BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290E21
Chromosome17 (Build37)
Map Location 90,124,594 - 90,261,433
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLhcgr, LOC668867, Fshr, LOC100043904
Downstream geneLOC100043906, Nrxn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290E21.bB6Ng01-290E21.g
ACCGA087478GA087479
length1,1371,065
definitionB6Ng01-290E21.b B6Ng01-290E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,260,317 - 90,261,433)(90,124,594 - 90,125,657)
sequence
gaattccctgagacagctttgtagtgtcaatgtggacaactgtgttttct
ttcagcgttgagtggatctgtcctttaaagcgtacacttccatttttctt
atgtatttgtttaggatcatataatttaattatttttcccttcttccctt
ttctctattctcttcttcttcctttcttctcttcctctaaatcttcccat
attacccacatattgttctcattttacatttatgacctctctttttaact
gttatggcaaacacatacatatgcacacacattatttatacctaaatatc
actggttcagtgtatacagtgttgcctgtatgtatgttttcagtagtgac
catttggtgctgaataaccagttgcctataattctttgtgcagggttgtg
accttgtgagctttttctctgatctaaggtgttactttaaaaaaatccta
ttcaacactatgactggctttaaaaataagatttcttgaagacatgggca
ctatttttttctgaagtaacaactgttttattcttactttctttttctag
gcctctgtcagtgcagggcaatagcaatctaaggttttcctctaaaggca
tctatttccaggtacctaaatgacgaacatattttattttggcctattct
tggcttctgtaggaaaactcccaagtgttccttgttctatgagacagtct
aggatgtttatagcttgtttttgtatcaattcttattcaagtgatattcc
tatcagaattttccatgaggaggtatgggcatgtatgttctgttcctcta
taattcatctatctatcacagtagttaagatattcacgagctaaaagaag
aacatgtttgcaaacagtcagttggttagatttccctgacaagaaaaaac
aaaacaggttgatatgcaaattaggcagagaatctggcctggacaaatgt
gtcacattcagtttgaagagagaggtcatgtatatttccagtgctgctcc
agaaggtgggcaatgttacctgttcatgggtttggtgaattcatgggctt
cccaactcatgaatttatgccttaagacaaggtggaagctttggagttgc
ccccacaagctgctctcaaaagagaagaatttctctt

gaattcatgtgtcctgaattatgtagctcaaaactttgcacttcactaag
tcagatagctctatttatcaatacacatttaattaattctgtttatttgc
aattcatgaaattgaagccaatctatattctaggtaagcactctaccact
aacctacattccaacctgtattttactaatttcaacatacactttcttta
tacccaattacctcagaaaccaagataagttcctggttgagtgtggtaat
gcatgcccataatccaagctcttggatagcagctctaggactgcagcaca
tttgaggccagtatgggcttgagtgaggctatctcaaaggaaaacaaatg
tataaataataaagaaatgacagtagttccgtgattaaaagcactgctac
tcacacagatgtcctgtgttcaactcacatgtgagcacccacatggtggc
tcacaatggtttgtaactcttgttttaggggttctaatgccctcttctgg
cctctcagggcactgcatttatataaactcagatacgtccttaaaaatga
gtaaaatttaaaaacaaaagaaaacaatttaaataaagttttttaaaaag
gagagaaaataaatttgaaaccattaatgttggcatcaggacctcccaaa
cctatgacatcacataggtgacagcacgacctgcagcatattcccagaat
ccatttggctcacctcctacctttacctgtgtaacttcattttccgtata
aataaggagaatgcacctccctctctctctccccccctcttctttttctg
ctgccaccttgtctctcattcccaataaaacttcttacatgggggaacaa
ctgtcttggcctattgtgctgttaatcatagtttaacatgttgtttatgt
tcctaatagtatacaaaataaaaggtgcgtattataatttggtacaattt
taaatttgacacagtacaatttaaaagcccatgaaccctcaacagtacac
aaagatccataggcaacatagagagctgagatgggagagctgggccactt
cccattctcaagaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_90260317_90261433
seq2: B6Ng01-290E21.b_44_1180 (reverse)

seq1  AAGAGAA--TCTTCTCTTTT--GAGCAGC-TGT-GGGGCAACTCC-AAGC  43
      |||||||  |||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||| ||||
seq2  AAGAGAAATTCTTCTCTTTTGAGAGCAGCTTGTGGGGGCAACTCCAAAGC  50

seq1  T--CA-CTTGTCTTA--GCATAA--TCATGAGTT-GGAAG-CCATGATTT  84
      |  || |||||||||  ||||||  ||||||||| ||||| |||||| ||
seq2  TTCCACCTTGTCTTAAGGCATAAATTCATGAGTTGGGAAGCCCATGAATT  100

seq1  CAC--AAACCATGAACAGGTAACATTGCCCACC-TCTGGAGCAGCACTGG  131
      |||  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACCAAACCCATGAACAGGTAACATTGCCCACCTTCTGGAGCAGCACTGG  150

seq1  -AATATACATGACCTCTCTCTTCAACCTGAATGTGACACATTTGTCCAGG  180
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATACATGACCTCTCTCTTCAAACTGAATGTGACACATTTGTCCAGG  200

seq1  CCAGATTCTCTGCCTAATTTGCATATCACCCTGTTTTGTTTTTTCTTGTC  230
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTCTCTGCCTAATTTGCATATCAACCTGTTTTGTTTTTTCTTGTC  250

seq1  AGGGAAATCTAACCAACTGACTGTTTGCAAACATGTTCTTCTTTTAGCTC  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAATCTAACCAACTGACTGTTTGCAAACATGTTCTTCTTTTAGCTC  300

seq1  GTGAATATCTTAACTACTGTGATAGATAGATGAATTATAGAGGAACAGAA  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATATCTTAACTACTGTGATAGATAGATGAATTATAGAGGAACAGAA  350

seq1  CATACATGCCCATACCTCCTCATGGAAAATTCTGATAGGAATATCACTTG  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGCCCATACCTCCTCATGGAAAATTCTGATAGGAATATCACTTG  400

seq1  AATAAGAATTGATACAAAAACAAGCTATAAACATCCTAGACTGTCTCATA  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAATTGATACAAAAACAAGCTATAAACATCCTAGACTGTCTCATA  450

seq1  GAACAAGGAACACTTGGGAGTTTTCCTACAGAAGCCAAGAATAGGCCAAA  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAGGAACACTTGGGAGTTTTCCTACAGAAGCCAAGAATAGGCCAAA  500

seq1  ATAAAATATGTTCGTCATTTAGGTACCTGGAAATAGATGCCTTTAGAGGA  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATATGTTCGTCATTTAGGTACCTGGAAATAGATGCCTTTAGAGGA  550

seq1  AAACCTTAGATTGCTATTGCCCTGCACTGACAGAGGCCTAGAAAAAGAAA  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTAGATTGCTATTGCCCTGCACTGACAGAGGCCTAGAAAAAGAAA  600

seq1  GTAAGAATAAAACAGTTGTTACTTCAGAAAAAAATAGTGCCCATGTCTTC  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAATAAAACAGTTGTTACTTCAGAAAAAAATAGTGCCCATGTCTTC  650

seq1  AAGAAATCTTATTTTTAAAGCCAGTCATAGTGTTGAATAGGATTTTTTTA  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATCTTATTTTTAAAGCCAGTCATAGTGTTGAATAGGATTTTTTTA  700

seq1  AAGTAACACCTTAGATCAGAGAAAAAGCTCACAAGGTCACAACCCTGCAC  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAACACCTTAGATCAGAGAAAAAGCTCACAAGGTCACAACCCTGCAC  750

seq1  AAAGAATTATAGGCAACTGGTTATTCAGCACCAAATGGTCACTACTGAAA  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATTATAGGCAACTGGTTATTCAGCACCAAATGGTCACTACTGAAA  800

seq1  ACATACATACAGGCAACACTGTATACACTGAACCAGTGATATTTAGGTAT  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATACAGGCAACACTGTATACACTGAACCAGTGATATTTAGGTAT  850

seq1  AAATAATGTGTGTGCATATGTATGTGTTTGCCATAACAGTTAAAAAGAGA  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATGTGTGTGCATATGTATGTGTTTGCCATAACAGTTAAAAAGAGA  900

seq1  GGTCATAAATGTAAAATGAGAACAATATGTGGGTAATATGGGAAGATTTA  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATAAATGTAAAATGAGAACAATATGTGGGTAATATGGGAAGATTTA  950

seq1  GAGGAAGAGAAGAAAGGAAGAAGAAGAGAATAGAGAAAAGGGAAGAAGGG  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGAGAAGAAAGGAAGAAGAAGAGAATAGAGAAAAGGGAAGAAGGG  1000

seq1  AAAAATAATTAAATTATATGATCCTAAACAAATACATAAGAAAAATGGAA  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAATTAAATTATATGATCCTAAACAAATACATAAGAAAAATGGAA  1050

seq1  GTGTACGCTTTAAAGGACAGATCCACTCAACGCTGAAAGAAAACACAGTT  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACGCTTTAAAGGACAGATCCACTCAACGCTGAAAGAAAACACAGTT  1100

seq1  GTCCACATTGACACTACAAAGCTGTCTCAGGGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACATTGACACTACAAAGCTGTCTCAGGGAATTC  1137


seq1: chr17_90124594_90125657
seq2: B6Ng01-290E21.g_65_1129

seq1  GAATTCATGTGTCCTGAATTATGTAGCTCAAAACTTTGCACTTCACTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTGTCCTGAATTATGTAGCTCAAAACTTTGCACTTCACTAAG  50

seq1  TCAGATAGCTCTATTTATCAATACACATTTAATTAATTCTGTTTATTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAGCTCTATTTATCAATACACATTTAATTAATTCTGTTTATTTGC  100

seq1  AATTCATGAAATTGAAGCCAATCTATATTCTAGGTAAGCACTCTACCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATGAAATTGAAGCCAATCTATATTCTAGGTAAGCACTCTACCACT  150

seq1  AACCTACATTCCAACCTGTATTTTACTAATTTCAACATACACTTTCTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTACATTCCAACCTGTATTTTACTAATTTCAACATACACTTTCTTTA  200

seq1  TACCCAATTACCTCAGAAACCAAGATAAGTTCCTGGTTGAGTGTGGTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAATTACCTCAGAAACCAAGATAAGTTCCTGGTTGAGTGTGGTAAT  250

seq1  GCATGCCCATAATCCAAGCTCTTGGATAGCAGCTCTAGGACTGCAGCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCCATAATCCAAGCTCTTGGATAGCAGCTCTAGGACTGCAGCACA  300

seq1  TTTGAGGCCAGTATGGGCTTGAGTGAGGCTATCTCAAAGGAAAACAAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGCCAGTATGGGCTTGAGTGAGGCTATCTCAAAGGAAAACAAATG  350

seq1  TATAAATAATAAAGAAATGACAGTAGTTCCGTGATTAAAAGCACTGCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATAATAAAGAAATGACAGTAGTTCCGTGATTAAAAGCACTGCTAC  400

seq1  TCACACAGATGTCCTGTGTTCAACTCACATGTGAGCACCCACATGGTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACAGATGTCCTGTGTTCAACTCACATGTGAGCACCCACATGGTGGC  450

seq1  TCACAATGGTTTGTAACTCTTGTTTTAGGGGTTCTAATGCCCTCTTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATGGTTTGTAACTCTTGTTTTAGGGGTTCTAATGCCCTCTTCTGG  500

seq1  CCTCTCAGGGCACTGCATTTATATAAACTCAGATACGTCCTTAAAAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCAGGGCACTGCATTTATATAAACTCAGATACGTCCTTAAAAATGA  550

seq1  GTAAAATTTAAAAACAAAAGAAAACAATTTAAATAAAGTTTTTTAAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATTTAAAAACAAAAGAAAACAATTTAAATAAAGTTTTTTAAAAAG  600

seq1  GAGAGAAAATAAATTTGAAACCATTAATGTTGGCATCAGGACCTCCCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAAATAAATTTGAAACCATTAATGTTGGCATCAGGACCTCCCAAA  650

seq1  CCTATGACATCACATAGGTGACAGCACGACCTGCAGCATATTCCCAGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGACATCACATAGGTGACAGCACGACCTGCAGCATATTCCCAGAAT  700

seq1  CCATTTGGCTCACCTCCTACCTTTACCTGTGTAACTTCATTTTCCGTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGGCTCACCTCCTACCTTTACCTGTGTAACTTCATTTTCCGTATA  750

seq1  AATAAGGAGAATGCACCTCCCTCTCTCTCTCCCCCCCTCTTCTTTTTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGAGAATGCACCTCCCTCTCTCTCTCCCCCCCTCTTCTTTTTCTG  800

seq1  CTGCCACCTTGTCTCTCATTCCCAATAAAACTTCTTACAT-GGGGAACAA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTGCCACCTTGTCTCTCATTCCCAATAAAACTTCTTACATGGGGGAACAA  850

seq1  CTGTCTTGGCCTATTGTGCTGTTAATCATAGTTTAACATGTTGTTTATGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTGGCCTATTGTGCTGTTAATCATAGTTTAACATGTTGTTTATGT  900

seq1  TCCTAATAGTATACAAAAT-AAAGGTGCGTATTATAA-TTGGTACAATTT  947
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCTAATAGTATACAAAATAAAAGGTGCGTATTATAATTTGGTACAATTT  950

seq1  TAAATTTGACACAGTAACAAATTAAAAGCCCATGAACCCTCAAACAGTAC  997
      ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAAATTTGACACAGT-ACAATTTAAAAGCCCATGAACCCTC-AACAGTAC  998

seq1  ACAAAGATCCATAGGCAACATAGGAGAGCTGAGAATGGGAGAGCT-GGCC  1046
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ACAAAGATCCATAGGCAACATA-GAGAGCTGAG-ATGGGAGAGCTGGGCC  1046

seq1  AC-TCCCATTCTCAAGAAG  1064
      || ||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCATTCTCAAGAAG  1065


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |