BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269G17
Chromosome17 (Build37)
Map Location 44,384,883 - 44,508,769
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClic5
Upstream geneGpr110, Gpr116, Mep1a, LOC100043332, Pla2g7, Tdrd6, Slc25a27, Cyp39a1, Dscr1l1, Enpp5, Enpp4
Downstream geneRunx2, Supt3h, 4930564C03Rik, EG210562, EG668314
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269G17.bB6Ng01-269G17.g
ACCGA072023GA072024
length1,1331,176
definitionB6Ng01-269G17.b B6Ng01-269G17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,384,883 - 44,386,028)(44,507,584 - 44,508,769)
sequence
gaattcttttattaaatgaataattagcattacccatgggatgacggtat
tggggaaacccaagggtttccacacatgtgagcttactcctcactcagct
tcaacaccaaggatcctaaccctggccaacctcttgcatggtttttcttt
cttttttcttttttcacttcaaaatgagaaacagtgcaagggatagagta
ggatcattgtaaatctccctccatgcttggaaatccaagtgataaaaaac
acatgacttgcgagtggagccgggttaagttactcttaccctgcacgtat
aataagcaccagagagacattttagaagcacgcaggggacacttttcctt
tgagatatgatttaggaccttggtgctgtggacccaggcacccaccagct
ctgggcagctaggattgtggtagtgaatagacaggcgttttcataagttc
aggggacatatcagaaaccccacctgactcagaggccagccctgtgttgc
cgtgtctcctgggccatttcaggaagagggctatgggtgccaccctggtt
ccttgcctaacaggccaaatcaccctggttaagtctctcagcaccttact
ggcctctgatttccttgataatggttgagggttgtgtgcccaccctcccc
gtggaatgatggttaaatcccaaaagatggtagctccggccagaaaaggg
aacaccgctccctgtgatgcagacaagatcgctactgaagagtcctgtcc
ttctagcatcactgaactcgatggcttcccttccaggtaccccaaactgg
ctgcaaaacaccgggaatctaacaccgcgggcatcgacatcttctccaag
ttctcagcctacatcaaaaacaccaaacaacagaacaatgctggtgagtg
acccttctagggatgctgggcagacctgcctctctggtttgcccatggcc
atttcagaacattcagccagagaaacttctggaaccagtgctgctgttat
ctctcacccctgtcatccccctgacctcagaacctgctgctgtaagtaga
aaacaagagtgtgttgtcggtgactcaaggcaaggcaatccccgcttgca
agcctccttaatgcacagcctgggagatcatag
gaattccctggagctggcttactgccagatgtgctgacattcacatgtgc
acactcacgtggtgtgcatcactggtcagtacgggctgcagcactcaggg
agagcaggcatctgttggaaacattgctcattgtgtggtgagtgacatga
gatgcctgagttgacagctagcccacatcgctgaggagatgtgaaaagct
gacttcagatcatgcatcccattgccacgtgtgggttaaaatggcttcca
aagggcttttcttctttgctctctaacttcacatgaagcatatgaagaag
ggcatagtagcaattagcagatgccttggattttctgagcagtcctctac
caactgtgtcagtgcctccatagctagtatgaagatgagtttagttgtga
tatatataatcttgaagttggtattaggtggggaccctaatcgtttcttt
tccaggacagacagcccattctatcatcatcctatgtcctgcacacacta
ctggtggccacccctatcacaagccctacacttctagaaggatgggggtg
atctggcctagattctaacatggagagaaattattgcctgaagtgtccac
agcccagttgttaccaaatcaggaaaaaaaaaatcctgcaggcagctgga
ttttagcaatgagagctagagtaaaatgttggtgtcagcaagaaaaagta
acccggaaatcaacagtctataaatcctcgggaagcatggagatggctta
aaaacattctaacagaaaccaagagaaagtgtggatatcagataaaagga
caggatgcaggaatcaagttgtcaatgttttggggagcacatgtactgag
gccaattgaggtctgacctggggtggcagtgtccctcagaagccattggg
aagtagagaccaccagaggctcagaagtttaaagccagcccttggctcca
tagaaagttgagacagcctgagtgaccactcaaccataccttgataaatg
aaaaccaaggatttcaagggtactataggaaaaaaatgagctgggatacg
agtcttcaagcttgatcaaatcatgaaggagtatgctaacacaagggatt
cagacaatcagtacaagagaaagggtcaggcagacagttcagccaagtga
gatcaccaggaaatctctgaaggctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_44384883_44386028
seq2: B6Ng01-269G17.b_45_1177

seq1  GAATTCTTTTATTAAATGAATAATTAGCATTACCCATGGGATGACGGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTATTAAATGAATAATTAGCATTACCCATGGGATGACGGTAT  50

seq1  TGGGGAAACCCAAGGGTTTCCACACATGTGAGCTTACTCCTCACTCAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAACCCAAGGGTTTCCACACATGTGAGCTTACTCCTCACTCAGCT  100

seq1  TCAACACCAAGGATCCTAACCCTGGCCAACCTCTTGCATGGTTTTTCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACACCAAGGATCCTAACCCTGGCCAACCTCTTGCATGGTTTTTCTTT  150

seq1  CTTTTTTCTTTTTTCACTTCAAAATGAGAAACAGTGCAAGGGATAGAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTCTTTTTTCACTTCAAAATGAGAAACAGTGCAAGGGATAGAGTA  200

seq1  GGATCATTGTAAATCTCCCTCCATGCTTGGAAATCCAAGTGATAAAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCATTGTAAATCTCCCTCCATGCTTGGAAATCCAAGTGATAAAAAAC  250

seq1  ACATGACTTGCGAGTGGAGCCGGGTTAAGTTACTCTTACCCTGCACGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACTTGCGAGTGGAGCCGGGTTAAGTTACTCTTACCCTGCACGTAT  300

seq1  AATAAGCACCAGAGAGACATTTTAGAAGCACGCAGGGGACACTTTTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGCACCAGAGAGACATTTTAGAAGCACGCAGGGGACACTTTTCCTT  350

seq1  TGAGATATGATTTAGGACCTTGGTGCTGTGGACCCAGGCACCCACCAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATATGATTTAGGACCTTGGTGCTGTGGACCCAGGCACCCACCAGCT  400

seq1  CTGGGCAGCTAGGATTGTGGTAGTGAATAGACAGGCGTTTTCATAAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAGCTAGGATTGTGGTAGTGAATAGACAGGCGTTTTCATAAGTTC  450

seq1  AGGGGACATATCAGAAACCCCACCTGACTCAGAGGCCAGCCCTGTGTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACATATCAGAAACCCCACCTGACTCAGAGGCCAGCCCTGTGTTGC  500

seq1  CGTGTCTCCTGGGCCATTTCAGGAAGAGGGCTATGGGTGCCACCCTGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTCTCCTGGGCCATTTCAGGAAGAGGGCTATGGGTGCCACCCTGGTT  550

seq1  CCTTGCCTAACAGGCCAAATCACCCTGGTTAAGTCTCTCAGCACCTTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCTAACAGGCCAAATCACCCTGGTTAAGTCTCTCAGCACCTTACT  600

seq1  GGCCTCTGATTTCCTTGATAATGGTTGAGGGTTGTGTGCCCACCCTCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGATTTCCTTGATAATGGTTGAGGGTTGTGTGCCCACCCTCCCC  650

seq1  GTGGAATGATGGTTAAATCCCAAAAGATGGTAGCTCCGGCCAGAAAAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATGATGGTTAAATCCCAAAAGATGGTAGCTCCGGCCAGAAAAGGG  700

seq1  AACACCGCTCCCTGTGATGCAGACAAGATCGCTACTGAAGAGTCCTGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCGCTCCCTGTGATGCAGACAAGATCGCTACTGAAGAGTCCTGTCC  750

seq1  TTCTAGCATCACTGAACTCGATGGCTTCCCTTCCAGGTACCCCAAACTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGCATCACTGAACTCGATGGCTTCCCTTCCAGGTACCCCAAACTGG  800

seq1  CTGCAAAACACCGGGAATCTAACACCGCGGGCATCGACATCTTCTCCAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAAACACCGGGAATCTAACACCGCGGGCATCGACATCTTCTCCAAG  850

seq1  TTCTCAGCCTACATCAAAAACACCAAACAACAGAACAATGCTGGTGAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGCCTACATCAAAAACACCAAACAACAGAACAATGCTGGTGAGTG  900

seq1  ACCCTTCTAGGGATGCTGGGCAGACCTGCCTCTCTGGTTTGCCCATGGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCTAGGGATGCTGGGCAGACCTGCCTCTCTGGTTTGCCCATGGCC  950

seq1  ATTTCAGAACATTTCAAGCCAGAGAAACTTCTGGAACCAGTGCTGCTTGT  1000
      |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATTTCAGAACATT--CAGCCAGAGAAACTTCTGGAACCAGTGCTGC-TGT  997

seq1  TATCTTCTCACCCCCTGTCATCCCCCTGA-CTCAGAACCTGCTGCCTGTA  1049
      |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| 
seq2  TATC-TCTCA-CCCCTGTCATCCCCCTGACCTCAGAACCTGCTG-CTGT-  1043

seq1  AAGTAGGAGAAACAAGAGTGTGTTGTCGGTGACTCAGAGGCAGGGCATCG  1099
      ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||   
seq2  AAGTAG--AAAACAAGAGTGTGTTGTCGGTGACTCA-AGGCAAGGCAATC  1090

seq1  CCGGCTTTGGAAAGCCTCCTTATTGCACAGCCTGGGAGGATTCATAG  1146
      || ||||  | ||||||||||| |||||||||||||||   ||||||
seq2  CCCGCTT--GCAAGCCTCCTTAATGCACAGCCTGGGAG--ATCATAG  1133

seq1: chr17_44507584_44508769
seq2: B6Ng01-269G17.g_68_1243 (reverse)

seq1  CAGCCTTCAGA-ATCTCCTGGTGTCTTCACTTGCTTGGACCTGGTCTTCC  49
      ||||||||||| || ||||||||   |||||||  || ||   |||| ||
seq2  CAGCCTTCAGAGATTTCCTGGTGATCTCACTTGGCTGAAC--TGTCTGCC  48

seq1  TTGCACCTTTCTCTTGTACTGATTTGTCTTGATTCCCTTGTGTTTAAGCA  99
       ||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||  ||||
seq2  -TGACCCTTTCTCTTGTACTGA-TTGTC-TGAATCCCTTGTGTT--AGCA  93

seq1  TACCTCCCTCATGATTTGATCAAGCTTTGAGACTCTGTAT-CCAGCTCAT  148
      || |||| |||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||
seq2  TA-CTCCTTCATGATTTGATCAAGCTTGAAGACTC-GTATCCCAGCTCAT  141

seq1  TTTTTTCCCTATAGTAACCCTTGAAATCCTTGGTTTTCATTTTATCAAGG  198
      |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTTTT-CCTATAGT-ACCCTTGAAATCCTTGGTTTTCA-TTTATCAAGG  188

seq1  TATGGTTGAGT-GTCACTCAGGCTTGTCTCAAACTTTCTATGGAGCCAA-  246
      ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| 
seq2  TATGGTTGAGTGGTCACTCAGGC-TGTCTC-AACTTTCTATGGAGCCAAG  236

seq1  GGCTGGCTTTAAACTTCTGAGCCTCTGGTGGTCTCTACTTCCCAATGGCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCTTTAAACTTCTGAGCCTCTGGTGGTCTCTACTTCCCAATGGCT  286

seq1  TCTGAGGGACACTGCCACCCCAGGTCAGACCTCAATTGGCCTCAGTACAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGGACACTGCCACCCCAGGTCAGACCTCAATTGGCCTCAGTACAT  336

seq1  GTGCTCCCCAAAACATTGACAACTTGATTCCTGCATCCTGTCCTTTTATC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCCCAAAACATTGACAACTTGATTCCTGCATCCTGTCCTTTTATC  386

seq1  TGATATCCACACTTTCTCTTGGTTTCTGTTAGAATGTTTTTAAGCCATCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATCCACACTTTCTCTTGGTTTCTGTTAGAATGTTTTTAAGCCATCT  436

seq1  CCATGCTTCCCGAGGATTTATAGACTGTTGATTTCCGGGTTACTTTTTCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTTCCCGAGGATTTATAGACTGTTGATTTCCGGGTTACTTTTTCT  486

seq1  TGCTGACACCAACATTTTACTCTAGCTCTCATTGCTAAAATCCAGCTGCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGACACCAACATTTTACTCTAGCTCTCATTGCTAAAATCCAGCTGCC  536

seq1  TGCAGGATTTTTTTTTTCCTGATTTGGTAACAACTGGGCTGTGGACACTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGATTTTTTTTTTCCTGATTTGGTAACAACTGGGCTGTGGACACTT  586

seq1  CAGGCAATAATTTCTCTCCATGTTAGAATCTAGGCCAGATCACCCCCATC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAATAATTTCTCTCCATGTTAGAATCTAGGCCAGATCACCCCCATC  636

seq1  CTTCTAGAAGTGTAGGGCTTGTGATAGGGGTGGCCACCAGTAGTGTGTGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGAAGTGTAGGGCTTGTGATAGGGGTGGCCACCAGTAGTGTGTGC  686

seq1  AGGACATAGGATGATGATAGAATGGGCTGTCTGTCCTGGAAAAGAAACGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATAGGATGATGATAGAATGGGCTGTCTGTCCTGGAAAAGAAACGA  736

seq1  TTAGGGTCCCCACCTAATACCAACTTCAAGATTATATATATCACAACTAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGTCCCCACCTAATACCAACTTCAAGATTATATATATCACAACTAA  786

seq1  ACTCATCTTCATACTAGCTATGGAGGCACTGACACAGTTGGTAGAGGACT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCTTCATACTAGCTATGGAGGCACTGACACAGTTGGTAGAGGACT  836

seq1  GCTCAGAAAATCCAAGGCATCTGCTAATTGCTACTATGCCCTTCTTCATA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAAAATCCAAGGCATCTGCTAATTGCTACTATGCCCTTCTTCATA  886

seq1  TGCTTCATGTGAAGTTAGAGAGCAAAGAAGAAAAGCCCTTTGGAAGCCAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCATGTGAAGTTAGAGAGCAAAGAAGAAAAGCCCTTTGGAAGCCAT  936

seq1  TTTAACCCACACGTGGCAATGGGATGCATGATCTGAAGTCAGCTTTTCAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACCCACACGTGGCAATGGGATGCATGATCTGAAGTCAGCTTTTCAC  986

seq1  ATCTCCTCAGCGATGTGGGCTAGCTGTCAACTCAGGCATCTCATGTCACT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTCAGCGATGTGGGCTAGCTGTCAACTCAGGCATCTCATGTCACT  1036

seq1  CACCACACAATGAGCAATGTTTCCAACAGATGCCTGCTCTCCCTGAGTGC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACACAATGAGCAATGTTTCCAACAGATGCCTGCTCTCCCTGAGTGC  1086

seq1  TGCAGCCCGTACTGACCAGTGATGCACACCACGTGAGTGTGCACATGTGA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCCGTACTGACCAGTGATGCACACCACGTGAGTGTGCACATGTGA  1136

seq1  ATGTCAGCACATCTGGCAGTAAGCCAGCTCCAGGGAATTC  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGCACATCTGGCAGTAAGCCAGCTCCAGGGAATTC  1176