  998

seq1  TAAATTGGTTGGTAGAGCTGAGGTCTAACCCCCACTGCCTGATGTTGCTT  1050
      ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  TAAATTGGTTGGTAGAGCTGA-GTCT-ACCCCCACTGCCTGATG-TGCTT  1045

seq1  G-ATAGAGCTGATGGATGATGCATTTTGGTGACTGGGCATCACGTGTCTG  1099
      | ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| 
seq2  GAATAGAGCTGAT-GATGATGCATTTT-GTGACT-GGCATCACGTGTCTT  1092

seq1  CCCTGTTGGTTGTGGAGCTCTCCAGGGTGATATCCCCTACTGAT  1143
       |||||||  ||||||||||| || ||||| || ||||||||||
seq2  GCCTGTTG--TGTGGAGCTCT-CAAGGTGA-ATTCCCTACTGAT  1132


seq1: chr17_59275744_59276822
seq2: B6Ng01-267B21.g_65_1144 (reverse)

seq1  GAGT-GCATCTG-CAAGGAGCTCTGTGCCGGCTTTAGGGGGATGCTTTTG  48
      |||| ||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||||
seq2  GAGTGGCATCTGCCAAGAAGCTCTGTGC--GCTTTAGGGGGATGC-TTTG  47

seq1  TCTAAAC-AGAAGTCAGAGAGAGTGCTAAAATAATGTTCACGCAATAATG  97
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACAAGAAGTCAGAGAGAGTGCTAAAATAATGTTCACGCAATAATG  97

seq1  AAGGTGGGAGGATGAC-AAAGGAGAAAAGTATGTGTGCACTGAGCACACA  146
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGGAGGATGACAAAAGGAGAAAAGTATGTGTGCACTGAGCACACA  147

seq1  TAGTTTGAGAACTACTTTCAAGGTGAAACTAATAAGACAACCCTTTGCCA  196
      |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGAGAACTACTTCAAAGGTGAAACTAATAAGACAACCCTTTGCCA  197

seq1  ATTTTTCTGGAACATGAAGCCACCTCCTGATTATGTAGGGGAGCAGTGGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTGGAACATGAAGCCACCTCCTGATTATGTAGGGGAGCAGTGGT  247

seq1  GTGGATAATTAAGAGTGGGTAGTGTTCTACACTTTTCTATTATCACAGGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATAATTAAGAGTGGGTAGTGTTCTACACTTTTCTATTATCACAGGC  297

seq1  AAGGGCTGATGTTGGCCGAGTTGTGCAGCAGTCAGAAGAGAAGATGACTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTGATGTTGGCCGAGTTGTGCAGCAGTCAGAAGAGAAGATGACTT  347

seq1  TCTCCTTTCTTTTCCTTCAAACCTTTAATGGTTCTTCTTTCTCTTTGTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTCTTTTCCTTCAAACCTTTAATGGTTCTTCTTTCTCTTTGTTT  397

seq1  TGCATTTCACAATATTGAAGCAATCACGAGAGAATTTTTGGTCTTTTCAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTCACAATATTGAAGCAATCACGAGAGAATTTTTGGTCTTTTCAT  447

seq1  CACTGAATCTTTTACCATTTTGTACCTACTGCCTTATGTTCTCTCTCCCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAATCTTTTACCATTTTGTACCTACTGCCTTATGTTCTCTCTCCCT  497

seq1  CAGTCACTGTGGGGGGAGTGGGTTCCTTAGATACAACCATAAATATGTCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACTGTGGGGGGAGTGGGTTCCTTAGATACAACCATAAATATGTCT  547

seq1  TCTCCATTAGTATCCACTCTTTAGTGTCAAGACTATCATCTCTGGTCTAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATTAGTATCCACTCTTTAGTGTCAAGACTATCATCTCTGGTCTAT  597

seq1  TCAAGGACATTATGCTGGCAGATCTAGCCTCTTCCTTCATTTCTTGCTTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGACATTATGCTGGCAGATCTAGCCTCTTCCTTCATTTCTTGCTTT  647

seq1  CAATAGATTGTTTCCAGGATTGCCCGTACTTACAAACAACAATAAAATAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGATTGTTTCCAGGATTGCCCGTACTTACAAACAACAATAAAATAC  697

seq1  TTTAAAATCCACCTCGTATTAATTTTGTCTCCTTTATAGTTAACTCTCAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATCCACCTCGTATTAATTTTGTCTCCTTTATAGTTAACTCTCAT  747

seq1  GGAAAGGGTTCCTCTATATGTGCCACAGACTATCTTTCCCATTTTAACTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGGTTCCTCTATATGTGCCACAGACTATCTTTCCCATTTTAACTT  797

seq1  TTAAACTAGTGACAATCTTGAAACAGTCTTTTATGGGAATACATTGGGTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTAGTGACAATCTTGAAACAGTCTTTTATGGGAATACATTGGGTG  847

seq1  ATCAGTTCTAAATCTTTCTCACTCATGCTTGATATCATTTTACAGGAGTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTCTAAATCTTTCTCACTCATGCTTGATATCATTTTACAGGAGTA  897

seq1  GGCACACTCTCAATCTTAGAACACATTTATACTGATTTCTAGAATAGCTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACTCTCAATCTTAGAACACATTTATACTGATTTCTAGAATAGCTC  947

seq1  TGTATCTTGTTCCATGAAGTCACTACACCCCATTGTAGTCAGTCCTCCTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTTGTTCCATGAAGTCACTACACCCCATTGTAGTCAGTCCTCCTC  997

seq1  ACCTTGCCTTTAAGTTTGTAATTCATCTTCTATCACTGTTTTCATTCTCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCCTTTAAGTTTGTAATTCATCTTCTATCACTGTTTTCATTCTCA  1047

seq1  TGAGTTTAAACAGTACTTTCATTTAAGGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTAAACAGTACTTTCATTTAAGGAATTC  1080


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |