BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285P16
Chromosome17 (Build37)
Map Location 82,223,978 - 82,379,505
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043707
Upstream geneC230072F16Rik, LOC675572, EG668830, Tmem178, Thumpd2, LOC100043700, LOC100043704, Slc8a1, EG668832
Downstream geneLOC625467, LOC668836, EG433141, EG625514, LOC100043711
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285P16.bB6Ng01-285P16.g
ACCGA084291GA084292
length6411,158
definitionB6Ng01-285P16.b B6Ng01-285P16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,223,978 - 82,224,618)(82,378,346 - 82,379,505)
sequence
gaattcaggacactgtcagaattcaagggaagctctctagttggactcac
aggactgtaacaaagaagctatctatttagcattcagatgtttagtctat
ccatggtaactggagatcatatctgtttctgatgctgtcacatagaactg
tactctttgttgctttattgcttcttactcaatgtcccagccaaatacat
ataattggttgaatctgagagtttgcctgcccctcttgtcagggtgtagc
aagagcacaaacaactaacagcttgtatgtgtttggtggtatttaggggt
gtaagcagtcatgtgatgacagtagatgactgttgtaaatgggtctctag
aggctcagtttataacatctttagtgcatgaagaggaagccagggacaag
agaaagaagagctggaggagggagaagcagatccctgaaactcattgttt
agtaagtgtagctggatttatgagctccaggttgtgaaagatactgctaa
gaaataagcagttggtgacctttagaagtaaatactgccctcccataagt
gggcacacaagtgcacatgaatagacattgtcttagtcagggtttctatt
cctgcacaaacatcatgaacaagaagcaaattggggaggaa

gaattctttaagtagctattcacaagttcactatgcacagcatcaagctc
attaacatagatgttgggaaccaatgcaatatcgacccagatgcaaactc
tgataatttgcaagtactgaacagcaaacaggtcaggtgacatgtgtgac
atgtggttgctatttaaagcattttctttcttgaatattcacaaagttta
aataaatcagctcctcagacaataaataaattgatcataaaaattaaaaa
agagataacatgctgtgttgccatgacaaaggccacctttagaaatattt
tcctaggttgtgtacataagcttattaaactattaataagcgattttgtt
ttaacaaataactatattagctacagctagttatttctgaacctgaatgt
cttgaatggtaactattatgtcactggtttgggacctgacaaggtcaaga
ctctaagctcaagttccatggagccatgttccaacctcaattttcagcat
aatgccatccccacctaaaaaaaaaatggtgcctctcaatttttaataac
agaaagagaaaaaaagaaagaaaagaaagaaaaagaagctaaaaactttt
aaaactctcaaataaatcagtccaatttttttgacaaaataacaattaaa
acataaccaatcttcaggattttatttaaaattagtattttaactgtaaa
ttaatatgtacctatttacacacaaagtaatatattatctatatattaat
ttaatatagtgatttttttctggtgatatttaacttatattaccaatatt
ggcatatttgagtattacgttagacgtccatactcactgacataatgatg
agctaccatctctaagtggataatgaatccttacacgtggggcatcaaca
ctctgactttccagattgttacatgatatggaactgttccaaggatttcc
tcagacttgatcactgtttctttggtcccactattgtctatagcccttgg
ctgacatagcctcactgtgtatacagagcaggcaccctcaatctcattgc
agacccacctgcttttgcctcccaggtctagggtttaaaaggtgggaagc
caccaatcaagctcctttttattacctttcagtgggtttctggacgaatt
gccacatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_82223978_82224618
seq2: B6Ng01-285P16.b_46_686

seq1  GAATTCAGGACACTGTCAGAATTCAAGGGAAGCTCTCTAGTTGGACTCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACACTGTCAGAATTCAAGGGAAGCTCTCTAGTTGGACTCAC  50

seq1  AGGACTGTAACAAAGAAGCTATCTATTTAGCATTCAGATGTTTAGTCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGTAACAAAGAAGCTATCTATTTAGCATTCAGATGTTTAGTCTAT  100

seq1  CCATGGTAACTGGAGATCATATCTGTTTCTGATGCTGTCACATAGAACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTAACTGGAGATCATATCTGTTTCTGATGCTGTCACATAGAACTG  150

seq1  TACTCTTTGTTGCTTTATTGCTTCTTACTCAATGTCCCAGCCAAATACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTTTGTTGCTTTATTGCTTCTTACTCAATGTCCCAGCCAAATACAT  200

seq1  ATAATTGGTTGAATCTGAGAGTTTGCCTGCCCCTCTTGTCAGGGTGTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTGGTTGAATCTGAGAGTTTGCCTGCCCCTCTTGTCAGGGTGTAGC  250

seq1  AAGAGCACAAACAACTAACAGCTTGTATGTGTTTGGTGGTATTTAGGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCACAAACAACTAACAGCTTGTATGTGTTTGGTGGTATTTAGGGGT  300

seq1  GTAAGCAGTCATGTGATGACAGTAGATGACTGTTGTAAATGGGTCTCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCAGTCATGTGATGACAGTAGATGACTGTTGTAAATGGGTCTCTAG  350

seq1  AGGCTCAGTTTATAACATCTTTAGTGCATGAAGAGGAAGCCAGGGACAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGTTTATAACATCTTTAGTGCATGAAGAGGAAGCCAGGGACAAG  400

seq1  AGAAAGAAGAGCTGGAGGAGGGAGAAGCAGATCCCTGAAACTCATTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAAGAGCTGGAGGAGGGAGAAGCAGATCCCTGAAACTCATTGTTT  450

seq1  AGTAAGTGTAGCTGGATTTATGAGCTCCAGGTTGTGAAAGATACTGCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTGTAGCTGGATTTATGAGCTCCAGGTTGTGAAAGATACTGCTAA  500

seq1  GAAATAAGCAGTTGGTGACCTTTAGAAGTAAATACTGCCCTCCCATAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAGCAGTTGGTGACCTTTAGAAGTAAATACTGCCCTCCCATAAGT  550

seq1  GGGCACACAAGTGCACATGAATAGACATTGTCTTAGTCAGGGTTTCTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACACAAGTGCACATGAATAGACATTGTCTTAGTCAGGGTTTCTATT  600

seq1  CCTGCACAAACATCATGAACAAGAAGCAAATTGGGGAGGAA  641
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACAAACATCATGAACAAGAAGCAAATTGGGGAGGAA  641


seq1: chr17_82378346_82379505
seq2: B6Ng01-285P16.g_69_1226 (reverse)

seq1  AATGTGGCAA-TCGGTCAGAACACCCACTTTAAAAGTAAATAAAAGGAGC  49
      |||||||||| |||  ||||| |||||| | ||| ||||  |||||||||
seq2  AATGTGGCAATTCGTCCAGAA-ACCCAC-TGAAAGGTAATAAAAAGGAGC  48

seq1  TGGATTTGGTGGC-TCCCACCTTTT-AACCCTAGGACTTGGGAGGCAAAA  97
      | || |||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||
seq2  TTGA-TTGGTGGCTTCCCACCTTTTAAACCCTA-GACCTGGGAGGCAAAA  96

seq1  GCAGGTGGGTCTGC-ATGAGATTGAGGGTGCCCTGCTCTGTATACACAGT  146
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGGGTCTGCAATGAGATTGAGGGTG-CCTGCTCTGTATACACAGT  145

seq1  GAGGGCTATGTCAGCC-AGGGCTATAGAC-ATAGTTGGGACAAAAGAAAC  194
      || ||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||||||
seq2  GA-GGCTATGTCAGCCAAGGGCTATAGACAATAG-TGGGACCAAAGAAAC  193

seq1  AGTGATCAAGTCTGAGGAAATCCTTGGAACAGTTCCATATCATGTAAGCA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGTGATCAAGTCTGAGGAAATCCTTGGAACAGTTCCATATCATGTAA-CA  242

seq1  ATTCTGGAAAGTCAGAGTGTTGATGCCCCACGTGTAAGGATTCATTATCC  294
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TCTGGAAAGTCAGAGTGTTGATGCCCCACGTGTAAGGATTCATTATCC  291

seq1  ACTTAGAGATGGTAGCTCATCATTATGTCAGTGAGTATGGACGTCTAACG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGAGATGGTAGCTCATCATTATGTCAGTGAGTATGGACGTCTAACG  341

seq1  TAATACTC-AATATGCCAATATTGGTAATATAAGTTAAATATCACCAGAA  393
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTCAAATATGCCAATATTGGTAATATAAGTTAAATATCACCAGAA  391

seq1  AAAAATCACTATATTAAATTAATATATAGATAATATATTACTTTGTGTGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCACTATATTAAATTAATATATAGATAATATATTACTTTGTGTGT  441

seq1  AAATAGGTACATATTAATTTACAGTTAAAATACTAATTTTAAATAAAATC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGTACATATTAATTTACAGTTAAAATACTAATTTTAAATAAAATC  491

seq1  CTGAAGATTGGTTATGTTTTAATTGTTATTTTGTCAAAAAAATTGGACTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGATTGGTTATGTTTTAATTGTTATTTTGTCAAAAAAATTGGACTG  541

seq1  ATTTATTTGAGAGTTTTAAAAGTTTTTAGCTTCTTTTTCTTTCTTTTCTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTGAGAGTTTTAAAAGTTTTTAGCTTCTTTTTCTTTCTTTTCTT  591

seq1  TCTTTTTTTCTCTTTCTGTTATTAAAAATTGAGAGGCACCATTTTTTTTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTTCTCTTTCTGTTATTAAAAATTGAGAGGCACCATTTTTTTTT  641

seq1  TAGGTGGGGATGGCATTATGCTGAAAATTGAGGTTGGAACATGGCTCCAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGGGATGGCATTATGCTGAAAATTGAGGTTGGAACATGGCTCCAT  691

seq1  GGAACTTGAGCTTAGAGTCTTGACCTTGTCAGGTCCCAAACCAGTGACAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTGAGCTTAGAGTCTTGACCTTGTCAGGTCCCAAACCAGTGACAT  741

seq1  AATAGTTACCATTCAAGACATTCAGGTTCAGAAATAACTAGCTGTAGCTA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTACCATTCAAGACATTCAGGTTCAGAAATAACTAGCTGTAGCTA  791

seq1  ATATAGTTATTTGTTAAAACAAAATCGCTTATTAATAGTTTAATAAGCTT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTTATTTGTTAAAACAAAATCGCTTATTAATAGTTTAATAAGCTT  841

seq1  ATGTACACAACCTAGGAAAATATTTCTAAAGGTGGCCTTTGTCATGGCAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACACAACCTAGGAAAATATTTCTAAAGGTGGCCTTTGTCATGGCAA  891

seq1  CACAGCATGTTATCTCTTTTTTAATTTTTATGATCAATTTATTTATTGTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCATGTTATCTCTTTTTTAATTTTTATGATCAATTTATTTATTGTC  941

seq1  TGAGGAGCTGATTTATTTAAACTTTGTGAATATTCAAGAAAGAAAATGCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGCTGATTTATTTAAACTTTGTGAATATTCAAGAAAGAAAATGCT  991

seq1  TTAAATAGCAACCACATGTCACACATGTCACCTGACCTGTTTGCTGTTCA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAGCAACCACATGTCACACATGTCACCTGACCTGTTTGCTGTTCA  1041

seq1  GTACTTGCAAATTATCAGAGTTTGCATCTGGGTCGATATTGCATTGGTTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTGCAAATTATCAGAGTTTGCATCTGGGTCGATATTGCATTGGTTC  1091

seq1  CCAACATCTATGTTAATGAGCTTGATGCTGTGCATAGTGAACTTGTGAAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATCTATGTTAATGAGCTTGATGCTGTGCATAGTGAACTTGTGAAT  1141

seq1  AGCTACTTAAAGAATTC  1160
      |||||||||||||||||
seq2  AGCTACTTAAAGAATTC  1158


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |