BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292L16
Chromosome17 (Build37)
Map Location 83,717,195 - 83,888,143
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEml4
Upstream geneLOC668836, EG433141, EG625514, LOC100043711, LOC100043900, AW548124, EG545226
Downstream geneCox7a2l, Kcng3, Mta3, Haao, Zfp36l2, Thada
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292L16.bB6Ng01-292L16.g
ACCGA089292GA089293
length3471,028
definitionB6Ng01-292L16.b B6Ng01-292L16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,887,797 - 83,888,143)(83,717,195 - 83,718,226)
sequence
cttagataacatctttttcctcgtgttctgaacagcccacccagaacact
gtgccttccctcgtcccaacctttactgtggtcactgatatttgtcatga
tcacatggctttgcttctgggccaaaggacaggccttccacccagcccaa
catgtacttgccagattggaatctctggtcactgcacatgtcaccttctg
atggaacgcagctgaagccaccacaggtcatgggaaatggtggctttgct
tcccatcagtgggaaaaagttgtgaaaacacagagcacagctagccagac
tctgagatgaagagagagggagggcagagatgggtggtggtggtgga

gaattctccatgcccctgctgcctagcaaggttgcttctgggtcagcagg
aactgggctcaggaccagaatatgtgtaatggactcatttcctgtcctct
ggcaagccagcatcatggacacagaccctttgctttcgtggaattagggg
aaagggacttctgaggagtgtgtcagcttctcggctctgaactcccttca
agccctcattagaatatctgctgctttatgaatcttaataacctgggaga
gaatcccagccaagacatggaatatgactagatgtctaccaactgaatag
atgaaagactgtgcagtgaagggcagatgagacagctcagcatttgccgc
caagcccgatggccttggttctatccccaggatccacatggcagatggac
agagagaaccaatccccacattattgttctccaacttccacacacatgcc
atagtgcgcatgccccaatcccacacctctctatcccatgactgccctat
tgggcctcagctaggatcctccatttctggttcctgtgcttgcttgcttg
cttgcttgcttgcttgcttgcttgcttgcagatttgttgttgctgttgtt
cttgttgctgttgctgttgctgttgctgctgctgctgctgttgttgctct
tgttgatgctgctgttgttgttgctgctgttgttgttgctgctgctgttg
ttgctgctgctattgtttgttgctgctgctgttgttgctactgttgttgc
tgctgctgttgctgctgatgctgctgttgctcttgttgctgctgctgctg
ttgttgctgctgctgctgttgttgttgctgttgttgctgctgctgctgtt
gctcttgttgatgctgctgctgttgctgctgctgctactgttgttgttgc
tgctgctgttgctgctgctgctgttgctgctgttgttgctgctgctgttg
ttgttgctgctgttgtatgtgtattgctgctgttgttgttatggctgctg
ttgtgctgctgctgttgttgctgctgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_83887797_83888143
seq2: B6Ng01-292L16.b_51_397 (reverse)

seq1  TCCACCACCACCACCCATCTCTGCCCTCCCTCTCTCTTCATCTCAGAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCACCACCACCCATCTCTGCCCTCCCTCTCTCTTCATCTCAGAGTC  50

seq1  TGGCTAGCTGTGCTCTGTGTTTTCACAACTTTTTCCCACTGATGGGAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGCTGTGCTCTGTGTTTTCACAACTTTTTCCCACTGATGGGAAGC  100

seq1  AAAGCCACCATTTCCCATGACCTGTGGTGGCTTCAGCTGCGTTCCATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCACCATTTCCCATGACCTGTGGTGGCTTCAGCTGCGTTCCATCAG  150

seq1  AAGGTGACATGTGCAGTGACCAGAGATTCCAATCTGGCAAGTACATGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGACATGTGCAGTGACCAGAGATTCCAATCTGGCAAGTACATGTTG  200

seq1  GGCTGGGTGGAAGGCCTGTCCTTTGGCCCAGAAGCAAAGCCATGTGATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGTGGAAGGCCTGTCCTTTGGCCCAGAAGCAAAGCCATGTGATCA  250

seq1  TGACAAATATCAGTGACCACAGTAAAGGTTGGGACGAGGGAAGGCACAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAATATCAGTGACCACAGTAAAGGTTGGGACGAGGGAAGGCACAGT  300

seq1  GTTCTGGGTGGGCTGTTCAGAACACGAGGAAAAAGATGTTATCTAAG  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGGTGGGCTGTTCAGAACACGAGGAAAAAGATGTTATCTAAG  347


seq1: chr17_83717195_83718226
seq2: B6Ng01-292L16.g_65_1092

seq1  GAATTCTCCATGCCCCTGCTGCCTAGCAAGGTTGCTTCTGGGTCAGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATGCCCCTGCTGCCTAGCAAGGTTGCTTCTGGGTCAGCAGG  50

seq1  AACTGGGCTCAGGACCAGAATATGTGTAATGGACTCATTTCCTGTCCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGCTCAGGACCAGAATATGTGTAATGGACTCATTTCCTGTCCTCT  100

seq1  GGCAAGCCAGCATCATGGACACAGACCCTTTGCTTTCGTGGAATTAGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCCAGCATCATGGACACAGACCCTTTGCTTTCGTGGAATTAGGGG  150

seq1  AAAGGGACTTCTGAGGAGTGTGTCAGCTTCTCGGCTCTGAACTCCCTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGACTTCTGAGGAGTGTGTCAGCTTCTCGGCTCTGAACTCCCTTCA  200

seq1  AGCCCTCATTAGAATATCTGCTGCTTTATGAATCTTAATAACCTGGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCATTAGAATATCTGCTGCTTTATGAATCTTAATAACCTGGGAGA  250

seq1  GAATCCCAGCCAAGACATGGAATATGACTAGATGTCTACCAACTGAATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCCAGCCAAGACATGGAATATGACTAGATGTCTACCAACTGAATAG  300

seq1  ATGAAAGACTGTGCAGTGAAGGGCAGATGAGACAGCTCAGCATTTGCCGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGACTGTGCAGTGAAGGGCAGATGAGACAGCTCAGCATTTGCCGC  350

seq1  CAAGCCCGATGGCCTTGGTTCTATCCCCAGGATCCACATGGCAGATGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCGATGGCCTTGGTTCTATCCCCAGGATCCACATGGCAGATGGAC  400

seq1  AGAGAGAACCAATCCCCACATTATTGTTCTCCAACTTCCACACACATGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAACCAATCCCCACATTATTGTTCTCCAACTTCCACACACATGCC  450

seq1  ATAGTGCGCATGCCCCAATCCCACACCTCTCTATCCCATGACTGCCCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGCGCATGCCCCAATCCCACACCTCTCTATCCCATGACTGCCCTAT  500

seq1  TGGGCCTCAGCTAGGATCCTCCATTTCTGGTTCCTGTGCTTGCTTGCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTCAGCTAGGATCCTCCATTTCTGGTTCCTGTGCTTGCTTGCTTG  550

seq1  CTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCAGATTTGTTGTTGCTGTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCAGATTTGTTGTTGCTGTTGTT  600

seq1  CTTGTTGCTGTTGCTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGCTGTTGCTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTCT  650

seq1  TGTTGATGCTGCTGTTGTTGTTGCTGCTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATGCTGCTGTTGTTGTTGCTGCTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTG  700

seq1  TTGCTGCTGCTATTG-TTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGCTACTGTTGTTGC  749
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCTGCTATTGTTTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGCTACTGTTGTTGC  750

seq1  TGCTGCTGTTGCTGCTGATGCTGCTGTTGCTCTTGTTGCTGCTGCTGCTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGTTGCTGCTGATGCTGCTGTTGCTCTTGTTGCTGCTGCTGCTG  800

seq1  TTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTT  850

seq1  GCTCTTGTTGATGCTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTACTGTTGTTGTTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGTTGATGCTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTACTGTTGTTGTTGC  900

seq1  TGCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTG  950

seq1  TTGTTGCTGCTGTTGTTATTGTTGTTATTGCTGCTGTTGTTGTTATTGCT  999
      ||||||||||||||||   ||    ||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTGTTGCTGCTGTTGTATGTG----TATTGCTGCTGTTGTTGTTATGGCT  996

seq1  GCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCT  1032
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTG-TGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCT  1028


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |