BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285B12
Chromosome17 (Build37)
Map Location 63,607,653 - 63,758,885
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbxl17
Upstream geneEfna5
Downstream genePpia-ps17_1026.1, LOC638867, LOC668677, A930002H24Rik, Fert2, LOC669778, Pja2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285B12.bB6Ng01-285B12.g
ACCGA083632GA083633
length1,1191,185
definitionB6Ng01-285B12.b B6Ng01-285B12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,607,653 - 63,608,781)(63,757,711 - 63,758,885)
sequence
gaattctctgctggccggaccctaggctgctgtgggaaaggctacaggaa
catggctgtaagtgaagaccactatttcaggacactggtatactgcctgc
ctcctttgctgtttttctctaaaggggattgtactggctagttttctgtc
aacttgacacagctggggttatcacagagaaaggagcttcagttggggaa
gtgcctccatgagatccagctgtaaggcattttctcaattagtgatcaag
ggggaaaggccccttgtgggtggaaccatctctgggctggtatcctgggt
tctataagagagcaggctgagcaagccaggggaagcaagccagtaaggaa
catccctctgtggcctctgcatcagctcctgcttcctgccctgtgtgagt
tccagtcctgacttccttggtgatgaacagcagtatggaagtgtaagccg
aataaaccctttcctccccaactgcttcttggtcatggtgtttgtgcagg
aatagaaaccctaagacagggaccacctaaaacatcatggtcaggcttca
agtttgaatatacattaccacacaggtgtctggtatcctgaaatgttcat
gtctctaagcaaatactctcacatttcccataaaacagctgtactgacag
gcacttaaaatacctgggatgtgtctaaatgtaacaagggaaaaattgag
ggagcaaacaaaaatattctcataatcttatataaagcctgactttaaag
taagtttgtgtgtttgtgtgtatgtgcttgtgtacacatatgtgcattga
gacttggaaagaaatccagtttttacatatttagcaaaatgctaagtgta
ttttacatgttacctaaacatttctataaattctatatggtatttataga
cataaaattaaaaatatatttgactggaattagtgaattctgatcaagca
atttcattgaaaatggaatgaactcttcctgcagtcctgactcagcagtt
ttactaagatgctaaagagattagtgcagtcctataggttcagactagct
tgattcatctgtctcgctgcccctgctaatgaccccacgaaagtgctctt
gcatcatggaaagtgtttc

gaattctaggagtgagctttaactcttaacaaaattcttttaaattccca
caaccagtaaaacctttttctactaagtaaaaatgaagttactgtattat
tgtgaaagtacctgaattttttcttttttatgaatttatttttgaatcta
cgaacatgtagcaattaatgaagaaacataaaaacaatgttttgatttta
taatcaaggttttgtggaatacaccttttttcccctttttaaaaaattag
gtattttcctcatttacatttccaatgctatcccaaaagtcacccatacc
ctcccccaatccccctacccacccacttcttggccctggcgttcccctgt
actggggcatataaagtttgcgtgtccaatgggcctctctttccactgat
ggctgactaggccatcttttgatacatatgcagctagagtcaagagctcc
ggggtactggttagttcataatgttgttccccctatagggttgcagatcc
ctttagctccttggttactttctctagctcctccattgggggccctgtga
tccatccaatagctgactgtgagcatccatgcgattggattggagcagac
actgtgttccactagccagaggtcttaagatcccgtggcatgtcttgtgg
gtagctggcggttatcagctgactccgcgtcttagctactctggtgctag
ccagaccggaagggacttgtgcccctgatccggaatacaacttttaaagg
atcatatgaccaaacaagtgaggaactttaaaatctgtttatattccttg
tataaattaaaatatgctgcatgttaaataatttcttggtcacttttatt
gttagaataaatatgtttttctatgattattttttatcttaacgtattcc
aggaattgagaaaaacatttcattatatcaaaagataaaccatagctatg
cattattatatatttcaatttctttttaaagacttacttattttatgtat
atgagtacactgtagctgtcttcagacacaccagaaggagggcacagata
ccactacaggatggttggtgagcatcatggtggttgcttggaaatttgaa
ctcagacttctggaacagcagttcatggctcttacttcttggatcattct
tctccagcctatatattctcagaattttttaaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_63607653_63608781
seq2: B6Ng01-285B12.b_48_1166

seq1  GAATTCTCTGCTGGCCGGACCCTAGGCTGCTGTGGGAAAGGCTACAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCTGGCCGGACCCTAGGCTGCTGTGGGAAAGGCTACAGGAA  50

seq1  CATGGCTGTAAGTGAAGACCACTATTTCAGGACACTGGTATACTGCCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTGTAAGTGAAGACCACTATTTCAGGACACTGGTATACTGCCTGC  100

seq1  CTCCTTTGCTGTTTTTCTCTAAAGGGGATTGTACTGGCTAGTTTTCTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTGCTGTTTTTCTCTAAAGGGGATTGTACTGGCTAGTTTTCTGTC  150

seq1  AACTTGACACAGCTGGGGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGGGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGACACAGCTGGGGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGGGGAA  200

seq1  GTGCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAG  250

seq1  GGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGAACCATCTCTGGGCTGGTATCCTGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGAACCATCTCTGGGCTGGTATCCTGGGT  300

seq1  TCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGGAA  350

seq1  CATCCCTCTGTGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGCCCTGTGTGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTCTGTGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGCCCTGTGTGAGT  400

seq1  TCCAGTCCTGACTTCCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCCTGACTTCCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCCG  450

seq1  AATAAACCCTTTCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGGTGTTTGTGCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACCCTTTCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGGTGTTTGTGCAGG  500

seq1  AATAGAAACCCTAAGACAGGGACCACCTAAAACATCATGGTCAGGCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAACCCTAAGACAGGGACCACCTAAAACATCATGGTCAGGCTTCA  550

seq1  AGTTTGAATATACATTACCACACAGGTGTCTGGTATCCTGAAATGTTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAATATACATTACCACACAGGTGTCTGGTATCCTGAAATGTTCAT  600

seq1  GTCTCTAAGCAAATACTCTCACATTTCCCATAAAACAGCTGTACTGACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTAAGCAAATACTCTCACATTTCCCATAAAACAGCTGTACTGACAG  650

seq1  GCACTTAAAATACCTGGGATGTGTCTAAATGTAACAAGGGAAAAATTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTAAAATACCTGGGATGTGTCTAAATGTAACAAGGGAAAAATTGAG  700

seq1  GGAGCAAACAAAAATATTCTCATAATCTTATATAAAGCCTGACTTTAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAAACAAAAATATTCTCATAATCTTATATAAAGCCTGACTTTAAAG  750

seq1  TAAGTTTGTGTGTTTGTGTGTATGTGCTTGTGTACACATATGTGCATTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTGTGTGTTTGTGTGTATGTGCTTGTGTACACATATGTGCATTGA  800

seq1  GACTTGGAAAGAAATCCAGTTTTTACATATTTAGCAAAATGCTAAGTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGAAAGAAATCCAGTTTTTACATATTTAGCAAAATGCTAAGTGTA  850

seq1  TTTTACATGTTACCTAAACATTTCTATAAATTCTATATGGTATTTATAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATGTTACCTAAACATTTCTATAAATTCTATATGGTATTTATAGA  900

seq1  CATAAAATTAAAAATATA-TTGACTGGAATTAGTGAATTCTGATCAAGCA  949
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATTAAAAATATATTTGACTGGAATTAGTGAATTCTGATCAAGCA  950

seq1  ATTTCATTGAAAATGGAATGAACTCTTCCTGCAGTCCTGACTCAGCAGTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATTGAAAATGGAATGAACTCTTCCTGCAGTCCTGACTCAGCAGTT  1000

seq1  TTACTAAGATGCTAAAGAAGATTAAGTGCAAGTCCTTATAGGTTCAGACT  1049
      ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  TTACTAAGATGCTAAAG-AGATT-AGTGC-AGTCC-TATAGGTTCAGACT  1046

seq1  AGCCTTTGATTTCATCTGTCCTTCGCTGCCCCTGCTAATGACCCCACGGA  1099
      |||  |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGC--TTGA-TTCATCTGTC--TCGCTGCCCCTGCTAATGACCCCAC-GA  1090

seq1  AAGTGCTC-TGCATCAGGGGAAAAGTGTTTC  1129
      |||||||| ||||||| ||  ||||||||||
seq2  AAGTGCTCTTGCATCATGG--AAAGTGTTTC  1119


seq1: chr17_63757711_63758885
seq2: B6Ng01-285B12.g_67_1251 (reverse)

seq1  TGTTTAAAAA--TTTGA-AATATA-GGGCTGGAGA--GATGA-CTCAGAA  43
      ||||||||||  | ||| ||||||  |||||||||   |||| |  ||||
seq2  TGTTTAAAAAATTCTGAGAATATATAGGCTGGAGAAGAATGATCCAAGAA  50

seq1  GTTAAGAGCACTG-ACTGCTGTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAA--TTCCCA  90
      | |||||||  || |||||||||||||| || ||||||||||  |||| |
seq2  G-TAAGAGCCATGAACTGCTGTTCCAGAAGT-CTGAGTTCAAATTTCCAA  98

seq1  GCAACCA-CATGATGGCTCA-CAACCAT-CTGTAGTGGTATCTGGTGCCC  137
      ||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  GCAACCACCATGAT-GCTCACCAACCATCCTGTAGTGGTATCT-GTGCCC  146

seq1  T-CTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATATACATAAAAT  186
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATATACATAAAAT  196

seq1  AAGTAAGTCTTTAAAAAGAAATTGAAATATATAATAATGCATAGCTATGG  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGTCTTTAAAAAGAAATTGAAATATATAATAATGCATAGCTATGG  246

seq1  TTTATCTTTTGATATAATGAAATGTTTTTCTCAATTCCTGGAATACGTTA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTTTTGATATAATGAAATGTTTTTCTCAATTCCTGGAATACGTTA  296

seq1  AGATAAAAAATAATCATAGAAAAACATATTTATTCTAACAATAAAAGTGA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAAAATAATCATAGAAAAACATATTTATTCTAACAATAAAAGTGA  346

seq1  CCAAGAAATTATTTAACATGCAGCATATTTTAATTTATACAAGGAATATA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAATTATTTAACATGCAGCATATTTTAATTTATACAAGGAATATA  396

seq1  AACAGATTTTAAAGTTCCTCACTTGTTTGGTCATATGATCCTTTAAAAGT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATTTTAAAGTTCCTCACTTGTTTGGTCATATGATCCTTTAAAAGT  446

seq1  TGTATTCCGGATCAGGGGCACAAGTCCCTTCCGGTCTGGCTAGCACCAGA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCCGGATCAGGGGCACAAGTCCCTTCCGGTCTGGCTAGCACCAGA  496

seq1  GTAGCTAAGACGCGGAGTCAGCTGATAACCGCCAGCTACCCACAAGACAT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTAAGACGCGGAGTCAGCTGATAACCGCCAGCTACCCACAAGACAT  546

seq1  GCCACGGGATCTTAAGACCTCTGGCTAGTGGAACACAGTGTCTGCTCCAA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACGGGATCTTAAGACCTCTGGCTAGTGGAACACAGTGTCTGCTCCAA  596

seq1  TCCAATCGCATGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGCCC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATCGCATGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGCCC  646

seq1  CCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAACCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAAC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAACCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAAC  696

seq1  CCTATAGGGGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGGGGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGA  746

seq1  CTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCAGCCATCAGTGGAAA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCAGCCATCAGTGGAAA  796

seq1  GAGAGGCCCATTGGACACGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCCCATTGGACACGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACG  846

seq1  CCAGGGCCAAGAAGTGGGTGGGTAGGGGGATTGGGGGAGGGTATGGGTGA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCCAAGAAGTGGGTGGGTAGGGGGATTGGGGGAGGGTATGGGTGA  896

seq1  CTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGAGGAAAATACCTAATTTTTTA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGAGGAAAATACCTAATTTTTTA  946

seq1  AAAAGGGGAAAAAAGGTGTATTCCACAAAACCTTGATTATAAAATCAAAA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGGAAAAAAGGTGTATTCCACAAAACCTTGATTATAAAATCAAAA  996

seq1  CATTGTTTTTATGTTTCTTCATTAATTGCTACATGTTCGTAGATTCAAAA  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTTTATGTTTCTTCATTAATTGCTACATGTTCGTAGATTCAAAA  1046

seq1  ATAAATTCATAAAAAAGAAAAAATTCAGGTACTTTCACAATAATACAGTA  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTCATAAAAAAGAAAAAATTCAGGTACTTTCACAATAATACAGTA  1096

seq1  ACTTCATTTTTACTTAGTAGAAAAAGGTTTTACTGGTTGTGGGAATTTAA  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATTTTTACTTAGTAGAAAAAGGTTTTACTGGTTGTGGGAATTTAA  1146

seq1  AAGAATTTTGTTAAGAGTTAAAGCTCACTCCTAGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTTGTTAAGAGTTAAAGCTCACTCCTAGAATTC  1185


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |