BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289M23
Chromosome17 (Build37)
Map Location 40,237,202 - 40,383,636
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC634967, Pgk2, Crisp3
Upstream geneLOC100043300, EG668200, LOC672857, LOC627695
Downstream geneCrisp1, LOC668229, LOC100043756, EG433107, EG619517, Crisp2, Rhag, 9130008F23Rik, EG435528, Cenpq, Mut, Ldha-ps3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289M23.bB6Ng01-289M23.g
ACCGA087107GA087108
length1,1791,072
definitionB6Ng01-289M23.b B6Ng01-289M23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,382,466 - 40,383,636)(40,237,202 - 40,238,277)
sequence
gaattcatagactctaagattgatgaaggaaggataaacagtaaagattt
tcatacagaatagaaaatatgaagagctcaatcatgattctataatattt
tagtattaacaataagagtcataatatcataaactattccttagtaaagt
ttgctttagttaaccaattttaagtgaaaacttctctacttttttgttct
cagtgaaaaaattttgtccactaaaacataaccttttccagagaattcaa
cattatctgttttgagactgtattattttattagacaactactttcaaaa
acttttcttggccttacactaccttgtagaacaaataatgttactaatat
aactaacagaatgaatgttgttttaagattcaatataccccaatcatagt
atatctctgatatccatattataatatttaatcaccaagagcttatttta
aaatatgaatttcatttattctttgaaatttgcatatataaaattttgat
atttatctttctctctaatcttctcgcagcttagatgcattttatatcta
tccaactctatgtctatgtaaacccaccaagtcatattagtgtttttcct
atatatttgtcctgtgtatccatacactgaagcacaatagacctaccaga
agccccatctttttaactgctttgatctcacatagaatttttaaaaagat
aatttccagcattaagaaatcaatgtgtaaattactatacgccccattta
tgttttctgagtattcctgaagtcccatcacagtatataatttcaattat
attaggcatagggaattattaaagtatacactgcttgataattataagct
gtaaatgtgtgttaaggaaagcatgcactcaataatagcaattttatata
tgaaaatgtctaatggaggactagaagctgttgtattttcctcttctgtt
atcctttgccttttcctgtacataaatagtttcttttactgattatcttt
agtatctacatgttgcaataatttcctttcataactaatggggaaaactg
ctcattatggatgatttattcttgacgttagccctttatgagatttagat
acatttctttatatcgagcctaaagaactctctggtatatcaaacaaatt
ggaacgtatatttatatatataccatgta

gaattctagaataatggaaactcataggaatctagtggctcccacccttc
cacccaccccaccccaccccccaccccccaaaaacaaaacaaaactccta
gcaatggcagacatgaagcctgaacatggcacttcctataaccagaaagg
agccttcttaactgatcaaaaagtcttcattcagcaactaatttaaatgt
atggacagacccacaaccaaccattaaacggggcttagaaattctgcagg
aaaaaaaaaagaaattcttcagaaaagggggagcaagaaattgaaagagt
cagagaggtctaggacacaagagtagaactgagaaccatgaactaaatgg
acctaggccctcagcactaatgtaagagttatgatgctggaagtatgtgt
aggactcctaaagtgggagcaagggctgtttctgattatattgcctgact
ttgaatcccttaccctaactgggatttcttctgtaccgtcaactgaagaa
aatatacctagtcttattgcaagataatgttggtgagttgtatgatattc
atgggaggactcctacttatgaggagaaaaggaggagtgacaaaatgagc
agtaggtgaggggagaatgaagcactgggaagagagaagtagggggcatt
gcagtaaggatgtaaagtaaaaaaaaaaaaatacatggaataattaaaaa
cattgttataatgtaaacaatatgtttcagtggttatgtcatgttgcata
ctcacatattcattagaactcatagggactaaactgacacgtagtatgca
ggggtcttacatatgccaattacatacatgttatggcttttctgcttggt
gttcatgtggaacttctaggagtgttatcagaggctgaatctgctatcta
cctctggggctgtaaccatgttatgtgttgttttgtctagcattggtaga
aggaaattacatacatagtcatacttcacgttgatataccaattagttga
tactaatctagagcagttttctaacccaaatagtggagtagatgggaaga
tatatcaggtggggttgtactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_40382466_40383636
seq2: B6Ng01-289M23.b_47_1225 (reverse)

seq1  TACAT-GTGTATATATATATATATGTTCCAATTTGTTTGAT-TA-CAGA-  46
      ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||| 
seq2  TACATGGTATATATATAAATATACGTTCCAATTTGTTTGATATACCAGAG  50

seq1  AGTTCTCTA-GCTCTGTATAAGAAATTGTACTTAATATCTCATAAA-GGC  94
      |||||| || ||||  |||||  || ||||  ||| |||||||||| |||
seq2  AGTTCTTTAGGCTCGATATAAAGAAATGTATCTAA-ATCTCATAAAGGGC  99

seq1  TAACGTCAAG-ATAAATCAT-CATAATGAGCAGTTTT-CCCATTAGTTAT  141
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAACGTCAAGAATAAATCATCCATAATGAGCAGTTTTCCCCATTAGTTAT  149

seq1  GAAAGG-AATTATTGGCAACATGTAGATACTAAAGATAATCAGTAAAAGA  190
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAATTATT-GCAACATGTAGATACTAAAGATAATCAGTAAAAGA  198

seq1  AACTATTTATGTACAGGAAAAGGCAAAGGATAACAGAAGAGGAAAATACA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTTATGTACAGGAAAAGGCAAAGGATAACAGAAGAGGAAAATACA  248

seq1  ACAGCTTCTAGTCCTCCATTAGACATTTTCATATATAAAATTGCTATTAT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTCTAGTCCTCCATTAGACATTTTCATATATAAAATTGCTATTAT  298

seq1  TGAGTGCATGCTTTCCTTAACACACATTTACAGCTTATAATTATCAAGCA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCATGCTTTCCTTAACACACATTTACAGCTTATAATTATCAAGCA  348

seq1  GTGTATACTTTAATAATTCCCTATGCCTAATATAATTGAAATTATATACT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATACTTTAATAATTCCCTATGCCTAATATAATTGAAATTATATACT  398

seq1  GTGATGGGACTTCAGGAATACTCAGAAAACATAAATGGGGCGTATAGTAA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGGACTTCAGGAATACTCAGAAAACATAAATGGGGCGTATAGTAA  448

seq1  TTTACACATTGATTTCTTAATGCTGGAAATTATCTTTTTAAAAATTCTAT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACATTGATTTCTTAATGCTGGAAATTATCTTTTTAAAAATTCTAT  498

seq1  GTGAGATCAAAGCAGTTAAAAAGATGGGGCTTCTGGTAGGTCTATTGTGC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGATCAAAGCAGTTAAAAAGATGGGGCTTCTGGTAGGTCTATTGTGC  548

seq1  TTCAGTGTATGGATACACAGGACAAATATATAGGAAAAACACTAATATGA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGTATGGATACACAGGACAAATATATAGGAAAAACACTAATATGA  598

seq1  CTTGGTGGGTTTACATAGACATAGAGTTGGATAGATATAAAATGCATCTA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGGGTTTACATAGACATAGAGTTGGATAGATATAAAATGCATCTA  648

seq1  AGCTGCGAGAAGATTAGAGAGAAAGATAAATATCAAAATTTTATATATGC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCGAGAAGATTAGAGAGAAAGATAAATATCAAAATTTTATATATGC  698

seq1  AAATTTCAAAGAATAAATGAAATTCATATTTTAAAATAAGCTCTTGGTGA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCAAAGAATAAATGAAATTCATATTTTAAAATAAGCTCTTGGTGA  748

seq1  TTAAATATTATAATATGGATATCAGAGATATACTATGATTGGGGTATATT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATATTATAATATGGATATCAGAGATATACTATGATTGGGGTATATT  798

seq1  GAATCTTAAAACAACATTCATTCTGTTAGTTATATTAGTAACATTATTTG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTAAAACAACATTCATTCTGTTAGTTATATTAGTAACATTATTTG  848

seq1  TTCTACAAGGTAGTGTAAGGCCAAGAAAAGTTTTTGAAAGTAGTTGTCTA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAAGGTAGTGTAAGGCCAAGAAAAGTTTTTGAAAGTAGTTGTCTA  898

seq1  ATAAAATAATACAGTCTCAAAACAGATAATGTTGAATTCTCTGGAAAAGG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAATACAGTCTCAAAACAGATAATGTTGAATTCTCTGGAAAAGG  948

seq1  TTATGTTTTAGTGGACAAAATTTTTTCACTGAGAACAAAAAAGTAGAGAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTTAGTGGACAAAATTTTTTCACTGAGAACAAAAAAGTAGAGAA  998

seq1  GTTTTCACTTAAAATTGGTTAACTAAAGCAAACTTTACTAAGGAATAGTT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCACTTAAAATTGGTTAACTAAAGCAAACTTTACTAAGGAATAGTT  1048

seq1  TATGATATTATGACTCTTATTGTTAATACTAAAATATTATAGAATCATGA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATATTATGACTCTTATTGTTAATACTAAAATATTATAGAATCATGA  1098

seq1  TTGAGCTCTTCATATTTTCTATTCTGTATGAAAATCTTTACTGTTTATCC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTCTTCATATTTTCTATTCTGTATGAAAATCTTTACTGTTTATCC  1148

seq1  TTCCTTCATCAATCTTAGAGTCTATGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCATCAATCTTAGAGTCTATGAATTC  1179


seq1: chr17_40237202_40238277
seq2: B6Ng01-289M23.g_68_1139

seq1  GAATTCTAGAATAATGGAAACTCATA-GAATCTAGTGGCTCCCACCCTTC  49
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAATAATGGAAACTCATAGGAATCTAGTGGCTCCCACCCTTC  50

seq1  CACCCACCCCACCCCACCCCCCACCCCCCAAAAACAAAACAAAACTCCTA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACCCCACCCCACCCCCCACCCCCCAAAAACAAAACAAAACTCCTA  100

seq1  GCAATGGCAGACATGAAGCCTGAACATGGCACTTCCTATAACCAGAAAGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGCAGACATGAAGCCTGAACATGGCACTTCCTATAACCAGAAAGG  150

seq1  AGCCTTCTTAACTGATCAAAAAGTCTTCATTCAGCAACTAATTTAAATGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCTTAACTGATCAAAAAGTCTTCATTCAGCAACTAATTTAAATGT  200

seq1  ATGGACAGACCCACAACCAACCATTAAACGGGGCTTAGAAATTCTGCAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACAGACCCACAACCAACCATTAAACGGGGCTTAGAAATTCTGCAGG  250

seq1  AAAAAAAAAAGAAATTCTTCAGAAAAGGGGGAGCAAGAAATTGAAAGAGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAGAAATTCTTCAGAAAAGGGGGAGCAAGAAATTGAAAGAGT  300

seq1  CAGAGAGGTCTAGGACACAAGAGTAGAACTGAGAACCATGAACTAAATGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGTCTAGGACACAAGAGTAGAACTGAGAACCATGAACTAAATGG  350

seq1  ACCTAGGCCCTCAGCACTAATGTAAGAGTTATGATGCTGGAAGTATGTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGCCCTCAGCACTAATGTAAGAGTTATGATGCTGGAAGTATGTGT  400

seq1  AGGACTCCTAAAGTGGGAGCAAGGGCTGTTTCTGATTATATTGCCTGACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCCTAAAGTGGGAGCAAGGGCTGTTTCTGATTATATTGCCTGACT  450

seq1  TTGAATCCCTTACCCTAACTGGGATTTCTTCTGTACCGTCAACTGAAGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATCCCTTACCCTAACTGGGATTTCTTCTGTACCGTCAACTGAAGAA  500

seq1  AATATACCTAGTCTTATTGCAAGATAATGTTGGTGAGTTGTATGATATTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACCTAGTCTTATTGCAAGATAATGTTGGTGAGTTGTATGATATTC  550

seq1  ATGGGAGGACTCCTACTTATGAGGAGAAAAGGAGGAGTGACAAAATGAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGGACTCCTACTTATGAGGAGAAAAGGAGGAGTGACAAAATGAGC  600

seq1  AGTAGGTGAGGGGAGAATGAAGCACTGGGAAGAGAGAAGTAGGGGGCATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTGAGGGGAGAATGAAGCACTGGGAAGAGAGAAGTAGGGGGCATT  650

seq1  GCAGTAAGGATGTAAAGTAAAAAAAAAAAAATACATGGAATAATTAAAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAAGGATGTAAAGTAAAAAAAAAAAAATACATGGAATAATTAAAAA  700

seq1  CATTGTTATAATGTAAACAATATGTTTCAGTGGTTATGTCATGTTGCATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTATAATGTAAACAATATGTTTCAGTGGTTATGTCATGTTGCATA  750

seq1  CTCACATATTCATTAGAACTCATAGGGACTAAACTGACACGTAGTATGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATATTCATTAGAACTCATAGGGACTAAACTGACACGTAGTATGCA  800

seq1  GGGGTCTTACATATGCCAATTACATACATGTTATGGCTTTTCTGCTTGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTTACATATGCCAATTACATACATGTTATGGCTTTTCTGCTTGGT  850

seq1  GTTCATGTGGAACTTCTAGGAGTGTTATCAGAGGCTGAATCTGCTATCTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTGGAACTTCTAGGAGTGTTATCAGAGGCTGAATCTGCTATCTA  900

seq1  CCTCTGGGGCTGTAACCATGTTATGTGTTGTTTTGTCTAGCATTGGTAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGGGCTGTAACCATGTTATGTGTTGTTTTGTCTAGCATTGGTAGA  950

seq1  AGGGAAATTACATACATAGTCATACTTCACGTTGATATACCATTTAGTTG  999
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  A-GGAAATTACATACATAGTCATACTTCACGTTGATATACCAATTAGTTG  999

seq1  ATACTAATCTAGAGCAGGTTTTTCTAAACCAAAAAAGTGGAGTAGATGGG  1049
      |||||||||||||||||  |||||| |||| ||| |||||||||||||||
seq2  ATACTAATCTAGAGCAG--TTTTCT-AACCCAAATAGTGGAGTAGATGGG  1046

seq1  AAGGATA-ATCAAGGTGGGGTTGTACTG  1076
      || |||| ||| ||||||||||||||||
seq2  AA-GATATATC-AGGTGGGGTTGTACTG  1072


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |