BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277H02
Chromosome17 (Build37)
Map Location 26,496,318 - 26,619,846
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG240055, C230078M08Rik
Upstream geneMcpt6, Tpsg1, Cacna1h, Tekt4, Sstr5, LOC100042580, Sox8, Tmem112, LOC545396, Gng13, Chtf18, Rpusd1, BC052484, Msln, Narfl, Haghl, Ccdc78, BC008155, Metrn, Fbxl16, Wdr24, 2610003J06Rik, Stub1, Rhbdl1, Rhot2, Wdr90, 9530058B02Rik, 0610011F06Rik, Wfikkn1, Rab40c, LOC100043160, Pigq, F430201B04Rik, D630044L22Rik, Solh, 1700022N22Rik, Rab11fip3, Decr2, Nme4, EG666609, Tmem8, Mrpl28, Axin1, Pdia2, Arhgdig, Rgs11, Itfg3, LOC100042643, Luc7l, EG383229
Downstream geneDusp1, EG666668, Ergic1, Atp6v0e, A930001N09Rik, Bnip1, Nkx2-5, Kifc1, Phf1, Cuta, Syngap1, Zbtb9, Bak1, Ggnbp1, Itpr3, 2900010M23Rik, Ihpk3, Lemd2, LOC100042713, ENSMUSG00000073430, Grm4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277H02.bB6Ng01-277H02.g
ACCGA077962GA077963
length1,1431,165
definitionB6Ng01-277H02.b B6Ng01-277H02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,618,713 - 26,619,846)(26,496,318 - 26,497,482)
sequence
gaattcaagaccaccctagtgtacatagtgagttcctggacagccagggt
tacatagtgagaacttgtctcaagaaaacaactagatccaaataaataaa
cctgggtcttccttccttgtgatttgatagtagttcatctccagtggaga
aaatttatgaaaataaatctaaacacagctagcttgaggcaggagctgct
gcacactgcagtctctctatcgaatcatccctgatgtctgttatgtcatg
cttttctctaggagatgcggttgtctgtggatgcataatgctgtgggaag
gggctggggctcaataggaggaagcggctctggaacacaccttctgcctg
ggagaagcctcccttactctactgggctgtggtaaagccagtgtcaggga
ggcttctagaggatgggctgagcccagaacctgcttgttcgtacccttgg
cctgggtacgaacggaggagcagatgtgtgagctctggcaggaggaaggt
ggggctgcccacccctgcacaggttctaagtcaggaactggatctgctat
gtcaagtgacagtgggaaatctgtgtggcctggttacctctgcagtgact
gtggttgggttggggtgcgaagccgctaatacttacctcctgccggccct
ctttccccagcatctctgagatgcaaaagaacttgccagagttcaatcat
caccaggtacttgaatctgccaccccagcctgggaaggagttttgctcca
tgagtagtggtggaatatgtccccttcaacatggagaaaggcagcaatta
tggatgaatcctgtgaagattctcatggagcctctatgacagttcccaca
ggtgatgccattgtctccactatagggcggtaaaaaggaaggctggggac
agagggtgacccttttcaggcctcacgggatcaagagtagtcaggacatt
ctgtgtgctggtatgaagtattctgcctggcccagtttcccaggcccctc
ctcatgtgctggccccctctaatcagagacataagaattcaagaactgga
aggtaaaatgaggtgggtctggatccctagctcctttatcatgggtgaag
tgcatccatgcgtggcattgcatatatgtgggcgtgagggtgt
gaattccaatggtccttactattgtccactgggagacctgagacagtgac
tgggaccctgatgtgggccccagacttgtgcttcagcagccatgtgaccc
tgggactgtcattactgtccagagtctctttcttcaaattcactagataa
taagtatcctaaaacgcatgcataggctctgcatgagggttaagtgggcc
ggcgtgaagcactcacaatgtctacagagccagccatagggtctaggctt
tcagcaagtacacagtccacggcagccaggacaattgtgacaacaatcag
tttgtacagactaggaaagaacttgttttactcccttttcatcactgtca
tacaatccctgacattgggaagtggccctgtggagggcctatgtctcttg
tataacaagctcatctctcaggacgcagctcactctggaaagcctacctc
agcctatggaaccagcatcttgttattcacgatgggcatgtccaatacct
aactatctctcagcaggcccacttcttaaagtttctctgcctcaacctca
ccttactggggaccaaaccttcagcacaaacacctttggggcacgcttaa
acacaaccagcccataggagtgctccaacggtatctcctccaccatgctg
catcctgcccggtcctccctgcagccatgctgtcaccacggctaccctca
gccccaggatcagtgtgaagcaagtgagggcataagctagatgccacagg
cgaggctctgtcctgtgctggtgtgcccagtggctgctgggtggtcctgt
cacctgctacagctgcagaggcaagcctgctggcgccccacaggccacct
gcacacacctgtgctctttggtgggacataaacagcagctgggctccatg
ggccagtggctgcgggcacttctcccctgggcattgcagccacctctgat
tacccttcttgactagcccctcccgggctgcaagctgggtgggtattcaa
aggctacggcttcttctcagcctttgctcagcttgctgctgcagacttca
tggagctgctgagctgactgaaccagagccagcatgcagaagagaactat
tccccagagaaacctgtccagccctcgatgggtgtgaaaccttgtccctt
ttgaattgtggggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_26618713_26619846
seq2: B6Ng01-277H02.b_44_1186 (reverse)

seq1  ACACC----CACCCAC--ATATGC-ATG-CACGCATGGATGCAC-TCACA  41
      |||||    | |||||  |||||| ||| ||||||||||||||| |||| 
seq2  ACACCCTCACGCCCACATATATGCAATGCCACGCATGGATGCACTTCACC  50

seq1  CATGATAAAGGAGCCTAGGATCCAGACCCAACCTCATTTTACC-TCCAGT  90
      ||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  CATGATAAAGGAGCTAGGGATCCAGACCC-ACCTCATTTTACCTTCCAGT  99

seq1  TC-TGAATTC-TATGTCCTCTGGATTAGGAGGGGCCAGCACAATGAGGAG  138
      || ||||||| ||||| |||| ||||||  ||||||||||| ||||||||
seq2  TCTTGAATTCTTATGT-CTCT-GATTAGAGGGGGCCAGCAC-ATGAGGAG  146

seq1  GGGCCTGGGAAACTGGGCCAGGCAGAATACTTCATACCAGCACACAGAAT  188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGGGAAACTGGGCCAGGCAGAATACTTCATACCAGCACACAGAAT  196

seq1  GTCCTGACTACTCTTGATCCCGTGAGGCCTGAAAAGGGTCACCCTCTGTC  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGACTACTCTTGATCCCGTGAGGCCTGAAAAGGGTCACCCTCTGTC  246

seq1  CCCAGCCTTCCTTTTTACCGCCCTATAGTGGAGACAATGGCATCACCTGT  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCTTCCTTTTTACCGCCCTATAGTGGAGACAATGGCATCACCTGT  296

seq1  GGGAACTGTCATAGAGGCTCCATGAGAATCTTCACAGGATTCATCCATAA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTGTCATAGAGGCTCCATGAGAATCTTCACAGGATTCATCCATAA  346

seq1  TTGCTGCC-TTCTCCATGTTGAAGGGGACATATTCCACCACTACTCATGG  387
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCCTTTCTCCATGTTGAAGGGGACATATTCCACCACTACTCATGG  396

seq1  AGCAAAACTCCTTCCCAGGCTGGGGTGGCAGATTCAAGTACCTGGTGATG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAACTCCTTCCCAGGCTGGGGTGGCAGATTCAAGTACCTGGTGATG  446

seq1  ATTGAACTCTGGCAAGTTCTTTTGCATCTCAGAGATGCTGGGGAAAGAGG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACTCTGGCAAGTTCTTTTGCATCTCAGAGATGCTGGGGAAAGAGG  496

seq1  GCCGGCAGGAGGTAAGTATTAGCGGCTTCGCACCCCAACCCAACCACAGT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGCAGGAGGTAAGTATTAGCGGCTTCGCACCCCAACCCAACCACAGT  546

seq1  CACTGCAGAGGTAACCAGGCCACACAGATTTCCCACTGTCACTTGACATA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCAGAGGTAACCAGGCCACACAGATTTCCCACTGTCACTTGACATA  596

seq1  GCAGATCCAGTTCCTGACTTAGAACCTGTGCAGGGGTGGGCAGCCCCACC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCCAGTTCCTGACTTAGAACCTGTGCAGGGGTGGGCAGCCCCACC  646

seq1  TTCCTCCTGCCAGAGCTCACACATCTGCTCCTCCGTTCGTACCCAGGCCA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCTGCCAGAGCTCACACATCTGCTCCTCCGTTCGTACCCAGGCCA  696

seq1  AGGGTACGAACAAGCAGGTTCTGGGCTCAGCCCATCCTCTAGAAGCCTCC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTACGAACAAGCAGGTTCTGGGCTCAGCCCATCCTCTAGAAGCCTCC  746

seq1  CTGACACTGGCTTTACCACAGCCCAGTAGAGTAAGGGAGGCTTCTCCCAG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACTGGCTTTACCACAGCCCAGTAGAGTAAGGGAGGCTTCTCCCAG  796

seq1  GCAGAAGGTGTGTTCCAGAGCCGCTTCCTCCTATTGAGCCCCAGCCCCTT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGGTGTGTTCCAGAGCCGCTTCCTCCTATTGAGCCCCAGCCCCTT  846

seq1  CCCACAGCATTATGCATCCACAGACAACCGCATCTCCTAGAGAAAAGCAT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGCATTATGCATCCACAGACAACCGCATCTCCTAGAGAAAAGCAT  896

seq1  GACATAACAGACATCAGGGATGATTCGATAGAGAGACTGCAGTGTGCAGC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAACAGACATCAGGGATGATTCGATAGAGAGACTGCAGTGTGCAGC  946

seq1  AGCTCCTGCCTCAAGCTAGCTGTGTTTAGATTTATTTTCATAAATTTTCT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTGCCTCAAGCTAGCTGTGTTTAGATTTATTTTCATAAATTTTCT  996

seq1  CCACTGGAGATGAACTACTATCAAATCACAAGGAAGGAAGACCCAGGTTT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGAGATGAACTACTATCAAATCACAAGGAAGGAAGACCCAGGTTT  1046

seq1  ATTTATTTGGATCTAGTTGTTTTCTTGAGACAAGTTCTCACTATGTAACC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTGGATCTAGTTGTTTTCTTGAGACAAGTTCTCACTATGTAACC  1096

seq1  CTGGCTGTCCAGGAACTCACTATGTACACTAGGGTGGTCTTGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGTCCAGGAACTCACTATGTACACTAGGGTGGTCTTGAATTC  1143

seq1: chr17_26496318_26497482
seq2: B6Ng01-277H02.g_64_1228

seq1  GAATTCCAATGGTCCTTACTATTGTCCACTGGGAGACCTGAGACAGTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATGGTCCTTACTATTGTCCACTGGGAGACCTGAGACAGTGAC  50

seq1  TGGGACCCTGATGTGGGCCCCAGACTTGTGCTTCAGCAGCCATGTGACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCCTGATGTGGGCCCCAGACTTGTGCTTCAGCAGCCATGTGACCC  100

seq1  TGGGACTGTCATTACTGTCCAGAGTCTCTTTCTTCAAATTCACTAGATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTGTCATTACTGTCCAGAGTCTCTTTCTTCAAATTCACTAGATAA  150

seq1  TAAGTATCCTAAAACGCATGCATAGGCTCTGCATGAGGGTTAAGTGGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATCCTAAAACGCATGCATAGGCTCTGCATGAGGGTTAAGTGGGCC  200

seq1  GGCGTGAAGCACTCACAATGTCTACAGAGCCAGCCATAGGGTCTAGGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGAAGCACTCACAATGTCTACAGAGCCAGCCATAGGGTCTAGGCTT  250

seq1  TCAGCAAGTACACAGTCCACGGCAGCCAGGACAATTGTGACAACAATCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAGTACACAGTCCACGGCAGCCAGGACAATTGTGACAACAATCAG  300

seq1  TTTGTACAGACTAGGAAAGAACTTGTTTTACTCCCTTTTCATCACTGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACAGACTAGGAAAGAACTTGTTTTACTCCCTTTTCATCACTGTCA  350

seq1  TACAATCCCTGACATTGGGAAGTGGCCCTGTGGAGGGCCTATGTCTCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCCCTGACATTGGGAAGTGGCCCTGTGGAGGGCCTATGTCTCTTG  400

seq1  TATAACAAGCTCATCTCTCAGGACGCAGCTCACTCTGGAAAGCCTACCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACAAGCTCATCTCTCAGGACGCAGCTCACTCTGGAAAGCCTACCTC  450

seq1  AGCCTATGGAACCAGCATCTTGTTATTCACGATGGGCATGTCCAATACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATGGAACCAGCATCTTGTTATTCACGATGGGCATGTCCAATACCT  500

seq1  AACTATCTCTCAGCAGGCCCACTTCTTAAAGTTTCTCTGCCTCAACCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATCTCTCAGCAGGCCCACTTCTTAAAGTTTCTCTGCCTCAACCTCA  550

seq1  CCTTACTGGGGACCAAACCTTCAGCACAAACACCTTTGGGGCACGCTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTGGGGACCAAACCTTCAGCACAAACACCTTTGGGGCACGCTTAA  600

seq1  ACACAACCAGCCCATAGGAGTGCTCCAACGGTATCTCCTCCACCATGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACCAGCCCATAGGAGTGCTCCAACGGTATCTCCTCCACCATGCTG  650

seq1  CATCCTGCCCGGTCCTCCCTGCAGCCATGCTGTCACCACGGCTACCCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGCCCGGTCCTCCCTGCAGCCATGCTGTCACCACGGCTACCCTCA  700

seq1  GCCCCAGGATCAGTGTGAAGCAAGTGAGGGCATAAGCTAGATGCCACAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGGATCAGTGTGAAGCAAGTGAGGGCATAAGCTAGATGCCACAGG  750

seq1  CGAGGCTCTGTCCTGTGCTGGTGTGCCCAGTGGCTGCTGGGTGGTCCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCTCTGTCCTGTGCTGGTGTGCCCAGTGGCTGCTGGGTGGTCCTGT  800

seq1  CACCTGCTACAGCTGCAGAGGCAAGCCTGCTGGCGCCCCACAGGCCACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCTACAGCTGCAGAGGCAAGCCTGCTGGCGCCCCACAGGCCACCT  850

seq1  GCACACACCTGTGCTCTTTGGTGGGACATAAACAGCAGCTGGGCTCCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACCTGTGCTCTTTGGTGGGACATAAACAGCAGCTGGGCTCCATG  900

seq1  GGCCAGGTGGCTGCGGGCACTTCTCCCCTGGGCATTGCAGCCA-CTCTGA  949
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCCA-GTGGCTGCGGGCACTTCTCCCCTGGGCATTGCAGCCACCTCTGA  949

seq1  TTACCCTTCTTGACTAGCCCCTCCCGGGCTGCAAGCTGGGTGGGTATTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCTTCTTGACTAGCCCCTCCCGGGCTGCAAGCTGGGTGGGTATTCA  999

seq1  AAGGCTACCGGCTTC-TCTCAGCCTTTGCTTCAGCTTGCTGCTGCAGACT  1048
      ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTA-CGGCTTCTTCTCAGCCTTTGC-TCAGCTTGCTGCTGCAGACT  1047

seq1  TCATGGGAGCTGCTGGAGCTGGACTGAACCAGAGCAAGCATGCAG-AGAG  1097
      |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  TCAT-GGAGCTGCT-GAGCT-GACTGAACCAGAGCCAGCATGCAGAAGAG  1094

seq1  -ACTA-TCCCCAGAG-AACTTGTTCCCAAAGCCCTCGATGGGGTTGTGAG  1144
       |||| ||||||||| ||| ||| |    |||||||||||||  ||||| 
seq2  AACTATTCCCCAGAGAAACCTGTCC----AGCCCTCGATGGG--TGTGAA  1138

seq1  ACCTTGTC---TTTGA---GTGGGGAG  1165
      ||||||||   |||||   ||||||||
seq2  ACCTTGTCCCTTTTGAATTGTGGGGAG  1165