BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284K04
Chromosome17 (Build37)
Map Location 82,973,759 - 83,124,180
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlc8a1, EG668832, LOC100043707, LOC625467, LOC668836, EG433141, EG625514
Downstream geneLOC100043711, LOC100043900, AW548124, EG545226, Eml4, Cox7a2l, Kcng3, Mta3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284K04.bB6Ng01-284K04.g
ACCGA083287GA083288
length1,1321,079
definitionB6Ng01-284K04.b B6Ng01-284K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,973,759 - 82,974,890)(83,123,101 - 83,124,180)
sequence
gaattctagtcccttagagtaacagaaaggttcccggggtaaacaaaggc
aggaccctttttgagttgctgagtgtagctgggagaagcagcaatactat
gcaccaatctcccagtagcagaaatacagaaaattcttccatccacaggc
aactaaggttctcagtataacccctaccctgtccagtctcataaacttga
cccagcgtgcatttctatcacttgagtttgaggcatgctgataacaggca
tgacttatgcaaatttgatgaaaatttgctgagttatttgaaaaagaaat
gtctttcccaacaatggtgcttaatgaaactactgtatagctggtattct
acttgaaatttagttccagaaaaaggcagcttgccttttaaccttggaac
tttgttggtaccaccaaaaataaatctcaaagctccactaaccaatacag
aaaaaatgaaactacaatcgcattgccatgaacttcttaatgaatatttc
taaataatccttcaaggacccaacgatgctcaagccaaccaggaggtagc
aatcacccactactactcagtgtgtgatccagtgtacaacctggtcagct
gccataccctaccgggcatcaaggtctcttccacgttgcaaagtgttctt
taaaggaataaatacttgtccaagatgttgtctcttgagacgcatgaatg
ggaaaatgtacatatggttggtgtgattctttactcttataaattaaatt
taatttacatccaacaaggatcagtctgtcataatgtacaaaaggcagac
agagtggcatccatgatttaggaaaaaacagtgatttttcccttgcaata
tggtacttaatggacatcttgctcaaaaggatgtcataccacacaataaa
tcttactcttgaataaaagacaaaagtaaaacttcttaaagtcgttttaa
cacattttttatattttctagctaatcttgacacctaaatgctttcttta
aactctcttggattagtcttaaacagcatgtgaactatcatgcacattta
tctgtcatagtggccaagaaaaaaagtttcagaacattctgctcaattca
tgcttcactatggtgttgtcggttccagtgaa

gaattcacggacacaaacccagatgtgaaagagttattttccttaacaca
tcacattaactggaagaataaagctgagaaattatgatttagaatattac
acaaggtgttatttactcttaccagaaggcatgtgatggtaggagcagta
gggcagtggtagagagtttgtttagcatgtatgaagacctggacttcttt
cccagctctggggtaaagagaaaaagaatgatgaccattctaagaaaaac
agaatatcattcacctaaggaaaacagatttttgtagaagtcttttattc
attttattcatgttctttatatctcttgttccagtaaatgattttgtggt
cataaagtcattttgggattctaaagagaagaaacacattgtttaaggga
ccttggctttgctggtgccctctccttccatgtgtagtagcatagaagcc
ttcagtgatccttgtattagggcaaacacactgtaaatactatgggaaga
aaagccaagatatgcttcagggaatcaatcccatatcattctttccaatt
aacttaccttttattacccctcattgatagcctttgaagcatgtcagtta
gagtgaagtttggagccagaagatctctctacttctatgcttctaaaatg
cagtttccaaaatgattgctatggataaaatcactaattattaagattat
catccaccatgaaaacctggaagtcttatgagatgctatgtagcatagtg
gatacaagtctggagactttgcaaagcttgcacttgagttgcctcagtgg
tcaatagaaaaaagagtttcatgtggaaactcagtctggtcaattacggg
tacttgacaggccctgacactcagtgatgcctaaatgatgggattctgtt
tgttattgtccttactactaaatgattatctttattattcatgaagcact
tattatgctgttgtgtctttgctacacaaagtccttcagtgacttctcaa
attttgacttagtgccaatttcattttatagcagaggggccaaagttcag
aaccttaggaaatgtaagaagcacacatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_82973759_82974890
seq2: B6Ng01-284K04.b_45_1176

seq1  GAATTCTAGTCCCTTAGAGTAACAGAAAGGTTCCCGGGGTAAACAAAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGTCCCTTAGAGTAACAGAAAGGTTCCCGGGGTAAACAAAGGC  50

seq1  AGGACCCTTTTTGAGTTGCTGAGTGTAGCTGGGAGAAGCAGCAATACTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCTTTTTGAGTTGCTGAGTGTAGCTGGGAGAAGCAGCAATACTAT  100

seq1  GCACCAATCTCCCAGTAGCAGAAATACAGAAAATTCTTCCATCCACAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAATCTCCCAGTAGCAGAAATACAGAAAATTCTTCCATCCACAGGC  150

seq1  AACTAAGGTTCTCAGTATAACCCCTACCCTGTCCAGTCTCATAAACTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGGTTCTCAGTATAACCCCTACCCTGTCCAGTCTCATAAACTTGA  200

seq1  CCCAGCGTGCATTTCTATCACTTGAGTTTGAGGCATGCTGATAACAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCGTGCATTTCTATCACTTGAGTTTGAGGCATGCTGATAACAGGCA  250

seq1  TGACTTATGCAAATTTGATGAAAATTTGCTGAGTTATTTGAAAAAGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTATGCAAATTTGATGAAAATTTGCTGAGTTATTTGAAAAAGAAAT  300

seq1  GTCTTTCCCAACAATGGTGCTTAATGAAACTACTGTATAGCTGGTATTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCCCAACAATGGTGCTTAATGAAACTACTGTATAGCTGGTATTCT  350

seq1  ACTTGAAATTTAGTTCCAGAAAAAGGCAGCTTGCCTTTTAACCTTGGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAAATTTAGTTCCAGAAAAAGGCAGCTTGCCTTTTAACCTTGGAAC  400

seq1  TTTGTTGGTACCACCAAAAATAAATCTCAAAGCTCCACTAACCAATACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGGTACCACCAAAAATAAATCTCAAAGCTCCACTAACCAATACAG  450

seq1  AAAAAATGAAACTACAATCGCATTGCCATGAACTTCTTAATGAATATTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGAAACTACAATCGCATTGCCATGAACTTCTTAATGAATATTTC  500

seq1  TAAATAATCCTTCAAGGACCCAACGATGCTCAAGCCAACCAGGAGGTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAATCCTTCAAGGACCCAACGATGCTCAAGCCAACCAGGAGGTAGC  550

seq1  AATCACCCACTACTACTCAGTGTGTGATCCAGTGTACAACCTGGTCAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACCCACTACTACTCAGTGTGTGATCCAGTGTACAACCTGGTCAGCT  600

seq1  GCCATACCCTACCGGGCATCAAGGTCTCTTCCACGTTGCAAAGTGTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATACCCTACCGGGCATCAAGGTCTCTTCCACGTTGCAAAGTGTTCTT  650

seq1  TAAAGGAATAAATACTTGTCCAAGATGTTGTCTCTTGAGACGCATGAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGAATAAATACTTGTCCAAGATGTTGTCTCTTGAGACGCATGAATG  700

seq1  GGAAAATGTACATATGGTTGGTGTGATTCTTTACTCTTATAAATTAAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATGTACATATGGTTGGTGTGATTCTTTACTCTTATAAATTAAATT  750

seq1  TAATTTACATCCAACAAGGATCAGTCTGTCATAATGTACAAAAGGCAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTACATCCAACAAGGATCAGTCTGTCATAATGTACAAAAGGCAGAC  800

seq1  AGAGTGGCATCCATGATTTAGGAAAAAACAGTGATTTTTCCCTTGCAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGCATCCATGATTTAGGAAAAAACAGTGATTTTTCCCTTGCAATA  850

seq1  TGGTACTTAATGGACATCTTGCTCAAAAGGATGTCATACCACACAATAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTTAATGGACATCTTGCTCAAAAGGATGTCATACCACACAATAAA  900

seq1  TCTTACTCTTGAATAAAAGACAAAAGTAAAACTTCTTAAAGTCGTTTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTCTTGAATAAAAGACAAAAGTAAAACTTCTTAAAGTCGTTTTAA  950

seq1  CACATTTTTTATAATTTCTAGCTAATCTTGACACCTAAATGCTTTTCTTT  1000
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACATTTTTTATATTTTCTAGCTAATCTTGACACCTAAATGC-TTTCTTT  999

seq1  AAACTCTCCTTGGATTAGTCTTTAAAACAGCATGTGAACTATCATGCACA  1050
      ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCT-CTTGGATTAGTCTT--AAACAGCATGTGAACTATCATGCACA  1046

seq1  TTTATCTGTCATAGTGGCCCAAGAAAAAAGTTTCAG-ACATTCTGCTC-A  1098
      ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  TTTATCTGTCATAGTGGCCAAGAAAAAAAGTTTCAGAACATTCTGCTCAA  1096

seq1  TTCATGGTTCACTTATGTGTTGTCG--TCCAGTGAA  1132
      |||||| ||||||   |||||||||  |||||||||
seq2  TTCATGCTTCACTATGGTGTTGTCGGTTCCAGTGAA  1132


seq1: chr17_83123101_83124180
seq2: B6Ng01-284K04.g_66_1144 (reverse)

seq1  GATGTGTGCTTCCTACATTTCCTAA-GTTCTGAACTTTGGCCCCCTCTGC  49
      |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  GATGTGTGCTTCTTACATTTCCTAAGGTTCTGAACTTTGG-CCCCTCTGC  49

seq1  TATAAAATGAAATTGGCACTAAGTTCAAAATTTGAGAAGTCACTG-AGGA  98
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TATAAAATGAAATTGGCACTAAG-TCAAAATTTGAGAAGTCACTGAAGGA  98

seq1  CTTTGTGTAGCAAAGACACAACAGCATAATAAGTGCTTCATGAATAATAA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGTAGCAAAGACACAACAGCATAATAAGTGCTTCATGAATAATAA  148

seq1  AGATAATCATTTAGTAGTAAGGACAATAACAAACAGAATCCCATCATTTT  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGATAATCATTTAGTAGTAAGGACAATAACAAACAGAATCCCATCA-TTT  197

seq1  AGGCATCACTGAGTGTCAGGGCCTGTCAAGTACCCGTAATTGACCAGACT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCACTGAGTGTCAGGGCCTGTCAAGTACCCGTAATTGACCAGACT  247

seq1  GAGTTTCCACATGAAACTCTTTTTTCTATTGACCACTGAGGCAACTCAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCCACATGAAACTCTTTTTTCTATTGACCACTGAGGCAACTCAAG  297

seq1  TGCAAGCTTTGCAAAGTCTCCAGACTTGTATCCACTATGCTACATAGCAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGCTTTGCAAAGTCTCCAGACTTGTATCCACTATGCTACATAGCAT  347

seq1  CTCATAAGACTTCCAGGTTTTCATGGTGGATGATAATCTTAATAATTAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAAGACTTCCAGGTTTTCATGGTGGATGATAATCTTAATAATTAGT  397

seq1  GATTTTATCCATAGCAATCATTTTGGAAACTGCATTTTAGAAGCATAGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTATCCATAGCAATCATTTTGGAAACTGCATTTTAGAAGCATAGAA  447

seq1  GTAGAGAGATCTTCTGGCTCCAAACTTCACTCTAACTGACATGCTTCAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAGATCTTCTGGCTCCAAACTTCACTCTAACTGACATGCTTCAAA  497

seq1  GGCTATCAATGAGGGGTAATAAAAGGTAAGTTAATTGGAAAGAATGATAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATCAATGAGGGGTAATAAAAGGTAAGTTAATTGGAAAGAATGATAT  547

seq1  GGGATTGATTCCCTGAAGCATATCTTGGCTTTTCTTCCCATAGTATTTAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTGATTCCCTGAAGCATATCTTGGCTTTTCTTCCCATAGTATTTAC  597

seq1  AGTGTGTTTGCCCTAATACAAGGATCACTGAAGGCTTCTATGCTACTACA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTTTGCCCTAATACAAGGATCACTGAAGGCTTCTATGCTACTACA  647

seq1  CATGGAAGGAGAGGGCACCAGCAAAGCCAAGGTCCCTTAAACAATGTGTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAGGAGAGGGCACCAGCAAAGCCAAGGTCCCTTAAACAATGTGTT  697

seq1  TCTTCTCTTTAGAATCCCAAAATGACTTTATGACCACAAAATCATTTACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTTTAGAATCCCAAAATGACTTTATGACCACAAAATCATTTACT  747

seq1  GGAACAAGAGATATAAAGAACATGAATAAAATGAATAAAAGACTTCTACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAAGAGATATAAAGAACATGAATAAAATGAATAAAAGACTTCTACA  797

seq1  AAAATCTGTTTTCCTTAGGTGAATGATATTCTGTTTTTCTTAGAATGGTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTGTTTTCCTTAGGTGAATGATATTCTGTTTTTCTTAGAATGGTC  847

seq1  ATCATTCTTTTTCTCTTTACCCCAGAGCTGGGAAAGAAGTCCAGGTCTTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCTTTTTCTCTTTACCCCAGAGCTGGGAAAGAAGTCCAGGTCTTC  897

seq1  ATACATGCTAAACAAACTCTCTACCACTGCCCTACTGCTCCTACCATCAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGCTAAACAAACTCTCTACCACTGCCCTACTGCTCCTACCATCAC  947

seq1  ATGCCTTCTGGTAAGAGTAAATAACACCTTGTGTAATATTCTAAATCATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTCTGGTAAGAGTAAATAACACCTTGTGTAATATTCTAAATCATA  997

seq1  ATTTCTCAGCTTTATTCTTCCAGTTAATGTGATGTGTTAAGGAAAATAAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCAGCTTTATTCTTCCAGTTAATGTGATGTGTTAAGGAAAATAAC  1047

seq1  TCTTTCACATCTGGGTTTGTGTCCGTGAATTC  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCACATCTGGGTTTGTGTCCGTGAATTC  1079


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |