BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293E12
Chromosome17 (Build37)
Map Location 12,199,426 - 12,381,560
singlet/doubletdoublet
Overlap genePark2, Agpat4
Upstream genenone
Downstream geneTdgf1-ps2, Map3k4, 4732491K20Rik, LOC625753, Plg, Slc22a3, LOC100041192, Slc22a2, Slc22a1, Igf2r, Air, EG635617, Mas1, Mrgprh, Pnldc1, Mrpl18, Tcp1, Acat3, Acat2, Wtap, Sod2, Gpr31c, Tcp10c, Ttll2, Unc93a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293E12.bB6Ng01-293E12.g
ACCGA089702GA089703
length1,2211,093
definitionB6Ng01-293E12.b B6Ng01-293E12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,380,354 - 12,381,560)(12,199,426 - 12,200,513)
sequence
gaattccatccttggggctcacatggtagaaggaaaagaactgacttcca
caagttgtcctttgactttcacacatgcaggtcatggaaacacccaaaca
tatatacaaagaaacacaaataaaatacacacatgcaaataaatgtgatt
aaaagtataaataaattatatgttctcctgccagtgggaccagtgaatct
ctgtatacctctcaagtcctccctgcacacagctctgaggaccacacaca
taattctgaagtcctctagtcgcacactctgaggtcctcccctcccatag
ctctggggacctccctcatgtagttctgaggtccttcctacttgccttgc
atctttgggttcctcaatacaattctgtgacattctaatcatacagccct
gaggtccttcctccatagctctggggtcctctcctaacaccagttgttac
ccgtgttctgtacctgctgaggcaaacaggtgaaatacaaggtataaaac
tgaagtttaatttcccatacactgcacattatttgctcacataaacatga
ctgtgtagcatcaaatggaagacagatttgtaataaatgatgaggcatgc
accactggagccaaatactaaaacattattcattgtttgcctgaaattca
aatgtggctgggtgccctggatttctatttgttaagtctggcaatctgag
cccttatcggcccagcagtagccatggcaacaagccctgatgcaactcaa
ggatacagcttgcaaggatggggaaagtaatctctcaggagtgaactgct
tccaagagggcatcaggctttcatgggccactggtgcctggccagatgga
tatccacatcttaaattgccagggatgctttcccacagttctgggaagta
cactgactgtcctgagttgttagatcacctgcacactaagggttcaagga
ctcttcctcctgctggccacattatgaaagcagaacaacattgttttctc
agaacaagtctcagcactaaattttgttacttaagttacatccccacccg
ttcaaggggctcctgaagaacatgtcacctgtgttaagtctggagccttg
tcagttatgttatgagtactgtctaaaaaccttactgctggcagccttgg
ggaattatcaggaatccatgaatctagcttgtgtgtgaagaataattgga
aatggcctgaatctcaaggca
gaattctctagatactgaaaagttgcacagtcaacataaggatttcaatg
tgtcatgggtagtgcatgccatagtgcctcttcagccttgattatagagc
cctagtgttattccttagatttgccagaccaaattcgaggcaagctttac
taaaaatattaaataggtgaactttggtcaggaccactccctgaaatttc
cagaagagtggcccagagatgtgtgttgtcagggattttatggacaaaac
acatagatcatcatactcttccatgaggctctgtttttgtccaagaatta
caactccaagcattccctgaagttacctggtccttgggcaggtggtagtg
acaggttaatttcaagttttacactacctctagagcttcttgcttctaaa
catgccttctgagtcgggtgtggtggcgcacacctttaatcccagcactt
gggaggcagagtcaggtggatttctgagttcgaggcctgcctggtctaca
gagtgagttccaggacagccagggcgatacagagaaaccctgtctcagaa
aaaaaaaaaccaaccaagcaaacaaacaaacatgccttctgcatctagct
tctgattgcagacccacactcctattcctcctatttgaaaacaaagcaag
ccaaccaacaatgtaagaaaaacatgtctgctgtccagggttggggttta
aatgcaaattaccccaataggctcatatacctacatacttcatccccacc
tgaggaactgttttgagaaagattagaaaggattgtgagattatgccggg
gcctagcaaacacagaagttggatgctcacagtcagctatttgggatgga
tcacagagccctccaatggagggagctagagaaagtacccaagaagttaa
agggatctgcaaccctataggtggaacaacaatatgaactacccagtacc
ccctggagctcatgtctctagctgcatatgtatcagaagtgtcctagttc
ggccatcatgtaaagaagaagcctattgttgttgcaactttgaatgccct
agtacagggtacgtctaggtccagaagtaggagtgggtgggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_12380354_12381560
seq2: B6Ng01-293E12.b_48_1268 (reverse)

seq1  TACCTT-AGATTCAG--CACTT-CAATTATTCTCCACACCAAAGGCTAGA  46
      | |||| ||||||||  || || |||||||||| |||| || | ||||||
seq2  TGCCTTGAGATTCAGGCCATTTCCAATTATTCTTCACA-CACAAGCTAGA  49

seq1  -TCAT-GACTCCTGATA--TTCCCAGGGCTGCCAGGCAGTAAGGGTTTTT  92
       |||| || ||||||||  | |||| |||||||| ||||||| |||||||
seq2  TTCATGGATTCCTGATAATTCCCCAAGGCTGCCA-GCAGTAA-GGTTTTT  97

seq1  AGACAGTTACTCATAACATCACTGACAA-GCT-CAGACTAAACACAGGTG  140
      |||||| |||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||
seq2  AGACAG-TACTCATAACATAACTGACAAGGCTCCAGACTTAACACAGGTG  146

seq1  ACATTGTTCTTCAGGGGCCCC-TGAACGGGTGGGG-TGTAACTTAAGTA-  187
      ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  ACA-TGTTCTTCAGGAGCCCCTTGAACGGGTGGGGATGTAACTTAAGTAA  195

seq1  -CAAATTTAGTGCTGAGACTTGTTCTGAGAAA--CATG-TGTTCTGCCTT  233
        ||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||| ||
seq2  CAAAATTTAGTGCTGAGACTTGTTCTGAGAAAACAATGTTGTTCTGCTTT  245

seq1  CAT-ATGTGGCCAGCA-GAGGAAGAGTCC-TGGACCCTTAGTGTGCAGGT  280
      ||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||
seq2  CATAATGTGGCCAGCAGGAGGAAGAGTCCTTGAACCCTTAGTGTGCAGGT  295

seq1  GATCTAACAACTCAGGACAGTCAGTGTACTTCCCAGAACTGTGGGAAAGC  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAACAACTCAGGACAGTCAGTGTACTTCCCAGAACTGTGGGAAAGC  345

seq1  ATCCCTGGCAATTTAAGATGTGGATATCCATCTGGCCAGGCACCAGTGGC  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGGCAATTTAAGATGTGGATATCCATCTGGCCAGGCACCAGTGGC  395

seq1  CCATGAAAGCCCTGATGCCCTCTTGGAAGCAGTTCACTCCTGAGAGATTA  430
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAAAG-CCTGATGCCCTCTTGGAAGCAGTTCACTCCTGAGAGATTA  444

seq1  CTTTCCCCATCCTTGCAAGCTGTATCCTTGAGTTGCATCAGGGCTTGTTG  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCCATCCTTGCAAGCTGTATCCTTGAGTTGCATCAGGGCTTGTTG  494

seq1  CCATGGCTACTGCTGGGCCGATAAGGGCTCAGATTGCCAGACTTAACAAA  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCTACTGCTGGGCCGATAAGGGCTCAGATTGCCAGACTTAACAAA  544

seq1  TAGAAATCCAGGGCACCCAGCCACATTTGAATTTCAGGCAAACAATGAAT  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATCCAGGGCACCCAGCCACATTTGAATTTCAGGCAAACAATGAAT  594

seq1  AATGTTTTAGTATTTGGCTCCAGTGGTGCATGCCTCATCATTTATTACAA  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTTAGTATTTGGCTCCAGTGGTGCATGCCTCATCATTTATTACAA  644

seq1  ATCTGTCTTCCATTTGATGCTACACAGTCATGTTTATGTGAGCAAATAAT  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCTTCCATTTGATGCTACACAGTCATGTTTATGTGAGCAAATAAT  694

seq1  GTGCAGTGTATGGGAAATTAAACTTCAGTTTTATACCTTGTATTTCACCT  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTGTATGGGAAATTAAACTTCAGTTTTATACCTTGTATTTCACCT  744

seq1  GTTTGCCTCAGCAGGTACAGAACACGGGTAACAACTGGTGTTAGGAGAGG  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCCTCAGCAGGTACAGAACACGGGTAACAACTGGTGTTAGGAGAGG  794

seq1  ACCCCAGAGCTATGGAGGAAGGACCTCAGGGCTGTATGATTAGAATGTCA  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGAGCTATGGAGGAAGGACCTCAGGGCTGTATGATTAGAATGTCA  844

seq1  CAGAATTGTATTGAGGAACCCAAAGATGCAAGGCAAGTAGGAAGGACCTC  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTGTATTGAGGAACCCAAAGATGCAAGGCAAGTAGGAAGGACCTC  894

seq1  AGAACTACATGAGGGAGGTCCCCAGAGCTATGGGAGGGGAGGACCTCAGA  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTACATGAGGGAGGTCCCCAGAGCTATGGGAGGGGAGGACCTCAGA  944

seq1  GTGTGCGACTAGAGGACTTCAGAATTATGTGTGTGGTCCTCAGAGCTGTG  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCGACTAGAGGACTTCAGAATTATGTGTGTGGTCCTCAGAGCTGTG  994

seq1  TGCAGGGAGGACTTGAGAGGTATACAGAGATTCACTGGTCCCACTGGCAG  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGAGGACTTGAGAGGTATACAGAGATTCACTGGTCCCACTGGCAG  1044

seq1  GAGAACATATAATTTATTTATACTTTTAATCACATTTATTTGCATGTGTG  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACATATAATTTATTTATACTTTTAATCACATTTATTTGCATGTGTG  1094

seq1  TATTTTATTTGTGTTTCTTTGTATATATGTTTGGGTGTTTCCATGACCTG  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATTTGTGTTTCTTTGTATATATGTTTGGGTGTTTCCATGACCTG  1144

seq1  CATGTGTGAAAGTCAAAGGACAACTTGTGGAAGTCAGTTCTTTTCCTTCT  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGAAAGTCAAAGGACAACTTGTGGAAGTCAGTTCTTTTCCTTCT  1194

seq1  ACCATGTGAGCCCCAAGGATGGAATTC  1207
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTGAGCCCCAAGGATGGAATTC  1221

seq1: chr17_12199426_12200513
seq2: B6Ng01-293E12.g_67_1159

seq1  GAATTCTCTAGATACTGAAAAGTTGCACAGTCAACATAAGGATTTCAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGATACTGAAAAGTTGCACAGTCAACATAAGGATTTCAATG  50

seq1  TGTCATGGGTAGTGCATGCCATAGTGCCTCTTCAGCCTTGATTATAGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGGGTAGTGCATGCCATAGTGCCTCTTCAGCCTTGATTATAGAGC  100

seq1  CCTAGTGTTATTCCTTAGATTTGCCAGACCAAATTCGAGGCAAGCTTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGTTATTCCTTAGATTTGCCAGACCAAATTCGAGGCAAGCTTTAC  150

seq1  TAAAAATATTAAATAGGTGAACTTTGGTCAGGACCACTCCCTGAAATTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATATTAAATAGGTGAACTTTGGTCAGGACCACTCCCTGAAATTTC  200

seq1  CAGAAGAGTGGCCCAGAGATGTGTGTTGTCAGGGATTTTATGGACAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGTGGCCCAGAGATGTGTGTTGTCAGGGATTTTATGGACAAAAC  250

seq1  ACATAGATCATCATACTCTTCCATGAGGCTCTGTTTTTGTCCAAGAATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGATCATCATACTCTTCCATGAGGCTCTGTTTTTGTCCAAGAATTA  300

seq1  CAACTCCAAGCATTCCCTGAAGTTACCTGGTCCTTGGGCAGGTGGTAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCAAGCATTCCCTGAAGTTACCTGGTCCTTGGGCAGGTGGTAGTG  350

seq1  ACAGGTTAATTTCAAGTTTTACACTACCTCTAGAGCTTCTTGCTTCTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTAATTTCAAGTTTTACACTACCTCTAGAGCTTCTTGCTTCTAAA  400

seq1  CATGCCTTCTGAGTCGGGTGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTTCTGAGTCGGGTGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTT  450

seq1  GGGAGGCAGAGTCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCTGCCTGGTCTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCAGAGTCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCTGCCTGGTCTACA  500

seq1  GAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCGATACAGAGAAACCCTGTCTCAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCGATACAGAGAAACCCTGTCTCAGAA  550

seq1  AAAAAAAAACCAACCAAGCAAACAAACAAACATGCCTTCTGCATCTAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAACCAACCAAGCAAACAAACAAACATGCCTTCTGCATCTAGCT  600

seq1  TCTGATTGCAGACCCACACTCCTATTCCTCCTATTTGAAAACAAAGCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATTGCAGACCCACACTCCTATTCCTCCTATTTGAAAACAAAGCAAG  650

seq1  CCAACCAACAATGTAAGAAAAACATGTCTGCTGTCCAGGGTTGGGGTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCAACAATGTAAGAAAAACATGTCTGCTGTCCAGGGTTGGGGTTTA  700

seq1  AATGCAAATTACCCCAATAGGCTCATATACCTACATACTTCATCCCCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAAATTACCCCAATAGGCTCATATACCTACATACTTCATCCCCACC  750

seq1  TGAGGAACTG-TTTGAGAAAGATTAG-AAGGATTGTGAGATTATGCCGGG  798
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAACTGTTTTGAGAAAGATTAGAAAGGATTGTGAGATTATGCCGGG  800

seq1  GCCTAGCAAACACAGAAG-TGGATGCTCACAGTCAGCTATT--GGATGGA  845
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  GCCTAGCAAACACAGAAGTTGGATGCTCACAGTCAGCTATTTGGGATGGA  850

seq1  TCACAGAGCCC-CCAATGGA-GGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGAAGTTAA  893
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAGCCCTCCAATGGAGGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGAAGTTAA  900

seq1  AGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTACCCAGTACC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTACCCAGTACC  950

seq1  CCCTGGAGCTCATGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGTTGGCCTAG-T  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |
seq2  CCCTGGAGCTCATGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAG-TGTCCTAGTT  999

seq1  CGGCCATCAGTGGAAAG-AGAGGCCCATTGGTTGTGCAAACTTTAGATGC  1041
      ||||||||| || |||| ||| ||| ||| |||||   ||||||  ||||
seq2  CGGCCATCA-TGTAAAGAAGAAGCCTATT-GTTGTTGCAACTTTGAATGC  1047

seq1  CCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGTAGGAGTGGGTGGGTA  1088
      || |||||| ||| ||| |  || | |||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTACA-GGGTACGTCTAGGTCCAGAAGTAGGAGTGGGTGGGTA  1093